src/gromacs/gmxpreprocess/read-conformation.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #include "read-conformation.h"
  36
  37 #include "gromacs/fileio/confio.h"
  38 #include "atomprop.h"
  39 #include "types/simple.h"
  40 #include "types/atoms.h"
  41 #include "smalloc.h"
  42
  43 void mk_vdw(t_atoms *a, real rvdw[], gmx_atomprop_t aps,
  44             real r_distance, real r_scale)
  45 {
  46     int i;
  47
  48     /* initialise van der waals arrays of configuration */
  49     fprintf(stderr, "Initialising van der waals distances...\n");
  50     for (i = 0; (i < a->nr); i++)
  51     {
  52         if (!gmx_atomprop_query(aps, epropVDW,
  53                                 *(a->resinfo[a->atom[i].resind].name),
  54                                 *(a->atomname[i]), &(rvdw[i])))
  55         {
  56             rvdw[i] = r_distance;
  57         }
  58         else
  59         {
  60             rvdw[i] *= r_scale;
  61         }
  62     }
  63 }
  64
  65 char *read_conformation(const char *confin, t_atoms *atoms, rvec **x, rvec **v,
  66                         real **r, int *ePBC, matrix box, gmx_atomprop_t aps,
  67                         real r_distance, real r_scale)
  68 {
  69     char *title;
  70     int   natoms;
  71
  72     snew(title, STRLEN);
  73     get_stx_coordnum(confin, &natoms);
  74
  75     /* allocate memory for atom coordinates of configuration */
  76     snew(*x, natoms);
  77     if (v)
  78     {
  79         snew(*v, natoms);
  80     }
  81     snew(*r, natoms);
  82     init_t_atoms(atoms, natoms, FALSE);
  83
  84     /* read residue number, residue names, atomnames, coordinates etc. */
  85     fprintf(stderr, "Reading solute configuration%s\n", v ? " and velocities" : "");
  86     read_stx_conf(confin, title, atoms, *x, v ? *v : NULL, ePBC, box);
  87     fprintf(stderr, "%s\nContaining %d atoms in %d residues\n",
  88             title, atoms->nr, atoms->nres);
  89
  90     mk_vdw(atoms, *r, aps, r_distance, r_scale);
  91
  92     return title;
  93 }