src/gromacs/gmxpreprocess/readpull.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include <assert.h>
  40 #include <stdlib.h>
  41 #include <string.h>
  42
  43 #include "gromacs/fileio/readinp.h"
  44 #include "gromacs/gmxpreprocess/readir.h"
  45 #include "gromacs/math/vec.h"
  46 #include "gromacs/mdlib/mdatoms.h"
  47 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  48 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  49 #include "gromacs/mdtypes/pull-params.h"
  50 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  51 #include "gromacs/pulling/pull.h"
  52 #include "gromacs/topology/topology.h"
  53 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  54 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  55 #include "gromacs/utility/futil.h"
  56 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  57
  58
  59 static void string2dvec(const char buf[], dvec nums)
  60 {
  61     double dum;
  62
  63     if (sscanf(buf, "%lf%lf%lf%lf", &nums[0], &nums[1], &nums[2], &dum) != 3)
  64     {
  65         gmx_fatal(FARGS, "Expected three numbers at input line %s", buf);
  66     }
  67 }
  68
  69 static void init_pull_group(t_pull_group *pg,
  70                             const char   *wbuf)
  71 {
  72     double d;
  73     int    n;
  74
  75     pg->nweight = 0;
  76     while (sscanf(wbuf, "%lf %n", &d, &n) == 1)
  77     {
  78         if (pg->nweight % 100 == 0)
  79         {
  80             srenew(pg->weight, pg->nweight+100);
  81         }
  82         pg->weight[pg->nweight++] = d;
  83         wbuf += n;
  84     }
  85 }
  86
  87 static void process_pull_dim(char *dim_buf, ivec dim, const t_pull_coord *pcrd)
  88 {
  89     int           ndim, d, nchar;
  90     char         *ptr, pulldim1[STRLEN];
  91
  92     ptr  = dim_buf;
  93     ndim = 0;
  94     for (d = 0; d < DIM; d++)
  95     {
  96         if (sscanf(ptr, "%s%n", pulldim1, &nchar) != 1)
  97         {
  98             gmx_fatal(FARGS, "Less than 3 pull dimensions given in pull_dim: '%s'",
  99                       dim_buf);
 100         }
 101
 102         if (gmx_strncasecmp(pulldim1, "N", 1) == 0)
 103         {
 104             dim[d] = 0;
 105         }
 106         else if (gmx_strncasecmp(pulldim1, "Y", 1) == 0)
 107         {
 108             dim[d] = 1;
 109             ndim++;
 110         }
 111         else
 112         {
 113             gmx_fatal(FARGS, "Please use Y(ES) or N(O) for pull_dim only (not %s)",
 114                       pulldim1);
 115         }
 116         ptr += nchar;
 117     }
 118     if (ndim == 0)
 119     {
 120         gmx_fatal(FARGS, "All entries in pull dim are N");
 121     }
 122     if ((pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL) && (ndim < 3))
 123     {
 124         gmx_fatal(FARGS, "Pull geometry dihedral is only useful with pull-dim = Y Y Y");
 125     }
 126     if ((pcrd->eGeom == epullgANGLE || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS ) && (ndim < 2))
 127     {
 128         gmx_fatal(FARGS, "Pull geometry %s is only useful with pull-dim = Y for at least 2 dimensions",
 129                   EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 130     }
 131 }
 132
 133 static void init_pull_coord(t_pull_coord *pcrd, int coord_index_for_output,
 134                             char *dim_buf,
 135                             const char *origin_buf, const char *vec_buf,
 136                             warninp_t wi)
 137 {
 138     int    m;
 139     dvec   origin, vec;
 140     char   buf[STRLEN];
 141
 142     if (pcrd->eType == epullCONSTRAINT && (pcrd->eGeom == epullgCYL ||
 143                                            pcrd->eGeom == epullgDIRRELATIVE ||
 144                                            pcrd->eGeom == epullgANGLE ||
 145                                            pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS ||
 146                                            pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL))
 147     {
 148         gmx_fatal(FARGS, "Pulling of type %s can not be combined with geometry %s. Consider using pull type %s.",
 149                   epull_names[pcrd->eType],
 150                   epullg_names[pcrd->eGeom],
 151                   epull_names[epullUMBRELLA]);
 152     }
 153
 154     if (pcrd->eType == epullEXTERNAL)
 155     {
 156         if (pcrd->externalPotentialProvider[0] == '\0')
 157         {
 158             sprintf(buf, "The use of pull type '%s' for pull coordinate %d requires that the name of the module providing the potential external is set with the option %s%d%s",
 159                     epull_names[pcrd->eType], coord_index_for_output,
 160                     "pull-coord", coord_index_for_output, "-potential-provider");
 161             warning_error(wi, buf);
 162         }
 163
 164         if (pcrd->rate != 0)
 165         {
 166             sprintf(buf, "The use of pull type '%s' for pull coordinate %d requires that the pull rate is zero",
 167                     epull_names[pcrd->eType], coord_index_for_output);
 168             warning_error(wi, buf);
 169         }
 170
 171         if (pcrd->eGeom == epullgCYL)
 172         {
 173             /* Warn the user of a PBC restriction, caused by the fact that
 174              * there is no reference value with an external pull potential.
 175              */
 176             sprintf(buf, "With pull type '%s' and geometry '%s', the distance component along the cylinder axis between atoms in the cylinder group and the COM of the pull group should be smaller than half the box length",
 177                     epull_names[pcrd->eType], epullg_names[pcrd->eGeom]);
 178             warning_note(wi, buf);
 179         }
 180     }
 181
 182     process_pull_dim(dim_buf, pcrd->dim, pcrd);
 183
 184     string2dvec(origin_buf, origin);
 185     if (pcrd->group[0] != 0 && dnorm(origin) > 0)
 186     {
 187         gmx_fatal(FARGS, "The pull origin can only be set with an absolute reference");
 188     }
 189
 190     /* Check the given initial reference value and warn for dangerous values */
 191     if (pcrd->eGeom == epullgDIST)
 192     {
 193         if (pcrd->bStart && pcrd->init < 0)
 194         {
 195             sprintf(buf, "The initial reference distance set by pull-coord-init is set to a negative value (%g) with geometry %s while distances need to be non-negative. "
 196                     "This may work, since you have set pull-coord-start to 'yes' which modifies this value, but only for certain starting distances. "
 197                     "If this is a mistake you may want to use geometry %s instead.",
 198                     pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom), EPULLGEOM(epullgDIR));
 199             warning(wi, buf);
 200         }
 201     }
 202     else if (pcrd->eGeom == epullgANGLE || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS)
 203     {
 204         if (pcrd->bStart && (pcrd->init < 0 || pcrd->init > 180))
 205         {
 206             /* This value of pcrd->init may be ok depending on pcrd->bStart which modifies pcrd->init later on */
 207             sprintf(buf, "The initial reference angle set by pull-coord-init (%g) is outside of the allowed range [0, 180] degrees for geometry (%s). "
 208                     "This may work, since you have set pull-coord-start to 'yes' which modifies this value, but only for certain starting angles.",
 209                     pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 210             warning(wi, buf);
 211         }
 212     }
 213     else if (pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL)
 214     {
 215         if (pcrd->bStart && (pcrd->init < -180 || pcrd->init > 180))
 216         {
 217             sprintf(buf, "The initial reference angle set by pull-coord-init (%g) is outside of the allowed range [-180, 180] degrees for geometry (%s). "
 218                     "This may work, since you have set pull-coord-start to 'yes' which modifies this value, but only for certain starting angles.",
 219                     pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 220             warning(wi, buf);
 221         }
 222     }
 223
 224     /* Check and set the pull vector */
 225     clear_dvec(vec);
 226     string2dvec(vec_buf, vec);
 227
 228     if (pcrd->eGeom == epullgDIR || pcrd->eGeom == epullgCYL || pcrd->eGeom == epullgDIRPBC || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS)
 229     {
 230         if (dnorm2(vec) == 0)
 231         {
 232             gmx_fatal(FARGS, "With pull geometry %s the pull vector can not be 0,0,0",
 233                       epullg_names[pcrd->eGeom]);
 234         }
 235         for (int d = 0; d < DIM; d++)
 236         {
 237             if (vec[d] != 0 && pcrd->dim[d] == 0)
 238             {
 239                 gmx_fatal(FARGS, "pull-coord-vec has non-zero %c-component while pull_dim for the %c-dimension is set to N", 'x'+d, 'x'+d);
 240             }
 241         }
 242
 243         /* Normalize the direction vector */
 244         dsvmul(1/dnorm(vec), vec, vec);
 245     }
 246     else /* This case is for are all the geometries where the pull vector is not used */
 247     {
 248         if (dnorm2(vec) > 0)
 249         {
 250             sprintf(buf, "A pull vector is given (%g  %g  %g) but will not be used with geometry %s. If you really want to use this "
 251                     "vector, consider using geometry %s instead.",
 252                     vec[0], vec[1], vec[2], EPULLGEOM(pcrd->eGeom),
 253                     pcrd->eGeom == epullgANGLE ? EPULLGEOM(epullgANGLEAXIS) : EPULLGEOM(epullgDIR));
 254             warning(wi, buf);
 255         }
 256     }
 257     for (m = 0; m < DIM; m++)
 258     {
 259         pcrd->origin[m] = origin[m];
 260         pcrd->vec[m]    = vec[m];
 261     }
 262 }
 263
 264 char **read_pullparams(int *ninp_p, t_inpfile **inp_p,
 265                        pull_params_t *pull,
 266                        warninp_t wi)
 267 {
 268     int           ninp, nscan, idum;
 269     t_inpfile    *inp;
 270     const char   *tmp;
 271     char        **grpbuf;
 272     char          buf[STRLEN];
 273     char          provider[STRLEN], groups[STRLEN], dim_buf[STRLEN];
 274     char          wbuf[STRLEN], origin_buf[STRLEN], vec_buf[STRLEN];
 275
 276     t_pull_group *pgrp;
 277     t_pull_coord *pcrd;
 278
 279     ninp   = *ninp_p;
 280     inp    = *inp_p;
 281
 282     /* read pull parameters */
 283     CTYPE("Cylinder radius for dynamic reaction force groups (nm)");
 284     RTYPE("pull-cylinder-r",  pull->cylinder_r, 1.5);
 285     RTYPE("pull-constr-tol",  pull->constr_tol, 1E-6);
 286     EETYPE("pull-print-com", pull->bPrintCOM, yesno_names);
 287     EETYPE("pull-print-ref-value", pull->bPrintRefValue, yesno_names);
 288     EETYPE("pull-print-components", pull->bPrintComp, yesno_names);
 289     ITYPE("pull-nstxout",     pull->nstxout, 50);
 290     ITYPE("pull-nstfout",     pull->nstfout, 50);
 291     CTYPE("Number of pull groups");
 292     ITYPE("pull-ngroups",     pull->ngroup, 1);
 293     CTYPE("Number of pull coordinates");
 294     ITYPE("pull-ncoords",     pull->ncoord, 1);
 295
 296     if (pull->ngroup < 1)
 297     {
 298         gmx_fatal(FARGS, "pull-ngroups should be >= 1");
 299     }
 300     /* We always add an absolute reference group (index 0), even if not used */
 301     pull->ngroup += 1;
 302
 303     if (pull->ncoord < 1)
 304     {
 305         gmx_fatal(FARGS, "pull-ncoords should be >= 1");
 306     }
 307
 308     snew(pull->group, pull->ngroup);
 309
 310     snew(pull->coord, pull->ncoord);
 311
 312     /* pull group options */
 313     CTYPE("Group and coordinate parameters");
 314
 315     /* Read the pull groups */
 316     snew(grpbuf, pull->ngroup);
 317     /* Group 0 is the absolute reference, we don't read anything for 0 */
 318     for (int groupNum = 1; groupNum < pull->ngroup; groupNum++)
 319     {
 320         pgrp = &pull->group[groupNum];
 321         snew(grpbuf[groupNum], STRLEN);
 322         sprintf(buf, "pull-group%d-name", groupNum);
 323         STYPE(buf,              grpbuf[groupNum], "");
 324         sprintf(buf, "pull-group%d-weights", groupNum);
 325         STYPE(buf,              wbuf, "");
 326         sprintf(buf, "pull-group%d-pbcatom", groupNum);
 327         ITYPE(buf,              pgrp->pbcatom, 0);
 328
 329         /* Initialize the pull group */
 330         init_pull_group(pgrp, wbuf);
 331     }
 332
 333     /* Read the pull coordinates */
 334     for (int coordNum = 1; coordNum < pull->ncoord + 1; coordNum++)
 335     {
 336         pcrd = &pull->coord[coordNum - 1];
 337         sprintf(buf, "pull-coord%d-type", coordNum);
 338         EETYPE(buf,             pcrd->eType, epull_names);
 339         sprintf(buf, "pull-coord%d-potential-provider", coordNum);
 340         STYPE(buf,              provider, "");
 341         pcrd->externalPotentialProvider = gmx_strdup(provider);
 342         sprintf(buf, "pull-coord%d-geometry", coordNum);
 343         EETYPE(buf,             pcrd->eGeom, epullg_names);
 344         sprintf(buf, "pull-coord%d-groups", coordNum);
 345         STYPE(buf,              groups, "");
 346
 347         switch (pcrd->eGeom)
 348         {
 349             case epullgDIHEDRAL:
 350                 pcrd->ngroup = 6; break;
 351             case epullgDIRRELATIVE:
 352             case epullgANGLE:
 353                 pcrd->ngroup = 4; break;
 354             default:
 355                 pcrd->ngroup = 2; break;
 356         }
 357
 358         nscan = sscanf(groups, "%d %d %d %d %d %d %d",
 359                        &pcrd->group[0], &pcrd->group[1], &pcrd->group[2], &pcrd->group[3],
 360                        &pcrd->group[4], &pcrd->group[5], &idum);
 361         if (nscan != pcrd->ngroup)
 362         {
 363             sprintf(wbuf, "%s should contain %d pull group indices with geometry %s",
 364                     buf, pcrd->ngroup, epullg_names[pcrd->eGeom]);
 365             set_warning_line(wi, NULL, -1);
 366             warning_error(wi, wbuf);
 367         }
 368         for (int g = 0; g < pcrd->ngroup; g++)
 369         {
 370             if (pcrd->group[g] < 0 || pcrd->group[g] >= pull->ngroup)
 371             {
 372                 /* Quit with a fatal error to avoid invalid memory access */
 373                 gmx_fatal(FARGS, "%s contains an invalid pull group %d, you should have %d <= group <= %d",
 374                           buf, pcrd->group[g], 0, pull->ngroup - 1);
 375             }
 376         }
 377
 378         sprintf(buf, "pull-coord%d-dim", coordNum);
 379         STYPE(buf,              dim_buf,     "Y Y Y");
 380         sprintf(buf, "pull-coord%d-origin", coordNum);
 381         STYPE(buf,              origin_buf,  "0.0 0.0 0.0");
 382         sprintf(buf, "pull-coord%d-vec", coordNum);
 383         STYPE(buf,              vec_buf,     "0.0 0.0 0.0");
 384         sprintf(buf, "pull-coord%d-start", coordNum);
 385         EETYPE(buf,             pcrd->bStart, yesno_names);
 386         sprintf(buf, "pull-coord%d-init", coordNum);
 387         RTYPE(buf,              pcrd->init,  0.0);
 388         sprintf(buf, "pull-coord%d-rate", coordNum);
 389         RTYPE(buf,              pcrd->rate,  0.0);
 390         sprintf(buf, "pull-coord%d-k", coordNum);
 391         RTYPE(buf,              pcrd->k,     0.0);
 392         sprintf(buf, "pull-coord%d-kB", coordNum);
 393         RTYPE(buf,              pcrd->kB,    pcrd->k);
 394
 395         /* Initialize the pull coordinate */
 396         init_pull_coord(pcrd, coordNum, dim_buf, origin_buf, vec_buf, wi);
 397     }
 398
 399     *ninp_p   = ninp;
 400     *inp_p    = inp;
 401
 402     return grpbuf;
 403 }
 404
 405 void make_pull_groups(pull_params_t *pull,
 406                       char **pgnames,
 407                       const t_blocka *grps, char **gnames)
 408 {
 409     int           g, ig = -1, i;
 410     t_pull_group *pgrp;
 411
 412     /* Absolute reference group (might not be used) is special */
 413     pgrp          = &pull->group[0];
 414     pgrp->nat     = 0;
 415     pgrp->pbcatom = -1;
 416
 417     for (g = 1; g < pull->ngroup; g++)
 418     {
 419         pgrp = &pull->group[g];
 420
 421         if (strcmp(pgnames[g], "") == 0)
 422         {
 423             gmx_fatal(FARGS, "Pull option pull_group%d required by grompp has not been set.", g);
 424         }
 425
 426         ig        = search_string(pgnames[g], grps->nr, gnames);
 427         pgrp->nat = grps->index[ig+1] - grps->index[ig];
 428
 429         fprintf(stderr, "Pull group %d '%s' has %d atoms\n",
 430                 g, pgnames[g], pgrp->nat);
 431
 432         if (pgrp->nat == 0)
 433         {
 434             gmx_fatal(FARGS, "Pull group %d '%s' is empty", g, pgnames[g]);
 435         }
 436
 437         snew(pgrp->ind, pgrp->nat);
 438         for (i = 0; i < pgrp->nat; i++)
 439         {
 440             pgrp->ind[i] = grps->a[grps->index[ig]+i];
 441         }
 442
 443         if (pgrp->nweight > 0 && pgrp->nweight != pgrp->nat)
 444         {
 445             gmx_fatal(FARGS, "Number of weights (%d) for pull group %d '%s' does not match the number of atoms (%d)",
 446                       pgrp->nweight, g, pgnames[g], pgrp->nat);
 447         }
 448
 449         if (pgrp->nat == 1)
 450         {
 451             /* No pbc is required for this group */
 452             pgrp->pbcatom = -1;
 453         }
 454         else
 455         {
 456             if (pgrp->pbcatom > 0)
 457             {
 458                 pgrp->pbcatom -= 1;
 459             }
 460             else if (pgrp->pbcatom == 0)
 461             {
 462                 pgrp->pbcatom = pgrp->ind[(pgrp->nat-1)/2];
 463             }
 464             else
 465             {
 466                 /* Use cosine weighting */
 467                 pgrp->pbcatom = -1;
 468             }
 469         }
 470     }
 471 }
 472
 473 void make_pull_coords(pull_params_t *pull)
 474 {
 475     int           c;
 476     t_pull_coord *pcrd;
 477
 478     for (c = 0; c < pull->ncoord; c++)
 479     {
 480         pcrd = &pull->coord[c];
 481
 482         if (pcrd->group[0] < 0 || pcrd->group[0] >= pull->ngroup ||
 483             pcrd->group[1] < 0 || pcrd->group[1] >= pull->ngroup)
 484         {
 485             gmx_fatal(FARGS, "Pull group index in pull-coord%d-groups out of range, should be between %d and %d", c+1, 0, pull->ngroup+1);
 486         }
 487
 488         if (pcrd->group[0] == pcrd->group[1])
 489         {
 490             gmx_fatal(FARGS, "Identical pull group indices in pull-coord%d-groups", c+1);
 491         }
 492
 493         if (pcrd->eGeom == epullgCYL)
 494         {
 495             if (pull->group[pcrd->group[0]].nweight > 0)
 496             {
 497                 gmx_fatal(FARGS, "Weights are not supported for the reference group with cylinder pulling");
 498             }
 499         }
 500     }
 501 }
 502
 503 pull_t *set_pull_init(t_inputrec *ir, const gmx_mtop_t *mtop,
 504                       rvec *x, matrix box, real lambda,
 505                       const gmx_output_env_t *oenv)
 506 {
 507     pull_params_t *pull;
 508     pull_t        *pull_work;
 509     t_mdatoms     *md;
 510     t_pbc          pbc;
 511     int            c;
 512     double         t_start;
 513
 514     pull      = ir->pull;
 515     pull_work = init_pull(NULL, pull, ir, 0, NULL, mtop, NULL, oenv, lambda, FALSE, 0);
 516     md        = init_mdatoms(NULL, mtop, ir->efep);
 517     atoms2md(mtop, ir, 0, NULL, mtop->natoms, md);
 518     if (ir->efep)
 519     {
 520         update_mdatoms(md, lambda);
 521     }
 522
 523     set_pbc(&pbc, ir->ePBC, box);
 524
 525     t_start = ir->init_t + ir->init_step*ir->delta_t;
 526
 527     pull_calc_coms(NULL, pull_work, md, &pbc, t_start, x, NULL);
 528
 529     fprintf(stderr, "Pull group  natoms  pbc atom  distance at start  reference at t=0\n");
 530     for (c = 0; c < pull->ncoord; c++)
 531     {
 532         t_pull_coord *pcrd;
 533         t_pull_group *pgrp0, *pgrp1;
 534         double        value;
 535         real          init = 0;
 536
 537         pcrd  = &pull->coord[c];
 538
 539         pgrp0 = &pull->group[pcrd->group[0]];
 540         pgrp1 = &pull->group[pcrd->group[1]];
 541         fprintf(stderr, "%8d  %8d  %8d\n",
 542                 pcrd->group[0], pgrp0->nat, pgrp0->pbcatom+1);
 543         fprintf(stderr, "%8d  %8d  %8d ",
 544                 pcrd->group[1], pgrp1->nat, pgrp1->pbcatom+1);
 545
 546         if (pcrd->bStart)
 547         {
 548             init       = pcrd->init;
 549             pcrd->init = 0;
 550         }
 551
 552         get_pull_coord_value(pull_work, c, &pbc, &value);
 553
 554         value *= pull_conversion_factor_internal2userinput(pcrd);
 555         fprintf(stderr, " %10.3f %s", value, pull_coordinate_units(pcrd));
 556
 557         if (pcrd->bStart)
 558         {
 559             pcrd->init = value + init;
 560         }
 561
 562         if (pcrd->eGeom == epullgDIST)
 563         {
 564             if (pcrd->init < 0)
 565             {
 566                 gmx_fatal(FARGS, "The initial pull distance (%g) needs to be non-negative with geometry %s. If you want a signed distance, use geometry %s instead.",
 567                           pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom), EPULLGEOM(epullgDIR));
 568             }
 569
 570             /* TODO: With a positive init but a negative rate things could still
 571              * go wrong, but it might be fine if you don't pull too far.
 572              * We should give a warning or note when there is only one pull dim
 573              * active, since that is usually the problematic case when you should
 574              * be using direction. We will do this later, since an already planned
 575              * generalization of the pull code makes pull dim available here.
 576              */
 577         }
 578         else if (pcrd->eGeom == epullgANGLE || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS)
 579         {
 580             if (pcrd->init < 0 || pcrd->init > 180)
 581             {
 582                 gmx_fatal(FARGS,  "The initial pull reference angle (%g) is outside of the allowed range [0, 180] degrees.", pcrd->init);
 583             }
 584         }
 585         else if (pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL)
 586         {
 587             if (pcrd->init < -180 || pcrd->init > 180)
 588             {
 589                 gmx_fatal(FARGS,  "The initial pull reference angle (%g) is outside of the allowed range [-180, 180] degrees.",
 590                           pcrd->init);
 591             }
 592         }
 593
 594
 595         fprintf(stderr, "     %10.3f %s\n", pcrd->init, pull_coordinate_units(pcrd));
 596     }
 597
 598     return pull_work;
 599 }