src/gromacs/gmxpreprocess/pgutil.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  34  */
  35 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  36
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40 #include "string2.h"
  41 #include "pgutil.h"
  42 #include <string.h>
  43 #include "gmx_fatal.h"
  44
  45 #define BUFSIZE 1024
  46 static void atom_not_found(int fatal_errno, const char *file, int line,
  47                            const char *atomname, int resind,
  48                            const char *resname,
  49                            const char *bondtype, gmx_bool bAllowMissing)
  50 {
  51     char message_buffer[BUFSIZE];
  52     if (strcmp(bondtype, "check") != 0)
  53     {
  54         if (0 != strcmp(bondtype, "atom"))
  55         {
  56             snprintf(message_buffer, 1024,
  57                      "Residue %d named %s of a molecule in the input file was mapped\n"
  58                      "to an entry in the topology database, but the atom %s used in\n"
  59                      "an interaction of type %s in that entry is not found in the\n"
  60                      "input file. Perhaps your atom and/or residue naming needs to be\n"
  61                      "fixed.\n",
  62                      resind+1, resname, atomname, bondtype);
  63         }
  64         else
  65         {
  66             snprintf(message_buffer, 1024,
  67                      "Residue %d named %s of a molecule in the input file was mapped\n"
  68                      "to an entry in the topology database, but the atom %s used in\n"
  69                      "that entry is not found in the input file. Perhaps your atom\n"
  70                      "and/or residue naming needs to be fixed.\n",
  71                      resind+1, resname, atomname);
  72         }
  73         if (bAllowMissing)
  74         {
  75             gmx_warning("WARNING: %s", message_buffer);
  76         }
  77         else
  78         {
  79             gmx_fatal(fatal_errno, file, line, message_buffer);
  80         }
  81     }
  82 }
  83
  84 atom_id search_atom(const char *type, int start,
  85                     t_atoms *atoms,
  86                     const char *bondtype, gmx_bool bAllowMissing)
  87 {
  88     int             i, resind = -1;
  89     gmx_bool        bPrevious, bNext;
  90     int             natoms = atoms->nr;
  91     t_atom         *at     = atoms->atom;
  92     char ** const * anm    = atoms->atomname;
  93
  94     bPrevious = (strchr(type, '-') != NULL);
  95     bNext     = (strchr(type, '+') != NULL);
  96
  97     if (!bPrevious)
  98     {
  99         resind = at[start].resind;
 100         if (bNext)
 101         {
 102             /* The next residue */
 103             type++;
 104             while ((start < natoms) && (at[start].resind == resind))
 105             {
 106                 start++;
 107             }
 108             if (start < natoms)
 109             {
 110                 resind = at[start].resind;
 111             }
 112         }
 113
 114         for (i = start; (i < natoms) && (bNext || (at[i].resind == resind)); i++)
 115         {
 116             if (anm[i] && gmx_strcasecmp(type, *(anm[i])) == 0)
 117             {
 118                 return (atom_id) i;
 119             }
 120         }
 121         if (!(bNext && at[start].resind == at[natoms-1].resind))
 122         {
 123             atom_not_found(FARGS, type, at[start].resind, *atoms->resinfo[resind].name, bondtype, bAllowMissing);
 124         }
 125     }
 126     else
 127     {
 128         /* The previous residue */
 129         type++;
 130         if (start > 0)
 131         {
 132             resind = at[start-1].resind;
 133         }
 134         for (i = start-1; (i >= 0) /*&& (at[i].resind == resind)*/; i--)
 135         {
 136             if (gmx_strcasecmp(type, *(anm[i])) == 0)
 137             {
 138                 return (atom_id) i;
 139             }
 140         }
 141         if (start > 0)
 142         {
 143             atom_not_found(FARGS, type, at[start].resind, *atoms->resinfo[resind].name, bondtype, bAllowMissing);
 144         }
 145     }
 146     return NO_ATID;
 147 }
 148
 149 void set_at(t_atom *at, real m, real q, int type, int resind)
 150 {
 151     at->m      = m;
 152     at->q      = q;
 153     at->type   = type;
 154     at->resind = resind;
 155 }