src/gromacs/gmxpreprocess/read-conformation.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #include "read-conformation.h"
  36
  37 #include "gromacs/fileio/confio.h"
  38 #include "atomprop.h"
  39 #include "types/simple.h"
  40 #include "types/atoms.h"
  41 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  42
  43 real *makeExclusionDistances(const t_atoms *a, gmx_atomprop_t aps,
  44                              real defaultDistance, real scaleFactor)
  45 {
  46     int   i;
  47     real *exclusionDistances;
  48
  49     snew(exclusionDistances, a->nr);
  50     /* initialise arrays with distances usually based on van der Waals
  51        radii */
  52     fprintf(stderr, "Initialising inter-atomic distances...\n");
  53     for (i = 0; (i < a->nr); i++)
  54     {
  55         if (!gmx_atomprop_query(aps, epropVDW,
  56                                 *(a->resinfo[a->atom[i].resind].name),
  57                                 *(a->atomname[i]), &(exclusionDistances[i])))
  58         {
  59             exclusionDistances[i] = defaultDistance;
  60         }
  61         else
  62         {
  63             exclusionDistances[i] *= scaleFactor;
  64         }
  65     }
  66     return exclusionDistances;
  67 }
  68
  69 char *readConformation(const char *confin, t_atoms *atoms, rvec **x, rvec **v,
  70                        int *ePBC, matrix box)
  71 {
  72     char *title;
  73     int   natoms;
  74
  75     snew(title, STRLEN);
  76     get_stx_coordnum(confin, &natoms);
  77
  78     /* allocate memory for atom coordinates of configuration */
  79     snew(*x, natoms);
  80     if (v)
  81     {
  82         snew(*v, natoms);
  83     }
  84     init_t_atoms(atoms, natoms, FALSE);
  85
  86     /* read residue number, residue names, atomnames, coordinates etc. */
  87     fprintf(stderr, "Reading solute configuration%s\n", v ? " and velocities" : "");
  88     read_stx_conf(confin, title, atoms, *x, v ? *v : NULL, ePBC, box);
  89     fprintf(stderr, "%s\nContaining %d atoms in %d residues\n",
  90             title, atoms->nr, atoms->nres);
  91
  92     return title;
  93 }