src/gromacs/gmxpreprocess/gen_vsite.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37
  38 #ifndef GMX_GMXPREPROCESS_GEN_VSITE_H
  39 #define GMX_GMXPREPROCESS_GEN_VSITE_H
  40
  41 #include <vector>
  42
  43 #include "gromacs/math/vectypes.h"
  44 #include "gromacs/utility/real.h"
  45
  46 class PreprocessingAtomTypes;
  47 struct t_atoms;
  48 struct InteractionsOfType;
  49 struct PreprocessResidue;
  50 struct t_symtab;
  51
  52 namespace gmx
  53 {
  54 template<typename>
  55 class ArrayRef;
  56 }
  57
  58 /* stuff for pdb2gmx */
  59
  60 void do_vsites(gmx::ArrayRef<const PreprocessResidue> rtpFFDB,
  61                PreprocessingAtomTypes*                atype,
  62                t_atoms*                               at,
  63                t_symtab*                              symtab,
  64                std::vector<gmx::RVec>*                x,
  65                gmx::ArrayRef<InteractionsOfType>      plist,
  66                int*                                   dummy_type[],
  67                int*                                   cgnr[],
  68                real                                   mHmult,
  69                bool                                   bVSiteAromatics,
  70                const char*                            ffdir);
  71
  72 void do_h_mass(InteractionsOfType* psb, int vsite_type[], t_atoms* at, real mHmult, bool bDeuterate);
  73
  74 #endif