src/gromacs/gmxpreprocess/makeexclusiondistances.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2014,2015,2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35 #include "gmxpre.h"
  36
  37 #include "makeexclusiondistances.h"
  38
  39 #include <string>
  40 #include <vector>
  41
  42 #include "gromacs/topology/atomprop.h"
  43 #include "gromacs/topology/atoms.h"
  44
  45 std::vector<real> makeExclusionDistances(const t_atoms* a, AtomProperties* aps, real defaultDistance, real scaleFactor)
  46 {
  47     std::vector<real> exclusionDistances;
  48
  49     if (a != nullptr)
  50     {
  51         exclusionDistances.reserve(a->nr);
  52         for (int i = 0; i < a->nr; ++i)
  53         {
  54             real value;
  55             if (!aps->setAtomProperty(epropVDW, std::string(*(a->resinfo[a->atom[i].resind].name)),
  56                                       std::string(*(a->atomname[i])), &value))
  57             {
  58                 value = defaultDistance;
  59             }
  60             else
  61             {
  62                 value *= scaleFactor;
  63             }
  64             exclusionDistances.push_back(value);
  65         }
  66     }
  67     return exclusionDistances;
  68 }