src/gromacs/gmxpreprocess/tests/directives.top

   1 ; Minimal topology file to test edge-cases for directive parsing
   2
   3 [ defaults ]
   4 ; nbfunc        comb-rule       gen-pairs       fudgeLJ fudgeQQ
   5 1               2               yes             0.5     0.8333
   6
   7
   8 [ atomtypes ]
   9 ; Cover all combinations of optional [bname] [at.num]
  10 ; name  bname     at.num  mass  charge ptype  sigma      epsilon
  11 2C_     2Cbonded          12.01 0.0000 A     0.339967 0.45773
  12 _       _bonded     6     12.01 0.0000 A     0.349967 0.45773
  13 4_                  7     12.01 0.0000 A     0.359967 0.45773
  14 5_                        12.01 0.0000 A     0.369967 0.45773
  15
  16 [ bondtypes ]
  17 ;   i         j          func       b0          kb
  18 2Cbonded _bonded         1    0.10900   284512.0
  19
  20
  21 [ moleculetype ]
  22 ; Name            nrexcl
  23 A                    0
  24
  25 [ atoms ]
  26 ;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB
  27      1         2C_      1    RES    N      1         0.0      14.01
  28      2           _      1    RES    C      2         0.0      14.01
  29      3          4_      1    RES    O      2         0.0      14.01
  30      4          5_      1    RES    S      2         0.0      14.01
  31
  32 [ bonds ]
  33 ;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3
  34 ; Bond without values: will result in "No default Bond types" if bonded name were not parsed
  35     1     2     1
  36
  37 [ system ]
  38 ; Name
  39 minimal edge case system
  40
  41 [ molecules ]
  42 ; Compound  #mols
  43 A         1
  44