src/gromacs/gmxpreprocess/hackblock.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  34  */
  35 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 #include <string.h>
  41 #include "hackblock.h"
  42 #include "smalloc.h"
  43 #include "vec.h"
  44 #include "string2.h"
  45 #include "macros.h"
  46
  47 /* these MUST correspond to the enum in hackblock.h */
  48 const char *btsNames[ebtsNR] = { "bonds", "angles", "dihedrals", "impropers", "exclusions", "cmap" };
  49 const int btsNiatoms[ebtsNR] = { 2,       3,        4,           4,           2,             5 };
  50
  51 static void free_t_bonded(t_rbonded *rb)
  52 {
  53   int i;
  54
  55   for (i=0; i<MAXATOMLIST; i++)
  56     sfree(rb->a[i]);
  57   sfree(rb->s);
  58 }
  59
  60 static void free_t_bondeds(t_rbondeds *rbs)
  61 {
  62   int i;
  63
  64   for(i=0; i<rbs->nb; i++)
  65     free_t_bonded(&rbs->b[i]);
  66   sfree(rbs->b);
  67   rbs->b=NULL;
  68   rbs->nb=0;
  69 }
  70
  71 void free_t_restp(int nrtp, t_restp **rtp)
  72 {
  73   int i,j;
  74
  75   for(i=0; i<nrtp; i++) {
  76     sfree((*rtp)[i].resname);
  77     sfree((*rtp)[i].atom);
  78     for(j=0; j<(*rtp)[i].natom; j++) {
  79       sfree(*(*rtp)[i].atomname[j]);
  80       sfree((*rtp)[i].atomname[j]);
  81     }
  82     sfree((*rtp)[i].atomname);
  83     sfree((*rtp)[i].cgnr);
  84     for(j=0; j<ebtsNR; j++)
  85       free_t_bondeds(&(*rtp)[i].rb[j]);
  86   }
  87   free(*rtp);
  88 }
  89
  90 void free_t_hack(int nh, t_hack **h)
  91 {
  92   int i, j;
  93
  94   for(i=0; i<nh; i++) {
  95     sfree((*h)[i].oname);
  96     sfree((*h)[i].nname);
  97     sfree((*h)[i].atom);
  98     for(j=0; j<4; j++)
  99       sfree((*h)[i].a[j]);
 100   }
 101   sfree(*h);
 102   *h=NULL;
 103 }
 104
 105 void free_t_hackblock(int nhb, t_hackblock **hb)
 106 {
 107   int i, j;
 108
 109   for(i=0; i<nhb; i++) {
 110     sfree((*hb)[i].name);
 111     free_t_hack((*hb)[i].nhack, &(*hb)[i].hack);
 112     for(j=0; j<ebtsNR; j++)
 113       free_t_bondeds(&(*hb)[i].rb[j]);
 114   }
 115   sfree(*hb);
 116 }
 117
 118 void clear_t_hackblock(t_hackblock *hb)
 119 {
 120   int i;
 121
 122   hb->name   = NULL;
 123   hb->nhack  = 0;
 124   hb->maxhack= 0;
 125   hb->hack   = NULL;
 126   for(i=0; i<ebtsNR; i++) {
 127     hb->rb[i].nb=0;
 128     hb->rb[i].b=NULL;
 129   }
 130 }
 131
 132 void clear_t_hack(t_hack *hack)
 133 {
 134   int i;
 135
 136   hack->nr    = 0;
 137   hack->oname = NULL;
 138   hack->nname = NULL;
 139   hack->atom  = NULL;
 140   hack->cgnr  = NOTSET;
 141   hack->tp    = 0;
 142   hack->nctl  = 0;
 143   for(i=0; i<4; i++)
 144     hack->a[i]  = NULL;
 145   for(i=0; i<DIM; i++)
 146     hack->newx[i] = NOTSET;
 147 }
 148
 149 #define safe_strdup(str) ((str != NULL) ? strdup(str) : NULL)
 150
 151 static void copy_t_rbonded(t_rbonded *s, t_rbonded *d)
 152 {
 153   int i;
 154
 155   for(i=0; i<MAXATOMLIST; i++)
 156     d->a[i] = safe_strdup(s->a[i]);
 157   d->s = safe_strdup(s->s);
 158 }
 159
 160 static gmx_bool contains_char(t_rbonded *s,char c)
 161 {
 162   int i;
 163   gmx_bool bRet;
 164
 165   bRet = FALSE;
 166   for(i=0; i<MAXATOMLIST; i++)
 167     if (s->a[i] && s->a[i][0]==c)
 168       bRet = TRUE;
 169
 170   return bRet;
 171 }
 172
 173 gmx_bool merge_t_bondeds(t_rbondeds s[], t_rbondeds d[],gmx_bool bMin,gmx_bool bPlus)
 174 {
 175   int i, j;
 176   gmx_bool bBondsRemoved;
 177
 178   bBondsRemoved = FALSE;
 179   for(i=0; i < ebtsNR; i++) {
 180     if ( s[i].nb > 0 ) {
 181       /* make space */
 182       srenew(d[i].b, d[i].nb + s[i].nb);
 183       for(j=0; j < s[i].nb; j++)
 184         if (!(bMin && contains_char(&s[i].b[j],'-'))
 185             && !(bPlus && contains_char(&s[i].b[j],'+'))) {
 186           copy_t_rbonded(&s[i].b[j], &d[i].b[ d[i].nb ]);
 187           d[i].nb ++;
 188         } else if (i == ebtsBONDS) {
 189           bBondsRemoved = TRUE;
 190         }
 191     }
 192   }
 193
 194   return bBondsRemoved;
 195 }
 196
 197 void copy_t_restp(t_restp *s, t_restp *d)
 198 {
 199   int i;
 200
 201   *d = *s;
 202   d->resname = safe_strdup(s->resname);
 203   snew(d->atom, s->natom);
 204   for(i=0; i < s->natom; i++)
 205     d->atom[i] = s->atom[i];
 206   snew(d->atomname, s->natom);
 207   for(i=0; i < s->natom; i++) {
 208     snew(d->atomname[i],1);
 209     *d->atomname[i] = safe_strdup(*s->atomname[i]);
 210   }
 211   snew(d->cgnr, s->natom);
 212   for(i=0; i < s->natom; i++)
 213     d->cgnr[i] = s->cgnr[i];
 214   for(i=0; i < ebtsNR; i++) {
 215     d->rb[i].type = s->rb[i].type;
 216     d->rb[i].nb = 0;
 217     d->rb[i].b = NULL;
 218   }
 219   merge_t_bondeds(s->rb, d->rb,FALSE,FALSE);
 220 }
 221
 222 void copy_t_hack(t_hack *s, t_hack *d)
 223 {
 224   int i;
 225
 226   *d = *s;
 227   d->oname = safe_strdup(s->oname);
 228   d->nname = safe_strdup(s->nname);
 229   if (s->atom) {
 230     snew(d->atom, 1);
 231     *(d->atom) = *(s->atom);
 232   } else
 233     d->atom = NULL;
 234   for(i=0; i<4; i++)
 235     d->a[i] = safe_strdup(s->a[i]);
 236   copy_rvec(s->newx, d->newx);
 237 }
 238
 239 void merge_hacks_lo(int ns, t_hack *s, int *nd, t_hack **d)
 240 {
 241   int i;
 242
 243   if (ns) {
 244     srenew(*d, *nd + ns);
 245     for(i=0; i < ns; i++)
 246       copy_t_hack(&s[i], &(*d)[*nd + i]);
 247     (*nd) += ns;
 248   }
 249 }
 250
 251 void merge_hacks(t_hackblock *s, t_hackblock *d)
 252 {
 253   merge_hacks_lo(s->nhack, s->hack, &d->nhack, &d->hack);
 254 }
 255
 256 void merge_t_hackblock(t_hackblock *s, t_hackblock *d)
 257 {
 258   merge_hacks(s, d);
 259   merge_t_bondeds(s->rb, d->rb,FALSE,FALSE);
 260 }
 261
 262 void copy_t_hackblock(t_hackblock *s, t_hackblock *d)
 263 {
 264   int i;
 265
 266   *d       = *s;
 267   d->name  = safe_strdup(s->name);
 268   d->nhack = 0;
 269   d->hack  = NULL;
 270   for(i=0; i<ebtsNR; i++) {
 271     d->rb[i].nb=0;
 272     d->rb[i].b=NULL;
 273   }
 274   merge_t_hackblock(s, d);
 275 }
 276
 277 #undef safe_strdup
 278
 279 void dump_hb(FILE *out, int nres, t_hackblock hb[])
 280 {
 281   int i,j,k,l;
 282
 283 #define SS(s) (s) ? (s) : "-"
 284 #define SA(s) (s) ? "+" : ""
 285   fprintf(out,"t_hackblock\n");
 286   for(i=0; i<nres; i++) {
 287     fprintf(out, "%3d %4s %2d %2d\n",
 288             i, SS(hb[i].name), hb[i].nhack, hb[i].maxhack);
 289     if (hb[i].nhack)
 290       for(j=0; j<hb[i].nhack; j++) {
 291         fprintf(out, "%d: %d %4s %4s %1s %2d %d %4s %4s %4s %4s\n",
 292                 j, hb[i].hack[j].nr,
 293                 SS(hb[i].hack[j].oname), SS(hb[i].hack[j].nname),
 294                 SA(hb[i].hack[j].atom), hb[i].hack[j].tp, hb[i].hack[j].cgnr,
 295                 SS(hb[i].hack[j].AI), SS(hb[i].hack[j].AJ),
 296                 SS(hb[i].hack[j].AK), SS(hb[i].hack[j].AL) );
 297       }
 298     for(j=0; j<ebtsNR; j++)
 299       if (hb[i].rb[j].nb) {
 300         fprintf(out, " %c %d:", btsNames[j][0], hb[i].rb[j].nb);
 301         for(k=0; k<hb[i].rb[j].nb; k++) {
 302           fprintf(out, " [");
 303           for(l=0; l<btsNiatoms[j]; l++)
 304             fprintf(out, " %s",hb[i].rb[j].b[k].a[l]);
 305           fprintf(out, " %s]",SS(hb[i].rb[j].b[k].s));
 306         }
 307         fprintf(out,"\n");
 308       }
 309     fprintf(out,"\n");
 310   }
 311 #undef SS
 312 #undef SA
 313 }
 314
 315 void init_t_protonate(t_protonate *protonate)
 316 {
 317   protonate->bInit=FALSE;
 318 }