src/gromacs/gmxpreprocess/convparm.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "convparm.h"
  41
  42 #include <cassert>
  43 #include <cmath>
  44 #include <cstring>
  45
  46 #include "gromacs/compat/make_unique.h"
  47 #include "gromacs/gmxpreprocess/gpp_atomtype.h"
  48 #include "gromacs/gmxpreprocess/topio.h"
  49 #include "gromacs/gmxpreprocess/toputil.h"
  50 #include "gromacs/math/functions.h"
  51 #include "gromacs/math/units.h"
  52 #include "gromacs/math/utilities.h"
  53 #include "gromacs/math/vec.h"
  54 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  55 #include "gromacs/topology/ifunc.h"
  56 #include "gromacs/topology/topology.h"
  57 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  58 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  59
  60 static int round_check(real r, int limit, int ftype, const char *name)
  61 {
  62     const int i = gmx::roundToInt(r);
  63
  64     if (r-i > 0.01 || r-i < -0.01)
  65     {
  66         gmx_fatal(FARGS, "A non-integer value (%f) was supplied for '%s' in %s",
  67                   r, name, interaction_function[ftype].longname);
  68     }
  69
  70     if (i < limit)
  71     {
  72         gmx_fatal(FARGS, "Value of '%s' in %s is %d, which is smaller than the minimum of %d",
  73                   name, interaction_function[ftype].longname, i, limit);
  74     }
  75
  76     return i;
  77 }
  78
  79 static void set_ljparams(int comb, double reppow, double v, double w,
  80                          real *c6, real *c12)
  81 {
  82     if (comb == eCOMB_ARITHMETIC || comb == eCOMB_GEOM_SIG_EPS)
  83     {
  84         if (v >= 0)
  85         {
  86             *c6  = 4*w*gmx::power6(v);
  87             *c12 = 4*w*std::pow(v, reppow);
  88         }
  89         else
  90         {
  91             /* Interpret negative sigma as c6=0 and c12 with -sigma */
  92             *c6  = 0;
  93             *c12 = 4*w*std::pow(-v, reppow);
  94         }
  95     }
  96     else
  97     {
  98         *c6  = v;
  99         *c12 = w;
 100     }
 101 }
 102
 103 /* A return value of 0 means parameters were assigned successfully,
 104  * returning -1 means this is an all-zero interaction that should not be added.
 105  */
 106 static int
 107 assign_param(t_functype ftype, t_iparams *newparam,
 108              real old[MAXFORCEPARAM], int comb, double reppow)
 109 {
 110     int      i, j;
 111     bool     all_param_zero = TRUE;
 112
 113     /* Set to zero */
 114     for (j = 0; (j < MAXFORCEPARAM); j++)
 115     {
 116         newparam->generic.buf[j] = 0.0;
 117         /* If all parameters are zero we might not add some interaction types (selected below).
 118          * We cannot apply this to ALL interactions, since many have valid reasons for having
 119          * zero parameters (e.g. an index to a Cmap interaction, or LJ parameters), but
 120          * we use it for angles and torsions that are typically generated automatically.
 121          */
 122         all_param_zero = all_param_zero && fabs(old[j]) < GMX_REAL_MIN;
 123     }
 124
 125     if (all_param_zero)
 126     {
 127         if (IS_ANGLE(ftype) || IS_RESTRAINT_TYPE(ftype) || ftype == F_IDIHS ||
 128             ftype == F_PDIHS || ftype == F_PIDIHS || ftype == F_RBDIHS || ftype == F_FOURDIHS)
 129         {
 130             return -1;
 131         }
 132     }
 133
 134     switch (ftype)
 135     {
 136         case F_G96ANGLES:
 137             /* Post processing of input data: store cosine iso angle itself */
 138             newparam->harmonic.rA  = cos(old[0]*DEG2RAD);
 139             newparam->harmonic.krA = old[1];
 140             newparam->harmonic.rB  = cos(old[2]*DEG2RAD);
 141             newparam->harmonic.krB = old[3];
 142             break;
 143         case F_G96BONDS:
 144             /* Post processing of input data: store square of length itself */
 145             newparam->harmonic.rA  = gmx::square(old[0]);
 146             newparam->harmonic.krA = old[1];
 147             newparam->harmonic.rB  = gmx::square(old[2]);
 148             newparam->harmonic.krB = old[3];
 149             break;
 150         case F_FENEBONDS:
 151             newparam->fene.bm = old[0];
 152             newparam->fene.kb = old[1];
 153             break;
 154         case F_RESTRBONDS:
 155             newparam->restraint.lowA = old[0];
 156             newparam->restraint.up1A = old[1];
 157             newparam->restraint.up2A = old[2];
 158             newparam->restraint.kA   = old[3];
 159             newparam->restraint.lowB = old[4];
 160             newparam->restraint.up1B = old[5];
 161             newparam->restraint.up2B = old[6];
 162             newparam->restraint.kB   = old[7];
 163             break;
 164         case F_TABBONDS:
 165         case F_TABBONDSNC:
 166         case F_TABANGLES:
 167         case F_TABDIHS:
 168             newparam->tab.table = round_check(old[0], 0, ftype, "table index");
 169             newparam->tab.kA    = old[1];
 170             newparam->tab.kB    = old[3];
 171             break;
 172         case F_CROSS_BOND_BONDS:
 173             newparam->cross_bb.r1e = old[0];
 174             newparam->cross_bb.r2e = old[1];
 175             newparam->cross_bb.krr = old[2];
 176             break;
 177         case F_CROSS_BOND_ANGLES:
 178             newparam->cross_ba.r1e = old[0];
 179             newparam->cross_ba.r2e = old[1];
 180             newparam->cross_ba.r3e = old[2];
 181             newparam->cross_ba.krt = old[3];
 182             break;
 183         case F_UREY_BRADLEY:
 184             newparam->u_b.thetaA  = old[0];
 185             newparam->u_b.kthetaA = old[1];
 186             newparam->u_b.r13A    = old[2];
 187             newparam->u_b.kUBA    = old[3];
 188             newparam->u_b.thetaB  = old[4];
 189             newparam->u_b.kthetaB = old[5];
 190             newparam->u_b.r13B    = old[6];
 191             newparam->u_b.kUBB    = old[7];
 192             break;
 193         case F_QUARTIC_ANGLES:
 194             newparam->qangle.theta = old[0];
 195             for (i = 0; i < 5; i++)
 196             {
 197                 newparam->qangle.c[i] = old[i+1];
 198             }
 199             break;
 200         case F_LINEAR_ANGLES:
 201             newparam->linangle.aA    = old[0];
 202             newparam->linangle.klinA = old[1];
 203             newparam->linangle.aB    = old[2];
 204             newparam->linangle.klinB = old[3];
 205             break;
 206         case F_BONDS:
 207         case F_ANGLES:
 208         case F_HARMONIC:
 209         case F_IDIHS:
 210             newparam->harmonic.rA  = old[0];
 211             newparam->harmonic.krA = old[1];
 212             newparam->harmonic.rB  = old[2];
 213             newparam->harmonic.krB = old[3];
 214             break;
 215         case F_RESTRANGLES:
 216             newparam->harmonic.rA  = old[0];
 217             newparam->harmonic.krA = old[1];
 218             break;
 219         case F_MORSE:
 220             newparam->morse.b0A    = old[0];
 221             newparam->morse.cbA    = old[1];
 222             newparam->morse.betaA  = old[2];
 223             newparam->morse.b0B    = old[3];
 224             newparam->morse.cbB    = old[4];
 225             newparam->morse.betaB  = old[5];
 226             break;
 227         case F_CUBICBONDS:
 228             newparam->cubic.b0    = old[0];
 229             newparam->cubic.kb    = old[1];
 230             newparam->cubic.kcub  = old[2];
 231             break;
 232         case F_CONNBONDS:
 233             break;
 234         case F_POLARIZATION:
 235             newparam->polarize.alpha = old[0];
 236             break;
 237         case F_ANHARM_POL:
 238             newparam->anharm_polarize.alpha = old[0];
 239             newparam->anharm_polarize.drcut = old[1];
 240             newparam->anharm_polarize.khyp  = old[2];
 241             break;
 242         case F_WATER_POL:
 243             newparam->wpol.al_x   = old[0];
 244             newparam->wpol.al_y   = old[1];
 245             newparam->wpol.al_z   = old[2];
 246             newparam->wpol.rOH    = old[3];
 247             newparam->wpol.rHH    = old[4];
 248             newparam->wpol.rOD    = old[5];
 249             break;
 250         case F_THOLE_POL:
 251             newparam->thole.a      = old[0];
 252             newparam->thole.alpha1 = old[1];
 253             newparam->thole.alpha2 = old[2];
 254             if ((old[1] > 0) && (old[2] > 0))
 255             {
 256                 newparam->thole.rfac = old[0]*gmx::invsixthroot(old[1]*old[2]);
 257             }
 258             else
 259             {
 260                 newparam->thole.rfac = 1;
 261             }
 262             break;
 263         case F_BHAM:
 264             newparam->bham.a = old[0];
 265             newparam->bham.b = old[1];
 266             newparam->bham.c = old[2];
 267             break;
 268         case F_LJ14:
 269             set_ljparams(comb, reppow, old[0], old[1], &newparam->lj14.c6A, &newparam->lj14.c12A);
 270             set_ljparams(comb, reppow, old[2], old[3], &newparam->lj14.c6B, &newparam->lj14.c12B);
 271             break;
 272         case F_LJC14_Q:
 273             newparam->ljc14.fqq = old[0];
 274             newparam->ljc14.qi  = old[1];
 275             newparam->ljc14.qj  = old[2];
 276             set_ljparams(comb, reppow, old[3], old[4], &newparam->ljc14.c6, &newparam->ljc14.c12);
 277             break;
 278         case F_LJC_PAIRS_NB:
 279             newparam->ljcnb.qi = old[0];
 280             newparam->ljcnb.qj = old[1];
 281             set_ljparams(comb, reppow, old[2], old[3], &newparam->ljcnb.c6, &newparam->ljcnb.c12);
 282             break;
 283         case F_LJ:
 284             set_ljparams(comb, reppow, old[0], old[1], &newparam->lj.c6, &newparam->lj.c12);
 285             break;
 286         case F_PDIHS:
 287         case F_PIDIHS:
 288         case F_ANGRES:
 289         case F_ANGRESZ:
 290             newparam->pdihs.phiA = old[0];
 291             newparam->pdihs.cpA  = old[1];
 292
 293             /* Change 20100720: Amber occasionally uses negative multiplicities (mathematically OK),
 294              * so I have changed the lower limit to -99 /EL
 295              */
 296             newparam->pdihs.phiB = old[3];
 297             newparam->pdihs.cpB  = old[4];
 298             /* If both force constants are zero there is no interaction. Return -1 to signal
 299              * this entry should NOT be added.
 300              */
 301             if (fabs(newparam->pdihs.cpA) < GMX_REAL_MIN && fabs(newparam->pdihs.cpB) < GMX_REAL_MIN)
 302             {
 303                 return -1;
 304             }
 305
 306             newparam->pdihs.mult = round_check(old[2], -99, ftype, "multiplicity");
 307
 308             break;
 309         case F_RESTRDIHS:
 310             newparam->pdihs.phiA = old[0];
 311             newparam->pdihs.cpA  = old[1];
 312             break;
 313         case F_POSRES:
 314             newparam->posres.fcA[XX]   = old[0];
 315             newparam->posres.fcA[YY]   = old[1];
 316             newparam->posres.fcA[ZZ]   = old[2];
 317             newparam->posres.fcB[XX]   = old[3];
 318             newparam->posres.fcB[YY]   = old[4];
 319             newparam->posres.fcB[ZZ]   = old[5];
 320             newparam->posres.pos0A[XX] = old[6];
 321             newparam->posres.pos0A[YY] = old[7];
 322             newparam->posres.pos0A[ZZ] = old[8];
 323             newparam->posres.pos0B[XX] = old[9];
 324             newparam->posres.pos0B[YY] = old[10];
 325             newparam->posres.pos0B[ZZ] = old[11];
 326             break;
 327         case F_FBPOSRES:
 328             newparam->fbposres.geom     = round_check(old[0], 0, ftype, "geometry");
 329             if (!(newparam->fbposres.geom > efbposresZERO && newparam->fbposres.geom < efbposresNR))
 330             {
 331                 gmx_fatal(FARGS, "Invalid geometry for flat-bottomed position restraint.\n"
 332                           "Expected number between 1 and %d. Found %d\n", efbposresNR-1,
 333                           newparam->fbposres.geom);
 334             }
 335             newparam->fbposres.r        = old[1];
 336             newparam->fbposres.k        = old[2];
 337             newparam->fbposres.pos0[XX] = old[3];
 338             newparam->fbposres.pos0[YY] = old[4];
 339             newparam->fbposres.pos0[ZZ] = old[5];
 340             break;
 341         case F_DISRES:
 342             newparam->disres.label = round_check(old[0], 0, ftype, "label");
 343             newparam->disres.type  = round_check(old[1], 1, ftype, "type'");
 344             newparam->disres.low   = old[2];
 345             newparam->disres.up1   = old[3];
 346             newparam->disres.up2   = old[4];
 347             newparam->disres.kfac  = old[5];
 348             break;
 349         case F_ORIRES:
 350             newparam->orires.ex    = round_check(old[0], 1, ftype, "experiment") - 1;
 351             newparam->orires.label = round_check(old[1], 1, ftype, "label");
 352             newparam->orires.power = round_check(old[2], 0, ftype, "power");
 353             newparam->orires.c     = old[3];
 354             newparam->orires.obs   = old[4];
 355             newparam->orires.kfac  = old[5];
 356             break;
 357         case F_DIHRES:
 358             newparam->dihres.phiA   = old[0];
 359             newparam->dihres.dphiA  = old[1];
 360             newparam->dihres.kfacA  = old[2];
 361             newparam->dihres.phiB   = old[3];
 362             newparam->dihres.dphiB  = old[4];
 363             newparam->dihres.kfacB  = old[5];
 364             break;
 365         case F_RBDIHS:
 366             for (i = 0; (i < NR_RBDIHS); i++)
 367             {
 368                 newparam->rbdihs.rbcA[i] = old[i];
 369                 newparam->rbdihs.rbcB[i] = old[NR_RBDIHS+i];
 370             }
 371             break;
 372         case F_CBTDIHS:
 373             for (i = 0; (i < NR_CBTDIHS); i++)
 374             {
 375                 newparam->cbtdihs.cbtcA[i] = old[i];
 376             }
 377             break;
 378         case F_FOURDIHS:
 379             /* Read the dihedral parameters to temporary arrays,
 380              * and convert them to the computationally faster
 381              * Ryckaert-Bellemans form.
 382              */
 383             /* Use conversion formula for OPLS to Ryckaert-Bellemans: */
 384             newparam->rbdihs.rbcA[0] = old[1]+0.5*(old[0]+old[2]);
 385             newparam->rbdihs.rbcA[1] = 0.5*(3.0*old[2]-old[0]);
 386             newparam->rbdihs.rbcA[2] = 4.0*old[3]-old[1];
 387             newparam->rbdihs.rbcA[3] = -2.0*old[2];
 388             newparam->rbdihs.rbcA[4] = -4.0*old[3];
 389             newparam->rbdihs.rbcA[5] = 0.0;
 390
 391             newparam->rbdihs.rbcB[0] = old[NR_FOURDIHS+1]+0.5*(old[NR_FOURDIHS+0]+old[NR_FOURDIHS+2]);
 392             newparam->rbdihs.rbcB[1] = 0.5*(3.0*old[NR_FOURDIHS+2]-old[NR_FOURDIHS+0]);
 393             newparam->rbdihs.rbcB[2] = 4.0*old[NR_FOURDIHS+3]-old[NR_FOURDIHS+1];
 394             newparam->rbdihs.rbcB[3] = -2.0*old[NR_FOURDIHS+2];
 395             newparam->rbdihs.rbcB[4] = -4.0*old[NR_FOURDIHS+3];
 396             newparam->rbdihs.rbcB[5] = 0.0;
 397             break;
 398         case F_CONSTR:
 399         case F_CONSTRNC:
 400             newparam->constr.dA = old[0];
 401             newparam->constr.dB = old[1];
 402             break;
 403         case F_SETTLE:
 404             newparam->settle.doh = old[0];
 405             newparam->settle.dhh = old[1];
 406             break;
 407         case F_VSITE2:
 408         case F_VSITE3:
 409         case F_VSITE3FD:
 410         case F_VSITE3OUT:
 411         case F_VSITE4FD:
 412         case F_VSITE4FDN:
 413             newparam->vsite.a = old[0];
 414             newparam->vsite.b = old[1];
 415             newparam->vsite.c = old[2];
 416             newparam->vsite.d = old[3];
 417             newparam->vsite.e = old[4];
 418             newparam->vsite.f = old[5];
 419             break;
 420         case F_VSITE3FAD:
 421             newparam->vsite.a = old[1] * cos(DEG2RAD * old[0]);
 422             newparam->vsite.b = old[1] * sin(DEG2RAD * old[0]);
 423             newparam->vsite.c = old[2];
 424             newparam->vsite.d = old[3];
 425             newparam->vsite.e = old[4];
 426             newparam->vsite.f = old[5];
 427             break;
 428         case F_VSITEN:
 429             newparam->vsiten.n = round_check(old[0], 1, ftype, "number of atoms");
 430             newparam->vsiten.a = old[1];
 431             break;
 432         case F_CMAP:
 433             newparam->cmap.cmapA = static_cast<int>(old[0]);
 434             newparam->cmap.cmapB = static_cast<int>(old[1]);
 435             break;
 436         case F_GB12_NOLONGERUSED:
 437         case F_GB13_NOLONGERUSED:
 438         case F_GB14_NOLONGERUSED:
 439             break;
 440         default:
 441             gmx_fatal(FARGS, "unknown function type %d in %s line %d",
 442                       ftype, __FILE__, __LINE__);
 443     }
 444     return 0;
 445 }
 446
 447 static int enter_params(gmx_ffparams_t *ffparams, t_functype ftype,
 448                         real forceparams[MAXFORCEPARAM], int comb, real reppow,
 449                         int start, bool bAppend)
 450 {
 451     t_iparams newparam;
 452     int       type;
 453     int       rc;
 454
 455     if ( (rc = assign_param(ftype, &newparam, forceparams, comb, reppow)) < 0)
 456     {
 457         /* -1 means this interaction is all-zero and should not be added */
 458         return rc;
 459     }
 460
 461     if (!bAppend)
 462     {
 463         for (type = start; (type < ffparams->numTypes()); type++)
 464         {
 465             if (ffparams->functype[type] == ftype)
 466             {
 467                 if (memcmp(&newparam, &ffparams->iparams[type], static_cast<size_t>(sizeof(newparam))) == 0)
 468                 {
 469                     return type;
 470                 }
 471             }
 472         }
 473     }
 474     else
 475     {
 476         type = ffparams->numTypes();
 477     }
 478
 479     ffparams->iparams.push_back(newparam);
 480     ffparams->functype.push_back(ftype);
 481
 482     GMX_ASSERT(ffparams->iparams.size() == ffparams->functype.size(),
 483                "sizes should match");
 484
 485     return type;
 486 }
 487
 488 static void append_interaction(InteractionList *ilist,
 489                                int type, int nral, const int a[MAXATOMLIST])
 490 {
 491     ilist->iatoms.push_back(type);
 492     for (int i = 0; (i < nral); i++)
 493     {
 494         ilist->iatoms.push_back(a[i]);
 495     }
 496 }
 497
 498 static void enter_function(t_params *p, t_functype ftype, int comb, real reppow,
 499                            gmx_ffparams_t *ffparams, InteractionList *il,
 500                            bool bNB, bool bAppend)
 501 {
 502     int     k, type, nr, nral, start;
 503
 504     start = ffparams->numTypes();
 505     nr    = p->nr;
 506
 507     for (k = 0; k < nr; k++)
 508     {
 509         type = enter_params(ffparams, ftype, p->param[k].c, comb, reppow, start, bAppend);
 510         /* Type==-1 is used as a signal that this interaction is all-zero and should not be added. */
 511         if (!bNB && type >= 0)
 512         {
 513             assert(il);
 514             nral  = NRAL(ftype);
 515             append_interaction(il, type, nral, p->param[k].a);
 516         }
 517     }
 518 }
 519
 520 void convert_params(int atnr, t_params nbtypes[],
 521                     t_molinfo *mi, t_molinfo *intermolecular_interactions,
 522                     int comb, double reppow, real fudgeQQ,
 523                     gmx_mtop_t *mtop)
 524 {
 525     int             i;
 526     unsigned long   flags;
 527     gmx_ffparams_t *ffp;
 528     gmx_moltype_t  *molt;
 529     t_params       *plist;
 530
 531     ffp           = &mtop->ffparams;
 532     ffp->atnr     = atnr;
 533     ffp->functype.clear();
 534     ffp->iparams.clear();
 535     ffp->reppow   = reppow;
 536
 537     enter_function(&(nbtypes[F_LJ]),  static_cast<t_functype>(F_LJ),    comb, reppow, ffp, nullptr,
 538                    TRUE, TRUE);
 539     enter_function(&(nbtypes[F_BHAM]), static_cast<t_functype>(F_BHAM),  comb, reppow, ffp, nullptr,
 540                    TRUE, TRUE);
 541
 542     for (size_t mt = 0; mt < mtop->moltype.size(); mt++)
 543     {
 544         molt = &mtop->moltype[mt];
 545         for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 546         {
 547             molt->ilist[i].iatoms.clear();
 548
 549             plist = mi[mt].plist;
 550
 551             flags = interaction_function[i].flags;
 552             if ((i != F_LJ) && (i != F_BHAM) && ((flags & IF_BOND) ||
 553                                                  (flags & IF_VSITE) ||
 554                                                  (flags & IF_CONSTRAINT)))
 555             {
 556                 enter_function(&(plist[i]), static_cast<t_functype>(i), comb, reppow,
 557                                ffp, &molt->ilist[i],
 558                                FALSE, (i == F_POSRES  || i == F_FBPOSRES));
 559             }
 560         }
 561     }
 562
 563     mtop->bIntermolecularInteractions = FALSE;
 564     if (intermolecular_interactions != nullptr)
 565     {
 566         /* Process the intermolecular interaction list */
 567         mtop->intermolecular_ilist = gmx::compat::make_unique<InteractionLists>();
 568
 569         for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 570         {
 571             (*mtop->intermolecular_ilist)[i].iatoms.clear();
 572
 573             plist = intermolecular_interactions->plist;
 574
 575             if (plist[i].nr > 0)
 576             {
 577                 flags = interaction_function[i].flags;
 578                 /* For intermolecular interactions we (currently)
 579                  * only support potentials.
 580                  * Constraints and virtual sites would be possible,
 581                  * but require a lot of extra (bug-prone) code.
 582                  */
 583                 if (!(flags & IF_BOND))
 584                 {
 585                     gmx_fatal(FARGS, "The intermolecular_interaction section may only contain bonded potentials");
 586                 }
 587                 else if (NRAL(i) == 1) /* e.g. position restraints */
 588                 {
 589                     gmx_fatal(FARGS, "Single atom interactions don't make sense in the intermolecular_interaction section, you can put them in the moleculetype section");
 590                 }
 591                 else if (flags & IF_CHEMBOND)
 592                 {
 593                     gmx_fatal(FARGS, "The intermolecular_interaction can not contain chemically bonding interactions");
 594                 }
 595                 else
 596                 {
 597                     enter_function(&(plist[i]), static_cast<t_functype>(i), comb, reppow,
 598                                    ffp, &(*mtop->intermolecular_ilist)[i],
 599                                    FALSE, FALSE);
 600
 601                     mtop->bIntermolecularInteractions = TRUE;
 602                 }
 603             }
 604         }
 605
 606         if (!mtop->bIntermolecularInteractions)
 607         {
 608             mtop->intermolecular_ilist.reset(nullptr);
 609         }
 610     }
 611
 612     ffp->fudgeQQ = fudgeQQ;
 613 }