src/gromacs/gmxpreprocess/readadress.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 4.6.0
  11  * Written by Christoph Junghans, Brad Lambeth, and possibly others.
  12  * Copyright (c) 2009 Christoph Junghans, Brad Lambeth.
  13  * All rights reserved.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * GROningen Mixture of Alchemy and Childrens' Stories
  34  */
  35
  36 #include "readir.h"
  37 #include "names.h"
  38 #include "smalloc.h"
  39 #include "gmx_fatal.h"
  40
  41 #define MAXPTR 254
  42
  43 static char adress_refs[STRLEN], adress_tf_grp_names[STRLEN], adress_cg_grp_names[STRLEN];
  44
  45 void read_adressparams(int *ninp_p, t_inpfile **inp_p, t_adress *adress, warninp_t wi)
  46 {
  47     int         nadress_refs, i;
  48     const char *tmp;
  49     char       *ptr1[MAXPTR];
  50
  51
  52     int        ninp;
  53     t_inpfile *inp;
  54
  55     ninp   = *ninp_p;
  56     inp    = *inp_p;
  57
  58     EETYPE("adress_type",                adress->type,         eAdresstype_names);
  59     RTYPE ("adress_const_wf",            adress->const_wf,     1);
  60     RTYPE ("adress_ex_width",            adress->ex_width,     0);
  61     RTYPE ("adress_hy_width",            adress->hy_width,     0);
  62     RTYPE ("adress_ex_forcecap",         adress->ex_forcecap,     0);
  63     EETYPE("adress_interface_correction", adress->icor,         eAdressICtype_names);
  64     EETYPE("adress_site",                adress->site,         eAdressSITEtype_names);
  65     STYPE ("adress_reference_coords",    adress_refs,             NULL);
  66     STYPE ("adress_tf_grp_names",        adress_tf_grp_names,     NULL);
  67     STYPE ("adress_cg_grp_names",        adress_cg_grp_names,     NULL);
  68     EETYPE("adress_do_hybridpairs",      adress->do_hybridpairs, yesno_names);
  69
  70     nadress_refs = str_nelem(adress_refs, MAXPTR, ptr1);
  71
  72     for (i = 0; (i < nadress_refs); i++) /*read vector components*/
  73     {
  74         adress->refs[i] = strtod(ptr1[i], NULL);
  75     }
  76     for (; (i < DIM); i++) /*remaining undefined components of the vector set to zero*/
  77     {
  78         adress->refs[i] = 0;
  79     }
  80
  81     *ninp_p   = ninp;
  82     *inp_p    = inp;
  83 }
  84
  85 void do_adress_index(t_adress *adress, gmx_groups_t *groups, char **gnames, t_grpopts *opts, warninp_t wi)
  86 {
  87     int      nr, i, j, k;
  88     char    *ptr1[MAXPTR];
  89     int      nadress_cg_grp_names, nadress_tf_grp_names;
  90
  91     /* AdResS coarse grained groups input */
  92
  93     nr = groups->grps[egcENER].nr;
  94     snew(adress->group_explicit, nr);
  95     for (i = 0; i < nr; i++)
  96     {
  97         adress->group_explicit[i] = TRUE;
  98     }
  99     adress->n_energy_grps = nr;
 100
 101     nadress_cg_grp_names = str_nelem(adress_cg_grp_names, MAXPTR, ptr1);
 102
 103     if (nadress_cg_grp_names > 0)
 104     {
 105         for (i = 0; i < nadress_cg_grp_names; i++)
 106         {
 107             /* search for the group name mathching the tf group name */
 108             k = 0;
 109             while ((k < nr) &&
 110                    gmx_strcasecmp(ptr1[i], (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]])))
 111             {
 112                 k++;
 113             }
 114             if (k == nr)
 115             {
 116                 gmx_fatal(FARGS, "Adress cg energy group %s not found\n", ptr1[i]);
 117             }
 118             adress->group_explicit[k] = FALSE;
 119             printf ("AdResS: Energy group %s is treated as coarse-grained \n",
 120                     (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]]));
 121         }
 122         /* set energy group exclusions between all coarse-grained and explicit groups */
 123         for (j = 0; j < nr; j++)
 124         {
 125             for (k = 0; k < nr; k++)
 126             {
 127                 if (!(adress->group_explicit[k] == adress->group_explicit[j]))
 128                 {
 129                     opts->egp_flags[nr * j + k] |= EGP_EXCL;
 130                     if (debug)
 131                     {
 132                         fprintf(debug, "AdResS excl %s %s \n",
 133                                 (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[j]]),
 134                                 (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]]));
 135                     }
 136                 }
 137             }
 138         }
 139     }
 140     else
 141     {
 142         warning(wi, "For an AdResS simulation at least one coarse-grained energy group has to be specified in adress_cg_grp_names");
 143     }
 144
 145
 146     /* AdResS multiple tf tables input */
 147     nadress_tf_grp_names = str_nelem(adress_tf_grp_names, MAXPTR, ptr1);
 148     adress->n_tf_grps    = nadress_tf_grp_names;
 149     snew(adress->tf_table_index, nadress_tf_grp_names);
 150
 151     nr = groups->grps[egcENER].nr;
 152
 153     if (nadress_tf_grp_names > 0)
 154     {
 155         for (i = 0; i < nadress_tf_grp_names; i++)
 156         {
 157             /* search for the group name mathching the tf group name */
 158             k = 0;
 159             while ((k < nr) &&
 160                    gmx_strcasecmp(ptr1[i], (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]])))
 161             {
 162                 k++;
 163             }
 164             if (k == nr)
 165             {
 166                 gmx_fatal(FARGS, "Adress tf energy group %s not found\n", ptr1[i]);
 167             }
 168
 169             adress->tf_table_index[i] = k;
 170             if (debug)
 171             {
 172                 fprintf(debug, "found tf group %s id %d \n", ptr1[i], k);
 173             }
 174             if (adress->group_explicit[k])
 175             {
 176                 gmx_fatal(FARGS, "Thermodynamic force group %s is not a coarse-grained group in adress_cg_grp_names. The thermodynamic force has to act on the coarse-grained vsite of a molecule.\n", ptr1[i]);
 177             }
 178
 179         }
 180     }
 181     /* end AdResS multiple tf tables input */
 182
 183
 184 }