src/gromacs/gmxpreprocess/pgutil.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef GMX_GMXPREPROCESS_PGUTIL_H
  39 #define GMX_GMXPREPROCESS_PGUTIL_H
  40
  41 #include "typedefs.h"
  42
  43 #ifdef __cplusplus
  44 extern "C"
  45 {
  46 #endif
  47
  48 /* Search an atom in array of pointers to strings, starting from start
  49  * if type starts with '-' then searches backwards from start.
  50  * bondtype is only used for printing the error/warning string,
  51  * when bondtype="check" no error/warning is issued.
  52  * When bAllowMissing=FALSE an fatal error is issued, otherwise a warning.
  53  */
  54 atom_id search_atom(const char *type, int start,
  55                     t_atoms *atoms,
  56                     const char *bondtype, gmx_bool bAllowMissing);
  57
  58 /* Similar to search_atom, but this routine searches for the specified
  59  * atom in residue resind.
  60  */
  61 atom_id
  62 search_res_atom(const char *type, int resind,
  63                 t_atoms *atoms,
  64                 const char *bondtype, gmx_bool bAllowMissing);
  65
  66
  67 void set_at(t_atom *at, real m, real q, int type, int resind);
  68
  69
  70 #ifdef __cplusplus
  71 }
  72 #endif
  73
  74 #endif