src/gromacs/gmxpreprocess/readir.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017 by the GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38
  39 #ifndef GMX_GMXPREPROCESS_READIR_H
  40 #define GMX_GMXPREPROCESS_READIR_H
  41
  42 #include "gromacs/fileio/readinp.h"
  43 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  44 #include "gromacs/utility/real.h"
  45
  46 namespace gmx
  47 {
  48 class MDModules;
  49 struct MdModulesNotifier;
  50 } // namespace gmx
  51
  52 struct gmx_mtop_t;
  53 struct gmx_output_env_t;
  54 struct pull_params_t;
  55 struct pull_t;
  56 struct t_blocka;
  57 struct t_grpopts;
  58 struct t_inpfile;
  59 struct t_inputrec;
  60 struct t_rot;
  61 struct warninp;
  62 typedef warninp* warninp_t;
  63
  64 enum
  65 {
  66     eshNONE,
  67     eshHBONDS,
  68     eshALLBONDS,
  69     eshHANGLES,
  70     eshALLANGLES,
  71     eshNR
  72 };
  73
  74 enum
  75 {
  76     ecouplamVDWQ,
  77     ecouplamVDW,
  78     ecouplamQ,
  79     ecouplamNONE,
  80     ecouplamNR
  81 };
  82
  83 struct t_gromppopts
  84 {
  85     int   warnings;
  86     int   nshake;
  87     char* include;
  88     char* define;
  89     bool  bGenVel;
  90     bool  bGenPairs;
  91     real  tempi;
  92     int   seed;
  93     int   numMtsLevels;
  94     char* mtsLevel2Forces;
  95     bool  bOrire;
  96     bool  bMorse;
  97     char* wall_atomtype[2];
  98     char* couple_moltype;
  99     int   couple_lam0;
 100     int   couple_lam1;
 101     bool  bCoupleIntra;
 102 };
 103
 104 /*! \brief Initialise object to hold strings parsed from an .mdp file */
 105 void init_inputrec_strings();
 106
 107 /*! \brief Clean up object that holds strings parsed from an .mdp file */
 108 void done_inputrec_strings();
 109
 110 void check_ir(const char*                   mdparin,
 111               const gmx::MdModulesNotifier& mdModulesNotifier,
 112               t_inputrec*                   ir,
 113               t_gromppopts*                 opts,
 114               warninp_t                     wi);
 115 /* Validate inputrec data.
 116  * Fatal errors will be added to nerror.
 117  */
 118 int search_string(const char* s, int ng, char* gn[]);
 119 /* Returns the index of string s in the index groups */
 120
 121 void double_check(t_inputrec* ir, matrix box, bool bHasNormalConstraints, bool bHasAnyConstraints, warninp_t wi);
 122 /* Do more checks */
 123
 124 void triple_check(const char* mdparin, t_inputrec* ir, gmx_mtop_t* sys, warninp_t wi);
 125 /* Do even more checks */
 126
 127 void get_ir(const char*     mdparin,
 128             const char*     mdparout,
 129             gmx::MDModules* mdModules,
 130             t_inputrec*     ir,
 131             t_gromppopts*   opts,
 132             WriteMdpHeader  writeMdpHeader,
 133             warninp_t       wi);
 134 /* Read the input file, and retrieve data for inputrec.
 135  * More data are read, but the are only evaluated when the next
 136  * function is called. Also prints the input file back to mdparout.
 137  */
 138
 139 void do_index(const char*                   mdparin,
 140               const char*                   ndx,
 141               gmx_mtop_t*                   mtop,
 142               bool                          bVerbose,
 143               const gmx::MdModulesNotifier& notifier,
 144               t_inputrec*                   ir,
 145               warninp_t                     wi);
 146 /* Read the index file and assign grp numbers to atoms.
 147  */
 148
 149 /* Routines In readpull.c */
 150
 151 std::vector<std::string> read_pullparams(std::vector<t_inpfile>* inp, pull_params_t* pull, warninp_t wi);
 152 /* Reads the pull parameters, returns a list of the pull group names */
 153
 154 void make_pull_groups(pull_params_t*                   pull,
 155                       gmx::ArrayRef<const std::string> pullGroupNames,
 156                       const t_blocka*                  grps,
 157                       char**                           gnames);
 158 /* Process the pull group parameters after reading the index groups */
 159
 160 void make_pull_coords(pull_params_t* pull);
 161 /* Process the pull coordinates after reading the pull groups */
 162
 163 pull_t* set_pull_init(t_inputrec* ir, const gmx_mtop_t* mtop, rvec* x, matrix box, real lambda, warninp_t wi);
 164 /* Prints the initial pull group distances in x.
 165  * If requested, adds the current distance to the initial reference location.
 166  * Returns the pull_t pull work struct. This should be passed to finish_pull()
 167  * after all modules have registered their external potentials, if present.
 168  */
 169
 170 std::vector<std::string> read_rotparams(std::vector<t_inpfile>* inp, t_rot* rot, warninp_t wi);
 171 /* Reads enforced rotation parameters, returns a list of the rot group names */
 172
 173 void make_rotation_groups(t_rot*                           rot,
 174                           gmx::ArrayRef<const std::string> rotateGroupNames,
 175                           t_blocka*                        grps,
 176                           char**                           gnames);
 177 /* Process the rotation parameters after reading the index groups */
 178
 179 void set_reference_positions(t_rot* rot, rvec* x, matrix box, const char* fn, bool bSet, warninp_t wi);
 180
 181 #endif