src/gromacs/gmxpreprocess/readadress.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 4.6.0
  11  * Written by Christoph Junghans, Brad Lambeth, and possibly others.
  12  * Copyright (c) 2009 Christoph Junghans, Brad Lambeth.
  13  * All rights reserved.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * GROningen Mixture of Alchemy and Childrens' Stories
  34  */
  35
  36 #include "readir.h"
  37 #include "names.h"
  38 #include "smalloc.h"
  39 #include "gmx_fatal.h"
  40
  41 #define MAXPTR 254
  42
  43 static char adress_refs[STRLEN],adress_tf_grp_names[STRLEN], adress_cg_grp_names[STRLEN];
  44
  45 void read_adressparams(int *ninp_p,t_inpfile **inp_p,t_adress *adress, warninp_t wi)
  46 {
  47   int     nadress_refs,i;
  48   const char *tmp;
  49   char    *ptr1[MAXPTR];
  50
  51
  52   int    ninp;
  53   t_inpfile *inp;
  54
  55   ninp   = *ninp_p;
  56   inp    = *inp_p;
  57
  58   EETYPE("adress_type",                adress->type,         eAdresstype_names);
  59   RTYPE ("adress_const_wf",            adress->const_wf,     1);
  60   RTYPE ("adress_ex_width",            adress->ex_width,     0);
  61   RTYPE ("adress_hy_width",            adress->hy_width,     0);
  62   RTYPE ("adress_ex_forcecap",         adress->ex_forcecap,     0);
  63   EETYPE("adress_interface_correction",adress->icor,         eAdressICtype_names);
  64   EETYPE("adress_site",                adress->site,         eAdressSITEtype_names);
  65   STYPE ("adress_reference_coords",    adress_refs,             NULL);
  66   STYPE ("adress_tf_grp_names",        adress_tf_grp_names,     NULL);
  67   STYPE ("adress_cg_grp_names",        adress_cg_grp_names,     NULL);
  68   EETYPE("adress_do_hybridpairs",      adress->do_hybridpairs, yesno_names);
  69
  70   nadress_refs = str_nelem(adress_refs,MAXPTR,ptr1);
  71
  72   for(i=0; (i<nadress_refs); i++) /*read vector components*/
  73     adress->refs[i]=strtod(ptr1[i],NULL);
  74   for( ;(i<DIM); i++) /*remaining undefined components of the vector set to zero*/
  75     adress->refs[i]=0;
  76
  77   *ninp_p   = ninp;
  78   *inp_p    = inp;
  79 }
  80
  81 void do_adress_index(t_adress *adress, gmx_groups_t *groups,char **gnames,t_grpopts *opts,warninp_t wi){
  82   int nr,i,j,k;
  83   char    *ptr1[MAXPTR];
  84   int     nadress_cg_grp_names, nadress_tf_grp_names;
  85
  86   /* AdResS coarse grained groups input */
  87
  88   nr = groups->grps[egcENER].nr;
  89   snew(adress->group_explicit, nr);
  90   for (i=0; i <nr; i++){
  91       adress->group_explicit[i] = TRUE;
  92   }
  93   adress->n_energy_grps = nr;
  94
  95   nadress_cg_grp_names = str_nelem(adress_cg_grp_names,MAXPTR,ptr1);
  96
  97   if (nadress_cg_grp_names > 0){
  98         for (i=0; i <nadress_cg_grp_names; i++){
  99             /* search for the group name mathching the tf group name */
 100             k = 0;
 101             while ((k < nr) &&
 102                  gmx_strcasecmp(ptr1[i],(char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]])))
 103               k++;
 104             if (k==nr) gmx_fatal(FARGS,"Adress cg energy group %s not found\n",ptr1[i]);
 105             adress->group_explicit[k] = FALSE;
 106             printf ("AdResS: Energy group %s is treated as coarse-grained \n",
 107               (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]]));
 108     }
 109         /* set energy group exclusions between all coarse-grained and explicit groups */
 110       for (j = 0; j < nr; j++) {
 111             for (k = 0; k < nr; k++) {
 112                 if (!(adress->group_explicit[k] == adress->group_explicit[j])){
 113                     opts->egp_flags[nr * j + k] |= EGP_EXCL;
 114                     if (debug) fprintf(debug,"AdResS excl %s %s \n",
 115                         (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[j]]),
 116                         (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]]));
 117                 }
 118             }
 119       }
 120   }else{
 121       warning(wi,"For an AdResS simulation at least one coarse-grained energy group has to be specified in adress_cg_grp_names");
 122   }
 123
 124
 125   /* AdResS multiple tf tables input */
 126   nadress_tf_grp_names = str_nelem(adress_tf_grp_names,MAXPTR,ptr1);
 127   adress->n_tf_grps = nadress_tf_grp_names;
 128   snew(adress->tf_table_index, nadress_tf_grp_names);
 129
 130   nr = groups->grps[egcENER].nr;
 131
 132   if (nadress_tf_grp_names > 0){
 133         for (i=0; i <nadress_tf_grp_names; i++){
 134             /* search for the group name mathching the tf group name */
 135             k = 0;
 136             while ((k < nr) &&
 137                  gmx_strcasecmp(ptr1[i],(char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]])))
 138               k++;
 139             if (k==nr) gmx_fatal(FARGS,"Adress tf energy group %s not found\n",ptr1[i]);
 140
 141             adress->tf_table_index[i] = k;
 142             if (debug) fprintf(debug,"found tf group %s id %d \n",ptr1[i], k);
 143             if (adress->group_explicit[k]){
 144                 gmx_fatal(FARGS,"Thermodynamic force group %s is not a coarse-grained group in adress_cg_grp_names. The thermodynamic force has to act on the coarse-grained vsite of a molecule.\n",ptr1[i]);
 145             }
 146
 147     }
 148   }
 149   /* end AdResS multiple tf tables input */
 150
 151
 152 }