src/gromacs/gmxpreprocess/readpull.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017 by the GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include <cassert>
  41 #include <cstdlib>
  42 #include <cstring>
  43
  44 #include "gromacs/domdec/localatomsetmanager.h"
  45 #include "gromacs/fileio/readinp.h"
  46 #include "gromacs/fileio/warninp.h"
  47 #include "gromacs/gmxpreprocess/readir.h"
  48 #include "gromacs/math/vec.h"
  49 #include "gromacs/mdlib/mdatoms.h"
  50 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  51 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  52 #include "gromacs/mdtypes/pull_params.h"
  53 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  54 #include "gromacs/pulling/pull.h"
  55 #include "gromacs/topology/topology.h"
  56 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  57 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  58 #include "gromacs/utility/futil.h"
  59 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  60
  61
  62 static void string2dvec(const char buf[], dvec nums)
  63 {
  64     double dum;
  65
  66     if (sscanf(buf, "%lf%lf%lf%lf", &nums[0], &nums[1], &nums[2], &dum) != 3)
  67     {
  68         gmx_fatal(FARGS, "Expected three numbers at input line %s", buf);
  69     }
  70 }
  71
  72 static void init_pull_group(t_pull_group* pg, const char* wbuf)
  73 {
  74     double d;
  75     int    n;
  76
  77     pg->nweight = 0;
  78     while (sscanf(wbuf, "%lf %n", &d, &n) == 1)
  79     {
  80         if (pg->nweight % 100 == 0)
  81         {
  82             srenew(pg->weight, pg->nweight + 100);
  83         }
  84         pg->weight[pg->nweight++] = d;
  85         wbuf += n;
  86     }
  87 }
  88
  89 static void process_pull_dim(char* dim_buf, ivec dim, const t_pull_coord* pcrd)
  90 {
  91     int   ndim, d, nchar;
  92     char *ptr, pulldim1[STRLEN];
  93
  94     ptr  = dim_buf;
  95     ndim = 0;
  96     for (d = 0; d < DIM; d++)
  97     {
  98         if (sscanf(ptr, "%s%n", pulldim1, &nchar) != 1)
  99         {
 100             gmx_fatal(FARGS, "Less than 3 pull dimensions given in pull_dim: '%s'", dim_buf);
 101         }
 102
 103         if (gmx::equalCaseInsensitive(pulldim1, "N", 1))
 104         {
 105             dim[d] = 0;
 106         }
 107         else if (gmx::equalCaseInsensitive(pulldim1, "Y", 1))
 108         {
 109             dim[d] = 1;
 110             ndim++;
 111         }
 112         else
 113         {
 114             gmx_fatal(FARGS, "Please use Y(ES) or N(O) for pull_dim only (not %s)", pulldim1);
 115         }
 116         ptr += nchar;
 117     }
 118     if (ndim == 0)
 119     {
 120         gmx_fatal(FARGS, "All entries in pull dim are N");
 121     }
 122     if ((pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL) && (ndim < 3))
 123     {
 124         gmx_fatal(FARGS, "Pull geometry dihedral is only useful with pull-dim = Y Y Y");
 125     }
 126     if ((pcrd->eGeom == epullgANGLE || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS) && (ndim < 2))
 127     {
 128         gmx_fatal(FARGS,
 129                   "Pull geometry %s is only useful with pull-dim = Y for at least 2 dimensions",
 130                   EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 131     }
 132 }
 133
 134 static void init_pull_coord(t_pull_coord* pcrd,
 135                             int           coord_index_for_output,
 136                             char*         dim_buf,
 137                             const char*   origin_buf,
 138                             const char*   vec_buf,
 139                             warninp_t     wi)
 140 {
 141     int  m;
 142     dvec origin, vec;
 143     char buf[STRLEN];
 144
 145     if (pcrd->eType == epullCONSTRAINT
 146         && (pcrd->eGeom == epullgCYL || pcrd->eGeom == epullgDIRRELATIVE || pcrd->eGeom == epullgANGLE
 147             || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS || pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL))
 148     {
 149         gmx_fatal(FARGS,
 150                   "Pulling of type %s can not be combined with geometry %s. Consider using pull "
 151                   "type %s.",
 152                   epull_names[pcrd->eType], epullg_names[pcrd->eGeom], epull_names[epullUMBRELLA]);
 153     }
 154
 155     if (pcrd->eType == epullEXTERNAL)
 156     {
 157         if (pcrd->externalPotentialProvider[0] == '\0')
 158         {
 159             sprintf(buf,
 160                     "The use of pull type '%s' for pull coordinate %d requires that the name of "
 161                     "the module providing the potential external is set with the option %s%d%s",
 162                     epull_names[pcrd->eType], coord_index_for_output, "pull-coord",
 163                     coord_index_for_output, "-potential-provider");
 164             warning_error(wi, buf);
 165         }
 166
 167         if (pcrd->rate != 0)
 168         {
 169             sprintf(buf,
 170                     "The use of pull type '%s' for pull coordinate %d requires that the pull rate "
 171                     "is zero",
 172                     epull_names[pcrd->eType], coord_index_for_output);
 173             warning_error(wi, buf);
 174         }
 175
 176         if (pcrd->eGeom == epullgCYL)
 177         {
 178             /* Warn the user of a PBC restriction, caused by the fact that
 179              * there is no reference value with an external pull potential.
 180              */
 181             sprintf(buf,
 182                     "With pull type '%s' and geometry '%s', the distance component along the "
 183                     "cylinder axis between atoms in the cylinder group and the COM of the pull "
 184                     "group should be smaller than half the box length",
 185                     epull_names[pcrd->eType], epullg_names[pcrd->eGeom]);
 186             warning_note(wi, buf);
 187         }
 188     }
 189
 190     process_pull_dim(dim_buf, pcrd->dim, pcrd);
 191
 192     string2dvec(origin_buf, origin);
 193     if (pcrd->group[0] != 0 && dnorm(origin) > 0)
 194     {
 195         gmx_fatal(FARGS, "The pull origin can only be set with an absolute reference");
 196     }
 197
 198     /* Check the given initial reference value and warn for dangerous values */
 199     if (pcrd->eGeom == epullgDIST)
 200     {
 201         if (pcrd->bStart && pcrd->init < 0)
 202         {
 203             sprintf(buf,
 204                     "The initial reference distance set by pull-coord-init is set to a negative "
 205                     "value (%g) with geometry %s while distances need to be non-negative. "
 206                     "This may work, since you have set pull-coord-start to 'yes' which modifies "
 207                     "this value, but only for certain starting distances. "
 208                     "If this is a mistake you may want to use geometry %s instead.",
 209                     pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom), EPULLGEOM(epullgDIR));
 210             warning(wi, buf);
 211         }
 212     }
 213     else if (pcrd->eGeom == epullgANGLE || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS)
 214     {
 215         if (pcrd->bStart && (pcrd->init < 0 || pcrd->init > 180))
 216         {
 217             /* This value of pcrd->init may be ok depending on pcrd->bStart which modifies pcrd->init later on */
 218             sprintf(buf,
 219                     "The initial reference angle set by pull-coord-init (%g) is outside of the "
 220                     "allowed range [0, 180] degrees for geometry (%s). "
 221                     "This may work, since you have set pull-coord-start to 'yes' which modifies "
 222                     "this value, but only for certain starting angles.",
 223                     pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 224             warning(wi, buf);
 225         }
 226     }
 227     else if (pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL)
 228     {
 229         if (pcrd->bStart && (pcrd->init < -180 || pcrd->init > 180))
 230         {
 231             sprintf(buf,
 232                     "The initial reference angle set by pull-coord-init (%g) is outside of the "
 233                     "allowed range [-180, 180] degrees for geometry (%s). "
 234                     "This may work, since you have set pull-coord-start to 'yes' which modifies "
 235                     "this value, but only for certain starting angles.",
 236                     pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 237             warning(wi, buf);
 238         }
 239     }
 240
 241     /* Check and set the pull vector */
 242     clear_dvec(vec);
 243     string2dvec(vec_buf, vec);
 244
 245     if (pcrd->eGeom == epullgDIR || pcrd->eGeom == epullgCYL || pcrd->eGeom == epullgDIRPBC
 246         || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS)
 247     {
 248         if (dnorm2(vec) == 0)
 249         {
 250             gmx_fatal(FARGS, "With pull geometry %s the pull vector can not be 0,0,0",
 251                       epullg_names[pcrd->eGeom]);
 252         }
 253         for (int d = 0; d < DIM; d++)
 254         {
 255             if (vec[d] != 0 && pcrd->dim[d] == 0)
 256             {
 257                 gmx_fatal(FARGS,
 258                           "pull-coord-vec has non-zero %c-component while pull_dim for the "
 259                           "%c-dimension is set to N",
 260                           'x' + d, 'x' + d);
 261             }
 262         }
 263
 264         /* Normalize the direction vector */
 265         dsvmul(1 / dnorm(vec), vec, vec);
 266     }
 267     else /* This case is for are all the geometries where the pull vector is not used */
 268     {
 269         if (dnorm2(vec) > 0)
 270         {
 271             sprintf(buf,
 272                     "A pull vector is given (%g  %g  %g) but will not be used with geometry %s. If "
 273                     "you really want to use this "
 274                     "vector, consider using geometry %s instead.",
 275                     vec[0], vec[1], vec[2], EPULLGEOM(pcrd->eGeom),
 276                     pcrd->eGeom == epullgANGLE ? EPULLGEOM(epullgANGLEAXIS) : EPULLGEOM(epullgDIR));
 277             warning(wi, buf);
 278         }
 279     }
 280     for (m = 0; m < DIM; m++)
 281     {
 282         pcrd->origin[m] = origin[m];
 283         pcrd->vec[m]    = vec[m];
 284     }
 285 }
 286
 287 char** read_pullparams(std::vector<t_inpfile>* inp, pull_params_t* pull, warninp_t wi)
 288 {
 289     int    nscan, idum;
 290     char** grpbuf;
 291     char   buf[STRLEN];
 292     char   provider[STRLEN], groups[STRLEN], dim_buf[STRLEN];
 293     char   wbuf[STRLEN], origin_buf[STRLEN], vec_buf[STRLEN];
 294
 295     t_pull_group* pgrp;
 296     t_pull_coord* pcrd;
 297
 298     /* read pull parameters */
 299     printStringNoNewline(inp, "Cylinder radius for dynamic reaction force groups (nm)");
 300     pull->cylinder_r     = get_ereal(inp, "pull-cylinder-r", 1.5, wi);
 301     pull->constr_tol     = get_ereal(inp, "pull-constr-tol", 1E-6, wi);
 302     pull->bPrintCOM      = (get_eeenum(inp, "pull-print-com", yesno_names, wi) != 0);
 303     pull->bPrintRefValue = (get_eeenum(inp, "pull-print-ref-value", yesno_names, wi) != 0);
 304     pull->bPrintComp     = (get_eeenum(inp, "pull-print-components", yesno_names, wi) != 0);
 305     pull->nstxout        = get_eint(inp, "pull-nstxout", 50, wi);
 306     pull->nstfout        = get_eint(inp, "pull-nstfout", 50, wi);
 307     pull->bSetPbcRefToPrevStepCOM = (get_eeenum(inp, "pull-pbc-ref-prev-step-com", yesno_names, wi) != 0);
 308     pull->bXOutAverage            = (get_eeenum(inp, "pull-xout-average", yesno_names, wi) != 0);
 309     pull->bFOutAverage            = (get_eeenum(inp, "pull-fout-average", yesno_names, wi) != 0);
 310     printStringNoNewline(inp, "Number of pull groups");
 311     pull->ngroup = get_eint(inp, "pull-ngroups", 1, wi);
 312     printStringNoNewline(inp, "Number of pull coordinates");
 313     pull->ncoord = get_eint(inp, "pull-ncoords", 1, wi);
 314
 315     if (pull->ngroup < 1)
 316     {
 317         gmx_fatal(FARGS, "pull-ngroups should be >= 1");
 318     }
 319     /* We always add an absolute reference group (index 0), even if not used */
 320     pull->ngroup += 1;
 321
 322     if (pull->ncoord < 1)
 323     {
 324         gmx_fatal(FARGS, "pull-ncoords should be >= 1");
 325     }
 326
 327     snew(pull->group, pull->ngroup);
 328
 329     snew(pull->coord, pull->ncoord);
 330
 331     /* pull group options */
 332     printStringNoNewline(inp, "Group and coordinate parameters");
 333
 334     /* Read the pull groups */
 335     snew(grpbuf, pull->ngroup);
 336     /* Group 0 is the absolute reference, we don't read anything for 0 */
 337     for (int groupNum = 1; groupNum < pull->ngroup; groupNum++)
 338     {
 339         pgrp = &pull->group[groupNum];
 340         snew(grpbuf[groupNum], STRLEN);
 341         sprintf(buf, "pull-group%d-name", groupNum);
 342         setStringEntry(inp, buf, grpbuf[groupNum], "");
 343         sprintf(buf, "pull-group%d-weights", groupNum);
 344         setStringEntry(inp, buf, wbuf, "");
 345         sprintf(buf, "pull-group%d-pbcatom", groupNum);
 346         pgrp->pbcatom = get_eint(inp, buf, 0, wi);
 347
 348         /* Initialize the pull group */
 349         init_pull_group(pgrp, wbuf);
 350     }
 351
 352     /* Read the pull coordinates */
 353     for (int coordNum = 1; coordNum < pull->ncoord + 1; coordNum++)
 354     {
 355         pcrd = &pull->coord[coordNum - 1];
 356         sprintf(buf, "pull-coord%d-type", coordNum);
 357         pcrd->eType = get_eeenum(inp, buf, epull_names, wi);
 358         sprintf(buf, "pull-coord%d-potential-provider", coordNum);
 359         setStringEntry(inp, buf, provider, "");
 360         pcrd->externalPotentialProvider = gmx_strdup(provider);
 361         sprintf(buf, "pull-coord%d-geometry", coordNum);
 362         pcrd->eGeom = get_eeenum(inp, buf, epullg_names, wi);
 363         sprintf(buf, "pull-coord%d-groups", coordNum);
 364         setStringEntry(inp, buf, groups, "");
 365
 366         switch (pcrd->eGeom)
 367         {
 368             case epullgDIHEDRAL: pcrd->ngroup = 6; break;
 369             case epullgDIRRELATIVE:
 370             case epullgANGLE: pcrd->ngroup = 4; break;
 371             default: pcrd->ngroup = 2; break;
 372         }
 373
 374         nscan = sscanf(groups, "%d %d %d %d %d %d %d", &pcrd->group[0], &pcrd->group[1],
 375                        &pcrd->group[2], &pcrd->group[3], &pcrd->group[4], &pcrd->group[5], &idum);
 376         if (nscan != pcrd->ngroup)
 377         {
 378             auto message =
 379                     gmx::formatString("%s should contain %d pull group indices with geometry %s",
 380                                       buf, pcrd->ngroup, epullg_names[pcrd->eGeom]);
 381             set_warning_line(wi, nullptr, -1);
 382             warning_error(wi, message);
 383         }
 384         for (int g = 0; g < pcrd->ngroup; g++)
 385         {
 386             if (pcrd->group[g] < 0 || pcrd->group[g] >= pull->ngroup)
 387             {
 388                 /* Quit with a fatal error to avoid invalid memory access */
 389                 gmx_fatal(FARGS,
 390                           "%s contains an invalid pull group %d, you should have %d <= group <= %d",
 391                           buf, pcrd->group[g], 0, pull->ngroup - 1);
 392             }
 393         }
 394
 395         sprintf(buf, "pull-coord%d-dim", coordNum);
 396         setStringEntry(inp, buf, dim_buf, "Y Y Y");
 397         sprintf(buf, "pull-coord%d-origin", coordNum);
 398         setStringEntry(inp, buf, origin_buf, "0.0 0.0 0.0");
 399         sprintf(buf, "pull-coord%d-vec", coordNum);
 400         setStringEntry(inp, buf, vec_buf, "0.0 0.0 0.0");
 401         sprintf(buf, "pull-coord%d-start", coordNum);
 402         pcrd->bStart = (get_eeenum(inp, buf, yesno_names, wi) != 0);
 403         sprintf(buf, "pull-coord%d-init", coordNum);
 404         pcrd->init = get_ereal(inp, buf, 0.0, wi);
 405         sprintf(buf, "pull-coord%d-rate", coordNum);
 406         pcrd->rate = get_ereal(inp, buf, 0.0, wi);
 407         sprintf(buf, "pull-coord%d-k", coordNum);
 408         pcrd->k = get_ereal(inp, buf, 0.0, wi);
 409         sprintf(buf, "pull-coord%d-kB", coordNum);
 410         pcrd->kB = get_ereal(inp, buf, pcrd->k, wi);
 411
 412         /* Initialize the pull coordinate */
 413         init_pull_coord(pcrd, coordNum, dim_buf, origin_buf, vec_buf, wi);
 414     }
 415
 416     return grpbuf;
 417 }
 418
 419 void make_pull_groups(pull_params_t* pull, char** pgnames, const t_blocka* grps, char** gnames)
 420 {
 421     int           g, ig = -1, i;
 422     t_pull_group* pgrp;
 423
 424     /* Absolute reference group (might not be used) is special */
 425     pgrp                = &pull->group[0];
 426     pgrp->nat           = 0;
 427     pgrp->pbcatom       = -1;
 428     pgrp->pbcatom_input = -1;
 429
 430     for (g = 1; g < pull->ngroup; g++)
 431     {
 432         pgrp                = &pull->group[g];
 433         pgrp->pbcatom_input = pgrp->pbcatom;
 434
 435         if (strcmp(pgnames[g], "") == 0)
 436         {
 437             gmx_fatal(FARGS, "Pull option pull_group%d required by grompp has not been set.", g);
 438         }
 439
 440         ig        = search_string(pgnames[g], grps->nr, gnames);
 441         pgrp->nat = grps->index[ig + 1] - grps->index[ig];
 442
 443         fprintf(stderr, "Pull group %d '%s' has %d atoms\n", g, pgnames[g], pgrp->nat);
 444
 445         if (pgrp->nat == 0)
 446         {
 447             gmx_fatal(FARGS, "Pull group %d '%s' is empty", g, pgnames[g]);
 448         }
 449
 450         snew(pgrp->ind, pgrp->nat);
 451         for (i = 0; i < pgrp->nat; i++)
 452         {
 453             pgrp->ind[i] = grps->a[grps->index[ig] + i];
 454         }
 455
 456         if (pgrp->nweight > 0 && pgrp->nweight != pgrp->nat)
 457         {
 458             gmx_fatal(FARGS,
 459                       "Number of weights (%d) for pull group %d '%s' does not match the number of "
 460                       "atoms (%d)",
 461                       pgrp->nweight, g, pgnames[g], pgrp->nat);
 462         }
 463
 464         if (pgrp->nat == 1)
 465         {
 466             /* No pbc is required for this group */
 467             pgrp->pbcatom = -1;
 468         }
 469         else
 470         {
 471             if (pgrp->pbcatom > 0)
 472             {
 473                 pgrp->pbcatom -= 1;
 474             }
 475             else if (pgrp->pbcatom == 0)
 476             {
 477                 pgrp->pbcatom = pgrp->ind[(pgrp->nat - 1) / 2];
 478             }
 479             else
 480             {
 481                 /* Use cosine weighting */
 482                 pgrp->pbcatom = -1;
 483             }
 484         }
 485     }
 486 }
 487
 488 void make_pull_coords(pull_params_t* pull)
 489 {
 490     int           c;
 491     t_pull_coord* pcrd;
 492
 493     for (c = 0; c < pull->ncoord; c++)
 494     {
 495         pcrd = &pull->coord[c];
 496
 497         if (pcrd->group[0] < 0 || pcrd->group[0] >= pull->ngroup || pcrd->group[1] < 0
 498             || pcrd->group[1] >= pull->ngroup)
 499         {
 500             gmx_fatal(FARGS,
 501                       "Pull group index in pull-coord%d-groups out of range, should be between %d "
 502                       "and %d",
 503                       c + 1, 0, pull->ngroup + 1);
 504         }
 505
 506         if (pcrd->group[0] == pcrd->group[1])
 507         {
 508             gmx_fatal(FARGS, "Identical pull group indices in pull-coord%d-groups", c + 1);
 509         }
 510
 511         if (pcrd->eGeom == epullgCYL)
 512         {
 513             if (pull->group[pcrd->group[0]].nweight > 0)
 514             {
 515                 gmx_fatal(
 516                         FARGS,
 517                         "Weights are not supported for the reference group with cylinder pulling");
 518             }
 519         }
 520     }
 521 }
 522
 523 pull_t* set_pull_init(t_inputrec* ir, const gmx_mtop_t* mtop, rvec* x, matrix box, real lambda, warninp_t wi)
 524 {
 525     pull_params_t* pull;
 526     pull_t*        pull_work;
 527     t_pbc          pbc;
 528     int            c;
 529     double         t_start;
 530
 531     pull = ir->pull;
 532     gmx::LocalAtomSetManager atomSets;
 533     pull_work    = init_pull(nullptr, pull, ir, mtop, nullptr, &atomSets, lambda);
 534     auto mdAtoms = gmx::makeMDAtoms(nullptr, *mtop, *ir, false);
 535     auto md      = mdAtoms->mdatoms();
 536     atoms2md(mtop, ir, -1, nullptr, mtop->natoms, mdAtoms.get());
 537     if (ir->efep)
 538     {
 539         update_mdatoms(md, lambda);
 540     }
 541
 542     set_pbc(&pbc, ir->ePBC, box);
 543
 544     t_start = ir->init_t + ir->init_step * ir->delta_t;
 545
 546     if (pull->bSetPbcRefToPrevStepCOM)
 547     {
 548         initPullComFromPrevStep(nullptr, pull_work, md, &pbc, x);
 549     }
 550     pull_calc_coms(nullptr, pull_work, md, &pbc, t_start, x, nullptr);
 551
 552     for (int g = 0; g < pull->ngroup; g++)
 553     {
 554         bool groupObeysPbc = pullCheckPbcWithinGroup(
 555                 *pull_work, gmx::arrayRefFromArray(reinterpret_cast<gmx::RVec*>(x), mtop->natoms),
 556                 pbc, g, c_pullGroupSmallGroupThreshold);
 557         if (!groupObeysPbc)
 558         {
 559             char buf[STRLEN];
 560             if (pull->group[g].pbcatom_input == 0)
 561             {
 562                 sprintf(buf,
 563                         "When the maximum distance from a pull group reference atom to other atoms "
 564                         "in the "
 565                         "group is larger than %g times half the box size a centrally placed "
 566                         "atom should be chosen as pbcatom. Pull group %d is larger than that and "
 567                         "does not have "
 568                         "a specific atom selected as reference atom.",
 569                         c_pullGroupSmallGroupThreshold, g);
 570                 warning_error(wi, buf);
 571             }
 572             else if (!pull->bSetPbcRefToPrevStepCOM)
 573             {
 574                 sprintf(buf,
 575                         "The maximum distance from the chosen PBC atom (%d) of pull group %d to "
 576                         "other "
 577                         "atoms in the group is larger than %g times half the box size. "
 578                         "Set the pull-pbc-ref-prev-step-com option to yes.",
 579                         pull->group[g].pbcatom + 1, g, c_pullGroupSmallGroupThreshold);
 580                 warning_error(wi, buf);
 581             }
 582         }
 583         if (groupObeysPbc)
 584         {
 585             groupObeysPbc = pullCheckPbcWithinGroup(
 586                     *pull_work, gmx::arrayRefFromArray(reinterpret_cast<gmx::RVec*>(x), mtop->natoms),
 587                     pbc, g, c_pullGroupPbcMargin);
 588             if (!groupObeysPbc)
 589             {
 590                 char buf[STRLEN];
 591                 sprintf(buf,
 592                         "Pull group %d has atoms at a distance larger than %g times half the box "
 593                         "size from the PBC atom (%d). "
 594                         "If atoms are or will more beyond half the box size from the PBC atom, the "
 595                         "COM will be ill defined.",
 596                         g, c_pullGroupPbcMargin, pull->group[g].pbcatom + 1);
 597                 set_warning_line(wi, nullptr, -1);
 598                 warning(wi, buf);
 599             }
 600         }
 601     }
 602
 603     fprintf(stderr, "Pull group  natoms  pbc atom  distance at start  reference at t=0\n");
 604     for (c = 0; c < pull->ncoord; c++)
 605     {
 606         t_pull_coord* pcrd;
 607         t_pull_group *pgrp0, *pgrp1;
 608         double        value;
 609         real          init = 0;
 610
 611         pcrd = &pull->coord[c];
 612
 613         pgrp0 = &pull->group[pcrd->group[0]];
 614         pgrp1 = &pull->group[pcrd->group[1]];
 615         fprintf(stderr, "%8d  %8d  %8d\n", pcrd->group[0], pgrp0->nat, pgrp0->pbcatom + 1);
 616         fprintf(stderr, "%8d  %8d  %8d ", pcrd->group[1], pgrp1->nat, pgrp1->pbcatom + 1);
 617
 618         if (pcrd->bStart)
 619         {
 620             init       = pcrd->init;
 621             pcrd->init = 0;
 622         }
 623
 624         value = get_pull_coord_value(pull_work, c, &pbc);
 625
 626         value *= pull_conversion_factor_internal2userinput(pcrd);
 627         fprintf(stderr, " %10.3f %s", value, pull_coordinate_units(pcrd));
 628
 629         if (pcrd->bStart)
 630         {
 631             pcrd->init = value + init;
 632         }
 633
 634         if (pcrd->eGeom == epullgDIST)
 635         {
 636             if (pcrd->init < 0)
 637             {
 638                 gmx_fatal(FARGS,
 639                           "The initial pull distance (%g) needs to be non-negative with geometry "
 640                           "%s. If you want a signed distance, use geometry %s instead.",
 641                           pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom), EPULLGEOM(epullgDIR));
 642             }
 643
 644             /* TODO: With a positive init but a negative rate things could still
 645              * go wrong, but it might be fine if you don't pull too far.
 646              * We should give a warning or note when there is only one pull dim
 647              * active, since that is usually the problematic case when you should
 648              * be using direction. We will do this later, since an already planned
 649              * generalization of the pull code makes pull dim available here.
 650              */
 651         }
 652         else if (pcrd->eGeom == epullgANGLE || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS)
 653         {
 654             if (pcrd->init < 0 || pcrd->init > 180)
 655             {
 656                 gmx_fatal(FARGS,
 657                           "The initial pull reference angle (%g) is outside of the allowed range "
 658                           "[0, 180] degrees.",
 659                           pcrd->init);
 660             }
 661         }
 662         else if (pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL)
 663         {
 664             if (pcrd->init < -180 || pcrd->init > 180)
 665             {
 666                 gmx_fatal(FARGS,
 667                           "The initial pull reference angle (%g) is outside of the allowed range "
 668                           "[-180, 180] degrees.",
 669                           pcrd->init);
 670             }
 671         }
 672
 673
 674         fprintf(stderr, "     %10.3f %s\n", pcrd->init, pull_coordinate_units(pcrd));
 675     }
 676
 677     return pull_work;
 678 }