src/gromacs/gmxpreprocess/fflibutil.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2010,2012,2013,2014,2015 by the GROMACS development team.
   5  * Copyright (c) 2017,2018,2019,2020, by the GROMACS development team, led by
   6  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   7  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   8  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   9  *
  10  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  11  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  12  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  13  * of the License, or (at your option) any later version.
  14  *
  15  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  16  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  18  * Lesser General Public License for more details.
  19  *
  20  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21  * License along with GROMACS; if not, see
  22  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  23  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  24  *
  25  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  26  * consider that scientific software is very special. Version
  27  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  28  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  29  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  30  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  31  * official version at http://www.gromacs.org.
  32  *
  33  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  34  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  35  */
  36 #include "gmxpre.h"
  37
  38 #include "fflibutil.h"
  39
  40 #include <cstring>
  41
  42 #include <string>
  43 #include <vector>
  44
  45 #include "gromacs/utility/cstringutil.h"
  46 #include "gromacs/utility/datafilefinder.h"
  47 #include "gromacs/utility/dir_separator.h"
  48 #include "gromacs/utility/directoryenumerator.h"
  49 #include "gromacs/utility/exceptions.h"
  50 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  51 #include "gromacs/utility/futil.h"
  52 #include "gromacs/utility/path.h"
  53 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  54 #include "gromacs/utility/stringutil.h"
  55
  56 const char* fflib_forcefield_dir_ext()
  57 {
  58     return ".ff";
  59 }
  60
  61 const char* fflib_forcefield_itp()
  62 {
  63     return "forcefield.itp";
  64 }
  65
  66 const char* fflib_forcefield_doc()
  67 {
  68     return "forcefield.doc";
  69 }
  70
  71 void fflib_filename_base(const char* filename, char* filebase, int maxlen)
  72 {
  73     const char* cptr;
  74     char*       ptr;
  75
  76     cptr = strrchr(filename, DIR_SEPARATOR);
  77     if (cptr != nullptr)
  78     {
  79         /* Skip the separator */
  80         cptr += 1;
  81     }
  82     else
  83     {
  84         cptr = filename;
  85     }
  86     if (strlen(filename) >= static_cast<size_t>(maxlen))
  87     {
  88         gmx_fatal(FARGS, "filename is longer (%zu) than maxlen (%d)", strlen(filename), maxlen);
  89     }
  90     strcpy(filebase, cptr);
  91     /* Remove the extension */
  92     ptr = strrchr(filebase, '.');
  93     if (ptr != nullptr)
  94     {
  95         ptr[0] = '\0';
  96     }
  97 }
  98
  99 std::vector<std::string> fflib_search_file_end(const char* ffdir, const char* file_end, bool bFatalError)
 100 {
 101     try
 102     {
 103         std::string              ffdirFull(gmx::getLibraryFileFinder().findFile(ffdir));
 104         std::vector<std::string> result = gmx::DirectoryEnumerator::enumerateFilesWithExtension(
 105                 ffdirFull.c_str(), file_end, true);
 106         if (result.empty() && bFatalError)
 107         {
 108             std::string message = gmx::formatString(
 109                     "Could not find any files ending on '%s' "
 110                     "in the force field directory '%s'",
 111                     file_end,
 112                     ffdir);
 113             GMX_THROW(gmx::InvalidInputError(message));
 114         }
 115         for (std::string& filename : result)
 116         {
 117             filename = gmx::Path::join(ffdir, filename);
 118         }
 119         return result;
 120     }
 121     GMX_CATCH_ALL_AND_EXIT_WITH_FATAL_ERROR
 122 }
 123
 124 std::vector<gmx::DataFileInfo> fflib_enumerate_forcefields()
 125 {
 126     const char* const              dirend     = fflib_forcefield_dir_ext();
 127     const char* const              filename   = fflib_forcefield_itp();
 128     std::vector<gmx::DataFileInfo> candidates = gmx::getLibraryFileFinder().enumerateFiles(
 129             gmx::DataFileOptions(dirend).throwIfNotFound(false));
 130
 131     std::vector<gmx::DataFileInfo> result;
 132     for (size_t i = 0; i < candidates.size(); ++i)
 133     {
 134         std::string testPath(gmx::Path::join(candidates[i].dir, candidates[i].name, filename));
 135         // TODO: Consider also checking that the directory can be listed.
 136         if (gmx::File::exists(testPath, gmx::File::returnFalseOnError))
 137         {
 138             result.push_back(candidates[i]);
 139         }
 140     }
 141
 142     // TODO: Consider merging this into enumerateFiles(), such that the error
 143     // could also list the directories searched.
 144     if (result.empty())
 145     {
 146         std::string message = gmx::formatString(
 147                 "No force fields found (files with name '%s' "
 148                 "in subdirectories ending on '%s')",
 149                 filename,
 150                 dirend);
 151         GMX_THROW(gmx::InvalidInputError(message));
 152     }
 153
 154     return result;
 155 }
 156
 157 bool fflib_fexist(const std::string& file)
 158 {
 159     return !gmx::findLibraryFile(file, true, false).empty();
 160 }
 161
 162
 163 FILE* fflib_open(const std::string& file)
 164 {
 165     std::string fileFullPath = gmx::findLibraryFile(file);
 166     fprintf(stderr, "Opening force field file %s\n", fileFullPath.c_str());
 167     return gmx_ffopen(fileFullPath, "r");
 168 }