src/gromacs/gmxpreprocess/pgutil.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2012,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38
  39 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  40 #include <config.h>
  41 #endif
  42 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  43 #include "pgutil.h"
  44 #include <string.h>
  45 #include "gmx_fatal.h"
  46
  47 #define BUFSIZE 1024
  48 static void atom_not_found(int fatal_errno, const char *file, int line,
  49                            const char *atomname, int resind,
  50                            const char *resname,
  51                            const char *bondtype, gmx_bool bAllowMissing)
  52 {
  53     char message_buffer[BUFSIZE];
  54     if (strcmp(bondtype, "check") != 0)
  55     {
  56         if (0 != strcmp(bondtype, "atom"))
  57         {
  58             snprintf(message_buffer, 1024,
  59                      "Residue %d named %s of a molecule in the input file was mapped\n"
  60                      "to an entry in the topology database, but the atom %s used in\n"
  61                      "an interaction of type %s in that entry is not found in the\n"
  62                      "input file. Perhaps your atom and/or residue naming needs to be\n"
  63                      "fixed.\n",
  64                      resind+1, resname, atomname, bondtype);
  65         }
  66         else
  67         {
  68             snprintf(message_buffer, 1024,
  69                      "Residue %d named %s of a molecule in the input file was mapped\n"
  70                      "to an entry in the topology database, but the atom %s used in\n"
  71                      "that entry is not found in the input file. Perhaps your atom\n"
  72                      "and/or residue naming needs to be fixed.\n",
  73                      resind+1, resname, atomname);
  74         }
  75         if (bAllowMissing)
  76         {
  77             gmx_warning("WARNING: %s", message_buffer);
  78         }
  79         else
  80         {
  81             gmx_fatal(fatal_errno, file, line, message_buffer);
  82         }
  83     }
  84 }
  85
  86 atom_id search_atom(const char *type, int start,
  87                     t_atoms *atoms,
  88                     const char *bondtype, gmx_bool bAllowMissing)
  89 {
  90     int             i, resind = -1;
  91     gmx_bool        bPrevious, bNext;
  92     int             natoms = atoms->nr;
  93     t_atom         *at     = atoms->atom;
  94     char ** const * anm    = atoms->atomname;
  95
  96     bPrevious = (strchr(type, '-') != NULL);
  97     bNext     = (strchr(type, '+') != NULL);
  98
  99     if (!bPrevious)
 100     {
 101         resind = at[start].resind;
 102         if (bNext)
 103         {
 104             /* The next residue */
 105             type++;
 106             while ((start < natoms) && (at[start].resind == resind))
 107             {
 108                 start++;
 109             }
 110             if (start < natoms)
 111             {
 112                 resind = at[start].resind;
 113             }
 114         }
 115
 116         for (i = start; (i < natoms) && (bNext || (at[i].resind == resind)); i++)
 117         {
 118             if (anm[i] && gmx_strcasecmp(type, *(anm[i])) == 0)
 119             {
 120                 return (atom_id) i;
 121             }
 122         }
 123         if (!(bNext && at[start].resind == at[natoms-1].resind))
 124         {
 125             atom_not_found(FARGS, type, at[start].resind, *atoms->resinfo[resind].name, bondtype, bAllowMissing);
 126         }
 127     }
 128     else
 129     {
 130         /* The previous residue */
 131         type++;
 132         if (start > 0)
 133         {
 134             resind = at[start-1].resind;
 135         }
 136         for (i = start-1; (i >= 0) /*&& (at[i].resind == resind)*/; i--)
 137         {
 138             if (gmx_strcasecmp(type, *(anm[i])) == 0)
 139             {
 140                 return (atom_id) i;
 141             }
 142         }
 143         if (start > 0)
 144         {
 145             atom_not_found(FARGS, type, at[start].resind, *atoms->resinfo[resind].name, bondtype, bAllowMissing);
 146         }
 147     }
 148     return NO_ATID;
 149 }
 150
 151 void set_at(t_atom *at, real m, real q, int type, int resind)
 152 {
 153     at->m      = m;
 154     at->q      = q;
 155     at->type   = type;
 156     at->resind = resind;
 157 }