src/gromacs/gmxpreprocess/readpull.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include <cassert>
  40 #include <cstdlib>
  41 #include <cstring>
  42
  43 #include "gromacs/domdec/localatomsetmanager.h"
  44 #include "gromacs/fileio/readinp.h"
  45 #include "gromacs/fileio/warninp.h"
  46 #include "gromacs/gmxpreprocess/readir.h"
  47 #include "gromacs/math/vec.h"
  48 #include "gromacs/mdlib/mdatoms.h"
  49 #include "gromacs/mdlib/mdrun.h"
  50 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  51 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  52 #include "gromacs/mdtypes/pull-params.h"
  53 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  54 #include "gromacs/pulling/pull.h"
  55 #include "gromacs/topology/topology.h"
  56 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  57 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  58 #include "gromacs/utility/futil.h"
  59 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  60
  61
  62 static void string2dvec(const char buf[], dvec nums)
  63 {
  64     double dum;
  65
  66     if (sscanf(buf, "%lf%lf%lf%lf", &nums[0], &nums[1], &nums[2], &dum) != 3)
  67     {
  68         gmx_fatal(FARGS, "Expected three numbers at input line %s", buf);
  69     }
  70 }
  71
  72 static void init_pull_group(t_pull_group *pg,
  73                             const char   *wbuf)
  74 {
  75     double d;
  76     int    n;
  77
  78     pg->nweight = 0;
  79     while (sscanf(wbuf, "%lf %n", &d, &n) == 1)
  80     {
  81         if (pg->nweight % 100 == 0)
  82         {
  83             srenew(pg->weight, pg->nweight+100);
  84         }
  85         pg->weight[pg->nweight++] = d;
  86         wbuf += n;
  87     }
  88 }
  89
  90 static void process_pull_dim(char *dim_buf, ivec dim, const t_pull_coord *pcrd)
  91 {
  92     int           ndim, d, nchar;
  93     char         *ptr, pulldim1[STRLEN];
  94
  95     ptr  = dim_buf;
  96     ndim = 0;
  97     for (d = 0; d < DIM; d++)
  98     {
  99         if (sscanf(ptr, "%s%n", pulldim1, &nchar) != 1)
 100         {
 101             gmx_fatal(FARGS, "Less than 3 pull dimensions given in pull_dim: '%s'",
 102                       dim_buf);
 103         }
 104
 105         if (gmx_strncasecmp(pulldim1, "N", 1) == 0)
 106         {
 107             dim[d] = 0;
 108         }
 109         else if (gmx_strncasecmp(pulldim1, "Y", 1) == 0)
 110         {
 111             dim[d] = 1;
 112             ndim++;
 113         }
 114         else
 115         {
 116             gmx_fatal(FARGS, "Please use Y(ES) or N(O) for pull_dim only (not %s)",
 117                       pulldim1);
 118         }
 119         ptr += nchar;
 120     }
 121     if (ndim == 0)
 122     {
 123         gmx_fatal(FARGS, "All entries in pull dim are N");
 124     }
 125     if ((pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL) && (ndim < 3))
 126     {
 127         gmx_fatal(FARGS, "Pull geometry dihedral is only useful with pull-dim = Y Y Y");
 128     }
 129     if ((pcrd->eGeom == epullgANGLE || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS ) && (ndim < 2))
 130     {
 131         gmx_fatal(FARGS, "Pull geometry %s is only useful with pull-dim = Y for at least 2 dimensions",
 132                   EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 133     }
 134 }
 135
 136 static void init_pull_coord(t_pull_coord *pcrd, int coord_index_for_output,
 137                             char *dim_buf,
 138                             const char *origin_buf, const char *vec_buf,
 139                             warninp_t wi)
 140 {
 141     int    m;
 142     dvec   origin, vec;
 143     char   buf[STRLEN];
 144
 145     if (pcrd->eType == epullCONSTRAINT && (pcrd->eGeom == epullgCYL ||
 146                                            pcrd->eGeom == epullgDIRRELATIVE ||
 147                                            pcrd->eGeom == epullgANGLE ||
 148                                            pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS ||
 149                                            pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL))
 150     {
 151         gmx_fatal(FARGS, "Pulling of type %s can not be combined with geometry %s. Consider using pull type %s.",
 152                   epull_names[pcrd->eType],
 153                   epullg_names[pcrd->eGeom],
 154                   epull_names[epullUMBRELLA]);
 155     }
 156
 157     if (pcrd->eType == epullEXTERNAL)
 158     {
 159         if (pcrd->externalPotentialProvider[0] == '\0')
 160         {
 161             sprintf(buf, "The use of pull type '%s' for pull coordinate %d requires that the name of the module providing the potential external is set with the option %s%d%s",
 162                     epull_names[pcrd->eType], coord_index_for_output,
 163                     "pull-coord", coord_index_for_output, "-potential-provider");
 164             warning_error(wi, buf);
 165         }
 166
 167         if (pcrd->rate != 0)
 168         {
 169             sprintf(buf, "The use of pull type '%s' for pull coordinate %d requires that the pull rate is zero",
 170                     epull_names[pcrd->eType], coord_index_for_output);
 171             warning_error(wi, buf);
 172         }
 173
 174         if (pcrd->eGeom == epullgCYL)
 175         {
 176             /* Warn the user of a PBC restriction, caused by the fact that
 177              * there is no reference value with an external pull potential.
 178              */
 179             sprintf(buf, "With pull type '%s' and geometry '%s', the distance component along the cylinder axis between atoms in the cylinder group and the COM of the pull group should be smaller than half the box length",
 180                     epull_names[pcrd->eType], epullg_names[pcrd->eGeom]);
 181             warning_note(wi, buf);
 182         }
 183     }
 184
 185     process_pull_dim(dim_buf, pcrd->dim, pcrd);
 186
 187     string2dvec(origin_buf, origin);
 188     if (pcrd->group[0] != 0 && dnorm(origin) > 0)
 189     {
 190         gmx_fatal(FARGS, "The pull origin can only be set with an absolute reference");
 191     }
 192
 193     /* Check the given initial reference value and warn for dangerous values */
 194     if (pcrd->eGeom == epullgDIST)
 195     {
 196         if (pcrd->bStart && pcrd->init < 0)
 197         {
 198             sprintf(buf, "The initial reference distance set by pull-coord-init is set to a negative value (%g) with geometry %s while distances need to be non-negative. "
 199                     "This may work, since you have set pull-coord-start to 'yes' which modifies this value, but only for certain starting distances. "
 200                     "If this is a mistake you may want to use geometry %s instead.",
 201                     pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom), EPULLGEOM(epullgDIR));
 202             warning(wi, buf);
 203         }
 204     }
 205     else if (pcrd->eGeom == epullgANGLE || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS)
 206     {
 207         if (pcrd->bStart && (pcrd->init < 0 || pcrd->init > 180))
 208         {
 209             /* This value of pcrd->init may be ok depending on pcrd->bStart which modifies pcrd->init later on */
 210             sprintf(buf, "The initial reference angle set by pull-coord-init (%g) is outside of the allowed range [0, 180] degrees for geometry (%s). "
 211                     "This may work, since you have set pull-coord-start to 'yes' which modifies this value, but only for certain starting angles.",
 212                     pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 213             warning(wi, buf);
 214         }
 215     }
 216     else if (pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL)
 217     {
 218         if (pcrd->bStart && (pcrd->init < -180 || pcrd->init > 180))
 219         {
 220             sprintf(buf, "The initial reference angle set by pull-coord-init (%g) is outside of the allowed range [-180, 180] degrees for geometry (%s). "
 221                     "This may work, since you have set pull-coord-start to 'yes' which modifies this value, but only for certain starting angles.",
 222                     pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 223             warning(wi, buf);
 224         }
 225     }
 226
 227     /* Check and set the pull vector */
 228     clear_dvec(vec);
 229     string2dvec(vec_buf, vec);
 230
 231     if (pcrd->eGeom == epullgDIR || pcrd->eGeom == epullgCYL || pcrd->eGeom == epullgDIRPBC || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS)
 232     {
 233         if (dnorm2(vec) == 0)
 234         {
 235             gmx_fatal(FARGS, "With pull geometry %s the pull vector can not be 0,0,0",
 236                       epullg_names[pcrd->eGeom]);
 237         }
 238         for (int d = 0; d < DIM; d++)
 239         {
 240             if (vec[d] != 0 && pcrd->dim[d] == 0)
 241             {
 242                 gmx_fatal(FARGS, "pull-coord-vec has non-zero %c-component while pull_dim for the %c-dimension is set to N", 'x'+d, 'x'+d);
 243             }
 244         }
 245
 246         /* Normalize the direction vector */
 247         dsvmul(1/dnorm(vec), vec, vec);
 248     }
 249     else /* This case is for are all the geometries where the pull vector is not used */
 250     {
 251         if (dnorm2(vec) > 0)
 252         {
 253             sprintf(buf, "A pull vector is given (%g  %g  %g) but will not be used with geometry %s. If you really want to use this "
 254                     "vector, consider using geometry %s instead.",
 255                     vec[0], vec[1], vec[2], EPULLGEOM(pcrd->eGeom),
 256                     pcrd->eGeom == epullgANGLE ? EPULLGEOM(epullgANGLEAXIS) : EPULLGEOM(epullgDIR));
 257             warning(wi, buf);
 258         }
 259     }
 260     for (m = 0; m < DIM; m++)
 261     {
 262         pcrd->origin[m] = origin[m];
 263         pcrd->vec[m]    = vec[m];
 264     }
 265 }
 266
 267 char **read_pullparams(std::vector<t_inpfile> *inp,
 268                        pull_params_t          *pull,
 269                        warninp_t               wi)
 270 {
 271     int                    nscan, idum;
 272     char                 **grpbuf;
 273     char                   buf[STRLEN];
 274     char                   provider[STRLEN], groups[STRLEN], dim_buf[STRLEN];
 275     char                   wbuf[STRLEN], origin_buf[STRLEN], vec_buf[STRLEN];
 276
 277     t_pull_group          *pgrp;
 278     t_pull_coord          *pcrd;
 279
 280     /* read pull parameters */
 281     printStringNoNewline(inp, "Cylinder radius for dynamic reaction force groups (nm)");
 282     pull->cylinder_r              = get_ereal(inp, "pull-cylinder-r", 1.5, wi);
 283     pull->constr_tol              = get_ereal(inp, "pull-constr-tol", 1E-6, wi);
 284     pull->bPrintCOM               = (get_eeenum(inp, "pull-print-com", yesno_names, wi) != 0);
 285     pull->bPrintRefValue          = (get_eeenum(inp, "pull-print-ref-value", yesno_names, wi) != 0);
 286     pull->bPrintComp              = (get_eeenum(inp, "pull-print-components", yesno_names, wi) != 0);
 287     pull->nstxout                 = get_eint(inp, "pull-nstxout", 50, wi);
 288     pull->nstfout                 = get_eint(inp, "pull-nstfout", 50, wi);
 289     pull->bSetPbcRefToPrevStepCOM = (get_eeenum(inp, "pull-pbc-ref-prev-step-com", yesno_names, wi) != 0);
 290     printStringNoNewline(inp, "Number of pull groups");
 291     pull->ngroup = get_eint(inp, "pull-ngroups", 1, wi);
 292     printStringNoNewline(inp, "Number of pull coordinates");
 293     pull->ncoord = get_eint(inp, "pull-ncoords", 1, wi);
 294
 295     if (pull->ngroup < 1)
 296     {
 297         gmx_fatal(FARGS, "pull-ngroups should be >= 1");
 298     }
 299     /* We always add an absolute reference group (index 0), even if not used */
 300     pull->ngroup += 1;
 301
 302     if (pull->ncoord < 1)
 303     {
 304         gmx_fatal(FARGS, "pull-ncoords should be >= 1");
 305     }
 306
 307     snew(pull->group, pull->ngroup);
 308
 309     snew(pull->coord, pull->ncoord);
 310
 311     /* pull group options */
 312     printStringNoNewline(inp, "Group and coordinate parameters");
 313
 314     /* Read the pull groups */
 315     snew(grpbuf, pull->ngroup);
 316     /* Group 0 is the absolute reference, we don't read anything for 0 */
 317     for (int groupNum = 1; groupNum < pull->ngroup; groupNum++)
 318     {
 319         pgrp = &pull->group[groupNum];
 320         snew(grpbuf[groupNum], STRLEN);
 321         sprintf(buf, "pull-group%d-name", groupNum);
 322         setStringEntry(inp, buf, grpbuf[groupNum], "");
 323         sprintf(buf, "pull-group%d-weights", groupNum);
 324         setStringEntry(inp, buf, wbuf, "");
 325         sprintf(buf, "pull-group%d-pbcatom", groupNum);
 326         pgrp->pbcatom = get_eint(inp, buf, 0, wi);
 327
 328         /* Initialize the pull group */
 329         init_pull_group(pgrp, wbuf);
 330     }
 331
 332     /* Read the pull coordinates */
 333     for (int coordNum = 1; coordNum < pull->ncoord + 1; coordNum++)
 334     {
 335         pcrd = &pull->coord[coordNum - 1];
 336         sprintf(buf, "pull-coord%d-type", coordNum);
 337         pcrd->eType = get_eeenum(inp, buf, epull_names, wi);
 338         sprintf(buf, "pull-coord%d-potential-provider", coordNum);
 339         setStringEntry(inp, buf, provider, "");
 340         pcrd->externalPotentialProvider = gmx_strdup(provider);
 341         sprintf(buf, "pull-coord%d-geometry", coordNum);
 342         pcrd->eGeom = get_eeenum(inp, buf, epullg_names, wi);
 343         sprintf(buf, "pull-coord%d-groups", coordNum);
 344         setStringEntry(inp, buf, groups, "");
 345
 346         switch (pcrd->eGeom)
 347         {
 348             case epullgDIHEDRAL:
 349                 pcrd->ngroup = 6; break;
 350             case epullgDIRRELATIVE:
 351             case epullgANGLE:
 352                 pcrd->ngroup = 4; break;
 353             default:
 354                 pcrd->ngroup = 2; break;
 355         }
 356
 357         nscan = sscanf(groups, "%d %d %d %d %d %d %d",
 358                        &pcrd->group[0], &pcrd->group[1], &pcrd->group[2], &pcrd->group[3],
 359                        &pcrd->group[4], &pcrd->group[5], &idum);
 360         if (nscan != pcrd->ngroup)
 361         {
 362             auto message = gmx::formatString("%s should contain %d pull group indices with geometry %s",
 363                                              buf, pcrd->ngroup, epullg_names[pcrd->eGeom]);
 364             set_warning_line(wi, nullptr, -1);
 365             warning_error(wi, message);
 366         }
 367         for (int g = 0; g < pcrd->ngroup; g++)
 368         {
 369             if (pcrd->group[g] < 0 || pcrd->group[g] >= pull->ngroup)
 370             {
 371                 /* Quit with a fatal error to avoid invalid memory access */
 372                 gmx_fatal(FARGS, "%s contains an invalid pull group %d, you should have %d <= group <= %d",
 373                           buf, pcrd->group[g], 0, pull->ngroup - 1);
 374             }
 375         }
 376
 377         sprintf(buf, "pull-coord%d-dim", coordNum);
 378         setStringEntry(inp, buf, dim_buf, "Y Y Y");
 379         sprintf(buf, "pull-coord%d-origin", coordNum);
 380         setStringEntry(inp, buf, origin_buf, "0.0 0.0 0.0");
 381         sprintf(buf, "pull-coord%d-vec", coordNum);
 382         setStringEntry(inp, buf, vec_buf, "0.0 0.0 0.0");
 383         sprintf(buf, "pull-coord%d-start", coordNum);
 384         pcrd->bStart = (get_eeenum(inp, buf, yesno_names, wi) != 0);
 385         sprintf(buf, "pull-coord%d-init", coordNum);
 386         pcrd->init = get_ereal(inp, buf, 0.0, wi);
 387         sprintf(buf, "pull-coord%d-rate", coordNum);
 388         pcrd->rate = get_ereal(inp, buf, 0.0, wi);
 389         sprintf(buf, "pull-coord%d-k", coordNum);
 390         pcrd->k = get_ereal(inp, buf, 0.0, wi);
 391         sprintf(buf, "pull-coord%d-kB", coordNum);
 392         pcrd->kB = get_ereal(inp, buf, pcrd->k, wi);
 393
 394         /* Initialize the pull coordinate */
 395         init_pull_coord(pcrd, coordNum, dim_buf, origin_buf, vec_buf, wi);
 396     }
 397
 398     return grpbuf;
 399 }
 400
 401 void make_pull_groups(pull_params_t *pull,
 402                       char **pgnames,
 403                       const t_blocka *grps, char **gnames)
 404 {
 405     int           g, ig = -1, i;
 406     t_pull_group *pgrp;
 407
 408     /* Absolute reference group (might not be used) is special */
 409     pgrp                = &pull->group[0];
 410     pgrp->nat           = 0;
 411     pgrp->pbcatom       = -1;
 412     pgrp->pbcatom_input = -1;
 413
 414     for (g = 1; g < pull->ngroup; g++)
 415     {
 416         pgrp                = &pull->group[g];
 417         pgrp->pbcatom_input = pgrp->pbcatom;
 418
 419         if (strcmp(pgnames[g], "") == 0)
 420         {
 421             gmx_fatal(FARGS, "Pull option pull_group%d required by grompp has not been set.", g);
 422         }
 423
 424         ig        = search_string(pgnames[g], grps->nr, gnames);
 425         pgrp->nat = grps->index[ig+1] - grps->index[ig];
 426
 427         fprintf(stderr, "Pull group %d '%s' has %d atoms\n",
 428                 g, pgnames[g], pgrp->nat);
 429
 430         if (pgrp->nat == 0)
 431         {
 432             gmx_fatal(FARGS, "Pull group %d '%s' is empty", g, pgnames[g]);
 433         }
 434
 435         snew(pgrp->ind, pgrp->nat);
 436         for (i = 0; i < pgrp->nat; i++)
 437         {
 438             pgrp->ind[i] = grps->a[grps->index[ig]+i];
 439         }
 440
 441         if (pgrp->nweight > 0 && pgrp->nweight != pgrp->nat)
 442         {
 443             gmx_fatal(FARGS, "Number of weights (%d) for pull group %d '%s' does not match the number of atoms (%d)",
 444                       pgrp->nweight, g, pgnames[g], pgrp->nat);
 445         }
 446
 447         if (pgrp->nat == 1)
 448         {
 449             /* No pbc is required for this group */
 450             pgrp->pbcatom = -1;
 451         }
 452         else
 453         {
 454             if (pgrp->pbcatom > 0)
 455             {
 456                 pgrp->pbcatom -= 1;
 457             }
 458             else if (pgrp->pbcatom == 0)
 459             {
 460                 pgrp->pbcatom = pgrp->ind[(pgrp->nat-1)/2];
 461             }
 462             else
 463             {
 464                 /* Use cosine weighting */
 465                 pgrp->pbcatom = -1;
 466             }
 467         }
 468     }
 469 }
 470
 471 void make_pull_coords(pull_params_t *pull)
 472 {
 473     int           c;
 474     t_pull_coord *pcrd;
 475
 476     for (c = 0; c < pull->ncoord; c++)
 477     {
 478         pcrd = &pull->coord[c];
 479
 480         if (pcrd->group[0] < 0 || pcrd->group[0] >= pull->ngroup ||
 481             pcrd->group[1] < 0 || pcrd->group[1] >= pull->ngroup)
 482         {
 483             gmx_fatal(FARGS, "Pull group index in pull-coord%d-groups out of range, should be between %d and %d", c+1, 0, pull->ngroup+1);
 484         }
 485
 486         if (pcrd->group[0] == pcrd->group[1])
 487         {
 488             gmx_fatal(FARGS, "Identical pull group indices in pull-coord%d-groups", c+1);
 489         }
 490
 491         if (pcrd->eGeom == epullgCYL)
 492         {
 493             if (pull->group[pcrd->group[0]].nweight > 0)
 494             {
 495                 gmx_fatal(FARGS, "Weights are not supported for the reference group with cylinder pulling");
 496             }
 497         }
 498     }
 499 }
 500
 501 pull_t *set_pull_init(t_inputrec *ir, const gmx_mtop_t *mtop,
 502                       rvec *x, matrix box, real lambda,
 503                       warninp_t wi)
 504 {
 505     pull_params_t *pull;
 506     pull_t        *pull_work;
 507     t_pbc          pbc;
 508     int            c;
 509     double         t_start;
 510
 511     pull      = ir->pull;
 512     gmx::LocalAtomSetManager atomSets;
 513     pull_work = init_pull(nullptr, pull, ir, mtop, nullptr, &atomSets, lambda);
 514     auto                     mdAtoms = gmx::makeMDAtoms(nullptr, *mtop, *ir, false);
 515     auto                     md      = mdAtoms->mdatoms();
 516     atoms2md(mtop, ir, -1, nullptr, mtop->natoms, mdAtoms.get());
 517     if (ir->efep)
 518     {
 519         update_mdatoms(md, lambda);
 520     }
 521
 522     set_pbc(&pbc, ir->ePBC, box);
 523
 524     t_start = ir->init_t + ir->init_step*ir->delta_t;
 525
 526     if (pull->bSetPbcRefToPrevStepCOM)
 527     {
 528         initPullComFromPrevStep(nullptr, pull_work, md, &pbc, x);
 529     }
 530     pull_calc_coms(nullptr, pull_work, md, &pbc, t_start, x, nullptr);
 531
 532     for (int g = 0; g < pull->ngroup; g++)
 533     {
 534         bool groupObeysPbc =
 535             pullCheckPbcWithinGroup(*pull_work,
 536                                     gmx::arrayRefFromArray(reinterpret_cast<gmx::RVec *>(x),
 537                                                            mtop->natoms),
 538                                     pbc, g, c_pullGroupSmallGroupThreshold);
 539         if (!groupObeysPbc)
 540         {
 541             char buf[STRLEN];
 542             if (pull->group[g].pbcatom_input == 0)
 543             {
 544                 sprintf(buf, "When the maximum distance from a pull group reference atom to other atoms in the "
 545                         "group is larger than %g times half the box size a centrally placed "
 546                         "atom should be chosen as pbcatom. Pull group %d is larger than that and does not have "
 547                         "a specific atom selected as reference atom.", c_pullGroupSmallGroupThreshold, g);
 548                 warning_error(wi, buf);
 549             }
 550             else if (!pull->bSetPbcRefToPrevStepCOM)
 551             {
 552                 sprintf(buf, "The maximum distance from the chosen PBC atom (%d) of pull group %d to other "
 553                         "atoms in the group is larger than %g times half the box size. "
 554                         "Set the pull-pbc-ref-prev-step-com option to yes.", pull->group[g].pbcatom + 1,
 555                         g, c_pullGroupSmallGroupThreshold);
 556                 warning_error(wi, buf);
 557             }
 558         }
 559         if (groupObeysPbc)
 560         {
 561             groupObeysPbc =
 562                 pullCheckPbcWithinGroup(*pull_work,
 563                                         gmx::arrayRefFromArray(reinterpret_cast<gmx::RVec *>(x),
 564                                                                mtop->natoms),
 565                                         pbc, g, c_pullGroupPbcMargin);
 566             if (!groupObeysPbc)
 567             {
 568                 char buf[STRLEN];
 569                 sprintf(buf,
 570                         "Pull group %d has atoms at a distance larger than %g times half the box size from the PBC atom (%d). "
 571                         "If atoms are or will more beyond half the box size from the PBC atom, the COM will be ill defined.",
 572                         g, c_pullGroupPbcMargin, pull->group[g].pbcatom + 1);
 573                 set_warning_line(wi, nullptr, -1);
 574                 warning(wi, buf);
 575             }
 576         }
 577     }
 578
 579     fprintf(stderr, "Pull group  natoms  pbc atom  distance at start  reference at t=0\n");
 580     for (c = 0; c < pull->ncoord; c++)
 581     {
 582         t_pull_coord *pcrd;
 583         t_pull_group *pgrp0, *pgrp1;
 584         double        value;
 585         real          init = 0;
 586
 587         pcrd  = &pull->coord[c];
 588
 589         pgrp0 = &pull->group[pcrd->group[0]];
 590         pgrp1 = &pull->group[pcrd->group[1]];
 591         fprintf(stderr, "%8d  %8d  %8d\n",
 592                 pcrd->group[0], pgrp0->nat, pgrp0->pbcatom+1);
 593         fprintf(stderr, "%8d  %8d  %8d ",
 594                 pcrd->group[1], pgrp1->nat, pgrp1->pbcatom+1);
 595
 596         if (pcrd->bStart)
 597         {
 598             init       = pcrd->init;
 599             pcrd->init = 0;
 600         }
 601
 602         value  = get_pull_coord_value(pull_work, c, &pbc);
 603
 604         value *= pull_conversion_factor_internal2userinput(pcrd);
 605         fprintf(stderr, " %10.3f %s", value, pull_coordinate_units(pcrd));
 606
 607         if (pcrd->bStart)
 608         {
 609             pcrd->init = value + init;
 610         }
 611
 612         if (pcrd->eGeom == epullgDIST)
 613         {
 614             if (pcrd->init < 0)
 615             {
 616                 gmx_fatal(FARGS, "The initial pull distance (%g) needs to be non-negative with geometry %s. If you want a signed distance, use geometry %s instead.",
 617                           pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom), EPULLGEOM(epullgDIR));
 618             }
 619
 620             /* TODO: With a positive init but a negative rate things could still
 621              * go wrong, but it might be fine if you don't pull too far.
 622              * We should give a warning or note when there is only one pull dim
 623              * active, since that is usually the problematic case when you should
 624              * be using direction. We will do this later, since an already planned
 625              * generalization of the pull code makes pull dim available here.
 626              */
 627         }
 628         else if (pcrd->eGeom == epullgANGLE || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS)
 629         {
 630             if (pcrd->init < 0 || pcrd->init > 180)
 631             {
 632                 gmx_fatal(FARGS,  "The initial pull reference angle (%g) is outside of the allowed range [0, 180] degrees.", pcrd->init);
 633             }
 634         }
 635         else if (pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL)
 636         {
 637             if (pcrd->init < -180 || pcrd->init > 180)
 638             {
 639                 gmx_fatal(FARGS,  "The initial pull reference angle (%g) is outside of the allowed range [-180, 180] degrees.",
 640                           pcrd->init);
 641             }
 642         }
 643
 644
 645         fprintf(stderr, "     %10.3f %s\n", pcrd->init, pull_coordinate_units(pcrd));
 646     }
 647
 648     return pull_work;
 649 }