src/gromacs/gmxpreprocess/readadress.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2009 Christoph Junghans, Brad Lambeth.
   5  * Copyright (c) 2012,2014, by the GROMACS development team, led by
   6  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   7  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   8  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   9  *
  10  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13  * of the License, or (at your option) any later version.
  14  *
  15  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18  * Lesser General Public License for more details.
  19  *
  20  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21  * License along with GROMACS; if not, see
  22  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24  *
  25  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26  * consider that scientific software is very special. Version
  27  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  29  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31  * official version at http://www.gromacs.org.
  32  *
  33  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35  */
  36 #include <string.h>
  37
  38 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  39 #include "readir.h"
  40 #include "names.h"
  41 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  42 #include "gmx_fatal.h"
  43
  44 #define MAXPTR 254
  45
  46 static char adress_refs[STRLEN], adress_tf_grp_names[STRLEN], adress_cg_grp_names[STRLEN];
  47
  48 void read_adressparams(int *ninp_p, t_inpfile **inp_p, t_adress *adress, warninp_t wi)
  49 {
  50     int         nadress_refs, i;
  51     const char *tmp;
  52     char       *ptr1[MAXPTR];
  53
  54
  55     int        ninp;
  56     t_inpfile *inp;
  57
  58     ninp   = *ninp_p;
  59     inp    = *inp_p;
  60
  61     EETYPE("adress_type",                adress->type,         eAdresstype_names);
  62     RTYPE ("adress_const_wf",            adress->const_wf,     1);
  63     RTYPE ("adress_ex_width",            adress->ex_width,     0);
  64     RTYPE ("adress_hy_width",            adress->hy_width,     0);
  65     RTYPE ("adress_ex_forcecap",         adress->ex_forcecap,     0);
  66     EETYPE("adress_interface_correction", adress->icor,         eAdressICtype_names);
  67     EETYPE("adress_site",                adress->site,         eAdressSITEtype_names);
  68     STYPE ("adress_reference_coords",    adress_refs,             NULL);
  69     STYPE ("adress_tf_grp_names",        adress_tf_grp_names,     NULL);
  70     STYPE ("adress_cg_grp_names",        adress_cg_grp_names,     NULL);
  71     EETYPE("adress_do_hybridpairs",      adress->do_hybridpairs, yesno_names);
  72
  73     nadress_refs = str_nelem(adress_refs, MAXPTR, ptr1);
  74
  75     for (i = 0; (i < nadress_refs); i++) /*read vector components*/
  76     {
  77         adress->refs[i] = strtod(ptr1[i], NULL);
  78     }
  79     for (; (i < DIM); i++) /*remaining undefined components of the vector set to zero*/
  80     {
  81         adress->refs[i] = 0;
  82     }
  83
  84     *ninp_p   = ninp;
  85     *inp_p    = inp;
  86 }
  87
  88 void do_adress_index(t_adress *adress, gmx_groups_t *groups, char **gnames, t_grpopts *opts, warninp_t wi)
  89 {
  90     int      nr, i, j, k;
  91     char    *ptr1[MAXPTR];
  92     int      nadress_cg_grp_names, nadress_tf_grp_names;
  93
  94     /* AdResS coarse grained groups input */
  95
  96     nr = groups->grps[egcENER].nr;
  97     snew(adress->group_explicit, nr);
  98     for (i = 0; i < nr; i++)
  99     {
 100         adress->group_explicit[i] = TRUE;
 101     }
 102     adress->n_energy_grps = nr;
 103
 104     nadress_cg_grp_names = str_nelem(adress_cg_grp_names, MAXPTR, ptr1);
 105
 106     if (nadress_cg_grp_names > 0)
 107     {
 108         for (i = 0; i < nadress_cg_grp_names; i++)
 109         {
 110             /* search for the group name mathching the tf group name */
 111             k = 0;
 112             while ((k < nr) &&
 113                    gmx_strcasecmp(ptr1[i], (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]])))
 114             {
 115                 k++;
 116             }
 117             if (k == nr)
 118             {
 119                 gmx_fatal(FARGS, "Adress cg energy group %s not found\n", ptr1[i]);
 120             }
 121             adress->group_explicit[k] = FALSE;
 122             printf ("AdResS: Energy group %s is treated as coarse-grained \n",
 123                     (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]]));
 124         }
 125         /* set energy group exclusions between all coarse-grained and explicit groups */
 126         for (j = 0; j < nr; j++)
 127         {
 128             for (k = 0; k < nr; k++)
 129             {
 130                 if (!(adress->group_explicit[k] == adress->group_explicit[j]))
 131                 {
 132                     opts->egp_flags[nr * j + k] |= EGP_EXCL;
 133                     if (debug)
 134                     {
 135                         fprintf(debug, "AdResS excl %s %s \n",
 136                                 (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[j]]),
 137                                 (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]]));
 138                     }
 139                 }
 140             }
 141         }
 142     }
 143     else
 144     {
 145         warning(wi, "For an AdResS simulation at least one coarse-grained energy group has to be specified in adress_cg_grp_names");
 146     }
 147
 148
 149     /* AdResS multiple tf tables input */
 150     nadress_tf_grp_names = str_nelem(adress_tf_grp_names, MAXPTR, ptr1);
 151     adress->n_tf_grps    = nadress_tf_grp_names;
 152     snew(adress->tf_table_index, nadress_tf_grp_names);
 153
 154     nr = groups->grps[egcENER].nr;
 155
 156     if (nadress_tf_grp_names > 0)
 157     {
 158         for (i = 0; i < nadress_tf_grp_names; i++)
 159         {
 160             /* search for the group name mathching the tf group name */
 161             k = 0;
 162             while ((k < nr) &&
 163                    gmx_strcasecmp(ptr1[i], (char*)(gnames[groups->grps[egcENER].nm_ind[k]])))
 164             {
 165                 k++;
 166             }
 167             if (k == nr)
 168             {
 169                 gmx_fatal(FARGS, "Adress tf energy group %s not found\n", ptr1[i]);
 170             }
 171
 172             adress->tf_table_index[i] = k;
 173             if (debug)
 174             {
 175                 fprintf(debug, "found tf group %s id %d \n", ptr1[i], k);
 176             }
 177             if (adress->group_explicit[k])
 178             {
 179                 gmx_fatal(FARGS, "Thermodynamic force group %s is not a coarse-grained group in adress_cg_grp_names. The thermodynamic force has to act on the coarse-grained vsite of a molecule.\n", ptr1[i]);
 180             }
 181
 182         }
 183     }
 184     /* end AdResS multiple tf tables input */
 185
 186
 187 }