src/gromacs/gmxpreprocess/resall.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017 by the GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2018,2019,2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "resall.h"
  41
  42 #include <cctype>
  43 #include <cstdlib>
  44 #include <cstring>
  45
  46 #include <algorithm>
  47 #include <optional>
  48 #include <string>
  49 #include <vector>
  50
  51 #include "gromacs/gmxpreprocess/fflibutil.h"
  52 #include "gromacs/gmxpreprocess/gpp_atomtype.h"
  53 #include "gromacs/gmxpreprocess/grompp_impl.h"
  54 #include "gromacs/gmxpreprocess/notset.h"
  55 #include "gromacs/gmxpreprocess/pgutil.h"
  56 #include "gromacs/topology/atoms.h"
  57 #include "gromacs/topology/symtab.h"
  58 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  59 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  60 #include "gromacs/utility/futil.h"
  61 #include "gromacs/utility/logger.h"
  62 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  63 #include "gromacs/utility/strdb.h"
  64 #include "gromacs/utility/stringtoenumvalueconverter.h"
  65
  66 #include "hackblock.h"
  67
  68 PreprocessingAtomTypes read_atype(const char* ffdir, t_symtab* tab)
  69 {
  70     FILE*   in;
  71     char    buf[STRLEN], name[STRLEN];
  72     double  m;
  73     t_atom* a;
  74
  75     std::vector<std::string> files = fflib_search_file_end(ffdir, ".atp", TRUE);
  76     snew(a, 1);
  77     PreprocessingAtomTypes at;
  78
  79     for (const auto& filename : files)
  80     {
  81         in = fflib_open(filename);
  82         while (!feof(in))
  83         {
  84             /* Skip blank or comment-only lines */
  85             do
  86             {
  87                 if (fgets2(buf, STRLEN, in) != nullptr)
  88                 {
  89                     strip_comment(buf);
  90                     trim(buf);
  91                 }
  92             } while ((feof(in) == 0) && strlen(buf) == 0);
  93
  94             if (sscanf(buf, "%s%lf", name, &m) == 2)
  95             {
  96                 a->m = m;
  97                 at.addType(tab, *a, name, InteractionOfType({}, {}), 0, 0);
  98             }
  99             else
 100             {
 101                 gmx_fatal(FARGS, "Invalid atomtype format: '%s'", buf);
 102             }
 103         }
 104         gmx_ffclose(in);
 105     }
 106     sfree(a);
 107     return at;
 108 }
 109
 110 static void print_resatoms(FILE* out, const PreprocessingAtomTypes& atype, const PreprocessResidue& rtpDBEntry)
 111 {
 112     fprintf(out, "[ %s ]\n", rtpDBEntry.resname.c_str());
 113     fprintf(out, " [ atoms ]\n");
 114
 115     for (int j = 0; (j < rtpDBEntry.natom()); j++)
 116     {
 117         int  tp   = rtpDBEntry.atom[j].type;
 118         auto tpnm = atype.atomNameFromAtomType(tp);
 119         if (!tpnm.has_value())
 120         {
 121             gmx_fatal(FARGS, "Incorrect atomtype (%d)", tp);
 122         }
 123         fprintf(out,
 124                 "%6s  %6s  %8.3f  %6d\n",
 125                 *(rtpDBEntry.atomname[j]),
 126                 *tpnm,
 127                 rtpDBEntry.atom[j].q,
 128                 rtpDBEntry.cgnr[j]);
 129     }
 130 }
 131
 132 static bool read_atoms(FILE* in, char* line, PreprocessResidue* r0, t_symtab* tab, PreprocessingAtomTypes* atype)
 133 {
 134     int    cg;
 135     char   buf[256], buf1[256];
 136     double q;
 137
 138     /* Read Atoms */
 139     r0->atom.clear();
 140     r0->atomname.clear();
 141     r0->cgnr.clear();
 142     while (get_a_line(in, line, STRLEN) && (strchr(line, '[') == nullptr))
 143     {
 144         if (sscanf(line, "%s%s%lf%d", buf, buf1, &q, &cg) != 4)
 145         {
 146             return FALSE;
 147         }
 148         r0->atomname.push_back(put_symtab(tab, buf));
 149         r0->atom.emplace_back();
 150         r0->atom.back().q = q;
 151         r0->cgnr.push_back(cg);
 152         auto j = atype->atomTypeFromName(buf1);
 153         if (!j.has_value())
 154         {
 155             gmx_fatal(FARGS,
 156                       "Atom type %s (residue %s) not found in atomtype "
 157                       "database",
 158                       buf1,
 159                       r0->resname.c_str());
 160         }
 161         r0->atom.back().type = *j;
 162         r0->atom.back().m    = *atype->atomMassFromAtomType(*j);
 163     }
 164
 165     return TRUE;
 166 }
 167
 168 static bool read_bondeds(BondedTypes bt, FILE* in, char* line, PreprocessResidue* rtpDBEntry)
 169 {
 170     char str[STRLEN];
 171
 172     while (get_a_line(in, line, STRLEN) && (strchr(line, '[') == nullptr))
 173     {
 174         int n = 0;
 175         int ni;
 176         rtpDBEntry->rb[bt].b.emplace_back();
 177         BondedInteraction* newBond = &rtpDBEntry->rb[bt].b.back();
 178         for (int j = 0; j < enumValueToNumIAtoms(bt); j++)
 179         {
 180             if (sscanf(line + n, "%s%n", str, &ni) == 1)
 181             {
 182                 newBond->a[j] = str;
 183             }
 184             else
 185             {
 186                 return FALSE;
 187             }
 188             n += ni;
 189         }
 190         while (isspace(line[n]))
 191         {
 192             n++;
 193         }
 194         rtrim(line + n);
 195         newBond->s = line + n;
 196     }
 197
 198     return TRUE;
 199 }
 200
 201 static void print_resbondeds(FILE* out, BondedTypes bt, const PreprocessResidue& rtpDBEntry)
 202 {
 203     if (!rtpDBEntry.rb[bt].b.empty())
 204     {
 205         fprintf(out, " [ %s ]\n", enumValueToString(bt));
 206
 207         for (const auto& b : rtpDBEntry.rb[bt].b)
 208         {
 209             for (int j = 0; j < enumValueToNumIAtoms(bt); j++)
 210             {
 211                 fprintf(out, "%6s ", b.a[j].c_str());
 212             }
 213             if (!b.s.empty())
 214             {
 215                 fprintf(out, "    %s", b.s.c_str());
 216             }
 217             fprintf(out, "\n");
 218         }
 219     }
 220 }
 221
 222 static void check_rtp(gmx::ArrayRef<const PreprocessResidue> rtpDBEntry,
 223                       const std::string&                     libfn,
 224                       const gmx::MDLogger&                   logger)
 225 {
 226     /* check for double entries, assuming list is already sorted */
 227     for (auto it = rtpDBEntry.begin() + 1; it != rtpDBEntry.end(); it++)
 228     {
 229         auto prev = it - 1;
 230         if (gmx::equalCaseInsensitive(prev->resname, it->resname))
 231         {
 232             GMX_LOG(logger.warning)
 233                     .asParagraph()
 234                     .appendTextFormatted("Double entry %s in file %s", it->resname.c_str(), libfn.c_str());
 235         }
 236     }
 237 }
 238
 239 static std::optional<BondedTypes> get_bt(char* header)
 240 {
 241     gmx::StringToEnumValueConverter<BondedTypes, enumValueToString> converter;
 242     return converter.valueFrom(header);
 243 }
 244
 245 /* print all the BondedTypes type numbers */
 246 static void print_resall_header(FILE* out, gmx::ArrayRef<const PreprocessResidue> rtpDBEntry)
 247 {
 248     fprintf(out, "[ bondedtypes ]\n");
 249     fprintf(out,
 250             "; bonds  angles  dihedrals  impropers all_dihedrals nr_exclusions  HH14  "
 251             "remove_dih\n");
 252     fprintf(out,
 253             " %5d  %6d  %9d  %9d  %14d  %14d %14d %14d\n\n",
 254             rtpDBEntry[0].rb[0].type,
 255             rtpDBEntry[0].rb[1].type,
 256             rtpDBEntry[0].rb[2].type,
 257             rtpDBEntry[0].rb[3].type,
 258             static_cast<int>(rtpDBEntry[0].bKeepAllGeneratedDihedrals),
 259             rtpDBEntry[0].nrexcl,
 260             static_cast<int>(rtpDBEntry[0].bGenerateHH14Interactions),
 261             static_cast<int>(rtpDBEntry[0].bRemoveDihedralIfWithImproper));
 262 }
 263
 264
 265 static void print_resall_log(const gmx::MDLogger& logger, gmx::ArrayRef<const PreprocessResidue> rtpDBEntry)
 266 {
 267     GMX_LOG(logger.info).asParagraph().appendTextFormatted("[ bondedtypes ]");
 268     GMX_LOG(logger.info)
 269             .asParagraph()
 270             .appendTextFormatted(
 271                     "; bonds  angles  dihedrals  impropers all_dihedrals nr_exclusions  HH14  "
 272                     "remove_dih");
 273     GMX_LOG(logger.info)
 274             .asParagraph()
 275             .appendTextFormatted(" %5d  %6d  %9d  %9d  %14d  %14d %14d %14d",
 276                                  rtpDBEntry[0].rb[0].type,
 277                                  rtpDBEntry[0].rb[1].type,
 278                                  rtpDBEntry[0].rb[2].type,
 279                                  rtpDBEntry[0].rb[3].type,
 280                                  static_cast<int>(rtpDBEntry[0].bKeepAllGeneratedDihedrals),
 281                                  rtpDBEntry[0].nrexcl,
 282                                  static_cast<int>(rtpDBEntry[0].bGenerateHH14Interactions),
 283                                  static_cast<int>(rtpDBEntry[0].bRemoveDihedralIfWithImproper));
 284 }
 285
 286
 287 void print_resall(FILE* out, gmx::ArrayRef<const PreprocessResidue> rtpDBEntry, const PreprocessingAtomTypes& atype)
 288 {
 289     if (rtpDBEntry.empty())
 290     {
 291         return;
 292     }
 293
 294     print_resall_header(out, rtpDBEntry);
 295
 296     for (const auto& r : rtpDBEntry)
 297     {
 298         if (r.natom() > 0)
 299         {
 300             print_resatoms(out, atype, r);
 301             for (auto bt : gmx::EnumerationWrapper<BondedTypes>{})
 302             {
 303                 print_resbondeds(out, bt, r);
 304             }
 305         }
 306     }
 307 }
 308
 309 void readResidueDatabase(const std::string&              rrdb,
 310                          std::vector<PreprocessResidue>* rtpDBEntry,
 311                          PreprocessingAtomTypes*         atype,
 312                          t_symtab*                       tab,
 313                          const gmx::MDLogger&            logger,
 314                          bool                            bAllowOverrideRTP)
 315 {
 316     FILE* in;
 317     char  filebase[STRLEN], line[STRLEN], header[STRLEN];
 318     int   nparam;
 319     int   dum1, dum2, dum3;
 320     bool  bNextResidue, bError;
 321
 322     fflib_filename_base(rrdb.c_str(), filebase, STRLEN);
 323
 324     in = fflib_open(rrdb);
 325
 326     PreprocessResidue header_settings;
 327
 328     /* these bonded parameters will overwritten be when  *
 329      * there is a [ bondedtypes ] entry in the .rtp file */
 330     header_settings.rb[BondedTypes::Bonds].type             = 1; /* normal bonds     */
 331     header_settings.rb[BondedTypes::Angles].type            = 1; /* normal angles    */
 332     header_settings.rb[BondedTypes::ProperDihedrals].type   = 1; /* normal dihedrals */
 333     header_settings.rb[BondedTypes::ImproperDihedrals].type = 2; /* normal impropers */
 334     header_settings.rb[BondedTypes::Exclusions].type        = 1; /* normal exclusions */
 335     header_settings.rb[BondedTypes::Cmap].type              = 1; /* normal cmap torsions */
 336
 337     header_settings.bKeepAllGeneratedDihedrals    = FALSE;
 338     header_settings.nrexcl                        = 3;
 339     header_settings.bGenerateHH14Interactions     = TRUE;
 340     header_settings.bRemoveDihedralIfWithImproper = TRUE;
 341
 342     /* Column 5 & 6 aren't really bonded types, but we include
 343      * them here to avoid introducing a new section:
 344      * Column 5 : This controls the generation of dihedrals from the bonding.
 345      *            All possible dihedrals are generated automatically. A value of
 346      *            1 here means that all these are retained. A value of
 347      *            0 here requires generated dihedrals be removed if
 348      *              * there are any dihedrals on the same central atoms
 349      *                specified in the residue topology, or
 350      *              * there are other identical generated dihedrals
 351      *                sharing the same central atoms, or
 352      *              * there are other generated dihedrals sharing the
 353      *                same central bond that have fewer hydrogen atoms
 354      * Column 6: Number of bonded neighbors to exclude.
 355      * Column 7: Generate 1,4 interactions between two hydrogen atoms
 356      * Column 8: Remove proper dihedrals if centered on the same bond
 357      *           as an improper dihedral
 358      */
 359     get_a_line(in, line, STRLEN);
 360     if (!get_header(line, header))
 361     {
 362         gmx_fatal(FARGS, "in .rtp file at line:\n%s\n", line);
 363     }
 364     if (gmx::equalCaseInsensitive("bondedtypes", header, 5))
 365     {
 366         get_a_line(in, line, STRLEN);
 367         if ((nparam = sscanf(line,
 368                              "%d %d %d %d %d %d %d %d",
 369                              &header_settings.rb[BondedTypes::Bonds].type,
 370                              &header_settings.rb[BondedTypes::Angles].type,
 371                              &header_settings.rb[BondedTypes::ProperDihedrals].type,
 372                              &header_settings.rb[BondedTypes::ImproperDihedrals].type,
 373                              &dum1,
 374                              &header_settings.nrexcl,
 375                              &dum2,
 376                              &dum3))
 377             < 4)
 378         {
 379             gmx_fatal(FARGS,
 380                       "need 4 to 8 parameters in the header of .rtp file %s at line:\n%s\n",
 381                       rrdb.c_str(),
 382                       line);
 383         }
 384         header_settings.bKeepAllGeneratedDihedrals    = (dum1 != 0);
 385         header_settings.bGenerateHH14Interactions     = (dum2 != 0);
 386         header_settings.bRemoveDihedralIfWithImproper = (dum3 != 0);
 387         get_a_line(in, line, STRLEN);
 388         if (nparam < 5)
 389         {
 390             GMX_LOG(logger.info)
 391                     .asParagraph()
 392                     .appendTextFormatted("Using default: not generating all possible dihedrals");
 393             header_settings.bKeepAllGeneratedDihedrals = FALSE;
 394         }
 395         if (nparam < 6)
 396         {
 397             GMX_LOG(logger.info)
 398                     .asParagraph()
 399                     .appendTextFormatted("Using default: excluding 3 bonded neighbors");
 400             header_settings.nrexcl = 3;
 401         }
 402         if (nparam < 7)
 403         {
 404             GMX_LOG(logger.info)
 405                     .asParagraph()
 406                     .appendTextFormatted("Using default: generating 1,4 H--H interactions");
 407             header_settings.bGenerateHH14Interactions = TRUE;
 408         }
 409         if (nparam < 8)
 410         {
 411             GMX_LOG(logger.warning)
 412                     .asParagraph()
 413                     .appendTextFormatted(
 414                             "Using default: removing proper dihedrals found on the same bond as a "
 415                             "proper dihedral");
 416             header_settings.bRemoveDihedralIfWithImproper = TRUE;
 417         }
 418     }
 419     else
 420     {
 421         GMX_LOG(logger.warning)
 422                 .asParagraph()
 423                 .appendTextFormatted(
 424                         "Reading .rtp file without '[ bondedtypes ]' directive, "
 425                         "Will proceed as if the entry was:");
 426         print_resall_log(logger, gmx::arrayRefFromArray(&header_settings, 1));
 427     }
 428     /* We don't know the current size of rrtp, but simply realloc immediately */
 429     auto oldArrayEnd = rtpDBEntry->end();
 430     while (!feof(in))
 431     {
 432         /* Initialise rtp entry structure */
 433         rtpDBEntry->push_back(header_settings);
 434         PreprocessResidue* res = &rtpDBEntry->back();
 435         if (!get_header(line, header))
 436         {
 437             gmx_fatal(FARGS, "in .rtp file at line:\n%s\n", line);
 438         }
 439         res->resname  = header;
 440         res->filebase = filebase;
 441
 442         get_a_line(in, line, STRLEN);
 443         bError       = FALSE;
 444         bNextResidue = FALSE;
 445         do
 446         {
 447             if (!get_header(line, header))
 448             {
 449                 bError = TRUE;
 450             }
 451             else
 452             {
 453                 auto bt = get_bt(header);
 454                 if (bt.has_value())
 455                 {
 456                     /* header is an bonded directive */
 457                     bError = !read_bondeds(*bt, in, line, res);
 458                 }
 459                 else if (gmx::equalCaseInsensitive("atoms", header, 5))
 460                 {
 461                     /* header is the atoms directive */
 462                     bError = !read_atoms(in, line, res, tab, atype);
 463                 }
 464                 else
 465                 {
 466                     /* else header must be a residue name */
 467                     bNextResidue = TRUE;
 468                 }
 469             }
 470             if (bError)
 471             {
 472                 gmx_fatal(FARGS, "in .rtp file in residue %s at line:\n%s\n", res->resname.c_str(), line);
 473             }
 474         } while ((feof(in) == 0) && !bNextResidue);
 475
 476         if (res->natom() == 0)
 477         {
 478             gmx_fatal(FARGS, "No atoms found in .rtp file in residue %s\n", res->resname.c_str());
 479         }
 480
 481         auto found = std::find_if(
 482                 rtpDBEntry->begin(), rtpDBEntry->end() - 1, [&res](const PreprocessResidue& entry) {
 483                     return gmx::equalCaseInsensitive(entry.resname, res->resname);
 484                 });
 485
 486         if (found != rtpDBEntry->end() - 1)
 487         {
 488             if (found >= oldArrayEnd)
 489             {
 490                 gmx_fatal(FARGS, "Found a second entry for '%s' in '%s'", res->resname.c_str(), rrdb.c_str());
 491             }
 492             if (bAllowOverrideRTP)
 493             {
 494                 GMX_LOG(logger.warning)
 495                         .asParagraph()
 496                         .appendTextFormatted(
 497                                 "Found another rtp entry for '%s' in '%s',"
 498                                 " ignoring this entry and keeping the one from '%s.rtp'",
 499                                 res->resname.c_str(),
 500                                 rrdb.c_str(),
 501                                 found->filebase.c_str());
 502                 /* We should free all the data for this entry.
 503                  * The current code gives a lot of dangling pointers.
 504                  */
 505                 rtpDBEntry->erase(rtpDBEntry->end() - 1);
 506             }
 507             else
 508             {
 509                 gmx_fatal(FARGS,
 510                           "Found rtp entries for '%s' in both '%s' and '%s'. If you want the first "
 511                           "definition to override the second one, set the -rtpo option of pdb2gmx.",
 512                           res->resname.c_str(),
 513                           found->filebase.c_str(),
 514                           rrdb.c_str());
 515             }
 516         }
 517     }
 518     gmx_ffclose(in);
 519
 520     std::sort(rtpDBEntry->begin(), rtpDBEntry->end(), [](const PreprocessResidue& a, const PreprocessResidue& b) {
 521         return std::lexicographical_compare(
 522                 a.resname.begin(),
 523                 a.resname.end(),
 524                 b.resname.begin(),
 525                 b.resname.end(),
 526                 [](const char& c1, const char& c2) { return std::toupper(c1) < std::toupper(c2); });
 527     });
 528
 529     check_rtp(*rtpDBEntry, rrdb, logger);
 530 }
 531
 532 /************************************************************
 533  *
 534  *                  SEARCH   ROUTINES
 535  *
 536  ***********************************************************/
 537 static bool is_sign(char c)
 538 {
 539     return (c == '+' || c == '-');
 540 }
 541
 542 /* Compares if the strins match except for a sign at the end
 543  * of (only) one of the two.
 544  */
 545 static int neq_str_sign(const char* a1, const char* a2)
 546 {
 547     int l1, l2, lm;
 548
 549     l1 = static_cast<int>(strlen(a1));
 550     l2 = static_cast<int>(strlen(a2));
 551     lm = std::min(l1, l2);
 552
 553     if (lm >= 1 && ((l1 == l2 + 1 && is_sign(a1[l1 - 1])) || (l2 == l1 + 1 && is_sign(a2[l2 - 1])))
 554         && gmx::equalCaseInsensitive(a1, a2, lm))
 555     {
 556         return lm;
 557     }
 558     else
 559     {
 560         return 0;
 561     }
 562 }
 563
 564 std::string searchResidueDatabase(const std::string&                     key,
 565                                   gmx::ArrayRef<const PreprocessResidue> rtpDBEntry,
 566                                   const gmx::MDLogger&                   logger)
 567 {
 568     int         nbest, best, besti;
 569     std::string bestbuf;
 570
 571     nbest = 0;
 572     besti = -1;
 573     /* We want to match at least one character */
 574     best = 1;
 575     for (auto it = rtpDBEntry.begin(); it != rtpDBEntry.end(); it++)
 576     {
 577         if (gmx::equalCaseInsensitive(key, it->resname))
 578         {
 579             besti = std::distance(rtpDBEntry.begin(), it);
 580             nbest = 1;
 581             break;
 582         }
 583         else
 584         {
 585             /* Allow a mismatch of at most a sign character (with warning) */
 586             int n = neq_str_sign(key.c_str(), it->resname.c_str());
 587             if (n >= best && n + 1 >= gmx::index(key.length()) && n + 1 >= gmx::index(it->resname.length()))
 588             {
 589                 if (n == best)
 590                 {
 591                     if (nbest == 1)
 592                     {
 593                         bestbuf = rtpDBEntry[besti].resname;
 594                     }
 595                     if (nbest >= 1)
 596                     {
 597                         bestbuf.append(" or ");
 598                         bestbuf.append(it->resname);
 599                     }
 600                 }
 601                 else
 602                 {
 603                     nbest = 0;
 604                 }
 605                 besti = std::distance(rtpDBEntry.begin(), it);
 606                 best  = n;
 607                 nbest++;
 608             }
 609         }
 610     }
 611     if (nbest > 1)
 612     {
 613         gmx_fatal(FARGS,
 614                   "Residue '%s' not found in residue topology database, looks a bit like %s",
 615                   key.c_str(),
 616                   bestbuf.c_str());
 617     }
 618     else if (besti == -1)
 619     {
 620         gmx_fatal(FARGS, "Residue '%s' not found in residue topology database", key.c_str());
 621     }
 622     if (!gmx::equalCaseInsensitive(rtpDBEntry[besti].resname, key))
 623     {
 624         GMX_LOG(logger.warning)
 625                 .asParagraph()
 626                 .appendTextFormatted(
 627                         "'%s' not found in residue topology database, "
 628                         "trying to use '%s'",
 629                         key.c_str(),
 630                         rtpDBEntry[besti].resname.c_str());
 631     }
 632
 633     return rtpDBEntry[besti].resname;
 634 }
 635
 636 gmx::ArrayRef<const PreprocessResidue>::const_iterator
 637 getDatabaseEntry(const std::string& rtpname, gmx::ArrayRef<const PreprocessResidue> rtpDBEntry)
 638 {
 639     auto found = std::find_if(
 640             rtpDBEntry.begin(), rtpDBEntry.end(), [&rtpname](const PreprocessResidue& entry) {
 641                 return gmx::equalCaseInsensitive(rtpname, entry.resname);
 642             });
 643     if (found == rtpDBEntry.end())
 644     {
 645         /* This should never happen, since searchResidueDatabase should have been called
 646          * before calling getDatabaseEntry.
 647          */
 648         gmx_fatal(FARGS, "Residue type '%s' not found in residue topology database", rtpname.c_str());
 649     }
 650
 651     return found;
 652 }