src/gromacs/gmxpreprocess/readpull.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include <cassert>
  40 #include <cstdlib>
  41 #include <cstring>
  42
  43 #include "gromacs/domdec/localatomsetmanager.h"
  44 #include "gromacs/fileio/readinp.h"
  45 #include "gromacs/fileio/warninp.h"
  46 #include "gromacs/gmxpreprocess/readir.h"
  47 #include "gromacs/math/vec.h"
  48 #include "gromacs/mdlib/mdatoms.h"
  49 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  50 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  51 #include "gromacs/mdtypes/pull_params.h"
  52 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  53 #include "gromacs/pulling/pull.h"
  54 #include "gromacs/topology/topology.h"
  55 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  56 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  57 #include "gromacs/utility/futil.h"
  58 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  59
  60
  61 static void string2dvec(const char buf[], dvec nums)
  62 {
  63     double dum;
  64
  65     if (sscanf(buf, "%lf%lf%lf%lf", &nums[0], &nums[1], &nums[2], &dum) != 3)
  66     {
  67         gmx_fatal(FARGS, "Expected three numbers at input line %s", buf);
  68     }
  69 }
  70
  71 static void init_pull_group(t_pull_group *pg,
  72                             const char   *wbuf)
  73 {
  74     double d;
  75     int    n;
  76
  77     pg->nweight = 0;
  78     while (sscanf(wbuf, "%lf %n", &d, &n) == 1)
  79     {
  80         if (pg->nweight % 100 == 0)
  81         {
  82             srenew(pg->weight, pg->nweight+100);
  83         }
  84         pg->weight[pg->nweight++] = d;
  85         wbuf += n;
  86     }
  87 }
  88
  89 static void process_pull_dim(char *dim_buf, ivec dim, const t_pull_coord *pcrd)
  90 {
  91     int           ndim, d, nchar;
  92     char         *ptr, pulldim1[STRLEN];
  93
  94     ptr  = dim_buf;
  95     ndim = 0;
  96     for (d = 0; d < DIM; d++)
  97     {
  98         if (sscanf(ptr, "%s%n", pulldim1, &nchar) != 1)
  99         {
 100             gmx_fatal(FARGS, "Less than 3 pull dimensions given in pull_dim: '%s'",
 101                       dim_buf);
 102         }
 103
 104         if (gmx_strncasecmp(pulldim1, "N", 1) == 0)
 105         {
 106             dim[d] = 0;
 107         }
 108         else if (gmx_strncasecmp(pulldim1, "Y", 1) == 0)
 109         {
 110             dim[d] = 1;
 111             ndim++;
 112         }
 113         else
 114         {
 115             gmx_fatal(FARGS, "Please use Y(ES) or N(O) for pull_dim only (not %s)",
 116                       pulldim1);
 117         }
 118         ptr += nchar;
 119     }
 120     if (ndim == 0)
 121     {
 122         gmx_fatal(FARGS, "All entries in pull dim are N");
 123     }
 124     if ((pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL) && (ndim < 3))
 125     {
 126         gmx_fatal(FARGS, "Pull geometry dihedral is only useful with pull-dim = Y Y Y");
 127     }
 128     if ((pcrd->eGeom == epullgANGLE || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS ) && (ndim < 2))
 129     {
 130         gmx_fatal(FARGS, "Pull geometry %s is only useful with pull-dim = Y for at least 2 dimensions",
 131                   EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 132     }
 133 }
 134
 135 static void init_pull_coord(t_pull_coord *pcrd, int coord_index_for_output,
 136                             char *dim_buf,
 137                             const char *origin_buf, const char *vec_buf,
 138                             warninp_t wi)
 139 {
 140     int    m;
 141     dvec   origin, vec;
 142     char   buf[STRLEN];
 143
 144     if (pcrd->eType == epullCONSTRAINT && (pcrd->eGeom == epullgCYL ||
 145                                            pcrd->eGeom == epullgDIRRELATIVE ||
 146                                            pcrd->eGeom == epullgANGLE ||
 147                                            pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS ||
 148                                            pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL))
 149     {
 150         gmx_fatal(FARGS, "Pulling of type %s can not be combined with geometry %s. Consider using pull type %s.",
 151                   epull_names[pcrd->eType],
 152                   epullg_names[pcrd->eGeom],
 153                   epull_names[epullUMBRELLA]);
 154     }
 155
 156     if (pcrd->eType == epullEXTERNAL)
 157     {
 158         if (pcrd->externalPotentialProvider[0] == '\0')
 159         {
 160             sprintf(buf, "The use of pull type '%s' for pull coordinate %d requires that the name of the module providing the potential external is set with the option %s%d%s",
 161                     epull_names[pcrd->eType], coord_index_for_output,
 162                     "pull-coord", coord_index_for_output, "-potential-provider");
 163             warning_error(wi, buf);
 164         }
 165
 166         if (pcrd->rate != 0)
 167         {
 168             sprintf(buf, "The use of pull type '%s' for pull coordinate %d requires that the pull rate is zero",
 169                     epull_names[pcrd->eType], coord_index_for_output);
 170             warning_error(wi, buf);
 171         }
 172
 173         if (pcrd->eGeom == epullgCYL)
 174         {
 175             /* Warn the user of a PBC restriction, caused by the fact that
 176              * there is no reference value with an external pull potential.
 177              */
 178             sprintf(buf, "With pull type '%s' and geometry '%s', the distance component along the cylinder axis between atoms in the cylinder group and the COM of the pull group should be smaller than half the box length",
 179                     epull_names[pcrd->eType], epullg_names[pcrd->eGeom]);
 180             warning_note(wi, buf);
 181         }
 182     }
 183
 184     process_pull_dim(dim_buf, pcrd->dim, pcrd);
 185
 186     string2dvec(origin_buf, origin);
 187     if (pcrd->group[0] != 0 && dnorm(origin) > 0)
 188     {
 189         gmx_fatal(FARGS, "The pull origin can only be set with an absolute reference");
 190     }
 191
 192     /* Check the given initial reference value and warn for dangerous values */
 193     if (pcrd->eGeom == epullgDIST)
 194     {
 195         if (pcrd->bStart && pcrd->init < 0)
 196         {
 197             sprintf(buf, "The initial reference distance set by pull-coord-init is set to a negative value (%g) with geometry %s while distances need to be non-negative. "
 198                     "This may work, since you have set pull-coord-start to 'yes' which modifies this value, but only for certain starting distances. "
 199                     "If this is a mistake you may want to use geometry %s instead.",
 200                     pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom), EPULLGEOM(epullgDIR));
 201             warning(wi, buf);
 202         }
 203     }
 204     else if (pcrd->eGeom == epullgANGLE || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS)
 205     {
 206         if (pcrd->bStart && (pcrd->init < 0 || pcrd->init > 180))
 207         {
 208             /* This value of pcrd->init may be ok depending on pcrd->bStart which modifies pcrd->init later on */
 209             sprintf(buf, "The initial reference angle set by pull-coord-init (%g) is outside of the allowed range [0, 180] degrees for geometry (%s). "
 210                     "This may work, since you have set pull-coord-start to 'yes' which modifies this value, but only for certain starting angles.",
 211                     pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 212             warning(wi, buf);
 213         }
 214     }
 215     else if (pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL)
 216     {
 217         if (pcrd->bStart && (pcrd->init < -180 || pcrd->init > 180))
 218         {
 219             sprintf(buf, "The initial reference angle set by pull-coord-init (%g) is outside of the allowed range [-180, 180] degrees for geometry (%s). "
 220                     "This may work, since you have set pull-coord-start to 'yes' which modifies this value, but only for certain starting angles.",
 221                     pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 222             warning(wi, buf);
 223         }
 224     }
 225
 226     /* Check and set the pull vector */
 227     clear_dvec(vec);
 228     string2dvec(vec_buf, vec);
 229
 230     if (pcrd->eGeom == epullgDIR || pcrd->eGeom == epullgCYL || pcrd->eGeom == epullgDIRPBC || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS)
 231     {
 232         if (dnorm2(vec) == 0)
 233         {
 234             gmx_fatal(FARGS, "With pull geometry %s the pull vector can not be 0,0,0",
 235                       epullg_names[pcrd->eGeom]);
 236         }
 237         for (int d = 0; d < DIM; d++)
 238         {
 239             if (vec[d] != 0 && pcrd->dim[d] == 0)
 240             {
 241                 gmx_fatal(FARGS, "pull-coord-vec has non-zero %c-component while pull_dim for the %c-dimension is set to N", 'x'+d, 'x'+d);
 242             }
 243         }
 244
 245         /* Normalize the direction vector */
 246         dsvmul(1/dnorm(vec), vec, vec);
 247     }
 248     else /* This case is for are all the geometries where the pull vector is not used */
 249     {
 250         if (dnorm2(vec) > 0)
 251         {
 252             sprintf(buf, "A pull vector is given (%g  %g  %g) but will not be used with geometry %s. If you really want to use this "
 253                     "vector, consider using geometry %s instead.",
 254                     vec[0], vec[1], vec[2], EPULLGEOM(pcrd->eGeom),
 255                     pcrd->eGeom == epullgANGLE ? EPULLGEOM(epullgANGLEAXIS) : EPULLGEOM(epullgDIR));
 256             warning(wi, buf);
 257         }
 258     }
 259     for (m = 0; m < DIM; m++)
 260     {
 261         pcrd->origin[m] = origin[m];
 262         pcrd->vec[m]    = vec[m];
 263     }
 264 }
 265
 266 char **read_pullparams(std::vector<t_inpfile> *inp,
 267                        pull_params_t          *pull,
 268                        warninp_t               wi)
 269 {
 270     int                    nscan, idum;
 271     char                 **grpbuf;
 272     char                   buf[STRLEN];
 273     char                   provider[STRLEN], groups[STRLEN], dim_buf[STRLEN];
 274     char                   wbuf[STRLEN], origin_buf[STRLEN], vec_buf[STRLEN];
 275
 276     t_pull_group          *pgrp;
 277     t_pull_coord          *pcrd;
 278
 279     /* read pull parameters */
 280     printStringNoNewline(inp, "Cylinder radius for dynamic reaction force groups (nm)");
 281     pull->cylinder_r              = get_ereal(inp, "pull-cylinder-r", 1.5, wi);
 282     pull->constr_tol              = get_ereal(inp, "pull-constr-tol", 1E-6, wi);
 283     pull->bPrintCOM               = (get_eeenum(inp, "pull-print-com", yesno_names, wi) != 0);
 284     pull->bPrintRefValue          = (get_eeenum(inp, "pull-print-ref-value", yesno_names, wi) != 0);
 285     pull->bPrintComp              = (get_eeenum(inp, "pull-print-components", yesno_names, wi) != 0);
 286     pull->nstxout                 = get_eint(inp, "pull-nstxout", 50, wi);
 287     pull->nstfout                 = get_eint(inp, "pull-nstfout", 50, wi);
 288     pull->bSetPbcRefToPrevStepCOM = (get_eeenum(inp, "pull-pbc-ref-prev-step-com", yesno_names, wi) != 0);
 289     pull->bXOutAverage            = (get_eeenum(inp, "pull-xout-average", yesno_names, wi) != 0);
 290     pull->bFOutAverage            = (get_eeenum(inp, "pull-fout-average", yesno_names, wi) != 0);
 291     printStringNoNewline(inp, "Number of pull groups");
 292     pull->ngroup = get_eint(inp, "pull-ngroups", 1, wi);
 293     printStringNoNewline(inp, "Number of pull coordinates");
 294     pull->ncoord = get_eint(inp, "pull-ncoords", 1, wi);
 295
 296     if (pull->ngroup < 1)
 297     {
 298         gmx_fatal(FARGS, "pull-ngroups should be >= 1");
 299     }
 300     /* We always add an absolute reference group (index 0), even if not used */
 301     pull->ngroup += 1;
 302
 303     if (pull->ncoord < 1)
 304     {
 305         gmx_fatal(FARGS, "pull-ncoords should be >= 1");
 306     }
 307
 308     snew(pull->group, pull->ngroup);
 309
 310     snew(pull->coord, pull->ncoord);
 311
 312     /* pull group options */
 313     printStringNoNewline(inp, "Group and coordinate parameters");
 314
 315     /* Read the pull groups */
 316     snew(grpbuf, pull->ngroup);
 317     /* Group 0 is the absolute reference, we don't read anything for 0 */
 318     for (int groupNum = 1; groupNum < pull->ngroup; groupNum++)
 319     {
 320         pgrp = &pull->group[groupNum];
 321         snew(grpbuf[groupNum], STRLEN);
 322         sprintf(buf, "pull-group%d-name", groupNum);
 323         setStringEntry(inp, buf, grpbuf[groupNum], "");
 324         sprintf(buf, "pull-group%d-weights", groupNum);
 325         setStringEntry(inp, buf, wbuf, "");
 326         sprintf(buf, "pull-group%d-pbcatom", groupNum);
 327         pgrp->pbcatom = get_eint(inp, buf, 0, wi);
 328
 329         /* Initialize the pull group */
 330         init_pull_group(pgrp, wbuf);
 331     }
 332
 333     /* Read the pull coordinates */
 334     for (int coordNum = 1; coordNum < pull->ncoord + 1; coordNum++)
 335     {
 336         pcrd = &pull->coord[coordNum - 1];
 337         sprintf(buf, "pull-coord%d-type", coordNum);
 338         pcrd->eType = get_eeenum(inp, buf, epull_names, wi);
 339         sprintf(buf, "pull-coord%d-potential-provider", coordNum);
 340         setStringEntry(inp, buf, provider, "");
 341         pcrd->externalPotentialProvider = gmx_strdup(provider);
 342         sprintf(buf, "pull-coord%d-geometry", coordNum);
 343         pcrd->eGeom = get_eeenum(inp, buf, epullg_names, wi);
 344         sprintf(buf, "pull-coord%d-groups", coordNum);
 345         setStringEntry(inp, buf, groups, "");
 346
 347         switch (pcrd->eGeom)
 348         {
 349             case epullgDIHEDRAL:
 350                 pcrd->ngroup = 6; break;
 351             case epullgDIRRELATIVE:
 352             case epullgANGLE:
 353                 pcrd->ngroup = 4; break;
 354             default:
 355                 pcrd->ngroup = 2; break;
 356         }
 357
 358         nscan = sscanf(groups, "%d %d %d %d %d %d %d",
 359                        &pcrd->group[0], &pcrd->group[1], &pcrd->group[2], &pcrd->group[3],
 360                        &pcrd->group[4], &pcrd->group[5], &idum);
 361         if (nscan != pcrd->ngroup)
 362         {
 363             auto message = gmx::formatString("%s should contain %d pull group indices with geometry %s",
 364                                              buf, pcrd->ngroup, epullg_names[pcrd->eGeom]);
 365             set_warning_line(wi, nullptr, -1);
 366             warning_error(wi, message);
 367         }
 368         for (int g = 0; g < pcrd->ngroup; g++)
 369         {
 370             if (pcrd->group[g] < 0 || pcrd->group[g] >= pull->ngroup)
 371             {
 372                 /* Quit with a fatal error to avoid invalid memory access */
 373                 gmx_fatal(FARGS, "%s contains an invalid pull group %d, you should have %d <= group <= %d",
 374                           buf, pcrd->group[g], 0, pull->ngroup - 1);
 375             }
 376         }
 377
 378         sprintf(buf, "pull-coord%d-dim", coordNum);
 379         setStringEntry(inp, buf, dim_buf, "Y Y Y");
 380         sprintf(buf, "pull-coord%d-origin", coordNum);
 381         setStringEntry(inp, buf, origin_buf, "0.0 0.0 0.0");
 382         sprintf(buf, "pull-coord%d-vec", coordNum);
 383         setStringEntry(inp, buf, vec_buf, "0.0 0.0 0.0");
 384         sprintf(buf, "pull-coord%d-start", coordNum);
 385         pcrd->bStart = (get_eeenum(inp, buf, yesno_names, wi) != 0);
 386         sprintf(buf, "pull-coord%d-init", coordNum);
 387         pcrd->init = get_ereal(inp, buf, 0.0, wi);
 388         sprintf(buf, "pull-coord%d-rate", coordNum);
 389         pcrd->rate = get_ereal(inp, buf, 0.0, wi);
 390         sprintf(buf, "pull-coord%d-k", coordNum);
 391         pcrd->k = get_ereal(inp, buf, 0.0, wi);
 392         sprintf(buf, "pull-coord%d-kB", coordNum);
 393         pcrd->kB = get_ereal(inp, buf, pcrd->k, wi);
 394
 395         /* Initialize the pull coordinate */
 396         init_pull_coord(pcrd, coordNum, dim_buf, origin_buf, vec_buf, wi);
 397     }
 398
 399     return grpbuf;
 400 }
 401
 402 void make_pull_groups(pull_params_t *pull,
 403                       char **pgnames,
 404                       const t_blocka *grps, char **gnames)
 405 {
 406     int           g, ig = -1, i;
 407     t_pull_group *pgrp;
 408
 409     /* Absolute reference group (might not be used) is special */
 410     pgrp                = &pull->group[0];
 411     pgrp->nat           = 0;
 412     pgrp->pbcatom       = -1;
 413     pgrp->pbcatom_input = -1;
 414
 415     for (g = 1; g < pull->ngroup; g++)
 416     {
 417         pgrp                = &pull->group[g];
 418         pgrp->pbcatom_input = pgrp->pbcatom;
 419
 420         if (strcmp(pgnames[g], "") == 0)
 421         {
 422             gmx_fatal(FARGS, "Pull option pull_group%d required by grompp has not been set.", g);
 423         }
 424
 425         ig        = search_string(pgnames[g], grps->nr, gnames);
 426         pgrp->nat = grps->index[ig+1] - grps->index[ig];
 427
 428         fprintf(stderr, "Pull group %d '%s' has %d atoms\n",
 429                 g, pgnames[g], pgrp->nat);
 430
 431         if (pgrp->nat == 0)
 432         {
 433             gmx_fatal(FARGS, "Pull group %d '%s' is empty", g, pgnames[g]);
 434         }
 435
 436         snew(pgrp->ind, pgrp->nat);
 437         for (i = 0; i < pgrp->nat; i++)
 438         {
 439             pgrp->ind[i] = grps->a[grps->index[ig]+i];
 440         }
 441
 442         if (pgrp->nweight > 0 && pgrp->nweight != pgrp->nat)
 443         {
 444             gmx_fatal(FARGS, "Number of weights (%d) for pull group %d '%s' does not match the number of atoms (%d)",
 445                       pgrp->nweight, g, pgnames[g], pgrp->nat);
 446         }
 447
 448         if (pgrp->nat == 1)
 449         {
 450             /* No pbc is required for this group */
 451             pgrp->pbcatom = -1;
 452         }
 453         else
 454         {
 455             if (pgrp->pbcatom > 0)
 456             {
 457                 pgrp->pbcatom -= 1;
 458             }
 459             else if (pgrp->pbcatom == 0)
 460             {
 461                 pgrp->pbcatom = pgrp->ind[(pgrp->nat-1)/2];
 462             }
 463             else
 464             {
 465                 /* Use cosine weighting */
 466                 pgrp->pbcatom = -1;
 467             }
 468         }
 469     }
 470 }
 471
 472 void make_pull_coords(pull_params_t *pull)
 473 {
 474     int           c;
 475     t_pull_coord *pcrd;
 476
 477     for (c = 0; c < pull->ncoord; c++)
 478     {
 479         pcrd = &pull->coord[c];
 480
 481         if (pcrd->group[0] < 0 || pcrd->group[0] >= pull->ngroup ||
 482             pcrd->group[1] < 0 || pcrd->group[1] >= pull->ngroup)
 483         {
 484             gmx_fatal(FARGS, "Pull group index in pull-coord%d-groups out of range, should be between %d and %d", c+1, 0, pull->ngroup+1);
 485         }
 486
 487         if (pcrd->group[0] == pcrd->group[1])
 488         {
 489             gmx_fatal(FARGS, "Identical pull group indices in pull-coord%d-groups", c+1);
 490         }
 491
 492         if (pcrd->eGeom == epullgCYL)
 493         {
 494             if (pull->group[pcrd->group[0]].nweight > 0)
 495             {
 496                 gmx_fatal(FARGS, "Weights are not supported for the reference group with cylinder pulling");
 497             }
 498         }
 499     }
 500 }
 501
 502 pull_t *set_pull_init(t_inputrec *ir, const gmx_mtop_t *mtop,
 503                       rvec *x, matrix box, real lambda,
 504                       warninp_t wi)
 505 {
 506     pull_params_t *pull;
 507     pull_t        *pull_work;
 508     t_pbc          pbc;
 509     int            c;
 510     double         t_start;
 511
 512     pull      = ir->pull;
 513     gmx::LocalAtomSetManager atomSets;
 514     pull_work = init_pull(nullptr, pull, ir, mtop, nullptr, &atomSets, lambda);
 515     auto                     mdAtoms = gmx::makeMDAtoms(nullptr, *mtop, *ir, false);
 516     auto                     md      = mdAtoms->mdatoms();
 517     atoms2md(mtop, ir, -1, nullptr, mtop->natoms, mdAtoms.get());
 518     if (ir->efep)
 519     {
 520         update_mdatoms(md, lambda);
 521     }
 522
 523     set_pbc(&pbc, ir->ePBC, box);
 524
 525     t_start = ir->init_t + ir->init_step*ir->delta_t;
 526
 527     if (pull->bSetPbcRefToPrevStepCOM)
 528     {
 529         initPullComFromPrevStep(nullptr, pull_work, md, &pbc, x);
 530     }
 531     pull_calc_coms(nullptr, pull_work, md, &pbc, t_start, x, nullptr);
 532
 533     for (int g = 0; g < pull->ngroup; g++)
 534     {
 535         bool groupObeysPbc =
 536             pullCheckPbcWithinGroup(*pull_work,
 537                                     gmx::arrayRefFromArray(reinterpret_cast<gmx::RVec *>(x),
 538                                                            mtop->natoms),
 539                                     pbc, g, c_pullGroupSmallGroupThreshold);
 540         if (!groupObeysPbc)
 541         {
 542             char buf[STRLEN];
 543             if (pull->group[g].pbcatom_input == 0)
 544             {
 545                 sprintf(buf, "When the maximum distance from a pull group reference atom to other atoms in the "
 546                         "group is larger than %g times half the box size a centrally placed "
 547                         "atom should be chosen as pbcatom. Pull group %d is larger than that and does not have "
 548                         "a specific atom selected as reference atom.", c_pullGroupSmallGroupThreshold, g);
 549                 warning_error(wi, buf);
 550             }
 551             else if (!pull->bSetPbcRefToPrevStepCOM)
 552             {
 553                 sprintf(buf, "The maximum distance from the chosen PBC atom (%d) of pull group %d to other "
 554                         "atoms in the group is larger than %g times half the box size. "
 555                         "Set the pull-pbc-ref-prev-step-com option to yes.", pull->group[g].pbcatom + 1,
 556                         g, c_pullGroupSmallGroupThreshold);
 557                 warning_error(wi, buf);
 558             }
 559         }
 560         if (groupObeysPbc)
 561         {
 562             groupObeysPbc =
 563                 pullCheckPbcWithinGroup(*pull_work,
 564                                         gmx::arrayRefFromArray(reinterpret_cast<gmx::RVec *>(x),
 565                                                                mtop->natoms),
 566                                         pbc, g, c_pullGroupPbcMargin);
 567             if (!groupObeysPbc)
 568             {
 569                 char buf[STRLEN];
 570                 sprintf(buf,
 571                         "Pull group %d has atoms at a distance larger than %g times half the box size from the PBC atom (%d). "
 572                         "If atoms are or will more beyond half the box size from the PBC atom, the COM will be ill defined.",
 573                         g, c_pullGroupPbcMargin, pull->group[g].pbcatom + 1);
 574                 set_warning_line(wi, nullptr, -1);
 575                 warning(wi, buf);
 576             }
 577         }
 578     }
 579
 580     fprintf(stderr, "Pull group  natoms  pbc atom  distance at start  reference at t=0\n");
 581     for (c = 0; c < pull->ncoord; c++)
 582     {
 583         t_pull_coord *pcrd;
 584         t_pull_group *pgrp0, *pgrp1;
 585         double        value;
 586         real          init = 0;
 587
 588         pcrd  = &pull->coord[c];
 589
 590         pgrp0 = &pull->group[pcrd->group[0]];
 591         pgrp1 = &pull->group[pcrd->group[1]];
 592         fprintf(stderr, "%8d  %8d  %8d\n",
 593                 pcrd->group[0], pgrp0->nat, pgrp0->pbcatom+1);
 594         fprintf(stderr, "%8d  %8d  %8d ",
 595                 pcrd->group[1], pgrp1->nat, pgrp1->pbcatom+1);
 596
 597         if (pcrd->bStart)
 598         {
 599             init       = pcrd->init;
 600             pcrd->init = 0;
 601         }
 602
 603         value  = get_pull_coord_value(pull_work, c, &pbc);
 604
 605         value *= pull_conversion_factor_internal2userinput(pcrd);
 606         fprintf(stderr, " %10.3f %s", value, pull_coordinate_units(pcrd));
 607
 608         if (pcrd->bStart)
 609         {
 610             pcrd->init = value + init;
 611         }
 612
 613         if (pcrd->eGeom == epullgDIST)
 614         {
 615             if (pcrd->init < 0)
 616             {
 617                 gmx_fatal(FARGS, "The initial pull distance (%g) needs to be non-negative with geometry %s. If you want a signed distance, use geometry %s instead.",
 618                           pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom), EPULLGEOM(epullgDIR));
 619             }
 620
 621             /* TODO: With a positive init but a negative rate things could still
 622              * go wrong, but it might be fine if you don't pull too far.
 623              * We should give a warning or note when there is only one pull dim
 624              * active, since that is usually the problematic case when you should
 625              * be using direction. We will do this later, since an already planned
 626              * generalization of the pull code makes pull dim available here.
 627              */
 628         }
 629         else if (pcrd->eGeom == epullgANGLE || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS)
 630         {
 631             if (pcrd->init < 0 || pcrd->init > 180)
 632             {
 633                 gmx_fatal(FARGS,  "The initial pull reference angle (%g) is outside of the allowed range [0, 180] degrees.", pcrd->init);
 634             }
 635         }
 636         else if (pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL)
 637         {
 638             if (pcrd->init < -180 || pcrd->init > 180)
 639             {
 640                 gmx_fatal(FARGS,  "The initial pull reference angle (%g) is outside of the allowed range [-180, 180] degrees.",
 641                           pcrd->init);
 642             }
 643         }
 644
 645
 646         fprintf(stderr, "     %10.3f %s\n", pcrd->init, pull_coordinate_units(pcrd));
 647     }
 648
 649     return pull_work;
 650 }