src/gromacs/gmxpreprocess/resall.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "resall.h"
  40
  41 #include <ctype.h>
  42 #include <stdlib.h>
  43 #include <string.h>
  44
  45 #include <algorithm>
  46
  47 #include "gromacs/gmxpreprocess/fflibutil.h"
  48 #include "gromacs/gmxpreprocess/notset.h"
  49 #include "gromacs/gmxpreprocess/pgutil.h"
  50 #include "gromacs/topology/symtab.h"
  51 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  52 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  53 #include "gromacs/utility/futil.h"
  54 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  55 #include "gromacs/utility/strdb.h"
  56
  57 gpp_atomtype_t read_atype(const char *ffdir, t_symtab *tab)
  58 {
  59     int            nfile, f;
  60     char         **file;
  61     FILE          *in;
  62     char           buf[STRLEN], name[STRLEN];
  63     double         m;
  64     int            nratt = 0;
  65     gpp_atomtype_t at;
  66     t_atom        *a;
  67     t_param       *nb;
  68
  69     nfile = fflib_search_file_end(ffdir, ".atp", TRUE, &file);
  70     at    = init_atomtype();
  71     snew(a, 1);
  72     snew(nb, 1);
  73
  74     for (f = 0; f < nfile; f++)
  75     {
  76         in = fflib_open(file[f]);
  77         while (!feof(in))
  78         {
  79             /* Skip blank or comment-only lines */
  80             do
  81             {
  82                 if (fgets2(buf, STRLEN, in) != nullptr)
  83                 {
  84                     strip_comment(buf);
  85                     trim(buf);
  86                 }
  87             }
  88             while (!feof(in) && strlen(buf) == 0);
  89
  90             if (sscanf(buf, "%s%lf", name, &m) == 2)
  91             {
  92                 a->m = m;
  93                 add_atomtype(at, tab, a, name, nb, 0, 0.0, 0.0, 0.0, 0, 0.0, 0.0 );
  94                 fprintf(stderr, "\rAtomtype %d", ++nratt);
  95                 fflush(stderr);
  96             }
  97             else
  98             {
  99                 fprintf(stderr, "\nInvalid format: %s\n", buf);
 100             }
 101         }
 102         gmx_ffclose(in);
 103         sfree(file[f]);
 104     }
 105     fprintf(stderr, "\n");
 106     sfree(file);
 107
 108     return at;
 109 }
 110
 111 static void print_resatoms(FILE *out, gpp_atomtype_t atype, t_restp *rtp)
 112 {
 113     int   j, tp;
 114     char *tpnm;
 115
 116     /* fprintf(out,"%5s\n",rtp->resname);
 117        fprintf(out,"%5d\n",rtp->natom); */
 118     fprintf(out, "[ %s ]\n", rtp->resname);
 119     fprintf(out, " [ atoms ]\n");
 120
 121     for (j = 0; (j < rtp->natom); j++)
 122     {
 123         tp   = rtp->atom[j].type;
 124         tpnm = get_atomtype_name(tp, atype);
 125         if (tpnm == nullptr)
 126         {
 127             gmx_fatal(FARGS, "Incorrect atomtype (%d)", tp);
 128         }
 129         fprintf(out, "%6s  %6s  %8.3f  %6d\n",
 130                 *(rtp->atomname[j]), tpnm, rtp->atom[j].q, rtp->cgnr[j]);
 131     }
 132 }
 133
 134 static gmx_bool read_atoms(FILE *in, char *line,
 135                            t_restp *r0, t_symtab *tab, gpp_atomtype_t atype)
 136 {
 137     int    i, j, cg, maxentries;
 138     char   buf[256], buf1[256];
 139     double q;
 140
 141     /* Read Atoms */
 142     maxentries   = 0;
 143     r0->atom     =     nullptr;
 144     r0->atomname = nullptr;
 145     r0->cgnr     =     nullptr;
 146     i            = 0;
 147     while (get_a_line(in, line, STRLEN) && (strchr(line, '[') == nullptr))
 148     {
 149         if (sscanf(line, "%s%s%lf%d", buf, buf1, &q, &cg) != 4)
 150         {
 151             return FALSE;
 152         }
 153         if (i >= maxentries)
 154         {
 155             maxentries += 100;
 156             srenew(r0->atom,     maxentries);
 157             srenew(r0->atomname, maxentries);
 158             srenew(r0->cgnr,     maxentries);
 159         }
 160         r0->atomname[i] = put_symtab(tab, buf);
 161         r0->atom[i].q   = q;
 162         r0->cgnr[i]     = cg;
 163         j               = get_atomtype_type(buf1, atype);
 164         if (j == NOTSET)
 165         {
 166             gmx_fatal(FARGS, "Atom type %s (residue %s) not found in atomtype "
 167                       "database", buf1, r0->resname);
 168         }
 169         r0->atom[i].type = j;
 170         r0->atom[i].m    = get_atomtype_massA(j, atype);
 171         i++;
 172     }
 173     r0->natom = i;
 174     srenew(r0->atom, i);
 175     srenew(r0->atomname, i);
 176     srenew(r0->cgnr, i);
 177
 178     return TRUE;
 179 }
 180
 181 static gmx_bool read_bondeds(int bt, FILE *in, char *line, t_restp *rtp)
 182 {
 183     char str[STRLEN];
 184     int  j, n, ni, maxrb;
 185
 186     maxrb = rtp->rb[bt].nb;
 187     while (get_a_line(in, line, STRLEN) && (strchr(line, '[') == nullptr))
 188     {
 189         if (rtp->rb[bt].nb >= maxrb)
 190         {
 191             maxrb += 100;
 192             srenew(rtp->rb[bt].b, maxrb);
 193         }
 194         n = 0;
 195         for (j = 0; j < btsNiatoms[bt]; j++)
 196         {
 197             if (sscanf(line+n, "%s%n", str, &ni) == 1)
 198             {
 199                 rtp->rb[bt].b[rtp->rb[bt].nb].a[j] = gmx_strdup(str);
 200             }
 201             else
 202             {
 203                 return FALSE;
 204             }
 205             n += ni;
 206         }
 207         for (; j < MAXATOMLIST; j++)
 208         {
 209             rtp->rb[bt].b[rtp->rb[bt].nb].a[j] = nullptr;
 210         }
 211         while (isspace(line[n]))
 212         {
 213             n++;
 214         }
 215         rtrim(line+n);
 216         rtp->rb[bt].b[rtp->rb[bt].nb].s = gmx_strdup(line+n);
 217         rtp->rb[bt].nb++;
 218     }
 219     /* give back unused memory */
 220     srenew(rtp->rb[bt].b, rtp->rb[bt].nb);
 221
 222     return TRUE;
 223 }
 224
 225 static void print_resbondeds(FILE *out, int bt, t_restp *rtp)
 226 {
 227     int i, j;
 228
 229     if (rtp->rb[bt].nb)
 230     {
 231         fprintf(out, " [ %s ]\n", btsNames[bt]);
 232
 233         for (i = 0; i < rtp->rb[bt].nb; i++)
 234         {
 235             for (j = 0; j < btsNiatoms[bt]; j++)
 236             {
 237                 fprintf(out, "%6s ", rtp->rb[bt].b[i].a[j]);
 238             }
 239             if (rtp->rb[bt].b[i].s[0])
 240             {
 241                 fprintf(out, "    %s", rtp->rb[bt].b[i].s);
 242             }
 243             fprintf(out, "\n");
 244         }
 245     }
 246 }
 247
 248 static void check_rtp(int nrtp, t_restp rtp[], char *libfn)
 249 {
 250     int i;
 251
 252     /* check for double entries, assuming list is already sorted */
 253     for (i = 1; (i < nrtp); i++)
 254     {
 255         if (gmx_strcasecmp(rtp[i-1].resname, rtp[i].resname) == 0)
 256         {
 257             fprintf(stderr, "WARNING double entry %s in file %s\n",
 258                     rtp[i].resname, libfn);
 259         }
 260     }
 261 }
 262
 263 static int get_bt(char* header)
 264 {
 265     int i;
 266
 267     for (i = 0; i < ebtsNR; i++)
 268     {
 269         if (gmx_strcasecmp(btsNames[i], header) == 0)
 270         {
 271             return i;
 272         }
 273     }
 274     return NOTSET;
 275 }
 276
 277 static void clear_t_restp(t_restp *rrtp)
 278 {
 279     memset((void *)rrtp, 0, sizeof(t_restp));
 280 }
 281
 282 /* print all the ebtsNR type numbers */
 283 static void print_resall_header(FILE *out, t_restp rtp[])
 284 {
 285     fprintf(out, "[ bondedtypes ]\n");
 286     fprintf(out, "; bonds  angles  dihedrals  impropers all_dihedrals nr_exclusions  HH14  remove_dih\n");
 287     fprintf(out, " %5d  %6d  %9d  %9d  %14d  %14d %14d %14d\n\n",
 288             rtp[0].rb[0].type,
 289             rtp[0].rb[1].type,
 290             rtp[0].rb[2].type,
 291             rtp[0].rb[3].type,
 292             rtp[0].bKeepAllGeneratedDihedrals,
 293             rtp[0].nrexcl,
 294             rtp[0].bGenerateHH14Interactions,
 295             rtp[0].bRemoveDihedralIfWithImproper);
 296 }
 297
 298 void print_resall(FILE *out, int nrtp, t_restp rtp[],
 299                   gpp_atomtype_t atype)
 300 {
 301     int i, bt;
 302
 303     if (nrtp == 0)
 304     {
 305         return;
 306     }
 307
 308     print_resall_header(out, rtp);
 309
 310     for (i = 0; i < nrtp; i++)
 311     {
 312         if (rtp[i].natom > 0)
 313         {
 314             print_resatoms(out, atype, &rtp[i]);
 315             for (bt = 0; bt < ebtsNR; bt++)
 316             {
 317                 print_resbondeds(out, bt, &rtp[i]);
 318             }
 319         }
 320     }
 321 }
 322
 323 void read_resall(char *rrdb, int *nrtpptr, t_restp **rtp,
 324                  gpp_atomtype_t atype, t_symtab *tab,
 325                  gmx_bool bAllowOverrideRTP)
 326 {
 327     FILE         *in;
 328     char          filebase[STRLEN], line[STRLEN], header[STRLEN];
 329     int           i, nrtp, maxrtp, bt, nparam;
 330     int           dum1, dum2, dum3;
 331     t_restp      *rrtp, *header_settings;
 332     gmx_bool      bNextResidue, bError;
 333     int           firstrtp;
 334
 335     fflib_filename_base(rrdb, filebase, STRLEN);
 336
 337     in = fflib_open(rrdb);
 338
 339     if (debug)
 340     {
 341         fprintf(debug, "%9s %5s", "Residue", "atoms");
 342         for (i = 0; i < ebtsNR; i++)
 343         {
 344             fprintf(debug, " %10s", btsNames[i]);
 345         }
 346         fprintf(debug, "\n");
 347     }
 348     snew(header_settings, 1);
 349
 350     /* these bonded parameters will overwritten be when  *
 351      * there is a [ bondedtypes ] entry in the .rtp file */
 352     header_settings->rb[ebtsBONDS].type  = 1; /* normal bonds     */
 353     header_settings->rb[ebtsANGLES].type = 1; /* normal angles    */
 354     header_settings->rb[ebtsPDIHS].type  = 1; /* normal dihedrals */
 355     header_settings->rb[ebtsIDIHS].type  = 2; /* normal impropers */
 356     header_settings->rb[ebtsEXCLS].type  = 1; /* normal exclusions */
 357     header_settings->rb[ebtsCMAP].type   = 1; /* normal cmap torsions */
 358
 359     header_settings->bKeepAllGeneratedDihedrals    = FALSE;
 360     header_settings->nrexcl                        = 3;
 361     header_settings->bGenerateHH14Interactions     = TRUE;
 362     header_settings->bRemoveDihedralIfWithImproper = TRUE;
 363
 364     /* Column 5 & 6 aren't really bonded types, but we include
 365      * them here to avoid introducing a new section:
 366      * Column 5 : This controls the generation of dihedrals from the bonding.
 367      *            All possible dihedrals are generated automatically. A value of
 368      *            1 here means that all these are retained. A value of
 369      *            0 here requires generated dihedrals be removed if
 370      *              * there are any dihedrals on the same central atoms
 371      *                specified in the residue topology, or
 372      *              * there are other identical generated dihedrals
 373      *                sharing the same central atoms, or
 374      *              * there are other generated dihedrals sharing the
 375      *                same central bond that have fewer hydrogen atoms
 376      * Column 6: Number of bonded neighbors to exclude.
 377      * Column 7: Generate 1,4 interactions between two hydrogen atoms
 378      * Column 8: Remove proper dihedrals if centered on the same bond
 379      *           as an improper dihedral
 380      */
 381     get_a_line(in, line, STRLEN);
 382     if (!get_header(line, header))
 383     {
 384         gmx_fatal(FARGS, "in .rtp file at line:\n%s\n", line);
 385     }
 386     if (gmx_strncasecmp("bondedtypes", header, 5) == 0)
 387     {
 388         get_a_line(in, line, STRLEN);
 389         if ((nparam = sscanf(line, "%d %d %d %d %d %d %d %d",
 390                              &header_settings->rb[ebtsBONDS].type, &header_settings->rb[ebtsANGLES].type,
 391                              &header_settings->rb[ebtsPDIHS].type, &header_settings->rb[ebtsIDIHS].type,
 392                              &dum1, &header_settings->nrexcl, &dum2, &dum3)) < 4)
 393         {
 394             gmx_fatal(FARGS, "need 4 to 8 parameters in the header of .rtp file %s at line:\n%s\n", rrdb, line);
 395         }
 396         header_settings->bKeepAllGeneratedDihedrals    = (dum1 != 0);
 397         header_settings->bGenerateHH14Interactions     = (dum2 != 0);
 398         header_settings->bRemoveDihedralIfWithImproper = (dum3 != 0);
 399         get_a_line(in, line, STRLEN);
 400         if (nparam < 5)
 401         {
 402             fprintf(stderr, "Using default: not generating all possible dihedrals\n");
 403             header_settings->bKeepAllGeneratedDihedrals = FALSE;
 404         }
 405         if (nparam < 6)
 406         {
 407             fprintf(stderr, "Using default: excluding 3 bonded neighbors\n");
 408             header_settings->nrexcl = 3;
 409         }
 410         if (nparam < 7)
 411         {
 412             fprintf(stderr, "Using default: generating 1,4 H--H interactions\n");
 413             header_settings->bGenerateHH14Interactions = TRUE;
 414         }
 415         if (nparam < 8)
 416         {
 417             fprintf(stderr, "Using default: removing proper dihedrals found on the same bond as a proper dihedral\n");
 418             header_settings->bRemoveDihedralIfWithImproper = TRUE;
 419         }
 420     }
 421     else
 422     {
 423         fprintf(stderr,
 424                 "Reading .rtp file without '[ bondedtypes ]' directive,\n"
 425                 "Will proceed as if the entry was:\n");
 426         print_resall_header(stderr, header_settings);
 427     }
 428     /* We don't know the current size of rrtp, but simply realloc immediately */
 429     nrtp   = *nrtpptr;
 430     rrtp   = *rtp;
 431     maxrtp = nrtp;
 432     while (!feof(in))
 433     {
 434         if (nrtp >= maxrtp)
 435         {
 436             maxrtp += 100;
 437             srenew(rrtp, maxrtp);
 438         }
 439
 440         /* Initialise rtp entry structure */
 441         rrtp[nrtp] = *header_settings;
 442         if (!get_header(line, header))
 443         {
 444             gmx_fatal(FARGS, "in .rtp file at line:\n%s\n", line);
 445         }
 446         rrtp[nrtp].resname  = gmx_strdup(header);
 447         rrtp[nrtp].filebase = gmx_strdup(filebase);
 448
 449         get_a_line(in, line, STRLEN);
 450         bError       = FALSE;
 451         bNextResidue = FALSE;
 452         do
 453         {
 454             if (!get_header(line, header))
 455             {
 456                 bError = TRUE;
 457             }
 458             else
 459             {
 460                 bt = get_bt(header);
 461                 if (bt != NOTSET)
 462                 {
 463                     /* header is an bonded directive */
 464                     bError = !read_bondeds(bt, in, line, &rrtp[nrtp]);
 465                 }
 466                 else if (gmx_strncasecmp("atoms", header, 5) == 0)
 467                 {
 468                     /* header is the atoms directive */
 469                     bError = !read_atoms(in, line, &(rrtp[nrtp]), tab, atype);
 470                 }
 471                 else
 472                 {
 473                     /* else header must be a residue name */
 474                     bNextResidue = TRUE;
 475                 }
 476             }
 477             if (bError)
 478             {
 479                 gmx_fatal(FARGS, "in .rtp file in residue %s at line:\n%s\n",
 480                           rrtp[nrtp].resname, line);
 481             }
 482         }
 483         while (!feof(in) && !bNextResidue);
 484
 485         if (rrtp[nrtp].natom == 0)
 486         {
 487             gmx_fatal(FARGS, "No atoms found in .rtp file in residue %s\n",
 488                       rrtp[nrtp].resname);
 489         }
 490         if (debug)
 491         {
 492             fprintf(debug, "%3d %5s %5d",
 493                     nrtp+1, rrtp[nrtp].resname, rrtp[nrtp].natom);
 494             for (i = 0; i < ebtsNR; i++)
 495             {
 496                 fprintf(debug, " %10d", rrtp[nrtp].rb[i].nb);
 497             }
 498             fprintf(debug, "\n");
 499         }
 500
 501         firstrtp = -1;
 502         for (i = 0; i < nrtp; i++)
 503         {
 504             if (gmx_strcasecmp(rrtp[i].resname, rrtp[nrtp].resname) == 0)
 505             {
 506                 firstrtp = i;
 507             }
 508         }
 509
 510         if (firstrtp == -1)
 511         {
 512             nrtp++;
 513             fprintf(stderr, "\rResidue %d", nrtp);
 514             fflush(stderr);
 515         }
 516         else
 517         {
 518             if (firstrtp >= *nrtpptr)
 519             {
 520                 gmx_fatal(FARGS, "Found a second entry for '%s' in '%s'",
 521                           rrtp[nrtp].resname, rrdb);
 522             }
 523             if (bAllowOverrideRTP)
 524             {
 525                 fprintf(stderr, "\n");
 526                 fprintf(stderr, "Found another rtp entry for '%s' in '%s', ignoring this entry and keeping the one from '%s.rtp'\n",
 527                         rrtp[nrtp].resname, rrdb, rrtp[firstrtp].filebase);
 528                 /* We should free all the data for this entry.
 529                  * The current code gives a lot of dangling pointers.
 530                  */
 531                 clear_t_restp(&rrtp[nrtp]);
 532             }
 533             else
 534             {
 535                 gmx_fatal(FARGS, "Found rtp entries for '%s' in both '%s' and '%s'. If you want the first definition to override the second one, set the -rtpo option of pdb2gmx.", rrtp[nrtp].resname, rrtp[firstrtp].filebase, rrdb);
 536             }
 537         }
 538     }
 539     gmx_ffclose(in);
 540     /* give back unused memory */
 541     srenew(rrtp, nrtp);
 542
 543     fprintf(stderr, "\nSorting it all out...\n");
 544     std::sort(rrtp, rrtp+nrtp, [](const t_restp &a, const t_restp &b) {return gmx_strcasecmp(a.resname, b.resname) < 0; });
 545
 546     check_rtp(nrtp, rrtp, rrdb);
 547
 548     *nrtpptr = nrtp;
 549     *rtp     = rrtp;
 550 }
 551
 552 /************************************************************
 553  *
 554  *                  SEARCH   ROUTINES
 555  *
 556  ***********************************************************/
 557 static gmx_bool is_sign(char c)
 558 {
 559     return (c == '+' || c == '-');
 560 }
 561
 562 /* Compares if the strins match except for a sign at the end
 563  * of (only) one of the two.
 564  */
 565 static int neq_str_sign(const char *a1, const char *a2)
 566 {
 567     int l1, l2, lm;
 568
 569     l1 = (int)strlen(a1);
 570     l2 = (int)strlen(a2);
 571     lm = std::min(l1, l2);
 572
 573     if (lm >= 1 &&
 574         ((l1 == l2+1 && is_sign(a1[l1-1])) ||
 575          (l2 == l1+1 && is_sign(a2[l2-1]))) &&
 576         gmx_strncasecmp(a1, a2, lm) == 0)
 577     {
 578         return lm;
 579     }
 580     else
 581     {
 582         return 0;
 583     }
 584 }
 585
 586 char *search_rtp(const char *key, int nrtp, t_restp rtp[])
 587 {
 588     int  i, n, nbest, best, besti;
 589     char bestbuf[STRLEN];
 590
 591     nbest =  0;
 592     besti = -1;
 593     /* We want to match at least one character */
 594     best  =  1;
 595     for (i = 0; (i < nrtp); i++)
 596     {
 597         if (gmx_strcasecmp(key, rtp[i].resname) == 0)
 598         {
 599             besti = i;
 600             nbest = 1;
 601             break;
 602         }
 603         else
 604         {
 605             /* Allow a mismatch of at most a sign character (with warning) */
 606             n = neq_str_sign(key, rtp[i].resname);
 607             if (n >= best &&
 608                 n+1 >= (int)strlen(key) &&
 609                 n+1 >= (int)strlen(rtp[i].resname))
 610             {
 611                 if (n == best)
 612                 {
 613                     if (nbest == 1)
 614                     {
 615                         strcpy(bestbuf, rtp[besti].resname);
 616                     }
 617                     if (nbest >= 1)
 618                     {
 619                         strcat(bestbuf, " or ");
 620                         strcat(bestbuf, rtp[i].resname);
 621                     }
 622                 }
 623                 else
 624                 {
 625                     nbest = 0;
 626                 }
 627                 besti = i;
 628                 best  = n;
 629                 nbest++;
 630             }
 631         }
 632     }
 633     if (nbest > 1)
 634     {
 635         gmx_fatal(FARGS, "Residue '%s' not found in residue topology database, looks a bit like %s", key, bestbuf);
 636     }
 637     else if (besti == -1)
 638     {
 639         gmx_fatal(FARGS, "Residue '%s' not found in residue topology database", key);
 640     }
 641     if (gmx_strcasecmp(rtp[besti].resname, key) != 0)
 642     {
 643         fprintf(stderr,
 644                 "\nWARNING: '%s' not found in residue topology database, "
 645                 "trying to use '%s'\n\n", key, rtp[besti].resname);
 646     }
 647
 648     return rtp[besti].resname;
 649 }
 650
 651 t_restp *get_restp(const char *rtpname, int nrtp, t_restp rtp[])
 652 {
 653     int  i;
 654
 655     i = 0;
 656     while (i < nrtp && gmx_strcasecmp(rtpname, rtp[i].resname) != 0)
 657     {
 658         i++;
 659     }
 660     if (i >= nrtp)
 661     {
 662         /* This should never happen, since search_rtp should have been called
 663          * before calling get_restp.
 664          */
 665         gmx_fatal(FARGS, "Residue type '%s' not found in residue topology database", rtpname);
 666     }
 667
 668     return &rtp[i];
 669 }