src/gromacs/gmxpreprocess/pgutil.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2014,2015,2017,2018 by the GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  39
  40 #include "gmxpre.h"
  41
  42 #include "pgutil.h"
  43
  44 #include <cstring>
  45
  46 #include <algorithm>
  47
  48 #include "gromacs/topology/atoms.h"
  49 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  50 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  51 #include "gromacs/utility/snprintf.h"
  52
  53 #define BUFSIZE 1024
  54 static void atom_not_found(int         fatal_errno,
  55                            const char* file,
  56                            int         line,
  57                            const char* atomname,
  58                            int         resind,
  59                            const char* resname,
  60                            const char* bondtype,
  61                            bool        bAllowMissing)
  62 {
  63     char message_buffer[BUFSIZE];
  64     if (strcmp(bondtype, "check") != 0)
  65     {
  66         if (0 != strcmp(bondtype, "atom"))
  67         {
  68             snprintf(message_buffer,
  69                      1024,
  70                      "Residue %d named %s of a molecule in the input file was mapped\n"
  71                      "to an entry in the topology database, but the atom %s used in\n"
  72                      "an interaction of type %s in that entry is not found in the\n"
  73                      "input file. Perhaps your atom and/or residue naming needs to be\n"
  74                      "fixed.\n",
  75                      resind + 1,
  76                      resname,
  77                      atomname,
  78                      bondtype);
  79         }
  80         else
  81         {
  82             snprintf(message_buffer,
  83                      1024,
  84                      "Residue %d named %s of a molecule in the input file was mapped\n"
  85                      "to an entry in the topology database, but the atom %s used in\n"
  86                      "that entry is not found in the input file. Perhaps your atom\n"
  87                      "and/or residue naming needs to be fixed.\n",
  88                      resind + 1,
  89                      resname,
  90                      atomname);
  91         }
  92         if (bAllowMissing)
  93         {
  94             gmx_warning("WARNING: %s", message_buffer);
  95         }
  96         else
  97         {
  98             gmx_fatal(fatal_errno, file, line, "%s", message_buffer);
  99         }
 100     }
 101 }
 102
 103 int search_atom(const char*              type,
 104                 int                      start,
 105                 const t_atoms*           atoms,
 106                 const char*              bondtype,
 107                 bool                     bAllowMissing,
 108                 gmx::ArrayRef<const int> cyclicBondsIndex)
 109 {
 110     int                                i, resind = -1;
 111     bool                               bPrevious, bNext, bOverring;
 112     int                                natoms = atoms->nr;
 113     t_atom*                            at     = atoms->atom;
 114     char** const*                      anm    = atoms->atomname;
 115     gmx::ArrayRef<const int>::iterator cyclicBondsIterator;
 116
 117     bPrevious = (strchr(type, '-') != nullptr);
 118     bNext     = (strchr(type, '+') != nullptr);
 119
 120     if (!bPrevious)
 121     {
 122         resind = at[start].resind;
 123         if (bNext)
 124         {
 125             /* The next residue */
 126             type++;
 127             bOverring = !cyclicBondsIndex.empty()
 128                         && (cyclicBondsIterator =
 129                                     std::find(cyclicBondsIndex.begin(), cyclicBondsIndex.end(), resind))
 130                                    != cyclicBondsIndex.end();
 131             if (bOverring && ((cyclicBondsIterator - cyclicBondsIndex.begin()) & 1))
 132             {
 133                 resind = *(--cyclicBondsIterator);
 134                 return search_res_atom(type, resind, atoms, bondtype, false);
 135             }
 136             else
 137             {
 138                 while ((start < natoms) && (at[start].resind == resind))
 139                 {
 140                     start++;
 141                 }
 142                 if (start < natoms)
 143                 {
 144                     resind = at[start].resind;
 145                 }
 146             }
 147         }
 148
 149         for (i = start; (i < natoms) && (bNext || (at[i].resind == resind)); i++)
 150         {
 151             if (anm[i] && gmx_strcasecmp(type, *(anm[i])) == 0)
 152             {
 153                 return i;
 154             }
 155         }
 156         if (!(bNext && at[start].resind == at[natoms - 1].resind))
 157         {
 158             atom_not_found(FARGS, type, at[start].resind, *atoms->resinfo[resind].name, bondtype, bAllowMissing);
 159         }
 160     }
 161     else
 162     {
 163         /* The previous residue */
 164         type++;
 165         resind    = at[start].resind;
 166         bOverring = !cyclicBondsIndex.empty()
 167                     && (cyclicBondsIterator =
 168                                 std::find(cyclicBondsIndex.begin(), cyclicBondsIndex.end(), resind))
 169                                != cyclicBondsIndex.end();
 170
 171         if (bOverring && !((cyclicBondsIterator - cyclicBondsIndex.begin()) & 1))
 172         {
 173             resind = *(++cyclicBondsIterator);
 174             return search_res_atom(type, resind, atoms, bondtype, false);
 175         }
 176         else
 177         {
 178             while ((start >= 0) && (at[start].resind == resind))
 179             {
 180                 start--;
 181             }
 182             if (start >= 0)
 183             {
 184                 resind = at[start].resind;
 185                 start++;
 186             }
 187         }
 188         for (i = start - 1; (i >= 0) && (at[i].resind == resind); i--)
 189         {
 190             if (gmx_strcasecmp(type, *(anm[i])) == 0)
 191             {
 192                 return i;
 193             }
 194         }
 195         if (start > 0)
 196         {
 197             atom_not_found(FARGS, type, at[start].resind, *atoms->resinfo[resind].name, bondtype, bAllowMissing);
 198         }
 199     }
 200     return -1;
 201 }
 202
 203 int search_res_atom(const char* type, int resind, const t_atoms* atoms, const char* bondtype, bool bAllowMissing)
 204 {
 205     int i;
 206
 207     for (i = 0; (i < atoms->nr); i++)
 208     {
 209         if (atoms->atom[i].resind == resind)
 210         {
 211             return search_atom(type, i, atoms, bondtype, bAllowMissing, gmx::ArrayRef<const int>());
 212         }
 213     }
 214
 215     return -1;
 216 }