src/gromacs/gmxpreprocess/makeexclusiondistances.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2014,2015,2016,2017,2018 by the GROMACS development team.
   5  * Copyright (c) 2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   6  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   7  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   8  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   9  *
  10  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13  * of the License, or (at your option) any later version.
  14  *
  15  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18  * Lesser General Public License for more details.
  19  *
  20  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21  * License along with GROMACS; if not, see
  22  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24  *
  25  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26  * consider that scientific software is very special. Version
  27  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  29  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31  * official version at http://www.gromacs.org.
  32  *
  33  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35  */
  36 #include "gmxpre.h"
  37
  38 #include "makeexclusiondistances.h"
  39
  40 #include <string>
  41 #include <vector>
  42
  43 #include "gromacs/topology/atomprop.h"
  44 #include "gromacs/topology/atoms.h"
  45
  46 std::vector<real> makeExclusionDistances(const t_atoms* a, AtomProperties* aps, real defaultDistance, real scaleFactor)
  47 {
  48     std::vector<real> exclusionDistances;
  49
  50     if (a != nullptr)
  51     {
  52         exclusionDistances.reserve(a->nr);
  53         for (int i = 0; i < a->nr; ++i)
  54         {
  55             real value;
  56             if (!aps->setAtomProperty(epropVDW, std::string(*(a->resinfo[a->atom[i].resind].name)),
  57                                       std::string(*(a->atomname[i])), &value))
  58             {
  59                 value = defaultDistance;
  60             }
  61             else
  62             {
  63                 value *= scaleFactor;
  64             }
  65             exclusionDistances.push_back(value);
  66         }
  67     }
  68     return exclusionDistances;
  69 }