src/gromacs/gmxpreprocess/gpp_bond_atomtype.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2011,2014,2015,2017,2018 by the GROMACS development team.
   7  * Copyright (c) 2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   8  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   9  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
  10  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  11  *
  12  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  13  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  15  * of the License, or (at your option) any later version.
  16  *
  17  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  20  * Lesser General Public License for more details.
  21  *
  22  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  23  * License along with GROMACS; if not, see
  24  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  25  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  26  *
  27  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  28  * consider that scientific software is very special. Version
  29  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  30  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  31  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  32  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  33  * official version at http://www.gromacs.org.
  34  *
  35  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  36  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  37  */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "gpp_bond_atomtype.h"
  41
  42 #include <cstring>
  43
  44 #include <algorithm>
  45 #include <vector>
  46
  47 #include "gromacs/gmxpreprocess/notset.h"
  48 #include "gromacs/topology/symtab.h"
  49 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  50 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  51
  52 class PreprocessingBondAtomType::Impl
  53 {
  54 public:
  55     //! The atom type names.
  56     std::vector<char**> typeNames;
  57 };
  58
  59 int PreprocessingBondAtomType::bondAtomTypeFromName(const std::string& str) const
  60 {
  61     /* Atom types are always case sensitive */
  62     auto found =
  63             std::find_if(impl_->typeNames.begin(), impl_->typeNames.end(),
  64                          [&str](const auto& type) { return str == const_cast<const char*>(*type); });
  65     if (found == impl_->typeNames.end())
  66     {
  67         return NOTSET;
  68     }
  69     else
  70     {
  71         return std::distance(impl_->typeNames.begin(), found);
  72     }
  73 }
  74
  75 const char* PreprocessingBondAtomType::atomNameFromBondAtomType(int nt) const
  76 {
  77     return isSet(nt) ? *impl_->typeNames[nt] : nullptr;
  78 }
  79
  80 PreprocessingBondAtomType::PreprocessingBondAtomType() : impl_(new Impl) {}
  81
  82 PreprocessingBondAtomType::~PreprocessingBondAtomType() {}
  83
  84 int PreprocessingBondAtomType::addBondAtomType(t_symtab* tab, const std::string& name)
  85 {
  86     int position = bondAtomTypeFromName(name);
  87     if (position == NOTSET)
  88     {
  89         impl_->typeNames.emplace_back(put_symtab(tab, name.c_str()));
  90         return bondAtomTypeFromName(name);
  91     }
  92     else
  93     {
  94         return position;
  95     }
  96 }
  97
  98 size_t PreprocessingBondAtomType::size() const
  99 {
 100     return impl_->typeNames.size();
 101 }
 102
 103 bool PreprocessingBondAtomType::isSet(int nt) const
 104 {
 105     return ((nt >= 0) && (nt < gmx::ssize(*this)));
 106 }