src/gromacs/gmxpreprocess/gpp_bond_atomtype.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2011,2014,2015,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "gmxpre.h"
  38
  39 #include "gpp_bond_atomtype.h"
  40
  41 #include <cstring>
  42
  43 #include <algorithm>
  44 #include <vector>
  45
  46 #include "gromacs/gmxpreprocess/notset.h"
  47 #include "gromacs/topology/symtab.h"
  48 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  49 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  50
  51 class PreprocessingBondAtomType::Impl
  52 {
  53 public:
  54     //! The atom type names.
  55     std::vector<char**> typeNames;
  56 };
  57
  58 int PreprocessingBondAtomType::bondAtomTypeFromName(const std::string& str) const
  59 {
  60     /* Atom types are always case sensitive */
  61     auto found =
  62             std::find_if(impl_->typeNames.begin(), impl_->typeNames.end(),
  63                          [&str](const auto& type) { return str == const_cast<const char*>(*type); });
  64     if (found == impl_->typeNames.end())
  65     {
  66         return NOTSET;
  67     }
  68     else
  69     {
  70         return std::distance(impl_->typeNames.begin(), found);
  71     }
  72 }
  73
  74 const char* PreprocessingBondAtomType::atomNameFromBondAtomType(int nt) const
  75 {
  76     return isSet(nt) ? *impl_->typeNames[nt] : nullptr;
  77 }
  78
  79 PreprocessingBondAtomType::PreprocessingBondAtomType() : impl_(new Impl) {}
  80
  81 PreprocessingBondAtomType::~PreprocessingBondAtomType() {}
  82
  83 int PreprocessingBondAtomType::addBondAtomType(t_symtab* tab, const std::string& name)
  84 {
  85     int position = bondAtomTypeFromName(name);
  86     if (position == NOTSET)
  87     {
  88         impl_->typeNames.emplace_back(put_symtab(tab, name.c_str()));
  89         return bondAtomTypeFromName(name);
  90     }
  91     else
  92     {
  93         return position;
  94     }
  95 }
  96
  97 size_t PreprocessingBondAtomType::size() const
  98 {
  99     return impl_->typeNames.size();
 100 }
 101
 102 bool PreprocessingBondAtomType::isSet(int nt) const
 103 {
 104     return ((nt >= 0) && (nt < gmx::ssize(*this)));
 105 }