src/gromacs/gmxpreprocess/readadress.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2009 Christoph Junghans, Brad Lambeth.
   5  * Copyright (c) 2012, by the GROMACS development team, led by
   6  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   7  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   8  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   9  *
  10  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13  * of the License, or (at your option) any later version.
  14  *
  15  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18  * Lesser General Public License for more details.
  19  *
  20  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21  * License along with GROMACS; if not, see
  22  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24  *
  25  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26  * consider that scientific software is very special. Version
  27  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  29  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31  * official version at http://www.gromacs.org.
  32  *
  33  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35  */
  36
  37 #include "readir.h"
  38 #include "names.h"
  39 #include "smalloc.h"
  40 #include "gmx_fatal.h"
  41
  42 #define MAXPTR 254
  43
  44 static char adress_refs[STRLEN], adress_tf_grp_names[STRLEN], adress_cg_grp_names[STRLEN];
  45
  46 void read_adressparams(int *ninp_p, t_inpfile **inp_p, t_adress *adress, warninp_t wi)
  47 {
  48     int         nadress_refs, i;
  49     const char *tmp;
  50     char       *ptr1[MAXPTR];
  51
  52
  53     int        ninp;
  54     t_inpfile *inp;
  55
  56     ninp   = *ninp_p;
  57     inp    = *inp_p;
  58
  59     EETYPE("adress_type",                adress->type,         eAdresstype_names);
  60     RTYPE ("adress_const_wf",            adress->const_wf,     1);
  61     RTYPE ("adress_ex_width",            adress->ex_width,     0);
  62     RTYPE ("adress_hy_width",            adress->hy_width,     0);
  63     RTYPE ("adress_ex_forcecap",         adress->ex_forcecap,     0);
  64     EETYPE("adress_interface_correction", adress->icor,         eAdressICtype_names);
  65     EETYPE("adress_site",                adress->site,         eAdressSITEtype_names);
  66     STYPE ("adress_reference_coords",    adress_refs,             NULL);
  67     STYPE ("adress_tf_grp_names",        adress_tf_grp_names,     NULL);
  68     STYPE ("adress_cg_grp_names",        adress_cg_grp_names,     NULL);
  69     EETYPE("adress_do_hybridpairs",      adress->do_hybridpairs, yesno_names);
  70
  71     nadress_refs = str_nelem(adress_refs, MAXPTR, ptr1);
  72
  73     for (i = 0; (i < nadress_refs); i++) /*read vector components*/
  74     {
  75         adress->refs[i] = strtod(ptr1[i], NULL);
  76     }
  77     for (; (i < DIM); i++) /*remaining undefined components of the vector set to zero*/
  78     {
  79         adress->refs[i] = 0;
  80     }
  81
  82     *ninp_p   = ninp;
  83     *inp_p    = inp;
  84 }
  85
  86 void do_adress_index(t_adress *adress, gmx_groups_t *groups, char **gnames, t_grpopts *opts, warninp_t wi)
  87 {
  88     int      nr, i, j, k;
  89     char    *ptr1[MAXPTR];
  90     int      nadress_cg_grp_names, nadress_tf_grp_names;
  91
  92     /* AdResS coarse grained groups input */
  93
  94     nr = groups->grps[egcENER].nr;
  95     snew(adress->group_explicit, nr);
  96     for (i = 0; i < nr; i++)
  97     {
  98         adress->group_explicit[i] = TRUE;
  99     }
 100     adress->n_energy_grps = nr;
 101
 102     nadress_cg_grp_names = str_nelem(adress_cg_grp_names, MAXPTR, ptr1);
 103
 104     if (nadress_cg_grp_names > 0)
 105     {
 106         for (i = 0; i < nadress_cg_grp_names; i++)
 107         {
 108             /* search for the group name mathching the tf group name */
 109             k = 0;
 110             while ((k < nr) &&
 111                    gmx_strcasecmp(ptr1[i], (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]])))
 112             {
 113                 k++;
 114             }
 115             if (k == nr)
 116             {
 117                 gmx_fatal(FARGS, "Adress cg energy group %s not found\n", ptr1[i]);
 118             }
 119             adress->group_explicit[k] = FALSE;
 120             printf ("AdResS: Energy group %s is treated as coarse-grained \n",
 121                     (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]]));
 122         }
 123         /* set energy group exclusions between all coarse-grained and explicit groups */
 124         for (j = 0; j < nr; j++)
 125         {
 126             for (k = 0; k < nr; k++)
 127             {
 128                 if (!(adress->group_explicit[k] == adress->group_explicit[j]))
 129                 {
 130                     opts->egp_flags[nr * j + k] |= EGP_EXCL;
 131                     if (debug)
 132                     {
 133                         fprintf(debug, "AdResS excl %s %s \n",
 134                                 (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[j]]),
 135                                 (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]]));
 136                     }
 137                 }
 138             }
 139         }
 140     }
 141     else
 142     {
 143         warning(wi, "For an AdResS simulation at least one coarse-grained energy group has to be specified in adress_cg_grp_names");
 144     }
 145
 146
 147     /* AdResS multiple tf tables input */
 148     nadress_tf_grp_names = str_nelem(adress_tf_grp_names, MAXPTR, ptr1);
 149     adress->n_tf_grps    = nadress_tf_grp_names;
 150     snew(adress->tf_table_index, nadress_tf_grp_names);
 151
 152     nr = groups->grps[egcENER].nr;
 153
 154     if (nadress_tf_grp_names > 0)
 155     {
 156         for (i = 0; i < nadress_tf_grp_names; i++)
 157         {
 158             /* search for the group name mathching the tf group name */
 159             k = 0;
 160             while ((k < nr) &&
 161                    gmx_strcasecmp(ptr1[i], (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]])))
 162             {
 163                 k++;
 164             }
 165             if (k == nr)
 166             {
 167                 gmx_fatal(FARGS, "Adress tf energy group %s not found\n", ptr1[i]);
 168             }
 169
 170             adress->tf_table_index[i] = k;
 171             if (debug)
 172             {
 173                 fprintf(debug, "found tf group %s id %d \n", ptr1[i], k);
 174             }
 175             if (adress->group_explicit[k])
 176             {
 177                 gmx_fatal(FARGS, "Thermodynamic force group %s is not a coarse-grained group in adress_cg_grp_names. The thermodynamic force has to act on the coarse-grained vsite of a molecule.\n", ptr1[i]);
 178             }
 179
 180         }
 181     }
 182     /* end AdResS multiple tf tables input */
 183
 184
 185 }