src/gromacs/gmxpreprocess/grompp_impl.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef GMX_GMXPREPROCESS_GROMPP_IMPL_H
  39 #define GMX_GMXPREPROCESS_GROMPP_IMPL_H
  40
  41 #include <string>
  42
  43 #include "gromacs/topology/atoms.h"
  44 #include "gromacs/topology/block.h"
  45 #include "gromacs/topology/idef.h"
  46 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  47 #include "gromacs/utility/real.h"
  48
  49 #define MAXSLEN 32
  50
  51 struct t_param
  52 {
  53     int        a[MAXATOMLIST];   /* The atom list (eg. bonds: particle  */
  54     /* i = a[0] (ai), j = a[1] (aj))    */
  55     real       c[MAXFORCEPARAM]; /* Force parameters (eg. b0 = c[0])    */
  56     char       s[MAXSLEN];       /* A string (instead of parameters),    *
  57                                   * read from the .rtp file in pdb2gmx   */
  58     const int &ai() const { return a[0]; }
  59     int       &ai() { return a[0]; }
  60     const int &aj() const { return a[1]; }
  61     int       &aj() { return a[1]; }
  62     const int &ak() const { return a[2]; }
  63     int       &ak() { return a[2]; }
  64     const int &al() const { return a[3]; }
  65     int       &al() { return a[3]; }
  66     const int &am() const { return a[4]; }
  67     int       &am() { return a[4]; }
  68
  69     real      &c0() { return c[0]; }
  70     real      &c1() { return c[1]; }
  71     real      &c2() { return c[2]; }
  72 };
  73
  74 struct t_params
  75 {                       // NOLINT (clang-analyzer-optin.performance.Padding)
  76     int          nr;    /* The number of bonds in this record   */
  77     int          maxnr; /* The amount of elements in the array  */
  78     t_param     *param; /* Array of parameters (dim: nr or nr*nr) */
  79
  80     /* CMAP tmp data, there are probably better places for this */
  81     int         grid_spacing; /* Cmap grid spacing */
  82     int         nc;           /* Number of cmap angles */
  83
  84     real       *cmap;         /* Temporary storage of the raw cmap grid data */
  85     int         ncmap;        /* Number of allocated elements in cmap grid*/
  86
  87     int        *cmap_types;   /* Store the five atomtypes followed by a number that identifies the type */
  88     int         nct;          /* Number of allocated elements in cmap_types */
  89 };
  90
  91 struct t_excls
  92 {
  93     int            nr;      /* The number of exclusions             */
  94     int           *e;       /* The excluded atoms                   */
  95 };
  96
  97 struct t_molinfo
  98 {
  99     char            **name;
 100     int               nrexcl;       /* Number of exclusions per atom    */
 101     bool              excl_set;     /* Have exclusions been generated?  */
 102     bool              bProcessed;   /* Has the mol been processed           */
 103     t_atoms           atoms;        /* Atoms                                */
 104     t_block           cgs;          /* Charge groups                        */
 105     t_block           mols;         /* Molecules                            */
 106     t_blocka          excls;        /* Exclusions                           */
 107     t_params          plist[F_NRE]; /* Parameters in old style              */
 108 };
 109
 110 struct t_mols
 111 {
 112     std::string name;
 113     int         nr;
 114 };
 115
 116 bool is_int(double x);
 117 /* Returns TRUE when x is integer */
 118
 119 #endif