src/gromacs/gmxpreprocess/readpull.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include <stdlib.h>
  40 #include <string.h>
  41
  42 #include "gromacs/gmxpreprocess/readir.h"
  43 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  44 #include "gromacs/legacyheaders/mdatoms.h"
  45 #include "gromacs/legacyheaders/names.h"
  46 #include "gromacs/legacyheaders/readinp.h"
  47 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  48 #include "gromacs/math/vec.h"
  49 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  50 #include "gromacs/pulling/pull.h"
  51 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  52 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  53 #include "gromacs/utility/futil.h"
  54 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  55
  56
  57 static void string2dvec(const char buf[], dvec nums)
  58 {
  59     double dum;
  60
  61     if (sscanf(buf, "%lf%lf%lf%lf", &nums[0], &nums[1], &nums[2], &dum) != 3)
  62     {
  63         gmx_fatal(FARGS, "Expected three numbers at input line %s", buf);
  64     }
  65 }
  66
  67 static void init_pull_group(t_pull_group *pg,
  68                             const char   *wbuf)
  69 {
  70     double d;
  71     int    n;
  72
  73     pg->nweight = 0;
  74     while (sscanf(wbuf, "%lf %n", &d, &n) == 1)
  75     {
  76         if (pg->nweight % 100 == 0)
  77         {
  78             srenew(pg->weight, pg->nweight+100);
  79         }
  80         pg->weight[pg->nweight++] = d;
  81         wbuf += n;
  82     }
  83 }
  84
  85 static void process_pull_dim(char *dim_buf, ivec dim)
  86 {
  87     int           ndim, d, nchar;
  88     char         *ptr, pulldim1[STRLEN];
  89
  90     ptr  = dim_buf;
  91     ndim = 0;
  92     for (d = 0; d < DIM; d++)
  93     {
  94         if (sscanf(ptr, "%s%n", pulldim1, &nchar) != 1)
  95         {
  96             gmx_fatal(FARGS, "Less than 3 pull dimensions given in pull_dim: '%s'",
  97                       dim_buf);
  98         }
  99
 100         if (gmx_strncasecmp(pulldim1, "N", 1) == 0)
 101         {
 102             dim[d] = 0;
 103         }
 104         else if (gmx_strncasecmp(pulldim1, "Y", 1) == 0)
 105         {
 106             dim[d] = 1;
 107             ndim++;
 108         }
 109         else
 110         {
 111             gmx_fatal(FARGS, "Please use Y(ES) or N(O) for pull_dim only (not %s)",
 112                       pulldim1);
 113         }
 114         ptr += nchar;
 115     }
 116     if (ndim == 0)
 117     {
 118         gmx_fatal(FARGS, "All entries in pull dim are N");
 119     }
 120 }
 121
 122 static void init_pull_coord(t_pull_coord *pcrd,
 123                             char *dim_buf,
 124                             const char *origin_buf, const char *vec_buf,
 125                             warninp_t wi)
 126 {
 127     int    m;
 128     dvec   origin, vec;
 129     char   buf[STRLEN];
 130
 131     if (pcrd->eType == epullCONSTRAINT && (pcrd->eGeom == epullgCYL ||
 132                                            pcrd->eGeom == epullgDIRRELATIVE))
 133     {
 134         gmx_fatal(FARGS, "Pulling of type %s can not be combined with geometry %s. Consider using pull type %s.",
 135                   epull_names[pcrd->eType],
 136                   epullg_names[pcrd->eGeom],
 137                   epull_names[epullUMBRELLA]);
 138     }
 139
 140     process_pull_dim(dim_buf, pcrd->dim);
 141
 142     string2dvec(origin_buf, origin);
 143     if (pcrd->group[0] != 0 && dnorm(origin) > 0)
 144     {
 145         gmx_fatal(FARGS, "The pull origin can only be set with an absolute reference");
 146     }
 147
 148     /* Check and set the pull vector */
 149     clear_dvec(vec);
 150     if (pcrd->eGeom == epullgDIST)
 151     {
 152         if (pcrd->init < 0)
 153         {
 154             sprintf(buf, "The initial pull distance is negative with geometry %s, while a distance can not be negative. Use geometry %s instead.",
 155                     EPULLGEOM(pcrd->eGeom), EPULLGEOM(epullgDIR));
 156             warning_error(wi, buf);
 157         }
 158         /* TODO: With a positive init but a negative rate things could still
 159          * go wrong, but it might be fine if you don't pull too far.
 160          * We should give a warning or note when there is only one pull dim
 161          * active, since that is usually the problematic case when you should
 162          * be using direction. We will do this later, since an already planned
 163          * generalization of the pull code makes pull dim available here.
 164          */
 165     }
 166     else if (pcrd->eGeom != epullgDIRRELATIVE)
 167     {
 168         string2dvec(vec_buf, vec);
 169         if (dnorm2(vec) == 0)
 170         {
 171             gmx_fatal(FARGS, "With pull geometry %s the pull vector can not be 0,0,0",
 172                       epullg_names[pcrd->eGeom]);
 173         }
 174         if (pcrd->eGeom == epullgDIR || pcrd->eGeom == epullgCYL)
 175         {
 176             /* Normalize the direction vector */
 177             dsvmul(1/dnorm(vec), vec, vec);
 178         }
 179     }
 180     for (m = 0; m < DIM; m++)
 181     {
 182         pcrd->origin[m] = origin[m];
 183         pcrd->vec[m]    = vec[m];
 184     }
 185 }
 186
 187 char **read_pullparams(int *ninp_p, t_inpfile **inp_p,
 188                        pull_params_t *pull,
 189                        warninp_t wi)
 190 {
 191     int           ninp, i, nscan, idum;
 192     t_inpfile    *inp;
 193     const char   *tmp;
 194     char        **grpbuf;
 195     char          buf[STRLEN], groups[STRLEN], dim_buf[STRLEN];
 196     char          wbuf[STRLEN], origin_buf[STRLEN], vec_buf[STRLEN];
 197
 198     t_pull_group *pgrp;
 199     t_pull_coord *pcrd;
 200
 201     ninp   = *ninp_p;
 202     inp    = *inp_p;
 203
 204     /* read pull parameters */
 205     CTYPE("Cylinder radius for dynamic reaction force groups (nm)");
 206     RTYPE("pull-cylinder-r",  pull->cylinder_r, 1.5);
 207     RTYPE("pull-constr-tol",  pull->constr_tol, 1E-6);
 208     EETYPE("pull-print-com1", pull->bPrintCOM1, yesno_names);
 209     EETYPE("pull-print-com2", pull->bPrintCOM2, yesno_names);
 210     EETYPE("pull-print-ref-value", pull->bPrintRefValue, yesno_names);
 211     EETYPE("pull-print-components", pull->bPrintComp, yesno_names);
 212     ITYPE("pull-nstxout",     pull->nstxout, 50);
 213     ITYPE("pull-nstfout",     pull->nstfout, 50);
 214     CTYPE("Number of pull groups");
 215     ITYPE("pull-ngroups",     pull->ngroup, 1);
 216     CTYPE("Number of pull coordinates");
 217     ITYPE("pull-ncoords",     pull->ncoord, 1);
 218
 219     if (pull->ngroup < 1)
 220     {
 221         gmx_fatal(FARGS, "pull-ngroups should be >= 1");
 222     }
 223     /* We always add an absolute reference group (index 0), even if not used */
 224     pull->ngroup += 1;
 225
 226     if (pull->ncoord < 1)
 227     {
 228         gmx_fatal(FARGS, "pull-ncoords should be >= 1");
 229     }
 230
 231     snew(pull->group, pull->ngroup);
 232
 233     snew(pull->coord, pull->ncoord);
 234
 235     /* pull group options */
 236     CTYPE("Group name, weight (default all 1), vector, init, rate (nm/ps), kJ/(mol*nm^2)");
 237
 238     /* Read the pull groups */
 239     snew(grpbuf, pull->ngroup);
 240     /* Group 0 is the absolute reference, we don't read anything for 0 */
 241     for (i = 1; i < pull->ngroup; i++)
 242     {
 243         pgrp = &pull->group[i];
 244         snew(grpbuf[i], STRLEN);
 245         sprintf(buf, "pull-group%d-name", i);
 246         STYPE(buf,              grpbuf[i], "");
 247         sprintf(buf, "pull-group%d-weights", i);
 248         STYPE(buf,              wbuf, "");
 249         sprintf(buf, "pull-group%d-pbcatom", i);
 250         ITYPE(buf,              pgrp->pbcatom, 0);
 251
 252         /* Initialize the pull group */
 253         init_pull_group(pgrp, wbuf);
 254     }
 255
 256     /* Read the pull coordinates */
 257     for (i = 1; i < pull->ncoord + 1; i++)
 258     {
 259         int ngroup;
 260
 261         pcrd = &pull->coord[i-1];
 262         sprintf(buf, "pull-coord%d-type", i);
 263         EETYPE(buf,             pcrd->eType, epull_names);
 264         sprintf(buf, "pull-coord%d-geometry", i);
 265         EETYPE(buf,             pcrd->eGeom, epullg_names);
 266         sprintf(buf, "pull-coord%d-groups", i);
 267         STYPE(buf,              groups, "");
 268
 269         nscan  = sscanf(groups, "%d %d %d %d %d", &pcrd->group[0], &pcrd->group[1],  &pcrd->group[2], &pcrd->group[3], &idum);
 270         ngroup = (pcrd->eGeom == epullgDIRRELATIVE) ? 4 : 2;
 271         if (nscan != ngroup)
 272         {
 273             sprintf(wbuf, "%s should contain %d pull group indices with geometry %s",
 274                     buf, ngroup, epullg_names[pcrd->eGeom]);
 275             set_warning_line(wi, NULL, -1);
 276             warning_error(wi, wbuf);
 277         }
 278
 279         sprintf(buf, "pull-coord%d-dim", i);
 280         STYPE(buf,              dim_buf,     "Y Y Y");
 281         sprintf(buf, "pull-coord%d-origin", i);
 282         STYPE(buf,              origin_buf,  "0.0 0.0 0.0");
 283         sprintf(buf, "pull-coord%d-vec", i);
 284         STYPE(buf,              vec_buf,     "0.0 0.0 0.0");
 285         sprintf(buf, "pull-coord%d-start", i);
 286         EETYPE(buf,             pcrd->bStart, yesno_names);
 287         sprintf(buf, "pull-coord%d-init", i);
 288         RTYPE(buf,              pcrd->init,  0.0);
 289         sprintf(buf, "pull-coord%d-rate", i);
 290         RTYPE(buf,              pcrd->rate,  0.0);
 291         sprintf(buf, "pull-coord%d-k", i);
 292         RTYPE(buf,              pcrd->k,     0.0);
 293         sprintf(buf, "pull-coord%d-kB", i);
 294         RTYPE(buf,              pcrd->kB,    pcrd->k);
 295
 296         /* Initialize the pull coordinate */
 297         init_pull_coord(pcrd, dim_buf, origin_buf, vec_buf, wi);
 298     }
 299
 300     *ninp_p   = ninp;
 301     *inp_p    = inp;
 302
 303     return grpbuf;
 304 }
 305
 306 void make_pull_groups(pull_params_t *pull,
 307                       char **pgnames,
 308                       const t_blocka *grps, char **gnames)
 309 {
 310     int           g, ig = -1, i;
 311     t_pull_group *pgrp;
 312
 313     /* Absolute reference group (might not be used) is special */
 314     pgrp          = &pull->group[0];
 315     pgrp->nat     = 0;
 316     pgrp->pbcatom = -1;
 317
 318     for (g = 1; g < pull->ngroup; g++)
 319     {
 320         pgrp = &pull->group[g];
 321
 322         if (strcmp(pgnames[g], "") == 0)
 323         {
 324             gmx_fatal(FARGS, "Pull option pull_group%d required by grompp has not been set.", g);
 325         }
 326
 327         ig        = search_string(pgnames[g], grps->nr, gnames);
 328         pgrp->nat = grps->index[ig+1] - grps->index[ig];
 329
 330         fprintf(stderr, "Pull group %d '%s' has %d atoms\n",
 331                 g, pgnames[g], pgrp->nat);
 332
 333         if (pgrp->nat == 0)
 334         {
 335             gmx_fatal(FARGS, "Pull group %d '%s' is empty", g, pgnames[g]);
 336         }
 337
 338         snew(pgrp->ind, pgrp->nat);
 339         for (i = 0; i < pgrp->nat; i++)
 340         {
 341             pgrp->ind[i] = grps->a[grps->index[ig]+i];
 342         }
 343
 344         if (pgrp->nweight > 0 && pgrp->nweight != pgrp->nat)
 345         {
 346             gmx_fatal(FARGS, "Number of weights (%d) for pull group %d '%s' does not match the number of atoms (%d)",
 347                       pgrp->nweight, g, pgnames[g], pgrp->nat);
 348         }
 349
 350         if (pgrp->nat == 1)
 351         {
 352             /* No pbc is required for this group */
 353             pgrp->pbcatom = -1;
 354         }
 355         else
 356         {
 357             if (pgrp->pbcatom > 0)
 358             {
 359                 pgrp->pbcatom -= 1;
 360             }
 361             else if (pgrp->pbcatom == 0)
 362             {
 363                 pgrp->pbcatom = pgrp->ind[(pgrp->nat-1)/2];
 364             }
 365             else
 366             {
 367                 /* Use cosine weighting */
 368                 pgrp->pbcatom = -1;
 369             }
 370         }
 371     }
 372 }
 373
 374 void make_pull_coords(pull_params_t *pull)
 375 {
 376     int           c, d;
 377     t_pull_coord *pcrd;
 378
 379     for (c = 0; c < pull->ncoord; c++)
 380     {
 381         pcrd = &pull->coord[c];
 382
 383         if (pcrd->group[0] < 0 || pcrd->group[0] >= pull->ngroup ||
 384             pcrd->group[1] < 0 || pcrd->group[1] >= pull->ngroup)
 385         {
 386             gmx_fatal(FARGS, "Pull group index in pull-coord%d-groups out of range, should be between %d and %d", c+1, 0, pull->ngroup+1);
 387         }
 388
 389         if (pcrd->group[0] == pcrd->group[1])
 390         {
 391             gmx_fatal(FARGS, "Identical pull group indices in pull-coord%d-groups", c+1);
 392         }
 393
 394         if (pcrd->eGeom == epullgCYL)
 395         {
 396             if (pull->group[pcrd->group[0]].nweight > 0)
 397             {
 398                 gmx_fatal(FARGS, "Weights are not supported for the reference group with cylinder pulling");
 399             }
 400         }
 401
 402         if (pcrd->eGeom != epullgDIST)
 403         {
 404             for (d = 0; d < DIM; d++)
 405             {
 406                 if (pcrd->vec[d] != 0 && pcrd->dim[d] == 0)
 407                 {
 408                     gmx_fatal(FARGS, "ERROR: pull-group%d-vec has non-zero %c-component while pull_dim for the %c-dimension is N\n", c+1, 'x'+d, 'x'+d);
 409                 }
 410             }
 411         }
 412
 413         if ((pcrd->eGeom == epullgDIR || pcrd->eGeom == epullgCYL) &&
 414             norm2(pcrd->vec) == 0)
 415         {
 416             gmx_fatal(FARGS, "pull-group%d-vec can not be zero with geometry %s",
 417                       c+1, EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 418         }
 419     }
 420 }
 421
 422 void set_pull_init(t_inputrec *ir, gmx_mtop_t *mtop, rvec *x, matrix box, real lambda,
 423                    const output_env_t oenv)
 424 {
 425     pull_params_t *pull;
 426     struct pull_t *pull_work;
 427     t_mdatoms     *md;
 428     t_pbc          pbc;
 429     int            c;
 430     double         t_start;
 431
 432     pull      = ir->pull;
 433     pull_work = init_pull(NULL, pull, ir, 0, NULL, mtop, NULL, oenv, lambda, FALSE, 0);
 434     md        = init_mdatoms(NULL, mtop, ir->efep);
 435     atoms2md(mtop, ir, 0, NULL, mtop->natoms, md);
 436     if (ir->efep)
 437     {
 438         update_mdatoms(md, lambda);
 439     }
 440
 441     set_pbc(&pbc, ir->ePBC, box);
 442
 443     t_start = ir->init_t + ir->init_step*ir->delta_t;
 444
 445     pull_calc_coms(NULL, pull_work, md, &pbc, t_start, x, NULL);
 446
 447     fprintf(stderr, "Pull group  natoms  pbc atom  distance at start  reference at t=0\n");
 448     for (c = 0; c < pull->ncoord; c++)
 449     {
 450         t_pull_coord *pcrd;
 451         t_pull_group *pgrp0, *pgrp1;
 452         double        value;
 453         real          init = 0;
 454
 455         pcrd  = &pull->coord[c];
 456
 457         pgrp0 = &pull->group[pcrd->group[0]];
 458         pgrp1 = &pull->group[pcrd->group[1]];
 459         fprintf(stderr, "%8d  %8d  %8d\n",
 460                 pcrd->group[0], pgrp0->nat, pgrp0->pbcatom+1);
 461         fprintf(stderr, "%8d  %8d  %8d ",
 462                 pcrd->group[1], pgrp1->nat, pgrp1->pbcatom+1);
 463
 464         if (pcrd->bStart)
 465         {
 466             init       = pcrd->init;
 467             pcrd->init = 0;
 468         }
 469
 470         get_pull_coord_value(pull_work, c, &pbc, &value);
 471         fprintf(stderr, " %10.3f nm", value);
 472
 473         if (pcrd->bStart)
 474         {
 475             pcrd->init = value + init;
 476         }
 477         fprintf(stderr, "     %10.3f nm\n", pcrd->init);
 478     }
 479
 480     finish_pull(pull_work);
 481 }