src/gromacs/gmxpreprocess/readpull.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017 by the GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include <cassert>
  41 #include <cstdlib>
  42 #include <cstring>
  43
  44 #include "gromacs/domdec/localatomsetmanager.h"
  45 #include "gromacs/fileio/readinp.h"
  46 #include "gromacs/fileio/warninp.h"
  47 #include "gromacs/gmxpreprocess/readir.h"
  48 #include "gromacs/math/vec.h"
  49 #include "gromacs/mdlib/mdatoms.h"
  50 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  51 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  52 #include "gromacs/mdtypes/mdatom.h"
  53 #include "gromacs/mdtypes/pull_params.h"
  54 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  55 #include "gromacs/pulling/pull.h"
  56 #include "gromacs/topology/topology.h"
  57 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  58 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  59 #include "gromacs/utility/futil.h"
  60 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  61
  62
  63 static void string2dvec(const char buf[], dvec nums)
  64 {
  65     double dum;
  66
  67     if (sscanf(buf, "%lf%lf%lf%lf", &nums[0], &nums[1], &nums[2], &dum) != 3)
  68     {
  69         gmx_fatal(FARGS, "Expected three numbers at input line %s", buf);
  70     }
  71 }
  72
  73 static void init_pull_group(t_pull_group* pg, const char* wbuf)
  74 {
  75     double d;
  76     int    n;
  77
  78     pg->nweight = 0;
  79     while (sscanf(wbuf, "%lf %n", &d, &n) == 1)
  80     {
  81         if (pg->nweight % 100 == 0)
  82         {
  83             srenew(pg->weight, pg->nweight + 100);
  84         }
  85         pg->weight[pg->nweight++] = d;
  86         wbuf += n;
  87     }
  88 }
  89
  90 static void process_pull_dim(char* dim_buf, ivec dim, const t_pull_coord* pcrd)
  91 {
  92     int   ndim, d, nchar;
  93     char *ptr, pulldim1[STRLEN];
  94
  95     ptr  = dim_buf;
  96     ndim = 0;
  97     for (d = 0; d < DIM; d++)
  98     {
  99         if (sscanf(ptr, "%s%n", pulldim1, &nchar) != 1)
 100         {
 101             gmx_fatal(FARGS, "Less than 3 pull dimensions given in pull_dim: '%s'", dim_buf);
 102         }
 103
 104         if (gmx::equalCaseInsensitive(pulldim1, "N", 1))
 105         {
 106             dim[d] = 0;
 107         }
 108         else if (gmx::equalCaseInsensitive(pulldim1, "Y", 1))
 109         {
 110             dim[d] = 1;
 111             ndim++;
 112         }
 113         else
 114         {
 115             gmx_fatal(FARGS, "Please use Y(ES) or N(O) for pull_dim only (not %s)", pulldim1);
 116         }
 117         ptr += nchar;
 118     }
 119     if (ndim == 0)
 120     {
 121         gmx_fatal(FARGS, "All entries in pull dim are N");
 122     }
 123     if ((pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL) && (ndim < 3))
 124     {
 125         gmx_fatal(FARGS, "Pull geometry dihedral is only useful with pull-dim = Y Y Y");
 126     }
 127     if ((pcrd->eGeom == epullgANGLE || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS) && (ndim < 2))
 128     {
 129         gmx_fatal(FARGS,
 130                   "Pull geometry %s is only useful with pull-dim = Y for at least 2 dimensions",
 131                   EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 132     }
 133 }
 134
 135 static void init_pull_coord(t_pull_coord* pcrd,
 136                             int           coord_index_for_output,
 137                             char*         dim_buf,
 138                             const char*   origin_buf,
 139                             const char*   vec_buf,
 140                             warninp_t     wi)
 141 {
 142     int  m;
 143     dvec origin, vec;
 144     char buf[STRLEN];
 145
 146     if (pcrd->eType == epullCONSTRAINT
 147         && (pcrd->eGeom == epullgCYL || pcrd->eGeom == epullgDIRRELATIVE || pcrd->eGeom == epullgANGLE
 148             || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS || pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL))
 149     {
 150         gmx_fatal(FARGS,
 151                   "Pulling of type %s can not be combined with geometry %s. Consider using pull "
 152                   "type %s.",
 153                   epull_names[pcrd->eType], epullg_names[pcrd->eGeom], epull_names[epullUMBRELLA]);
 154     }
 155
 156     if (pcrd->eType == epullEXTERNAL)
 157     {
 158         if (pcrd->externalPotentialProvider[0] == '\0')
 159         {
 160             sprintf(buf,
 161                     "The use of pull type '%s' for pull coordinate %d requires that the name of "
 162                     "the module providing the potential external is set with the option %s%d%s",
 163                     epull_names[pcrd->eType], coord_index_for_output, "pull-coord",
 164                     coord_index_for_output, "-potential-provider");
 165             warning_error(wi, buf);
 166         }
 167
 168         if (pcrd->rate != 0)
 169         {
 170             sprintf(buf,
 171                     "The use of pull type '%s' for pull coordinate %d requires that the pull rate "
 172                     "is zero",
 173                     epull_names[pcrd->eType], coord_index_for_output);
 174             warning_error(wi, buf);
 175         }
 176
 177         if (pcrd->eGeom == epullgCYL)
 178         {
 179             /* Warn the user of a PBC restriction, caused by the fact that
 180              * there is no reference value with an external pull potential.
 181              */
 182             sprintf(buf,
 183                     "With pull type '%s' and geometry '%s', the distance component along the "
 184                     "cylinder axis between atoms in the cylinder group and the COM of the pull "
 185                     "group should be smaller than half the box length",
 186                     epull_names[pcrd->eType], epullg_names[pcrd->eGeom]);
 187             warning_note(wi, buf);
 188         }
 189     }
 190
 191     process_pull_dim(dim_buf, pcrd->dim, pcrd);
 192
 193     string2dvec(origin_buf, origin);
 194     if (pcrd->group[0] != 0 && dnorm(origin) > 0)
 195     {
 196         gmx_fatal(FARGS, "The pull origin can only be set with an absolute reference");
 197     }
 198
 199     /* Check the given initial reference value and warn for dangerous values */
 200     if (pcrd->eGeom == epullgDIST)
 201     {
 202         if (pcrd->bStart && pcrd->init < 0)
 203         {
 204             sprintf(buf,
 205                     "The initial reference distance set by pull-coord-init is set to a negative "
 206                     "value (%g) with geometry %s while distances need to be non-negative. "
 207                     "This may work, since you have set pull-coord-start to 'yes' which modifies "
 208                     "this value, but only for certain starting distances. "
 209                     "If this is a mistake you may want to use geometry %s instead.",
 210                     pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom), EPULLGEOM(epullgDIR));
 211             warning(wi, buf);
 212         }
 213     }
 214     else if (pcrd->eGeom == epullgANGLE || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS)
 215     {
 216         if (pcrd->bStart && (pcrd->init < 0 || pcrd->init > 180))
 217         {
 218             /* This value of pcrd->init may be ok depending on pcrd->bStart which modifies pcrd->init later on */
 219             sprintf(buf,
 220                     "The initial reference angle set by pull-coord-init (%g) is outside of the "
 221                     "allowed range [0, 180] degrees for geometry (%s). "
 222                     "This may work, since you have set pull-coord-start to 'yes' which modifies "
 223                     "this value, but only for certain starting angles.",
 224                     pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 225             warning(wi, buf);
 226         }
 227     }
 228     else if (pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL)
 229     {
 230         if (pcrd->bStart && (pcrd->init < -180 || pcrd->init > 180))
 231         {
 232             sprintf(buf,
 233                     "The initial reference angle set by pull-coord-init (%g) is outside of the "
 234                     "allowed range [-180, 180] degrees for geometry (%s). "
 235                     "This may work, since you have set pull-coord-start to 'yes' which modifies "
 236                     "this value, but only for certain starting angles.",
 237                     pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 238             warning(wi, buf);
 239         }
 240     }
 241
 242     /* Check and set the pull vector */
 243     clear_dvec(vec);
 244     string2dvec(vec_buf, vec);
 245
 246     if (pcrd->eGeom == epullgDIR || pcrd->eGeom == epullgCYL || pcrd->eGeom == epullgDIRPBC
 247         || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS)
 248     {
 249         if (dnorm2(vec) == 0)
 250         {
 251             gmx_fatal(FARGS, "With pull geometry %s the pull vector can not be 0,0,0",
 252                       epullg_names[pcrd->eGeom]);
 253         }
 254         for (int d = 0; d < DIM; d++)
 255         {
 256             if (vec[d] != 0 && pcrd->dim[d] == 0)
 257             {
 258                 gmx_fatal(FARGS,
 259                           "pull-coord-vec has non-zero %c-component while pull_dim for the "
 260                           "%c-dimension is set to N",
 261                           'x' + d, 'x' + d);
 262             }
 263         }
 264
 265         /* Normalize the direction vector */
 266         dsvmul(1 / dnorm(vec), vec, vec);
 267     }
 268     else /* This case is for are all the geometries where the pull vector is not used */
 269     {
 270         if (dnorm2(vec) > 0)
 271         {
 272             sprintf(buf,
 273                     "A pull vector is given (%g  %g  %g) but will not be used with geometry %s. If "
 274                     "you really want to use this "
 275                     "vector, consider using geometry %s instead.",
 276                     vec[0], vec[1], vec[2], EPULLGEOM(pcrd->eGeom),
 277                     pcrd->eGeom == epullgANGLE ? EPULLGEOM(epullgANGLEAXIS) : EPULLGEOM(epullgDIR));
 278             warning(wi, buf);
 279         }
 280     }
 281     for (m = 0; m < DIM; m++)
 282     {
 283         pcrd->origin[m] = origin[m];
 284         pcrd->vec[m]    = vec[m];
 285     }
 286 }
 287
 288 char** read_pullparams(std::vector<t_inpfile>* inp, pull_params_t* pull, warninp_t wi)
 289 {
 290     int    nscan, idum;
 291     char** grpbuf;
 292     char   buf[STRLEN];
 293     char   provider[STRLEN], groups[STRLEN], dim_buf[STRLEN];
 294     char   wbuf[STRLEN], origin_buf[STRLEN], vec_buf[STRLEN];
 295
 296     t_pull_group* pgrp;
 297     t_pull_coord* pcrd;
 298
 299     /* read pull parameters */
 300     printStringNoNewline(inp, "Cylinder radius for dynamic reaction force groups (nm)");
 301     pull->cylinder_r     = get_ereal(inp, "pull-cylinder-r", 1.5, wi);
 302     pull->constr_tol     = get_ereal(inp, "pull-constr-tol", 1E-6, wi);
 303     pull->bPrintCOM      = (get_eeenum(inp, "pull-print-com", yesno_names, wi) != 0);
 304     pull->bPrintRefValue = (get_eeenum(inp, "pull-print-ref-value", yesno_names, wi) != 0);
 305     pull->bPrintComp     = (get_eeenum(inp, "pull-print-components", yesno_names, wi) != 0);
 306     pull->nstxout        = get_eint(inp, "pull-nstxout", 50, wi);
 307     pull->nstfout        = get_eint(inp, "pull-nstfout", 50, wi);
 308     pull->bSetPbcRefToPrevStepCOM = (get_eeenum(inp, "pull-pbc-ref-prev-step-com", yesno_names, wi) != 0);
 309     pull->bXOutAverage            = (get_eeenum(inp, "pull-xout-average", yesno_names, wi) != 0);
 310     pull->bFOutAverage            = (get_eeenum(inp, "pull-fout-average", yesno_names, wi) != 0);
 311     printStringNoNewline(inp, "Number of pull groups");
 312     pull->ngroup = get_eint(inp, "pull-ngroups", 1, wi);
 313     printStringNoNewline(inp, "Number of pull coordinates");
 314     pull->ncoord = get_eint(inp, "pull-ncoords", 1, wi);
 315
 316     if (pull->ngroup < 1)
 317     {
 318         gmx_fatal(FARGS, "pull-ngroups should be >= 1");
 319     }
 320     /* We always add an absolute reference group (index 0), even if not used */
 321     pull->ngroup += 1;
 322
 323     if (pull->ncoord < 1)
 324     {
 325         gmx_fatal(FARGS, "pull-ncoords should be >= 1");
 326     }
 327
 328     snew(pull->group, pull->ngroup);
 329
 330     snew(pull->coord, pull->ncoord);
 331
 332     /* pull group options */
 333     printStringNoNewline(inp, "Group and coordinate parameters");
 334
 335     /* Read the pull groups */
 336     snew(grpbuf, pull->ngroup);
 337     /* Group 0 is the absolute reference, we don't read anything for 0 */
 338     for (int groupNum = 1; groupNum < pull->ngroup; groupNum++)
 339     {
 340         pgrp = &pull->group[groupNum];
 341         snew(grpbuf[groupNum], STRLEN);
 342         sprintf(buf, "pull-group%d-name", groupNum);
 343         setStringEntry(inp, buf, grpbuf[groupNum], "");
 344         sprintf(buf, "pull-group%d-weights", groupNum);
 345         setStringEntry(inp, buf, wbuf, "");
 346         sprintf(buf, "pull-group%d-pbcatom", groupNum);
 347         pgrp->pbcatom = get_eint(inp, buf, 0, wi);
 348
 349         /* Initialize the pull group */
 350         init_pull_group(pgrp, wbuf);
 351     }
 352
 353     /* Read the pull coordinates */
 354     for (int coordNum = 1; coordNum < pull->ncoord + 1; coordNum++)
 355     {
 356         pcrd = &pull->coord[coordNum - 1];
 357         sprintf(buf, "pull-coord%d-type", coordNum);
 358         pcrd->eType = get_eeenum(inp, buf, epull_names, wi);
 359         sprintf(buf, "pull-coord%d-potential-provider", coordNum);
 360         setStringEntry(inp, buf, provider, "");
 361         pcrd->externalPotentialProvider = gmx_strdup(provider);
 362         sprintf(buf, "pull-coord%d-geometry", coordNum);
 363         pcrd->eGeom = get_eeenum(inp, buf, epullg_names, wi);
 364         sprintf(buf, "pull-coord%d-groups", coordNum);
 365         setStringEntry(inp, buf, groups, "");
 366
 367         switch (pcrd->eGeom)
 368         {
 369             case epullgDIHEDRAL: pcrd->ngroup = 6; break;
 370             case epullgDIRRELATIVE:
 371             case epullgANGLE: pcrd->ngroup = 4; break;
 372             default: pcrd->ngroup = 2; break;
 373         }
 374
 375         nscan = sscanf(groups, "%d %d %d %d %d %d %d", &pcrd->group[0], &pcrd->group[1],
 376                        &pcrd->group[2], &pcrd->group[3], &pcrd->group[4], &pcrd->group[5], &idum);
 377         if (nscan != pcrd->ngroup)
 378         {
 379             auto message =
 380                     gmx::formatString("%s should contain %d pull group indices with geometry %s",
 381                                       buf, pcrd->ngroup, epullg_names[pcrd->eGeom]);
 382             set_warning_line(wi, nullptr, -1);
 383             warning_error(wi, message);
 384         }
 385         for (int g = 0; g < pcrd->ngroup; g++)
 386         {
 387             if (pcrd->group[g] < 0 || pcrd->group[g] >= pull->ngroup)
 388             {
 389                 /* Quit with a fatal error to avoid invalid memory access */
 390                 gmx_fatal(FARGS,
 391                           "%s contains an invalid pull group %d, you should have %d <= group <= %d",
 392                           buf, pcrd->group[g], 0, pull->ngroup - 1);
 393             }
 394         }
 395
 396         sprintf(buf, "pull-coord%d-dim", coordNum);
 397         setStringEntry(inp, buf, dim_buf, "Y Y Y");
 398         sprintf(buf, "pull-coord%d-origin", coordNum);
 399         setStringEntry(inp, buf, origin_buf, "0.0 0.0 0.0");
 400         sprintf(buf, "pull-coord%d-vec", coordNum);
 401         setStringEntry(inp, buf, vec_buf, "0.0 0.0 0.0");
 402         sprintf(buf, "pull-coord%d-start", coordNum);
 403         pcrd->bStart = (get_eeenum(inp, buf, yesno_names, wi) != 0);
 404         sprintf(buf, "pull-coord%d-init", coordNum);
 405         pcrd->init = get_ereal(inp, buf, 0.0, wi);
 406         sprintf(buf, "pull-coord%d-rate", coordNum);
 407         pcrd->rate = get_ereal(inp, buf, 0.0, wi);
 408         sprintf(buf, "pull-coord%d-k", coordNum);
 409         pcrd->k = get_ereal(inp, buf, 0.0, wi);
 410         sprintf(buf, "pull-coord%d-kB", coordNum);
 411         pcrd->kB = get_ereal(inp, buf, pcrd->k, wi);
 412
 413         /* Initialize the pull coordinate */
 414         init_pull_coord(pcrd, coordNum, dim_buf, origin_buf, vec_buf, wi);
 415     }
 416
 417     return grpbuf;
 418 }
 419
 420 void make_pull_groups(pull_params_t* pull, char** pgnames, const t_blocka* grps, char** gnames)
 421 {
 422     int           g, ig = -1, i;
 423     t_pull_group* pgrp;
 424
 425     /* Absolute reference group (might not be used) is special */
 426     pgrp                = &pull->group[0];
 427     pgrp->nat           = 0;
 428     pgrp->pbcatom       = -1;
 429     pgrp->pbcatom_input = -1;
 430
 431     for (g = 1; g < pull->ngroup; g++)
 432     {
 433         pgrp                = &pull->group[g];
 434         pgrp->pbcatom_input = pgrp->pbcatom;
 435
 436         if (strcmp(pgnames[g], "") == 0)
 437         {
 438             gmx_fatal(FARGS, "Pull option pull_group%d required by grompp has not been set.", g);
 439         }
 440
 441         ig        = search_string(pgnames[g], grps->nr, gnames);
 442         pgrp->nat = grps->index[ig + 1] - grps->index[ig];
 443
 444         fprintf(stderr, "Pull group %d '%s' has %d atoms\n", g, pgnames[g], pgrp->nat);
 445
 446         if (pgrp->nat == 0)
 447         {
 448             gmx_fatal(FARGS, "Pull group %d '%s' is empty", g, pgnames[g]);
 449         }
 450
 451         snew(pgrp->ind, pgrp->nat);
 452         for (i = 0; i < pgrp->nat; i++)
 453         {
 454             pgrp->ind[i] = grps->a[grps->index[ig] + i];
 455         }
 456
 457         if (pgrp->nweight > 0 && pgrp->nweight != pgrp->nat)
 458         {
 459             gmx_fatal(FARGS,
 460                       "Number of weights (%d) for pull group %d '%s' does not match the number of "
 461                       "atoms (%d)",
 462                       pgrp->nweight, g, pgnames[g], pgrp->nat);
 463         }
 464
 465         if (pgrp->nat == 1)
 466         {
 467             /* No pbc is required for this group */
 468             pgrp->pbcatom = -1;
 469         }
 470         else
 471         {
 472             if (pgrp->pbcatom > 0)
 473             {
 474                 pgrp->pbcatom -= 1;
 475             }
 476             else if (pgrp->pbcatom == 0)
 477             {
 478                 pgrp->pbcatom = pgrp->ind[(pgrp->nat - 1) / 2];
 479             }
 480             else
 481             {
 482                 /* Use cosine weighting */
 483                 pgrp->pbcatom = -1;
 484             }
 485         }
 486     }
 487 }
 488
 489 void make_pull_coords(pull_params_t* pull)
 490 {
 491     int           c;
 492     t_pull_coord* pcrd;
 493
 494     for (c = 0; c < pull->ncoord; c++)
 495     {
 496         pcrd = &pull->coord[c];
 497
 498         if (pcrd->group[0] < 0 || pcrd->group[0] >= pull->ngroup || pcrd->group[1] < 0
 499             || pcrd->group[1] >= pull->ngroup)
 500         {
 501             gmx_fatal(FARGS,
 502                       "Pull group index in pull-coord%d-groups out of range, should be between %d "
 503                       "and %d",
 504                       c + 1, 0, pull->ngroup + 1);
 505         }
 506
 507         if (pcrd->group[0] == pcrd->group[1])
 508         {
 509             gmx_fatal(FARGS, "Identical pull group indices in pull-coord%d-groups", c + 1);
 510         }
 511
 512         if (pcrd->eGeom == epullgCYL)
 513         {
 514             if (pull->group[pcrd->group[0]].nweight > 0)
 515             {
 516                 gmx_fatal(
 517                         FARGS,
 518                         "Weights are not supported for the reference group with cylinder pulling");
 519             }
 520         }
 521     }
 522 }
 523
 524 pull_t* set_pull_init(t_inputrec* ir, const gmx_mtop_t* mtop, rvec* x, matrix box, real lambda, warninp_t wi)
 525 {
 526     pull_params_t* pull;
 527     pull_t*        pull_work;
 528     t_pbc          pbc;
 529     int            c;
 530     double         t_start;
 531
 532     pull = ir->pull;
 533     gmx::LocalAtomSetManager atomSets;
 534     pull_work    = init_pull(nullptr, pull, ir, mtop, nullptr, &atomSets, lambda);
 535     auto mdAtoms = gmx::makeMDAtoms(nullptr, *mtop, *ir, false);
 536     auto md      = mdAtoms->mdatoms();
 537     atoms2md(mtop, ir, -1, nullptr, mtop->natoms, mdAtoms.get());
 538     if (ir->efep)
 539     {
 540         update_mdatoms(md, lambda);
 541     }
 542
 543     set_pbc(&pbc, ir->pbcType, box);
 544
 545     t_start = ir->init_t + ir->init_step * ir->delta_t;
 546
 547     if (pull->bSetPbcRefToPrevStepCOM)
 548     {
 549         initPullComFromPrevStep(nullptr, pull_work, md, &pbc, x);
 550     }
 551     pull_calc_coms(nullptr, pull_work, md, &pbc, t_start, x, nullptr);
 552
 553     for (int g = 0; g < pull->ngroup; g++)
 554     {
 555         bool groupObeysPbc = pullCheckPbcWithinGroup(
 556                 *pull_work, gmx::arrayRefFromArray(reinterpret_cast<gmx::RVec*>(x), mtop->natoms),
 557                 pbc, g, c_pullGroupSmallGroupThreshold);
 558         if (!groupObeysPbc)
 559         {
 560             char buf[STRLEN];
 561             if (pull->group[g].pbcatom_input == 0)
 562             {
 563                 sprintf(buf,
 564                         "When the maximum distance from a pull group reference atom to other atoms "
 565                         "in the "
 566                         "group is larger than %g times half the box size a centrally placed "
 567                         "atom should be chosen as pbcatom. Pull group %d is larger than that and "
 568                         "does not have "
 569                         "a specific atom selected as reference atom.",
 570                         c_pullGroupSmallGroupThreshold, g);
 571                 warning_error(wi, buf);
 572             }
 573             else if (!pull->bSetPbcRefToPrevStepCOM)
 574             {
 575                 sprintf(buf,
 576                         "The maximum distance from the chosen PBC atom (%d) of pull group %d to "
 577                         "other "
 578                         "atoms in the group is larger than %g times half the box size. "
 579                         "Set the pull-pbc-ref-prev-step-com option to yes.",
 580                         pull->group[g].pbcatom + 1, g, c_pullGroupSmallGroupThreshold);
 581                 warning_error(wi, buf);
 582             }
 583         }
 584         if (groupObeysPbc)
 585         {
 586             groupObeysPbc = pullCheckPbcWithinGroup(
 587                     *pull_work, gmx::arrayRefFromArray(reinterpret_cast<gmx::RVec*>(x), mtop->natoms),
 588                     pbc, g, c_pullGroupPbcMargin);
 589             if (!groupObeysPbc)
 590             {
 591                 char buf[STRLEN];
 592                 sprintf(buf,
 593                         "Pull group %d has atoms at a distance larger than %g times half the box "
 594                         "size from the PBC atom (%d). "
 595                         "If atoms are or will more beyond half the box size from the PBC atom, the "
 596                         "COM will be ill defined.",
 597                         g, c_pullGroupPbcMargin, pull->group[g].pbcatom + 1);
 598                 set_warning_line(wi, nullptr, -1);
 599                 warning(wi, buf);
 600             }
 601         }
 602     }
 603
 604     fprintf(stderr, "Pull group  natoms  pbc atom  distance at start  reference at t=0\n");
 605     for (c = 0; c < pull->ncoord; c++)
 606     {
 607         t_pull_coord* pcrd;
 608         t_pull_group *pgrp0, *pgrp1;
 609         double        value;
 610         real          init = 0;
 611
 612         pcrd = &pull->coord[c];
 613
 614         pgrp0 = &pull->group[pcrd->group[0]];
 615         pgrp1 = &pull->group[pcrd->group[1]];
 616         fprintf(stderr, "%8d  %8d  %8d\n", pcrd->group[0], pgrp0->nat, pgrp0->pbcatom + 1);
 617         fprintf(stderr, "%8d  %8d  %8d ", pcrd->group[1], pgrp1->nat, pgrp1->pbcatom + 1);
 618
 619         if (pcrd->bStart)
 620         {
 621             init       = pcrd->init;
 622             pcrd->init = 0;
 623         }
 624
 625         value = get_pull_coord_value(pull_work, c, &pbc);
 626
 627         value *= pull_conversion_factor_internal2userinput(pcrd);
 628         fprintf(stderr, " %10.3f %s", value, pull_coordinate_units(pcrd));
 629
 630         if (pcrd->bStart)
 631         {
 632             pcrd->init = value + init;
 633         }
 634
 635         if (pcrd->eGeom == epullgDIST)
 636         {
 637             if (pcrd->init < 0)
 638             {
 639                 gmx_fatal(FARGS,
 640                           "The initial pull distance (%g) needs to be non-negative with geometry "
 641                           "%s. If you want a signed distance, use geometry %s instead.",
 642                           pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom), EPULLGEOM(epullgDIR));
 643             }
 644
 645             /* TODO: With a positive init but a negative rate things could still
 646              * go wrong, but it might be fine if you don't pull too far.
 647              * We should give a warning or note when there is only one pull dim
 648              * active, since that is usually the problematic case when you should
 649              * be using direction. We will do this later, since an already planned
 650              * generalization of the pull code makes pull dim available here.
 651              */
 652         }
 653         else if (pcrd->eGeom == epullgANGLE || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS)
 654         {
 655             if (pcrd->init < 0 || pcrd->init > 180)
 656             {
 657                 gmx_fatal(FARGS,
 658                           "The initial pull reference angle (%g) is outside of the allowed range "
 659                           "[0, 180] degrees.",
 660                           pcrd->init);
 661             }
 662         }
 663         else if (pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL)
 664         {
 665             if (pcrd->init < -180 || pcrd->init > 180)
 666             {
 667                 gmx_fatal(FARGS,
 668                           "The initial pull reference angle (%g) is outside of the allowed range "
 669                           "[-180, 180] degrees.",
 670                           pcrd->init);
 671             }
 672         }
 673
 674
 675         fprintf(stderr, "     %10.3f %s\n", pcrd->init, pull_coordinate_units(pcrd));
 676     }
 677
 678     return pull_work;
 679 }