src/gromacs/gmxpreprocess/pgutil.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  34  */
  35 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  36
  37 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  38 #include <config.h>
  39 #endif
  40 #include "string2.h"
  41 #include "pgutil.h"
  42 #include "string.h"
  43 #include "gmx_fatal.h"
  44
  45 #define BUFSIZE 1024
  46 static void atom_not_found(int fatal_errno,const char *file,int line,
  47                            const char *atomname,int resind,
  48                            const char *bondtype,gmx_bool bAllowMissing)
  49 {
  50     char message_buffer[BUFSIZE];
  51     if (strcmp(bondtype,"check") != 0)
  52     {
  53         if (0 != strcmp(bondtype, "atom"))
  54         {
  55             snprintf(message_buffer, 1024,
  56                      "Atom %s is used in an interaction of type %s in the topology\n"
  57                      "database, but an atom of that name was not found in residue\n"
  58                      "number %d.\n",
  59                      atomname,bondtype,resind+1);
  60         }
  61         else
  62         {
  63             snprintf(message_buffer, 1024,
  64                      "Atom %s is used in the topology database, but an atom of that\n"
  65                      "name was not found in residue number %d.\n",
  66                      atomname,resind+1);
  67         }
  68         if (bAllowMissing)
  69         {
  70             gmx_warning("WARNING: %s", message_buffer);
  71         }
  72         else
  73         {
  74             gmx_fatal(fatal_errno,file,line,message_buffer);
  75         }
  76     }
  77 }
  78
  79 atom_id search_atom(const char *type,int start,int natoms,t_atom at[],
  80                     char ** const * anm,
  81                     const char *bondtype,gmx_bool bAllowMissing)
  82 {
  83   int     i,resind=-1;
  84   gmx_bool    bPrevious,bNext;
  85
  86   bPrevious = (strchr(type,'-') != NULL);
  87   bNext     = (strchr(type,'+') != NULL);
  88
  89   if (!bPrevious) {
  90     resind = at[start].resind;
  91     if (bNext) {
  92       /* The next residue */
  93       type++;
  94       while ((start<natoms) && (at[start].resind == resind))
  95         start++;
  96       if (start < natoms)
  97         resind = at[start].resind;
  98     }
  99
 100     for(i=start; (i<natoms) && (bNext || (at[i].resind == resind)); i++) {
 101       if (anm[i] && gmx_strcasecmp(type,*(anm[i]))==0)
 102         return (atom_id) i;
 103     }
 104     if (!(bNext && at[start].resind==at[natoms-1].resind))
 105       atom_not_found(FARGS,type,at[start].resind,bondtype,bAllowMissing);
 106   }
 107   else {
 108     /* The previous residue */
 109     type++;
 110     if (start > 0)
 111       resind = at[start-1].resind;
 112     for(i=start-1; (i>=0) /*&& (at[i].resind == resind)*/; i--)
 113       if (gmx_strcasecmp(type,*(anm[i]))==0)
 114         return (atom_id) i;
 115     if (start > 0)
 116       atom_not_found(FARGS,type,at[start].resind,bondtype,bAllowMissing);
 117   }
 118   return NO_ATID;
 119 }
 120
 121 void set_at(t_atom *at,real m,real q,int type,int resind)
 122 {
 123   at->m=m;
 124   at->q=q;
 125   at->type=type;
 126   at->resind=resind;
 127 }