src/gromacs/gmxpreprocess/readpull.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include <assert.h>
  40 #include <stdlib.h>
  41 #include <string.h>
  42
  43 #include "gromacs/fileio/readinp.h"
  44 #include "gromacs/fileio/warninp.h"
  45 #include "gromacs/gmxpreprocess/readir.h"
  46 #include "gromacs/math/vec.h"
  47 #include "gromacs/mdlib/mdatoms.h"
  48 #include "gromacs/mdlib/mdrun.h"
  49 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  50 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  51 #include "gromacs/mdtypes/pull-params.h"
  52 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  53 #include "gromacs/pulling/pull.h"
  54 #include "gromacs/topology/topology.h"
  55 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  56 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  57 #include "gromacs/utility/futil.h"
  58 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  59
  60
  61 static void string2dvec(const char buf[], dvec nums)
  62 {
  63     double dum;
  64
  65     if (sscanf(buf, "%lf%lf%lf%lf", &nums[0], &nums[1], &nums[2], &dum) != 3)
  66     {
  67         gmx_fatal(FARGS, "Expected three numbers at input line %s", buf);
  68     }
  69 }
  70
  71 static void init_pull_group(t_pull_group *pg,
  72                             const char   *wbuf)
  73 {
  74     double d;
  75     int    n;
  76
  77     pg->nweight = 0;
  78     while (sscanf(wbuf, "%lf %n", &d, &n) == 1)
  79     {
  80         if (pg->nweight % 100 == 0)
  81         {
  82             srenew(pg->weight, pg->nweight+100);
  83         }
  84         pg->weight[pg->nweight++] = d;
  85         wbuf += n;
  86     }
  87 }
  88
  89 static void process_pull_dim(char *dim_buf, ivec dim, const t_pull_coord *pcrd)
  90 {
  91     int           ndim, d, nchar;
  92     char         *ptr, pulldim1[STRLEN];
  93
  94     ptr  = dim_buf;
  95     ndim = 0;
  96     for (d = 0; d < DIM; d++)
  97     {
  98         if (sscanf(ptr, "%s%n", pulldim1, &nchar) != 1)
  99         {
 100             gmx_fatal(FARGS, "Less than 3 pull dimensions given in pull_dim: '%s'",
 101                       dim_buf);
 102         }
 103
 104         if (gmx_strncasecmp(pulldim1, "N", 1) == 0)
 105         {
 106             dim[d] = 0;
 107         }
 108         else if (gmx_strncasecmp(pulldim1, "Y", 1) == 0)
 109         {
 110             dim[d] = 1;
 111             ndim++;
 112         }
 113         else
 114         {
 115             gmx_fatal(FARGS, "Please use Y(ES) or N(O) for pull_dim only (not %s)",
 116                       pulldim1);
 117         }
 118         ptr += nchar;
 119     }
 120     if (ndim == 0)
 121     {
 122         gmx_fatal(FARGS, "All entries in pull dim are N");
 123     }
 124     if ((pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL) && (ndim < 3))
 125     {
 126         gmx_fatal(FARGS, "Pull geometry dihedral is only useful with pull-dim = Y Y Y");
 127     }
 128     if ((pcrd->eGeom == epullgANGLE || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS ) && (ndim < 2))
 129     {
 130         gmx_fatal(FARGS, "Pull geometry %s is only useful with pull-dim = Y for at least 2 dimensions",
 131                   EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 132     }
 133 }
 134
 135 static void init_pull_coord(t_pull_coord *pcrd, int coord_index_for_output,
 136                             char *dim_buf,
 137                             const char *origin_buf, const char *vec_buf,
 138                             warninp_t wi)
 139 {
 140     int    m;
 141     dvec   origin, vec;
 142     char   buf[STRLEN];
 143
 144     if (pcrd->eType == epullCONSTRAINT && (pcrd->eGeom == epullgCYL ||
 145                                            pcrd->eGeom == epullgDIRRELATIVE ||
 146                                            pcrd->eGeom == epullgANGLE ||
 147                                            pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS ||
 148                                            pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL))
 149     {
 150         gmx_fatal(FARGS, "Pulling of type %s can not be combined with geometry %s. Consider using pull type %s.",
 151                   epull_names[pcrd->eType],
 152                   epullg_names[pcrd->eGeom],
 153                   epull_names[epullUMBRELLA]);
 154     }
 155
 156     if (pcrd->eType == epullEXTERNAL)
 157     {
 158         if (pcrd->externalPotentialProvider[0] == '\0')
 159         {
 160             sprintf(buf, "The use of pull type '%s' for pull coordinate %d requires that the name of the module providing the potential external is set with the option %s%d%s",
 161                     epull_names[pcrd->eType], coord_index_for_output,
 162                     "pull-coord", coord_index_for_output, "-potential-provider");
 163             warning_error(wi, buf);
 164         }
 165
 166         if (pcrd->rate != 0)
 167         {
 168             sprintf(buf, "The use of pull type '%s' for pull coordinate %d requires that the pull rate is zero",
 169                     epull_names[pcrd->eType], coord_index_for_output);
 170             warning_error(wi, buf);
 171         }
 172
 173         if (pcrd->eGeom == epullgCYL)
 174         {
 175             /* Warn the user of a PBC restriction, caused by the fact that
 176              * there is no reference value with an external pull potential.
 177              */
 178             sprintf(buf, "With pull type '%s' and geometry '%s', the distance component along the cylinder axis between atoms in the cylinder group and the COM of the pull group should be smaller than half the box length",
 179                     epull_names[pcrd->eType], epullg_names[pcrd->eGeom]);
 180             warning_note(wi, buf);
 181         }
 182     }
 183
 184     process_pull_dim(dim_buf, pcrd->dim, pcrd);
 185
 186     string2dvec(origin_buf, origin);
 187     if (pcrd->group[0] != 0 && dnorm(origin) > 0)
 188     {
 189         gmx_fatal(FARGS, "The pull origin can only be set with an absolute reference");
 190     }
 191
 192     /* Check the given initial reference value and warn for dangerous values */
 193     if (pcrd->eGeom == epullgDIST)
 194     {
 195         if (pcrd->bStart && pcrd->init < 0)
 196         {
 197             sprintf(buf, "The initial reference distance set by pull-coord-init is set to a negative value (%g) with geometry %s while distances need to be non-negative. "
 198                     "This may work, since you have set pull-coord-start to 'yes' which modifies this value, but only for certain starting distances. "
 199                     "If this is a mistake you may want to use geometry %s instead.",
 200                     pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom), EPULLGEOM(epullgDIR));
 201             warning(wi, buf);
 202         }
 203     }
 204     else if (pcrd->eGeom == epullgANGLE || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS)
 205     {
 206         if (pcrd->bStart && (pcrd->init < 0 || pcrd->init > 180))
 207         {
 208             /* This value of pcrd->init may be ok depending on pcrd->bStart which modifies pcrd->init later on */
 209             sprintf(buf, "The initial reference angle set by pull-coord-init (%g) is outside of the allowed range [0, 180] degrees for geometry (%s). "
 210                     "This may work, since you have set pull-coord-start to 'yes' which modifies this value, but only for certain starting angles.",
 211                     pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 212             warning(wi, buf);
 213         }
 214     }
 215     else if (pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL)
 216     {
 217         if (pcrd->bStart && (pcrd->init < -180 || pcrd->init > 180))
 218         {
 219             sprintf(buf, "The initial reference angle set by pull-coord-init (%g) is outside of the allowed range [-180, 180] degrees for geometry (%s). "
 220                     "This may work, since you have set pull-coord-start to 'yes' which modifies this value, but only for certain starting angles.",
 221                     pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 222             warning(wi, buf);
 223         }
 224     }
 225
 226     /* Check and set the pull vector */
 227     clear_dvec(vec);
 228     string2dvec(vec_buf, vec);
 229
 230     if (pcrd->eGeom == epullgDIR || pcrd->eGeom == epullgCYL || pcrd->eGeom == epullgDIRPBC || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS)
 231     {
 232         if (dnorm2(vec) == 0)
 233         {
 234             gmx_fatal(FARGS, "With pull geometry %s the pull vector can not be 0,0,0",
 235                       epullg_names[pcrd->eGeom]);
 236         }
 237         for (int d = 0; d < DIM; d++)
 238         {
 239             if (vec[d] != 0 && pcrd->dim[d] == 0)
 240             {
 241                 gmx_fatal(FARGS, "pull-coord-vec has non-zero %c-component while pull_dim for the %c-dimension is set to N", 'x'+d, 'x'+d);
 242             }
 243         }
 244
 245         /* Normalize the direction vector */
 246         dsvmul(1/dnorm(vec), vec, vec);
 247     }
 248     else /* This case is for are all the geometries where the pull vector is not used */
 249     {
 250         if (dnorm2(vec) > 0)
 251         {
 252             sprintf(buf, "A pull vector is given (%g  %g  %g) but will not be used with geometry %s. If you really want to use this "
 253                     "vector, consider using geometry %s instead.",
 254                     vec[0], vec[1], vec[2], EPULLGEOM(pcrd->eGeom),
 255                     pcrd->eGeom == epullgANGLE ? EPULLGEOM(epullgANGLEAXIS) : EPULLGEOM(epullgDIR));
 256             warning(wi, buf);
 257         }
 258     }
 259     for (m = 0; m < DIM; m++)
 260     {
 261         pcrd->origin[m] = origin[m];
 262         pcrd->vec[m]    = vec[m];
 263     }
 264 }
 265
 266 char **read_pullparams(int *ninp_p, t_inpfile **inp_p,
 267                        pull_params_t *pull,
 268                        warninp_t wi)
 269 {
 270     int           ninp, nscan, idum;
 271     t_inpfile    *inp;
 272     const char   *tmp;
 273     char        **grpbuf;
 274     char          buf[STRLEN];
 275     char          provider[STRLEN], groups[STRLEN], dim_buf[STRLEN];
 276     char          wbuf[STRLEN], origin_buf[STRLEN], vec_buf[STRLEN];
 277
 278     t_pull_group *pgrp;
 279     t_pull_coord *pcrd;
 280
 281     ninp   = *ninp_p;
 282     inp    = *inp_p;
 283
 284     /* read pull parameters */
 285     CTYPE("Cylinder radius for dynamic reaction force groups (nm)");
 286     RTYPE("pull-cylinder-r",  pull->cylinder_r, 1.5);
 287     RTYPE("pull-constr-tol",  pull->constr_tol, 1E-6);
 288     EETYPE("pull-print-com", pull->bPrintCOM, yesno_names);
 289     EETYPE("pull-print-ref-value", pull->bPrintRefValue, yesno_names);
 290     EETYPE("pull-print-components", pull->bPrintComp, yesno_names);
 291     ITYPE("pull-nstxout",     pull->nstxout, 50);
 292     ITYPE("pull-nstfout",     pull->nstfout, 50);
 293     CTYPE("Number of pull groups");
 294     ITYPE("pull-ngroups",     pull->ngroup, 1);
 295     CTYPE("Number of pull coordinates");
 296     ITYPE("pull-ncoords",     pull->ncoord, 1);
 297
 298     if (pull->ngroup < 1)
 299     {
 300         gmx_fatal(FARGS, "pull-ngroups should be >= 1");
 301     }
 302     /* We always add an absolute reference group (index 0), even if not used */
 303     pull->ngroup += 1;
 304
 305     if (pull->ncoord < 1)
 306     {
 307         gmx_fatal(FARGS, "pull-ncoords should be >= 1");
 308     }
 309
 310     snew(pull->group, pull->ngroup);
 311
 312     snew(pull->coord, pull->ncoord);
 313
 314     /* pull group options */
 315     CTYPE("Group and coordinate parameters");
 316
 317     /* Read the pull groups */
 318     snew(grpbuf, pull->ngroup);
 319     /* Group 0 is the absolute reference, we don't read anything for 0 */
 320     for (int groupNum = 1; groupNum < pull->ngroup; groupNum++)
 321     {
 322         pgrp = &pull->group[groupNum];
 323         snew(grpbuf[groupNum], STRLEN);
 324         sprintf(buf, "pull-group%d-name", groupNum);
 325         STYPE(buf,              grpbuf[groupNum], "");
 326         sprintf(buf, "pull-group%d-weights", groupNum);
 327         STYPE(buf,              wbuf, "");
 328         sprintf(buf, "pull-group%d-pbcatom", groupNum);
 329         ITYPE(buf,              pgrp->pbcatom, 0);
 330
 331         /* Initialize the pull group */
 332         init_pull_group(pgrp, wbuf);
 333     }
 334
 335     /* Read the pull coordinates */
 336     for (int coordNum = 1; coordNum < pull->ncoord + 1; coordNum++)
 337     {
 338         pcrd = &pull->coord[coordNum - 1];
 339         sprintf(buf, "pull-coord%d-type", coordNum);
 340         EETYPE(buf,             pcrd->eType, epull_names);
 341         sprintf(buf, "pull-coord%d-potential-provider", coordNum);
 342         STYPE(buf,              provider, "");
 343         pcrd->externalPotentialProvider = gmx_strdup(provider);
 344         sprintf(buf, "pull-coord%d-geometry", coordNum);
 345         EETYPE(buf,             pcrd->eGeom, epullg_names);
 346         sprintf(buf, "pull-coord%d-groups", coordNum);
 347         STYPE(buf,              groups, "");
 348
 349         switch (pcrd->eGeom)
 350         {
 351             case epullgDIHEDRAL:
 352                 pcrd->ngroup = 6; break;
 353             case epullgDIRRELATIVE:
 354             case epullgANGLE:
 355                 pcrd->ngroup = 4; break;
 356             default:
 357                 pcrd->ngroup = 2; break;
 358         }
 359
 360         nscan = sscanf(groups, "%d %d %d %d %d %d %d",
 361                        &pcrd->group[0], &pcrd->group[1], &pcrd->group[2], &pcrd->group[3],
 362                        &pcrd->group[4], &pcrd->group[5], &idum);
 363         if (nscan != pcrd->ngroup)
 364         {
 365             sprintf(wbuf, "%s should contain %d pull group indices with geometry %s",
 366                     buf, pcrd->ngroup, epullg_names[pcrd->eGeom]);
 367             set_warning_line(wi, nullptr, -1);
 368             warning_error(wi, wbuf);
 369         }
 370         for (int g = 0; g < pcrd->ngroup; g++)
 371         {
 372             if (pcrd->group[g] < 0 || pcrd->group[g] >= pull->ngroup)
 373             {
 374                 /* Quit with a fatal error to avoid invalid memory access */
 375                 gmx_fatal(FARGS, "%s contains an invalid pull group %d, you should have %d <= group <= %d",
 376                           buf, pcrd->group[g], 0, pull->ngroup - 1);
 377             }
 378         }
 379
 380         sprintf(buf, "pull-coord%d-dim", coordNum);
 381         STYPE(buf,              dim_buf,     "Y Y Y");
 382         sprintf(buf, "pull-coord%d-origin", coordNum);
 383         STYPE(buf,              origin_buf,  "0.0 0.0 0.0");
 384         sprintf(buf, "pull-coord%d-vec", coordNum);
 385         STYPE(buf,              vec_buf,     "0.0 0.0 0.0");
 386         sprintf(buf, "pull-coord%d-start", coordNum);
 387         EETYPE(buf,             pcrd->bStart, yesno_names);
 388         sprintf(buf, "pull-coord%d-init", coordNum);
 389         RTYPE(buf,              pcrd->init,  0.0);
 390         sprintf(buf, "pull-coord%d-rate", coordNum);
 391         RTYPE(buf,              pcrd->rate,  0.0);
 392         sprintf(buf, "pull-coord%d-k", coordNum);
 393         RTYPE(buf,              pcrd->k,     0.0);
 394         sprintf(buf, "pull-coord%d-kB", coordNum);
 395         RTYPE(buf,              pcrd->kB,    pcrd->k);
 396
 397         /* Initialize the pull coordinate */
 398         init_pull_coord(pcrd, coordNum, dim_buf, origin_buf, vec_buf, wi);
 399     }
 400
 401     *ninp_p   = ninp;
 402     *inp_p    = inp;
 403
 404     return grpbuf;
 405 }
 406
 407 void make_pull_groups(pull_params_t *pull,
 408                       char **pgnames,
 409                       const t_blocka *grps, char **gnames)
 410 {
 411     int           g, ig = -1, i;
 412     t_pull_group *pgrp;
 413
 414     /* Absolute reference group (might not be used) is special */
 415     pgrp          = &pull->group[0];
 416     pgrp->nat     = 0;
 417     pgrp->pbcatom = -1;
 418
 419     for (g = 1; g < pull->ngroup; g++)
 420     {
 421         pgrp = &pull->group[g];
 422
 423         if (strcmp(pgnames[g], "") == 0)
 424         {
 425             gmx_fatal(FARGS, "Pull option pull_group%d required by grompp has not been set.", g);
 426         }
 427
 428         ig        = search_string(pgnames[g], grps->nr, gnames);
 429         pgrp->nat = grps->index[ig+1] - grps->index[ig];
 430
 431         fprintf(stderr, "Pull group %d '%s' has %d atoms\n",
 432                 g, pgnames[g], pgrp->nat);
 433
 434         if (pgrp->nat == 0)
 435         {
 436             gmx_fatal(FARGS, "Pull group %d '%s' is empty", g, pgnames[g]);
 437         }
 438
 439         snew(pgrp->ind, pgrp->nat);
 440         for (i = 0; i < pgrp->nat; i++)
 441         {
 442             pgrp->ind[i] = grps->a[grps->index[ig]+i];
 443         }
 444
 445         if (pgrp->nweight > 0 && pgrp->nweight != pgrp->nat)
 446         {
 447             gmx_fatal(FARGS, "Number of weights (%d) for pull group %d '%s' does not match the number of atoms (%d)",
 448                       pgrp->nweight, g, pgnames[g], pgrp->nat);
 449         }
 450
 451         if (pgrp->nat == 1)
 452         {
 453             /* No pbc is required for this group */
 454             pgrp->pbcatom = -1;
 455         }
 456         else
 457         {
 458             if (pgrp->pbcatom > 0)
 459             {
 460                 pgrp->pbcatom -= 1;
 461             }
 462             else if (pgrp->pbcatom == 0)
 463             {
 464                 pgrp->pbcatom = pgrp->ind[(pgrp->nat-1)/2];
 465             }
 466             else
 467             {
 468                 /* Use cosine weighting */
 469                 pgrp->pbcatom = -1;
 470             }
 471         }
 472     }
 473 }
 474
 475 void make_pull_coords(pull_params_t *pull)
 476 {
 477     int           c;
 478     t_pull_coord *pcrd;
 479
 480     for (c = 0; c < pull->ncoord; c++)
 481     {
 482         pcrd = &pull->coord[c];
 483
 484         if (pcrd->group[0] < 0 || pcrd->group[0] >= pull->ngroup ||
 485             pcrd->group[1] < 0 || pcrd->group[1] >= pull->ngroup)
 486         {
 487             gmx_fatal(FARGS, "Pull group index in pull-coord%d-groups out of range, should be between %d and %d", c+1, 0, pull->ngroup+1);
 488         }
 489
 490         if (pcrd->group[0] == pcrd->group[1])
 491         {
 492             gmx_fatal(FARGS, "Identical pull group indices in pull-coord%d-groups", c+1);
 493         }
 494
 495         if (pcrd->eGeom == epullgCYL)
 496         {
 497             if (pull->group[pcrd->group[0]].nweight > 0)
 498             {
 499                 gmx_fatal(FARGS, "Weights are not supported for the reference group with cylinder pulling");
 500             }
 501         }
 502     }
 503 }
 504
 505 pull_t *set_pull_init(t_inputrec *ir, const gmx_mtop_t *mtop,
 506                       rvec *x, matrix box, real lambda,
 507                       const gmx_output_env_t *oenv,
 508                       warninp_t wi)
 509 {
 510     pull_params_t *pull;
 511     pull_t        *pull_work;
 512     t_pbc          pbc;
 513     int            c;
 514     double         t_start;
 515
 516     pull      = ir->pull;
 517     pull_work = init_pull(nullptr, pull, ir, 0, nullptr, mtop, nullptr, oenv, lambda, FALSE, ContinuationOptions());
 518     auto mdAtoms = gmx::makeMDAtoms(nullptr, *mtop, *ir, false);
 519     auto md      = mdAtoms->mdatoms();
 520     atoms2md(mtop, ir, -1, nullptr, mtop->natoms, mdAtoms.get());
 521     if (ir->efep)
 522     {
 523         update_mdatoms(md, lambda);
 524     }
 525
 526     set_pbc(&pbc, ir->ePBC, box);
 527
 528     t_start = ir->init_t + ir->init_step*ir->delta_t;
 529
 530     pull_calc_coms(nullptr, pull_work, md, &pbc, t_start, x, nullptr);
 531
 532     int groupThatFailsPbc = pullCheckPbcWithinGroups(*pull_work, x, pbc);
 533     if (groupThatFailsPbc >= 0)
 534     {
 535         char buf[STRLEN];
 536         sprintf(buf,
 537                 "Pull group %d has atoms at a distance larger than %g times half the box size from the PBC atom (%d). If atoms are or will more beyond half the box size from the PBC atom, the COM will be ill defined.",
 538                 groupThatFailsPbc,
 539                 c_pullGroupPbcMargin,
 540                 pull->group[groupThatFailsPbc].pbcatom);
 541         set_warning_line(wi, nullptr, -1);
 542         warning(wi, buf);
 543     }
 544
 545     fprintf(stderr, "Pull group  natoms  pbc atom  distance at start  reference at t=0\n");
 546     for (c = 0; c < pull->ncoord; c++)
 547     {
 548         t_pull_coord *pcrd;
 549         t_pull_group *pgrp0, *pgrp1;
 550         double        value;
 551         real          init = 0;
 552
 553         pcrd  = &pull->coord[c];
 554
 555         pgrp0 = &pull->group[pcrd->group[0]];
 556         pgrp1 = &pull->group[pcrd->group[1]];
 557         fprintf(stderr, "%8d  %8d  %8d\n",
 558                 pcrd->group[0], pgrp0->nat, pgrp0->pbcatom+1);
 559         fprintf(stderr, "%8d  %8d  %8d ",
 560                 pcrd->group[1], pgrp1->nat, pgrp1->pbcatom+1);
 561
 562         if (pcrd->bStart)
 563         {
 564             init       = pcrd->init;
 565             pcrd->init = 0;
 566         }
 567
 568         value  = get_pull_coord_value(pull_work, c, &pbc);
 569
 570         value *= pull_conversion_factor_internal2userinput(pcrd);
 571         fprintf(stderr, " %10.3f %s", value, pull_coordinate_units(pcrd));
 572
 573         if (pcrd->bStart)
 574         {
 575             pcrd->init = value + init;
 576         }
 577
 578         if (pcrd->eGeom == epullgDIST)
 579         {
 580             if (pcrd->init < 0)
 581             {
 582                 gmx_fatal(FARGS, "The initial pull distance (%g) needs to be non-negative with geometry %s. If you want a signed distance, use geometry %s instead.",
 583                           pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom), EPULLGEOM(epullgDIR));
 584             }
 585
 586             /* TODO: With a positive init but a negative rate things could still
 587              * go wrong, but it might be fine if you don't pull too far.
 588              * We should give a warning or note when there is only one pull dim
 589              * active, since that is usually the problematic case when you should
 590              * be using direction. We will do this later, since an already planned
 591              * generalization of the pull code makes pull dim available here.
 592              */
 593         }
 594         else if (pcrd->eGeom == epullgANGLE || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS)
 595         {
 596             if (pcrd->init < 0 || pcrd->init > 180)
 597             {
 598                 gmx_fatal(FARGS,  "The initial pull reference angle (%g) is outside of the allowed range [0, 180] degrees.", pcrd->init);
 599             }
 600         }
 601         else if (pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL)
 602         {
 603             if (pcrd->init < -180 || pcrd->init > 180)
 604             {
 605                 gmx_fatal(FARGS,  "The initial pull reference angle (%g) is outside of the allowed range [-180, 180] degrees.",
 606                           pcrd->init);
 607             }
 608         }
 609
 610
 611         fprintf(stderr, "     %10.3f %s\n", pcrd->init, pull_coordinate_units(pcrd));
 612     }
 613
 614     return pull_work;
 615 }