src/gromacs/gmxpreprocess/tests/editconf.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 /*! \internal \file
  36  * \brief
  37  * Tests for editconf
  38  *
  39  * \author Mark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
  40  */
  41
  42 #include "gmxpre.h"
  43
  44 #include "gromacs/gmxpreprocess/editconf.h"
  45
  46 #include <tuple>
  47
  48 #include "gromacs/fileio/filetypes.h"
  49
  50 #include "testutils/cmdlinetest.h"
  51 #include "testutils/filematchers.h"
  52 #include "testutils/refdata.h"
  53 #include "testutils/textblockmatchers.h"
  54
  55 namespace gmx
  56 {
  57 namespace test
  58 {
  59 namespace
  60 {
  61
  62 using test::CommandLine;
  63 using test::TextFileMatch;
  64
  65 //! Test parameter struct.
  66 using CommandLineOptionParams = std::tuple<std::string, int>;
  67
  68 class EditconfTest :
  69     public test::CommandLineTestBase,
  70     public ::testing::WithParamInterface<CommandLineOptionParams>
  71 {
  72 public:
  73     EditconfTest()
  74     {
  75         const auto& params = GetParam();
  76         setInputFile("-f", std::get<0>(params));
  77
  78         std::string outputfile = "output.";
  79         outputfile += ftp2ext(std::get<1>(params));
  80         ExactTextMatch settings;
  81         setOutputFile("-o", outputfile.c_str(), TextFileMatch(settings));
  82     }
  83
  84     void runTest(const char* testName)
  85     {
  86         // Get the command line flags that were set up in the constructor
  87         CommandLine& cmdline = commandLine();
  88
  89         // Provide the name of the module to call
  90         std::string module[] = { "editconf" };
  91         cmdline.merge(CommandLine(module));
  92
  93         // Call the module
  94         ASSERT_EQ(0, gmx_editconf(cmdline.argc(), cmdline.argv()));
  95
  96         // Check the output
  97         auto                 extension = ftp2ext(std::get<1>(GetParam()));
  98         TestReferenceChecker rootChecker(this->rootChecker());
  99         rootChecker.checkString(extension, testName);
 100         checkOutputFiles();
 101     }
 102 };
 103
 104 TEST_P(EditconfTest, ProducesMatchingOutputStructureFile)
 105 {
 106     runTest("Output file type");
 107 }
 108
 109 TEST_P(EditconfTest, ProducesMatchingOutputStructureFileUsingIndexGroup)
 110 {
 111     setInputFile("-n", "fragment1.ndx");
 112     runTest("Output file type using index group");
 113 }
 114
 115 // TODO These reproduce slightly differently in double precision, and
 116 // we don't yet have a precision-agnostic way to check on the output
 117 // coordinates. It's better to run the tests only in single than not
 118 // have the tests.
 119 #if !GMX_DOUBLE
 120 INSTANTIATE_TEST_CASE_P(
 121         SinglePeptideFragments,
 122         EditconfTest,
 123         ::testing::Combine(::testing::Values("fragment1.pdb", "fragment1.gro", "fragment1.g96"),
 124                            ::testing::Values(efPDB, efGRO, efG96)));
 125 #endif
 126
 127 } // namespace
 128 } // namespace test
 129 } // namespace gmx