src/gromacs/gmxpreprocess/pgutil.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2014,2015,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38
  39 #include "gmxpre.h"
  40
  41 #include "pgutil.h"
  42
  43 #include <cstring>
  44
  45 #include "gromacs/topology/atoms.h"
  46 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  47 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  48 #include "gromacs/utility/snprintf.h"
  49
  50 #define BUFSIZE 1024
  51 static void atom_not_found(int         fatal_errno,
  52                            const char* file,
  53                            int         line,
  54                            const char* atomname,
  55                            int         resind,
  56                            const char* resname,
  57                            const char* bondtype,
  58                            bool        bAllowMissing)
  59 {
  60     char message_buffer[BUFSIZE];
  61     if (strcmp(bondtype, "check") != 0)
  62     {
  63         if (0 != strcmp(bondtype, "atom"))
  64         {
  65             snprintf(message_buffer, 1024,
  66                      "Residue %d named %s of a molecule in the input file was mapped\n"
  67                      "to an entry in the topology database, but the atom %s used in\n"
  68                      "an interaction of type %s in that entry is not found in the\n"
  69                      "input file. Perhaps your atom and/or residue naming needs to be\n"
  70                      "fixed.\n",
  71                      resind + 1, resname, atomname, bondtype);
  72         }
  73         else
  74         {
  75             snprintf(message_buffer, 1024,
  76                      "Residue %d named %s of a molecule in the input file was mapped\n"
  77                      "to an entry in the topology database, but the atom %s used in\n"
  78                      "that entry is not found in the input file. Perhaps your atom\n"
  79                      "and/or residue naming needs to be fixed.\n",
  80                      resind + 1, resname, atomname);
  81         }
  82         if (bAllowMissing)
  83         {
  84             gmx_warning("WARNING: %s", message_buffer);
  85         }
  86         else
  87         {
  88             gmx_fatal(fatal_errno, file, line, "%s", message_buffer);
  89         }
  90     }
  91 }
  92
  93 int search_atom(const char* type, int start, const t_atoms* atoms, const char* bondtype, bool bAllowMissing)
  94 {
  95     int           i, resind = -1;
  96     bool          bPrevious, bNext;
  97     int           natoms = atoms->nr;
  98     t_atom*       at     = atoms->atom;
  99     char** const* anm    = atoms->atomname;
 100
 101     bPrevious = (strchr(type, '-') != nullptr);
 102     bNext     = (strchr(type, '+') != nullptr);
 103
 104     if (!bPrevious)
 105     {
 106         resind = at[start].resind;
 107         if (bNext)
 108         {
 109             /* The next residue */
 110             type++;
 111             while ((start < natoms) && (at[start].resind == resind))
 112             {
 113                 start++;
 114             }
 115             if (start < natoms)
 116             {
 117                 resind = at[start].resind;
 118             }
 119         }
 120
 121         for (i = start; (i < natoms) && (bNext || (at[i].resind == resind)); i++)
 122         {
 123             if (anm[i] && gmx_strcasecmp(type, *(anm[i])) == 0)
 124             {
 125                 return i;
 126             }
 127         }
 128         if (!(bNext && at[start].resind == at[natoms - 1].resind))
 129         {
 130             atom_not_found(FARGS, type, at[start].resind, *atoms->resinfo[resind].name, bondtype,
 131                            bAllowMissing);
 132         }
 133     }
 134     else
 135     {
 136         /* The previous residue */
 137         type++;
 138         if (start > 0)
 139         {
 140             resind = at[start - 1].resind;
 141         }
 142         for (i = start - 1; (i >= 0) /*&& (at[i].resind == resind)*/; i--)
 143         {
 144             if (gmx_strcasecmp(type, *(anm[i])) == 0)
 145             {
 146                 return i;
 147             }
 148         }
 149         if (start > 0)
 150         {
 151             atom_not_found(FARGS, type, at[start].resind, *atoms->resinfo[resind].name, bondtype,
 152                            bAllowMissing);
 153         }
 154     }
 155     return -1;
 156 }
 157
 158 int search_res_atom(const char* type, int resind, const t_atoms* atoms, const char* bondtype, bool bAllowMissing)
 159 {
 160     int i;
 161
 162     for (i = 0; (i < atoms->nr); i++)
 163     {
 164         if (atoms->atom[i].resind == resind)
 165         {
 166             return search_atom(type, i, atoms, bondtype, bAllowMissing);
 167         }
 168     }
 169
 170     return -1;
 171 }