src/gromacs/gmxpreprocess/grompp_impl.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef GMX_GMXPREPROCESS_GROMPP_IMPL_H
  39 #define GMX_GMXPREPROCESS_GROMPP_IMPL_H
  40
  41 #include <string>
  42
  43 #include "gromacs/gmxpreprocess/notset.h"
  44 #include "gromacs/topology/atoms.h"
  45 #include "gromacs/topology/block.h"
  46 #include "gromacs/topology/idef.h"
  47 #include "gromacs/utility/arrayref.h"
  48 #include "gromacs/utility/basedefinitions.h"
  49 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  50 #include "gromacs/utility/real.h"
  51
  52 /*! \libinternal \brief
  53  * Describes an interaction of a given type, plus its parameters.
  54  */
  55 class InteractionOfType
  56 {
  57 public:
  58     //! Constructor that initializes vectors.
  59     InteractionOfType(gmx::ArrayRef<const int>  atoms,
  60                       gmx::ArrayRef<const real> params,
  61                       const std::string&        name = "");
  62     /*!@{*/
  63     //! Access the individual elements set for the parameter.
  64     const int& ai() const;
  65     const int& aj() const;
  66     const int& ak() const;
  67     const int& al() const;
  68     const int& am() const;
  69
  70     const real& c0() const;
  71     const real& c1() const;
  72     const real& c2() const;
  73
  74     const std::string& interactionTypeName() const;
  75     /*!@}*/
  76
  77     /*! \brief Renumbers atom Ids.
  78      *
  79      *  Enforces that ai() is less than the opposite terminal atom index,
  80      *  with the number depending on the interaction type.
  81      */
  82     void sortAtomIds();
  83
  84     //! Set single force field parameter.
  85     void setForceParameter(int pos, real value);
  86
  87     //! View on all atoms numbers that are actually set.
  88     gmx::ArrayRef<int> atoms() { return atoms_; }
  89     //! Const view on all atoms numbers that are actually set.
  90     gmx::ArrayRef<const int> atoms() const { return atoms_; }
  91     //! View on all of the force field parameters
  92     gmx::ArrayRef<const real> forceParam() const { return forceParam_; }
  93     //! View on all of the force field parameters
  94     gmx::ArrayRef<real> forceParam() { return forceParam_; }
  95
  96 private:
  97     //! Return if we have a bond parameter, means two atoms right now.
  98     bool isBond() const { return atoms_.size() == 2; }
  99     //! Return if we have an angle parameter, means three atoms right now.
 100     bool isAngle() const { return atoms_.size() == 3; }
 101     //! Return if we have a dihedral parameter, means four atoms right now.
 102     bool isDihedral() const { return atoms_.size() == 4; }
 103     //! Return if we have a cmap parameter, means five atoms right now.
 104     bool isCmap() const { return atoms_.size() == 5; }
 105     //! Enforce that atom id ai() is less than aj().
 106     void sortBondAtomIds();
 107     //! Enforce that atom id ai() is less than ak(). Does not change aj().
 108     void sortAngleAtomIds();
 109     /*! \brief Enforce order of atoms in dihedral.
 110      *
 111      * Changes atom order if needed to enforce that ai() is less than al().
 112      * If ai() and al() are swapped, aj() and ak() are swapped as well,
 113      * independent of their previous order.
 114      */
 115     void sortDihedralAtomIds();
 116     //! The atom list (eg. bonds: particle, i = atoms[0] (ai), j = atoms[1] (aj))
 117     std::vector<int> atoms_;
 118     //! Force parameters (eg. b0 = forceParam[0])
 119     std::array<real, MAXFORCEPARAM> forceParam_;
 120     //! Used with forcefields whose .rtp files name the interaction types (e.g. GROMOS), rather than look them up from the atom names.
 121     std::string interactionTypeName_;
 122 };
 123
 124 /*! \libinternal \brief
 125  * A set of interactions of a given type
 126  * (found in the enumeration in ifunc.h), complete with
 127  * atom indices and force field function parameters.
 128  *
 129  * This is used for containing the data obtained from the
 130  * lists of interactions of a given type in a [moleculetype]
 131  * topology file definition.
 132  */
 133 struct InteractionsOfType
 134 { // NOLINT (clang-analyzer-optin.performance.Padding)
 135     //! The different parameters in the system.
 136     std::vector<InteractionOfType> interactionTypes;
 137     //! CMAP grid spacing.
 138     int cmakeGridSpacing = -1;
 139     //! Number of cmap angles.
 140     int cmapAngles = -1;
 141     //! CMAP grid data.
 142     std::vector<real> cmap;
 143     //! The five atomtypes followed by a number that identifies the type.
 144     std::vector<int> cmapAtomTypes;
 145
 146     //! Number of parameters.
 147     size_t size() const { return interactionTypes.size(); }
 148     //! Elements in cmap grid data.
 149     int ncmap() const { return cmap.size(); }
 150     //! Number of elements in cmapAtomTypes.
 151     int nct() const { return cmapAtomTypes.size(); }
 152 };
 153
 154 struct t_excls
 155 {
 156     int  nr; /* The number of exclusions             */
 157     int* e;  /* The excluded atoms                   */
 158 };
 159
 160
 161 /*! \libinternal \brief
 162  * Holds the molecule information during preprocessing.
 163  */
 164 struct MoleculeInformation
 165 {
 166     //! Name of the molecule.
 167     char** name = nullptr;
 168     //! Number of exclusions per atom.
 169     int nrexcl = 0;
 170     //! Have exclusions been generated?.
 171     bool excl_set = false;
 172     //! Has the mol been processed.
 173     bool bProcessed = false;
 174     //! Atoms in the moelcule.
 175     t_atoms atoms;
 176     //! Molecules separated in datastructure.
 177     t_block mols;
 178     //! Exclusions in the molecule.
 179     t_blocka excls;
 180     //! Interactions of a defined type.
 181     std::array<InteractionsOfType, F_NRE> interactions;
 182
 183     /*! \brief
 184      * Initializer.
 185      *
 186      * This should be removed as soon as the underlying datastructures
 187      * have been cleaned up to use proper initialization and can be copy
 188      * constructed.
 189      */
 190     void initMolInfo();
 191
 192     /*! \brief
 193      * Partial clean up function.
 194      *
 195      * Should be removed once this datastructure actually owns all its own memory and
 196      * elements of it are not stolen by other structures and properly copy constructed
 197      * or moved.
 198      * Cleans up the mols and plist datastructures but not cgs and excls.
 199      */
 200     void partialCleanUp();
 201
 202     /*! \brief
 203      * Full clean up function.
 204      *
 205      * Should be removed once the destructor can always do this.
 206      */
 207     void fullCleanUp();
 208 };
 209
 210 struct t_mols
 211 {
 212     std::string name;
 213     int         nr;
 214 };
 215
 216 bool is_int(double x);
 217 /* Returns TRUE when x is integer */
 218
 219 #endif