src/gromacs/gmxpreprocess/readpull.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include <cassert>
  40 #include <cstdlib>
  41 #include <cstring>
  42
  43 #include "gromacs/domdec/localatomsetmanager.h"
  44 #include "gromacs/fileio/readinp.h"
  45 #include "gromacs/fileio/warninp.h"
  46 #include "gromacs/gmxpreprocess/readir.h"
  47 #include "gromacs/math/vec.h"
  48 #include "gromacs/mdlib/mdatoms.h"
  49 #include "gromacs/mdtypes/inputrec.h"
  50 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  51 #include "gromacs/mdtypes/pull_params.h"
  52 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  53 #include "gromacs/pulling/pull.h"
  54 #include "gromacs/topology/topology.h"
  55 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  56 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  57 #include "gromacs/utility/futil.h"
  58 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  59
  60
  61 static void string2dvec(const char buf[], dvec nums)
  62 {
  63     double dum;
  64
  65     if (sscanf(buf, "%lf%lf%lf%lf", &nums[0], &nums[1], &nums[2], &dum) != 3)
  66     {
  67         gmx_fatal(FARGS, "Expected three numbers at input line %s", buf);
  68     }
  69 }
  70
  71 static void init_pull_group(t_pull_group* pg, const char* wbuf)
  72 {
  73     double d;
  74     int    n;
  75
  76     pg->nweight = 0;
  77     while (sscanf(wbuf, "%lf %n", &d, &n) == 1)
  78     {
  79         if (pg->nweight % 100 == 0)
  80         {
  81             srenew(pg->weight, pg->nweight + 100);
  82         }
  83         pg->weight[pg->nweight++] = d;
  84         wbuf += n;
  85     }
  86 }
  87
  88 static void process_pull_dim(char* dim_buf, ivec dim, const t_pull_coord* pcrd)
  89 {
  90     int   ndim, d, nchar;
  91     char *ptr, pulldim1[STRLEN];
  92
  93     ptr  = dim_buf;
  94     ndim = 0;
  95     for (d = 0; d < DIM; d++)
  96     {
  97         if (sscanf(ptr, "%s%n", pulldim1, &nchar) != 1)
  98         {
  99             gmx_fatal(FARGS, "Less than 3 pull dimensions given in pull_dim: '%s'", dim_buf);
 100         }
 101
 102         if (gmx::equalCaseInsensitive(pulldim1, "N", 1))
 103         {
 104             dim[d] = 0;
 105         }
 106         else if (gmx::equalCaseInsensitive(pulldim1, "Y", 1))
 107         {
 108             dim[d] = 1;
 109             ndim++;
 110         }
 111         else
 112         {
 113             gmx_fatal(FARGS, "Please use Y(ES) or N(O) for pull_dim only (not %s)", pulldim1);
 114         }
 115         ptr += nchar;
 116     }
 117     if (ndim == 0)
 118     {
 119         gmx_fatal(FARGS, "All entries in pull dim are N");
 120     }
 121     if ((pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL) && (ndim < 3))
 122     {
 123         gmx_fatal(FARGS, "Pull geometry dihedral is only useful with pull-dim = Y Y Y");
 124     }
 125     if ((pcrd->eGeom == epullgANGLE || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS) && (ndim < 2))
 126     {
 127         gmx_fatal(FARGS,
 128                   "Pull geometry %s is only useful with pull-dim = Y for at least 2 dimensions",
 129                   EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 130     }
 131 }
 132
 133 static void init_pull_coord(t_pull_coord* pcrd,
 134                             int           coord_index_for_output,
 135                             char*         dim_buf,
 136                             const char*   origin_buf,
 137                             const char*   vec_buf,
 138                             warninp_t     wi)
 139 {
 140     int  m;
 141     dvec origin, vec;
 142     char buf[STRLEN];
 143
 144     if (pcrd->eType == epullCONSTRAINT
 145         && (pcrd->eGeom == epullgCYL || pcrd->eGeom == epullgDIRRELATIVE || pcrd->eGeom == epullgANGLE
 146             || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS || pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL))
 147     {
 148         gmx_fatal(FARGS,
 149                   "Pulling of type %s can not be combined with geometry %s. Consider using pull "
 150                   "type %s.",
 151                   epull_names[pcrd->eType], epullg_names[pcrd->eGeom], epull_names[epullUMBRELLA]);
 152     }
 153
 154     if (pcrd->eType == epullEXTERNAL)
 155     {
 156         if (pcrd->externalPotentialProvider[0] == '\0')
 157         {
 158             sprintf(buf,
 159                     "The use of pull type '%s' for pull coordinate %d requires that the name of "
 160                     "the module providing the potential external is set with the option %s%d%s",
 161                     epull_names[pcrd->eType], coord_index_for_output, "pull-coord",
 162                     coord_index_for_output, "-potential-provider");
 163             warning_error(wi, buf);
 164         }
 165
 166         if (pcrd->rate != 0)
 167         {
 168             sprintf(buf,
 169                     "The use of pull type '%s' for pull coordinate %d requires that the pull rate "
 170                     "is zero",
 171                     epull_names[pcrd->eType], coord_index_for_output);
 172             warning_error(wi, buf);
 173         }
 174
 175         if (pcrd->eGeom == epullgCYL)
 176         {
 177             /* Warn the user of a PBC restriction, caused by the fact that
 178              * there is no reference value with an external pull potential.
 179              */
 180             sprintf(buf,
 181                     "With pull type '%s' and geometry '%s', the distance component along the "
 182                     "cylinder axis between atoms in the cylinder group and the COM of the pull "
 183                     "group should be smaller than half the box length",
 184                     epull_names[pcrd->eType], epullg_names[pcrd->eGeom]);
 185             warning_note(wi, buf);
 186         }
 187     }
 188
 189     process_pull_dim(dim_buf, pcrd->dim, pcrd);
 190
 191     string2dvec(origin_buf, origin);
 192     if (pcrd->group[0] != 0 && dnorm(origin) > 0)
 193     {
 194         gmx_fatal(FARGS, "The pull origin can only be set with an absolute reference");
 195     }
 196
 197     /* Check the given initial reference value and warn for dangerous values */
 198     if (pcrd->eGeom == epullgDIST)
 199     {
 200         if (pcrd->bStart && pcrd->init < 0)
 201         {
 202             sprintf(buf,
 203                     "The initial reference distance set by pull-coord-init is set to a negative "
 204                     "value (%g) with geometry %s while distances need to be non-negative. "
 205                     "This may work, since you have set pull-coord-start to 'yes' which modifies "
 206                     "this value, but only for certain starting distances. "
 207                     "If this is a mistake you may want to use geometry %s instead.",
 208                     pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom), EPULLGEOM(epullgDIR));
 209             warning(wi, buf);
 210         }
 211     }
 212     else if (pcrd->eGeom == epullgANGLE || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS)
 213     {
 214         if (pcrd->bStart && (pcrd->init < 0 || pcrd->init > 180))
 215         {
 216             /* This value of pcrd->init may be ok depending on pcrd->bStart which modifies pcrd->init later on */
 217             sprintf(buf,
 218                     "The initial reference angle set by pull-coord-init (%g) is outside of the "
 219                     "allowed range [0, 180] degrees for geometry (%s). "
 220                     "This may work, since you have set pull-coord-start to 'yes' which modifies "
 221                     "this value, but only for certain starting angles.",
 222                     pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 223             warning(wi, buf);
 224         }
 225     }
 226     else if (pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL)
 227     {
 228         if (pcrd->bStart && (pcrd->init < -180 || pcrd->init > 180))
 229         {
 230             sprintf(buf,
 231                     "The initial reference angle set by pull-coord-init (%g) is outside of the "
 232                     "allowed range [-180, 180] degrees for geometry (%s). "
 233                     "This may work, since you have set pull-coord-start to 'yes' which modifies "
 234                     "this value, but only for certain starting angles.",
 235                     pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom));
 236             warning(wi, buf);
 237         }
 238     }
 239
 240     /* Check and set the pull vector */
 241     clear_dvec(vec);
 242     string2dvec(vec_buf, vec);
 243
 244     if (pcrd->eGeom == epullgDIR || pcrd->eGeom == epullgCYL || pcrd->eGeom == epullgDIRPBC
 245         || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS)
 246     {
 247         if (dnorm2(vec) == 0)
 248         {
 249             gmx_fatal(FARGS, "With pull geometry %s the pull vector can not be 0,0,0",
 250                       epullg_names[pcrd->eGeom]);
 251         }
 252         for (int d = 0; d < DIM; d++)
 253         {
 254             if (vec[d] != 0 && pcrd->dim[d] == 0)
 255             {
 256                 gmx_fatal(FARGS,
 257                           "pull-coord-vec has non-zero %c-component while pull_dim for the "
 258                           "%c-dimension is set to N",
 259                           'x' + d, 'x' + d);
 260             }
 261         }
 262
 263         /* Normalize the direction vector */
 264         dsvmul(1 / dnorm(vec), vec, vec);
 265     }
 266     else /* This case is for are all the geometries where the pull vector is not used */
 267     {
 268         if (dnorm2(vec) > 0)
 269         {
 270             sprintf(buf,
 271                     "A pull vector is given (%g  %g  %g) but will not be used with geometry %s. If "
 272                     "you really want to use this "
 273                     "vector, consider using geometry %s instead.",
 274                     vec[0], vec[1], vec[2], EPULLGEOM(pcrd->eGeom),
 275                     pcrd->eGeom == epullgANGLE ? EPULLGEOM(epullgANGLEAXIS) : EPULLGEOM(epullgDIR));
 276             warning(wi, buf);
 277         }
 278     }
 279     for (m = 0; m < DIM; m++)
 280     {
 281         pcrd->origin[m] = origin[m];
 282         pcrd->vec[m]    = vec[m];
 283     }
 284 }
 285
 286 char** read_pullparams(std::vector<t_inpfile>* inp, pull_params_t* pull, warninp_t wi)
 287 {
 288     int    nscan, idum;
 289     char** grpbuf;
 290     char   buf[STRLEN];
 291     char   provider[STRLEN], groups[STRLEN], dim_buf[STRLEN];
 292     char   wbuf[STRLEN], origin_buf[STRLEN], vec_buf[STRLEN];
 293
 294     t_pull_group* pgrp;
 295     t_pull_coord* pcrd;
 296
 297     /* read pull parameters */
 298     printStringNoNewline(inp, "Cylinder radius for dynamic reaction force groups (nm)");
 299     pull->cylinder_r     = get_ereal(inp, "pull-cylinder-r", 1.5, wi);
 300     pull->constr_tol     = get_ereal(inp, "pull-constr-tol", 1E-6, wi);
 301     pull->bPrintCOM      = (get_eeenum(inp, "pull-print-com", yesno_names, wi) != 0);
 302     pull->bPrintRefValue = (get_eeenum(inp, "pull-print-ref-value", yesno_names, wi) != 0);
 303     pull->bPrintComp     = (get_eeenum(inp, "pull-print-components", yesno_names, wi) != 0);
 304     pull->nstxout        = get_eint(inp, "pull-nstxout", 50, wi);
 305     pull->nstfout        = get_eint(inp, "pull-nstfout", 50, wi);
 306     pull->bSetPbcRefToPrevStepCOM = (get_eeenum(inp, "pull-pbc-ref-prev-step-com", yesno_names, wi) != 0);
 307     pull->bXOutAverage            = (get_eeenum(inp, "pull-xout-average", yesno_names, wi) != 0);
 308     pull->bFOutAverage            = (get_eeenum(inp, "pull-fout-average", yesno_names, wi) != 0);
 309     printStringNoNewline(inp, "Number of pull groups");
 310     pull->ngroup = get_eint(inp, "pull-ngroups", 1, wi);
 311     printStringNoNewline(inp, "Number of pull coordinates");
 312     pull->ncoord = get_eint(inp, "pull-ncoords", 1, wi);
 313
 314     if (pull->ngroup < 1)
 315     {
 316         gmx_fatal(FARGS, "pull-ngroups should be >= 1");
 317     }
 318     /* We always add an absolute reference group (index 0), even if not used */
 319     pull->ngroup += 1;
 320
 321     if (pull->ncoord < 1)
 322     {
 323         gmx_fatal(FARGS, "pull-ncoords should be >= 1");
 324     }
 325
 326     snew(pull->group, pull->ngroup);
 327
 328     snew(pull->coord, pull->ncoord);
 329
 330     /* pull group options */
 331     printStringNoNewline(inp, "Group and coordinate parameters");
 332
 333     /* Read the pull groups */
 334     snew(grpbuf, pull->ngroup);
 335     /* Group 0 is the absolute reference, we don't read anything for 0 */
 336     for (int groupNum = 1; groupNum < pull->ngroup; groupNum++)
 337     {
 338         pgrp = &pull->group[groupNum];
 339         snew(grpbuf[groupNum], STRLEN);
 340         sprintf(buf, "pull-group%d-name", groupNum);
 341         setStringEntry(inp, buf, grpbuf[groupNum], "");
 342         sprintf(buf, "pull-group%d-weights", groupNum);
 343         setStringEntry(inp, buf, wbuf, "");
 344         sprintf(buf, "pull-group%d-pbcatom", groupNum);
 345         pgrp->pbcatom = get_eint(inp, buf, 0, wi);
 346
 347         /* Initialize the pull group */
 348         init_pull_group(pgrp, wbuf);
 349     }
 350
 351     /* Read the pull coordinates */
 352     for (int coordNum = 1; coordNum < pull->ncoord + 1; coordNum++)
 353     {
 354         pcrd = &pull->coord[coordNum - 1];
 355         sprintf(buf, "pull-coord%d-type", coordNum);
 356         pcrd->eType = get_eeenum(inp, buf, epull_names, wi);
 357         sprintf(buf, "pull-coord%d-potential-provider", coordNum);
 358         setStringEntry(inp, buf, provider, "");
 359         pcrd->externalPotentialProvider = gmx_strdup(provider);
 360         sprintf(buf, "pull-coord%d-geometry", coordNum);
 361         pcrd->eGeom = get_eeenum(inp, buf, epullg_names, wi);
 362         sprintf(buf, "pull-coord%d-groups", coordNum);
 363         setStringEntry(inp, buf, groups, "");
 364
 365         switch (pcrd->eGeom)
 366         {
 367             case epullgDIHEDRAL: pcrd->ngroup = 6; break;
 368             case epullgDIRRELATIVE:
 369             case epullgANGLE: pcrd->ngroup = 4; break;
 370             default: pcrd->ngroup = 2; break;
 371         }
 372
 373         nscan = sscanf(groups, "%d %d %d %d %d %d %d", &pcrd->group[0], &pcrd->group[1],
 374                        &pcrd->group[2], &pcrd->group[3], &pcrd->group[4], &pcrd->group[5], &idum);
 375         if (nscan != pcrd->ngroup)
 376         {
 377             auto message =
 378                     gmx::formatString("%s should contain %d pull group indices with geometry %s",
 379                                       buf, pcrd->ngroup, epullg_names[pcrd->eGeom]);
 380             set_warning_line(wi, nullptr, -1);
 381             warning_error(wi, message);
 382         }
 383         for (int g = 0; g < pcrd->ngroup; g++)
 384         {
 385             if (pcrd->group[g] < 0 || pcrd->group[g] >= pull->ngroup)
 386             {
 387                 /* Quit with a fatal error to avoid invalid memory access */
 388                 gmx_fatal(FARGS,
 389                           "%s contains an invalid pull group %d, you should have %d <= group <= %d",
 390                           buf, pcrd->group[g], 0, pull->ngroup - 1);
 391             }
 392         }
 393
 394         sprintf(buf, "pull-coord%d-dim", coordNum);
 395         setStringEntry(inp, buf, dim_buf, "Y Y Y");
 396         sprintf(buf, "pull-coord%d-origin", coordNum);
 397         setStringEntry(inp, buf, origin_buf, "0.0 0.0 0.0");
 398         sprintf(buf, "pull-coord%d-vec", coordNum);
 399         setStringEntry(inp, buf, vec_buf, "0.0 0.0 0.0");
 400         sprintf(buf, "pull-coord%d-start", coordNum);
 401         pcrd->bStart = (get_eeenum(inp, buf, yesno_names, wi) != 0);
 402         sprintf(buf, "pull-coord%d-init", coordNum);
 403         pcrd->init = get_ereal(inp, buf, 0.0, wi);
 404         sprintf(buf, "pull-coord%d-rate", coordNum);
 405         pcrd->rate = get_ereal(inp, buf, 0.0, wi);
 406         sprintf(buf, "pull-coord%d-k", coordNum);
 407         pcrd->k = get_ereal(inp, buf, 0.0, wi);
 408         sprintf(buf, "pull-coord%d-kB", coordNum);
 409         pcrd->kB = get_ereal(inp, buf, pcrd->k, wi);
 410
 411         /* Initialize the pull coordinate */
 412         init_pull_coord(pcrd, coordNum, dim_buf, origin_buf, vec_buf, wi);
 413     }
 414
 415     return grpbuf;
 416 }
 417
 418 void make_pull_groups(pull_params_t* pull, char** pgnames, const t_blocka* grps, char** gnames)
 419 {
 420     int           g, ig = -1, i;
 421     t_pull_group* pgrp;
 422
 423     /* Absolute reference group (might not be used) is special */
 424     pgrp                = &pull->group[0];
 425     pgrp->nat           = 0;
 426     pgrp->pbcatom       = -1;
 427     pgrp->pbcatom_input = -1;
 428
 429     for (g = 1; g < pull->ngroup; g++)
 430     {
 431         pgrp                = &pull->group[g];
 432         pgrp->pbcatom_input = pgrp->pbcatom;
 433
 434         if (strcmp(pgnames[g], "") == 0)
 435         {
 436             gmx_fatal(FARGS, "Pull option pull_group%d required by grompp has not been set.", g);
 437         }
 438
 439         ig        = search_string(pgnames[g], grps->nr, gnames);
 440         pgrp->nat = grps->index[ig + 1] - grps->index[ig];
 441
 442         fprintf(stderr, "Pull group %d '%s' has %d atoms\n", g, pgnames[g], pgrp->nat);
 443
 444         if (pgrp->nat == 0)
 445         {
 446             gmx_fatal(FARGS, "Pull group %d '%s' is empty", g, pgnames[g]);
 447         }
 448
 449         snew(pgrp->ind, pgrp->nat);
 450         for (i = 0; i < pgrp->nat; i++)
 451         {
 452             pgrp->ind[i] = grps->a[grps->index[ig] + i];
 453         }
 454
 455         if (pgrp->nweight > 0 && pgrp->nweight != pgrp->nat)
 456         {
 457             gmx_fatal(FARGS,
 458                       "Number of weights (%d) for pull group %d '%s' does not match the number of "
 459                       "atoms (%d)",
 460                       pgrp->nweight, g, pgnames[g], pgrp->nat);
 461         }
 462
 463         if (pgrp->nat == 1)
 464         {
 465             /* No pbc is required for this group */
 466             pgrp->pbcatom = -1;
 467         }
 468         else
 469         {
 470             if (pgrp->pbcatom > 0)
 471             {
 472                 pgrp->pbcatom -= 1;
 473             }
 474             else if (pgrp->pbcatom == 0)
 475             {
 476                 pgrp->pbcatom = pgrp->ind[(pgrp->nat - 1) / 2];
 477             }
 478             else
 479             {
 480                 /* Use cosine weighting */
 481                 pgrp->pbcatom = -1;
 482             }
 483         }
 484     }
 485 }
 486
 487 void make_pull_coords(pull_params_t* pull)
 488 {
 489     int           c;
 490     t_pull_coord* pcrd;
 491
 492     for (c = 0; c < pull->ncoord; c++)
 493     {
 494         pcrd = &pull->coord[c];
 495
 496         if (pcrd->group[0] < 0 || pcrd->group[0] >= pull->ngroup || pcrd->group[1] < 0
 497             || pcrd->group[1] >= pull->ngroup)
 498         {
 499             gmx_fatal(FARGS,
 500                       "Pull group index in pull-coord%d-groups out of range, should be between %d "
 501                       "and %d",
 502                       c + 1, 0, pull->ngroup + 1);
 503         }
 504
 505         if (pcrd->group[0] == pcrd->group[1])
 506         {
 507             gmx_fatal(FARGS, "Identical pull group indices in pull-coord%d-groups", c + 1);
 508         }
 509
 510         if (pcrd->eGeom == epullgCYL)
 511         {
 512             if (pull->group[pcrd->group[0]].nweight > 0)
 513             {
 514                 gmx_fatal(
 515                         FARGS,
 516                         "Weights are not supported for the reference group with cylinder pulling");
 517             }
 518         }
 519     }
 520 }
 521
 522 pull_t* set_pull_init(t_inputrec* ir, const gmx_mtop_t* mtop, rvec* x, matrix box, real lambda, warninp_t wi)
 523 {
 524     pull_params_t* pull;
 525     pull_t*        pull_work;
 526     t_pbc          pbc;
 527     int            c;
 528     double         t_start;
 529
 530     pull = ir->pull;
 531     gmx::LocalAtomSetManager atomSets;
 532     pull_work    = init_pull(nullptr, pull, ir, mtop, nullptr, &atomSets, lambda);
 533     auto mdAtoms = gmx::makeMDAtoms(nullptr, *mtop, *ir, false);
 534     auto md      = mdAtoms->mdatoms();
 535     atoms2md(mtop, ir, -1, nullptr, mtop->natoms, mdAtoms.get());
 536     if (ir->efep)
 537     {
 538         update_mdatoms(md, lambda);
 539     }
 540
 541     set_pbc(&pbc, ir->ePBC, box);
 542
 543     t_start = ir->init_t + ir->init_step * ir->delta_t;
 544
 545     if (pull->bSetPbcRefToPrevStepCOM)
 546     {
 547         initPullComFromPrevStep(nullptr, pull_work, md, &pbc, x);
 548     }
 549     pull_calc_coms(nullptr, pull_work, md, &pbc, t_start, x, nullptr);
 550
 551     for (int g = 0; g < pull->ngroup; g++)
 552     {
 553         bool groupObeysPbc = pullCheckPbcWithinGroup(
 554                 *pull_work, gmx::arrayRefFromArray(reinterpret_cast<gmx::RVec*>(x), mtop->natoms),
 555                 pbc, g, c_pullGroupSmallGroupThreshold);
 556         if (!groupObeysPbc)
 557         {
 558             char buf[STRLEN];
 559             if (pull->group[g].pbcatom_input == 0)
 560             {
 561                 sprintf(buf,
 562                         "When the maximum distance from a pull group reference atom to other atoms "
 563                         "in the "
 564                         "group is larger than %g times half the box size a centrally placed "
 565                         "atom should be chosen as pbcatom. Pull group %d is larger than that and "
 566                         "does not have "
 567                         "a specific atom selected as reference atom.",
 568                         c_pullGroupSmallGroupThreshold, g);
 569                 warning_error(wi, buf);
 570             }
 571             else if (!pull->bSetPbcRefToPrevStepCOM)
 572             {
 573                 sprintf(buf,
 574                         "The maximum distance from the chosen PBC atom (%d) of pull group %d to "
 575                         "other "
 576                         "atoms in the group is larger than %g times half the box size. "
 577                         "Set the pull-pbc-ref-prev-step-com option to yes.",
 578                         pull->group[g].pbcatom + 1, g, c_pullGroupSmallGroupThreshold);
 579                 warning_error(wi, buf);
 580             }
 581         }
 582         if (groupObeysPbc)
 583         {
 584             groupObeysPbc = pullCheckPbcWithinGroup(
 585                     *pull_work, gmx::arrayRefFromArray(reinterpret_cast<gmx::RVec*>(x), mtop->natoms),
 586                     pbc, g, c_pullGroupPbcMargin);
 587             if (!groupObeysPbc)
 588             {
 589                 char buf[STRLEN];
 590                 sprintf(buf,
 591                         "Pull group %d has atoms at a distance larger than %g times half the box "
 592                         "size from the PBC atom (%d). "
 593                         "If atoms are or will more beyond half the box size from the PBC atom, the "
 594                         "COM will be ill defined.",
 595                         g, c_pullGroupPbcMargin, pull->group[g].pbcatom + 1);
 596                 set_warning_line(wi, nullptr, -1);
 597                 warning(wi, buf);
 598             }
 599         }
 600     }
 601
 602     fprintf(stderr, "Pull group  natoms  pbc atom  distance at start  reference at t=0\n");
 603     for (c = 0; c < pull->ncoord; c++)
 604     {
 605         t_pull_coord* pcrd;
 606         t_pull_group *pgrp0, *pgrp1;
 607         double        value;
 608         real          init = 0;
 609
 610         pcrd = &pull->coord[c];
 611
 612         pgrp0 = &pull->group[pcrd->group[0]];
 613         pgrp1 = &pull->group[pcrd->group[1]];
 614         fprintf(stderr, "%8d  %8d  %8d\n", pcrd->group[0], pgrp0->nat, pgrp0->pbcatom + 1);
 615         fprintf(stderr, "%8d  %8d  %8d ", pcrd->group[1], pgrp1->nat, pgrp1->pbcatom + 1);
 616
 617         if (pcrd->bStart)
 618         {
 619             init       = pcrd->init;
 620             pcrd->init = 0;
 621         }
 622
 623         value = get_pull_coord_value(pull_work, c, &pbc);
 624
 625         value *= pull_conversion_factor_internal2userinput(pcrd);
 626         fprintf(stderr, " %10.3f %s", value, pull_coordinate_units(pcrd));
 627
 628         if (pcrd->bStart)
 629         {
 630             pcrd->init = value + init;
 631         }
 632
 633         if (pcrd->eGeom == epullgDIST)
 634         {
 635             if (pcrd->init < 0)
 636             {
 637                 gmx_fatal(FARGS,
 638                           "The initial pull distance (%g) needs to be non-negative with geometry "
 639                           "%s. If you want a signed distance, use geometry %s instead.",
 640                           pcrd->init, EPULLGEOM(pcrd->eGeom), EPULLGEOM(epullgDIR));
 641             }
 642
 643             /* TODO: With a positive init but a negative rate things could still
 644              * go wrong, but it might be fine if you don't pull too far.
 645              * We should give a warning or note when there is only one pull dim
 646              * active, since that is usually the problematic case when you should
 647              * be using direction. We will do this later, since an already planned
 648              * generalization of the pull code makes pull dim available here.
 649              */
 650         }
 651         else if (pcrd->eGeom == epullgANGLE || pcrd->eGeom == epullgANGLEAXIS)
 652         {
 653             if (pcrd->init < 0 || pcrd->init > 180)
 654             {
 655                 gmx_fatal(FARGS,
 656                           "The initial pull reference angle (%g) is outside of the allowed range "
 657                           "[0, 180] degrees.",
 658                           pcrd->init);
 659             }
 660         }
 661         else if (pcrd->eGeom == epullgDIHEDRAL)
 662         {
 663             if (pcrd->init < -180 || pcrd->init > 180)
 664             {
 665                 gmx_fatal(FARGS,
 666                           "The initial pull reference angle (%g) is outside of the allowed range "
 667                           "[-180, 180] degrees.",
 668                           pcrd->init);
 669             }
 670         }
 671
 672
 673         fprintf(stderr, "     %10.3f %s\n", pcrd->init, pull_coordinate_units(pcrd));
 674     }
 675
 676     return pull_work;
 677 }