src/gromacs/gmxpreprocess/gpp_bond_atomtype.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2011,2014,2015,2017,2018 by the GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2019,2020,2021, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "gpp_bond_atomtype.h"
  41
  42 #include <cstring>
  43
  44 #include <algorithm>
  45 #include <optional>
  46 #include <vector>
  47
  48 #include "gromacs/gmxpreprocess/notset.h"
  49 #include "gromacs/topology/symtab.h"
  50 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  51
  52 class PreprocessingBondAtomType::Impl
  53 {
  54 public:
  55     //! The atom type names.
  56     std::vector<char**> typeNames;
  57 };
  58
  59 std::optional<int> PreprocessingBondAtomType::bondAtomTypeFromName(const std::string& str) const
  60 {
  61     /* Atom types are always case sensitive */
  62     auto found = std::find_if(impl_->typeNames.begin(),
  63                               impl_->typeNames.end(),
  64                               [&str](const auto& type) { return str == std::string(*type); });
  65     if (found == impl_->typeNames.end())
  66     {
  67         return std::nullopt;
  68     }
  69     else
  70     {
  71         return std::make_optional(std::distance(impl_->typeNames.begin(), found));
  72     }
  73 }
  74
  75 std::optional<const char*> PreprocessingBondAtomType::atomNameFromBondAtomType(int nt) const
  76 {
  77     return isSet(nt) ? *impl_->typeNames[nt] : std::optional<const char*>{};
  78 }
  79
  80 PreprocessingBondAtomType::PreprocessingBondAtomType() : impl_(new Impl) {}
  81
  82 PreprocessingBondAtomType::~PreprocessingBondAtomType() {}
  83
  84 int PreprocessingBondAtomType::addBondAtomType(t_symtab* tab, const std::string& name)
  85 {
  86     auto position = bondAtomTypeFromName(name);
  87     if (!position.has_value())
  88     {
  89         impl_->typeNames.emplace_back(put_symtab(tab, name.c_str()));
  90         if (auto bondAtomType = bondAtomTypeFromName(name); bondAtomType.has_value())
  91         {
  92             return *bondAtomType;
  93         }
  94         else
  95         {
  96             GMX_RELEASE_ASSERT(false, "Unhandled error in adding bond atom type");
  97             return 0;
  98         }
  99     }
 100     else
 101     {
 102         return *position;
 103     }
 104 }
 105
 106 size_t PreprocessingBondAtomType::size() const
 107 {
 108     return impl_->typeNames.size();
 109 }
 110
 111 bool PreprocessingBondAtomType::isSet(int nt) const
 112 {
 113     return ((nt >= 0) && (nt < gmx::ssize(*this)));
 114 }