src/gromacs/gmxpreprocess/h_db.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <stdlib.h>
  43 #include <string.h>
  44
  45 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  46 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  47 #include "gromacs/utility/futil.h"
  48 #include "symtab.h"
  49 #include "h_db.h"
  50 #include "gromacs/fileio/gmxfio.h"
  51 #include "fflibutil.h"
  52 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  53 #include "macros.h"
  54
  55 /* Number of control atoms for each 'add' type.
  56  *
  57  * There are 11 types of adding hydrogens, numbered from 1 thru
  58  * 11. Each of these has a specific number of control atoms, that
  59  * determine how the hydrogens are added.  Here these number are
  60  * given. Because arrays start at 0, an extra dummy for index 0 is
  61  * added.
  62  */
  63 const int ncontrol[] = { -1, 3, 3, 3, 3, 4, 3, 1, 3, 3, 1, 1 };
  64 #define maxcontrol asize(ncontrol)
  65
  66 int compaddh(const void *a, const void *b)
  67 {
  68     t_hackblock *ah, *bh;
  69
  70     ah = (t_hackblock *)a;
  71     bh = (t_hackblock *)b;
  72     return gmx_strcasecmp(ah->name, bh->name);
  73 }
  74
  75 void print_ab(FILE *out, t_hack *hack, char *nname)
  76 {
  77     int i;
  78
  79     fprintf(out, "%d\t%d\t%s", hack->nr, hack->tp, nname);
  80     for (i = 0; (i < hack->nctl); i++)
  81     {
  82         fprintf(out, "\t%s", hack->a[i]);
  83     }
  84     fprintf(out, "\n");
  85 }
  86
  87
  88 void read_ab(char *line, const char *fn, t_hack *hack)
  89 {
  90     int  i, nh, tp, ns;
  91     char a[4][12];
  92     char hn[32];
  93
  94     ns = sscanf(line, "%d%d%s%s%s%s%s", &nh, &tp, hn, a[0], a[1], a[2], a[3]);
  95     if (ns < 4)
  96     {
  97         gmx_fatal(FARGS, "wrong format in input file %s on line\n%s\n", fn, line);
  98     }
  99
 100     hack->nr = nh;
 101     hack->tp = tp;
 102     if ((tp < 1) || (tp >= maxcontrol))
 103     {
 104         gmx_fatal(FARGS, "Error in hdb file %s:\nH-type should be in 1-%d. Offending line:\n%s", fn, maxcontrol-1, line);
 105     }
 106
 107     hack->nctl = ns - 3;
 108     if ((hack->nctl != ncontrol[hack->tp]) && (ncontrol[hack->tp] != -1))
 109     {
 110         gmx_fatal(FARGS, "Error in hdb file %s:\nWrong number of control atoms (%d iso %d) on line:\n%s\n", fn, hack->nctl, ncontrol[hack->tp], line);
 111     }
 112     for (i = 0; (i < hack->nctl); i++)
 113     {
 114         hack->a[i] = strdup(a[i]);
 115     }
 116     for (; i < 4; i++)
 117     {
 118         hack->a[i] = NULL;
 119     }
 120     hack->oname = NULL;
 121     hack->nname = strdup(hn);
 122     hack->atom  = NULL;
 123     hack->cgnr  = NOTSET;
 124     hack->bXSet = FALSE;
 125     for (i = 0; i < DIM; i++)
 126     {
 127         hack->newx[i] = NOTSET;
 128     }
 129 }
 130
 131 static void read_h_db_file(const char *hfn, int *nahptr, t_hackblock **ah)
 132 {
 133     FILE        *in;
 134     char         filebase[STRLEN], line[STRLEN], buf[STRLEN];
 135     int          i, n, nab, nah;
 136     t_hackblock *aah;
 137
 138     if (debug)
 139     {
 140         fprintf(debug, "Hydrogen Database (%s):\n", hfn);
 141     }
 142
 143     fflib_filename_base(hfn, filebase, STRLEN);
 144     /* Currently filebase is read and set, but not used.
 145      * hdb entries from any hdb file and be applied to rtp entries
 146      * in any rtp file.
 147      */
 148
 149     in = fflib_open(hfn);
 150
 151     nah = *nahptr;
 152     aah = *ah;
 153     while (fgets2(line, STRLEN-1, in))
 154     {
 155         if (sscanf(line, "%s%n", buf, &n) != 1)
 156         {
 157             fprintf(stderr, "Error in hdb file: nah = %d\nline = '%s'\n",
 158                     nah, line);
 159             break;
 160         }
 161         if (debug)
 162         {
 163             fprintf(debug, "%s", buf);
 164         }
 165         srenew(aah, nah+1);
 166         clear_t_hackblock(&aah[nah]);
 167         aah[nah].name     = strdup(buf);
 168         aah[nah].filebase = strdup(filebase);
 169
 170         if (sscanf(line+n, "%d", &nab) == 1)
 171         {
 172             if (debug)
 173             {
 174                 fprintf(debug, "  %d\n", nab);
 175             }
 176             snew(aah[nah].hack, nab);
 177             aah[nah].nhack = nab;
 178             for (i = 0; (i < nab); i++)
 179             {
 180                 if (feof(in))
 181                 {
 182                     gmx_fatal(FARGS, "Expected %d lines of hydrogens, found only %d "
 183                               "while reading Hydrogen Database %s residue %s",
 184                               nab, i-1, aah[nah].name, hfn);
 185                 }
 186                 if (NULL == fgets(buf, STRLEN, in))
 187                 {
 188                     gmx_fatal(FARGS, "Error reading from file %s", hfn);
 189                 }
 190                 read_ab(buf, hfn, &(aah[nah].hack[i]));
 191             }
 192         }
 193         nah++;
 194     }
 195     gmx_ffclose(in);
 196
 197     /* Sort the list (necessary to be able to use bsearch */
 198     qsort(aah, nah, (size_t)sizeof(**ah), compaddh);
 199
 200     /*
 201        if (debug)
 202        dump_h_db(hfn,nah,aah);
 203      */
 204
 205     *nahptr = nah;
 206     *ah     = aah;
 207 }
 208
 209 int read_h_db(const char *ffdir, t_hackblock **ah)
 210 {
 211     int    nhdbf, f;
 212     char **hdbf;
 213     int    nah;
 214     FILE  *fp;
 215
 216     /* Read the hydrogen database file(s).
 217      * Do not generate an error when no files are found.
 218      */
 219     nhdbf = fflib_search_file_end(ffdir, ".hdb", FALSE, &hdbf);
 220     nah   = 0;
 221     *ah   = NULL;
 222     for (f = 0; f < nhdbf; f++)
 223     {
 224         read_h_db_file(hdbf[f], &nah, ah);
 225         sfree(hdbf[f]);
 226     }
 227     sfree(hdbf);
 228
 229     return nah;
 230 }
 231
 232 t_hackblock *search_h_db(int nh, t_hackblock ah[], char *key)
 233 {
 234     t_hackblock ahkey, *result;
 235
 236     if (nh <= 0)
 237     {
 238         return NULL;
 239     }
 240
 241     ahkey.name = key;
 242
 243     result = (t_hackblock *)bsearch(&ahkey, ah, nh, (size_t)sizeof(ah[0]), compaddh);
 244
 245     return result;
 246 }