src/gromacs/gmxpreprocess/gpp_bond_atomtype.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2011,2014,2015, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "gpp_bond_atomtype.h"
  40
  41 #include <string.h>
  42
  43 #include "gromacs/legacyheaders/macros.h"
  44 #include "gromacs/topology/symtab.h"
  45 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  46 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  47
  48 typedef struct {
  49     int              nr;       /* The number of atomtypes               */
  50     char          ***atomname; /* Names of the atomtypes                */
  51 } gpp_bond_atomtype;
  52
  53 int get_bond_atomtype_type(char *str, t_bond_atomtype at)
  54 {
  55     gpp_bond_atomtype *ga = (gpp_bond_atomtype *) at;
  56
  57     int                i;
  58
  59     for (i = 0; (i < ga->nr); i++)
  60     {
  61         /* Atom types are always case sensitive */
  62         if (strcmp(str, *(ga->atomname[i])) == 0)
  63         {
  64             return i;
  65         }
  66     }
  67
  68     return NOTSET;
  69 }
  70
  71 char *get_bond_atomtype_name(int nt, t_bond_atomtype at)
  72 {
  73     gpp_bond_atomtype *ga = (gpp_bond_atomtype *) at;
  74
  75     if ((nt < 0) || (nt >= ga->nr))
  76     {
  77         return NULL;
  78     }
  79
  80     return *(ga->atomname[nt]);
  81 }
  82
  83 t_bond_atomtype init_bond_atomtype(void)
  84 {
  85     gpp_bond_atomtype *ga;
  86
  87     snew(ga, 1);
  88
  89     return (t_bond_atomtype ) ga;
  90 }
  91
  92 void add_bond_atomtype(t_bond_atomtype at, t_symtab *tab,
  93                        char *name)
  94 {
  95     gpp_bond_atomtype *ga = (gpp_bond_atomtype *) at;
  96
  97     ga->nr++;
  98     srenew(ga->atomname, ga->nr);
  99     ga->atomname[ga->nr-1] = put_symtab(tab, name);
 100 }
 101
 102 void done_bond_atomtype(t_bond_atomtype *at)
 103 {
 104     gpp_bond_atomtype *ga = (gpp_bond_atomtype *) *at;
 105
 106     sfree(ga->atomname);
 107     ga->nr = 0;
 108     sfree(ga);
 109
 110     *at = NULL;
 111 }