src/gromacs/gmxpreprocess/tests/genion.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Tests for genion.
  38  *
  39  * \author Vytautas Gapsys <vgapsys@gwdg.de>
  40  * \author Christian Blau <blau@kth.se>
  41  */
  42
  43 #include "gmxpre.h"
  44
  45 #include "gromacs/gmxpreprocess/genion.h"
  46
  47 #include "gromacs/gmxpreprocess/grompp.h"
  48 #include "gromacs/utility/futil.h"
  49 #include "gromacs/utility/textreader.h"
  50 #include "gromacs/utility/textwriter.h"
  51
  52 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  53 #include "testutils/conftest.h"
  54 #include "testutils/refdata.h"
  55 #include "testutils/stdiohelper.h"
  56 #include "testutils/testfilemanager.h"
  57 #include "testutils/textblockmatchers.h"
  58
  59
  60 namespace gmx
  61 {
  62 namespace test
  63 {
  64 namespace
  65 {
  66
  67 class GenionTest : public CommandLineTestBase
  68 {
  69 public:
  70     GenionTest()
  71     {
  72         CommandLine caller = commandLine();
  73
  74         const std::string mdpInputFileName(fileManager().getTemporaryFilePath("input.mdp"));
  75         TextWriter::writeFileFromString(
  76                 mdpInputFileName,
  77                 "verlet-buffer-tolerance =-1\nrcoulomb=0.5\nrvdw = 0.5\nrlist = 0.5\n");
  78         caller.addOption("-f", mdpInputFileName);
  79         caller.addOption("-c", TestFileManager::getInputFilePath("spc216_with_methane.gro"));
  80         caller.addOption("-p", TestFileManager::getInputFilePath("spc216_with_methane.top"));
  81         caller.addOption("-o", tprFileName_);
  82
  83         gmx_grompp(caller.argc(), caller.argv());
  84
  85         setOutputFile("-o", "out.gro", ConfMatch());
  86     }
  87
  88     void runTest(const CommandLine& args, const std::string& interactiveCommandLineInput)
  89     {
  90         StdioTestHelper stdIoHelper(&fileManager());
  91         stdIoHelper.redirectStringToStdin(interactiveCommandLineInput.c_str());
  92
  93         CommandLine& cmdline = commandLine();
  94         cmdline.addOption("-s", tprFileName_);
  95         cmdline.merge(args);
  96
  97         ASSERT_EQ(0, gmx_genion(cmdline.argc(), cmdline.argv()));
  98         checkOutputFiles();
  99     }
 100
 101 private:
 102     const std::string tprFileName_ = fileManager().getTemporaryFilePath("spc216_with_methane.tpr");
 103 };
 104
 105 TEST_F(GenionTest, HighConcentrationIonPlacement)
 106 {
 107     const char* const cmdline[] = { "genion", "-seed", "1997", "-conc", "1.0", "-rmin", "0.6" };
 108
 109     runTest(CommandLine(cmdline), "Water");
 110 }
 111
 112 TEST_F(GenionTest, NoIonPlacement)
 113 {
 114     const char* const cmdline[] = { "genion", "-seed", "1997", "-conc", "0.0", "-rmin", "0.6" };
 115
 116     runTest(CommandLine(cmdline), "Water");
 117 }
 118
 119 } // namespace
 120 } // namespace test
 121 } // namespace gmx