src/gromacs/gmxpreprocess/gpp_nextnb.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2010,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef GMX_GMXPREPROCESS_GPP_NEXTNB_H
  39 #define GMX_GMXPREPROCESS_GPP_NEXTNB_H
  40
  41 #include "gromacs/gmxpreprocess/grompp-impl.h"
  42
  43 typedef struct {
  44     int nr;     /* nr atoms (0 <= i < nr) (atoms->nr)           */
  45     int nrex;   /* with nrex lists of neighbours                */
  46     /* respectively containing zeroth, first    */
  47     /* second etc. neigbours (0 <= nre < nrex)  */
  48     int  **nrexcl; /* with (0 <= nrx < nrexcl[i][nre]) neigbours    */
  49     /* per list stored in one 2d array of lists */
  50     int ***a;      /* like this: a[i][nre][nrx]                 */
  51 } t_nextnb;
  52
  53 void init_nnb(t_nextnb *nnb, int nr, int nrex);
  54 /* Initiate the arrays for nnb (see above) */
  55
  56 void done_nnb(t_nextnb *nnb);
  57 /* Cleanup the nnb struct */
  58
  59 #ifdef DEBUG_NNB
  60 #define print_nnb(nnb, s) __print_nnb(nnb, s)
  61 void print_nnb(t_nextnb *nnb, char *s);
  62 /* Print the nnb struct */
  63 #else
  64 #define print_nnb(nnb, s)
  65 #endif
  66
  67 void gen_nnb(t_nextnb *nnb, t_params plist[]);
  68 /* Generate a t_nextnb structure from bond information.
  69  * With the structure you can either generate exclusions
  70  * or generate angles and dihedrals. The structure must be
  71  * initiated using init_nnb.
  72  */
  73
  74 void generate_excl (int nrexcl, int nratoms,
  75                     t_params plist[], t_nextnb *nnb, t_blocka *excl);
  76 /* Generate an exclusion block from bonds and constraints in
  77  * plist.
  78  */
  79
  80 #endif