src/gromacs/gmxpreprocess/convparm.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018,2019, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "convparm.h"
  41
  42 #include <cassert>
  43 #include <cmath>
  44 #include <cstring>
  45
  46 #include <memory>
  47
  48 #include "gromacs/gmxpreprocess/gpp_atomtype.h"
  49 #include "gromacs/gmxpreprocess/grompp_impl.h"
  50 #include "gromacs/gmxpreprocess/topio.h"
  51 #include "gromacs/gmxpreprocess/toputil.h"
  52 #include "gromacs/math/functions.h"
  53 #include "gromacs/math/units.h"
  54 #include "gromacs/math/utilities.h"
  55 #include "gromacs/math/vec.h"
  56 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  57 #include "gromacs/topology/ifunc.h"
  58 #include "gromacs/topology/topology.h"
  59 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  60 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  61
  62 static int round_check(real r, int limit, int ftype, const char *name)
  63 {
  64     const int i = gmx::roundToInt(r);
  65
  66     if (r-i > 0.01 || r-i < -0.01)
  67     {
  68         gmx_fatal(FARGS, "A non-integer value (%f) was supplied for '%s' in %s",
  69                   r, name, interaction_function[ftype].longname);
  70     }
  71
  72     if (i < limit)
  73     {
  74         gmx_fatal(FARGS, "Value of '%s' in %s is %d, which is smaller than the minimum of %d",
  75                   name, interaction_function[ftype].longname, i, limit);
  76     }
  77
  78     return i;
  79 }
  80
  81 static void set_ljparams(int comb, double reppow, double v, double w,
  82                          real *c6, real *c12)
  83 {
  84     if (comb == eCOMB_ARITHMETIC || comb == eCOMB_GEOM_SIG_EPS)
  85     {
  86         if (v >= 0)
  87         {
  88             *c6  = 4*w*gmx::power6(v);
  89             *c12 = 4*w*std::pow(v, reppow);
  90         }
  91         else
  92         {
  93             /* Interpret negative sigma as c6=0 and c12 with -sigma */
  94             *c6  = 0;
  95             *c12 = 4*w*std::pow(-v, reppow);
  96         }
  97     }
  98     else
  99     {
 100         *c6  = v;
 101         *c12 = w;
 102     }
 103 }
 104
 105 /* A return value of 0 means parameters were assigned successfully,
 106  * returning -1 means this is an all-zero interaction that should not be added.
 107  */
 108 static int
 109 assign_param(t_functype ftype, t_iparams *newparam,
 110              real old[MAXFORCEPARAM], int comb, double reppow)
 111 {
 112     int      i, j;
 113     bool     all_param_zero = TRUE;
 114
 115     /* Set to zero */
 116     for (j = 0; (j < MAXFORCEPARAM); j++)
 117     {
 118         newparam->generic.buf[j] = 0.0;
 119         /* If all parameters are zero we might not add some interaction types (selected below).
 120          * We cannot apply this to ALL interactions, since many have valid reasons for having
 121          * zero parameters (e.g. an index to a Cmap interaction, or LJ parameters), but
 122          * we use it for angles and torsions that are typically generated automatically.
 123          */
 124         all_param_zero = all_param_zero && fabs(old[j]) < GMX_REAL_MIN;
 125     }
 126
 127     if (all_param_zero)
 128     {
 129         if (IS_ANGLE(ftype) || IS_RESTRAINT_TYPE(ftype) || ftype == F_IDIHS ||
 130             ftype == F_PDIHS || ftype == F_PIDIHS || ftype == F_RBDIHS || ftype == F_FOURDIHS)
 131         {
 132             return -1;
 133         }
 134     }
 135
 136     switch (ftype)
 137     {
 138         case F_G96ANGLES:
 139             /* Post processing of input data: store cosine iso angle itself */
 140             newparam->harmonic.rA  = cos(old[0]*DEG2RAD);
 141             newparam->harmonic.krA = old[1];
 142             newparam->harmonic.rB  = cos(old[2]*DEG2RAD);
 143             newparam->harmonic.krB = old[3];
 144             break;
 145         case F_G96BONDS:
 146             /* Post processing of input data: store square of length itself */
 147             newparam->harmonic.rA  = gmx::square(old[0]);
 148             newparam->harmonic.krA = old[1];
 149             newparam->harmonic.rB  = gmx::square(old[2]);
 150             newparam->harmonic.krB = old[3];
 151             break;
 152         case F_FENEBONDS:
 153             newparam->fene.bm = old[0];
 154             newparam->fene.kb = old[1];
 155             break;
 156         case F_RESTRBONDS:
 157             newparam->restraint.lowA = old[0];
 158             newparam->restraint.up1A = old[1];
 159             newparam->restraint.up2A = old[2];
 160             newparam->restraint.kA   = old[3];
 161             newparam->restraint.lowB = old[4];
 162             newparam->restraint.up1B = old[5];
 163             newparam->restraint.up2B = old[6];
 164             newparam->restraint.kB   = old[7];
 165             break;
 166         case F_TABBONDS:
 167         case F_TABBONDSNC:
 168         case F_TABANGLES:
 169         case F_TABDIHS:
 170             newparam->tab.table = round_check(old[0], 0, ftype, "table index");
 171             newparam->tab.kA    = old[1];
 172             newparam->tab.kB    = old[3];
 173             break;
 174         case F_CROSS_BOND_BONDS:
 175             newparam->cross_bb.r1e = old[0];
 176             newparam->cross_bb.r2e = old[1];
 177             newparam->cross_bb.krr = old[2];
 178             break;
 179         case F_CROSS_BOND_ANGLES:
 180             newparam->cross_ba.r1e = old[0];
 181             newparam->cross_ba.r2e = old[1];
 182             newparam->cross_ba.r3e = old[2];
 183             newparam->cross_ba.krt = old[3];
 184             break;
 185         case F_UREY_BRADLEY:
 186             newparam->u_b.thetaA  = old[0];
 187             newparam->u_b.kthetaA = old[1];
 188             newparam->u_b.r13A    = old[2];
 189             newparam->u_b.kUBA    = old[3];
 190             newparam->u_b.thetaB  = old[4];
 191             newparam->u_b.kthetaB = old[5];
 192             newparam->u_b.r13B    = old[6];
 193             newparam->u_b.kUBB    = old[7];
 194             break;
 195         case F_QUARTIC_ANGLES:
 196             newparam->qangle.theta = old[0];
 197             for (i = 0; i < 5; i++)
 198             {
 199                 newparam->qangle.c[i] = old[i+1];
 200             }
 201             break;
 202         case F_LINEAR_ANGLES:
 203             newparam->linangle.aA    = old[0];
 204             newparam->linangle.klinA = old[1];
 205             newparam->linangle.aB    = old[2];
 206             newparam->linangle.klinB = old[3];
 207             break;
 208         case F_BONDS:
 209         case F_ANGLES:
 210         case F_HARMONIC:
 211         case F_IDIHS:
 212             newparam->harmonic.rA  = old[0];
 213             newparam->harmonic.krA = old[1];
 214             newparam->harmonic.rB  = old[2];
 215             newparam->harmonic.krB = old[3];
 216             break;
 217         case F_RESTRANGLES:
 218             newparam->harmonic.rA  = old[0];
 219             newparam->harmonic.krA = old[1];
 220             break;
 221         case F_MORSE:
 222             newparam->morse.b0A    = old[0];
 223             newparam->morse.cbA    = old[1];
 224             newparam->morse.betaA  = old[2];
 225             newparam->morse.b0B    = old[3];
 226             newparam->morse.cbB    = old[4];
 227             newparam->morse.betaB  = old[5];
 228             break;
 229         case F_CUBICBONDS:
 230             newparam->cubic.b0    = old[0];
 231             newparam->cubic.kb    = old[1];
 232             newparam->cubic.kcub  = old[2];
 233             break;
 234         case F_CONNBONDS:
 235             break;
 236         case F_POLARIZATION:
 237             newparam->polarize.alpha = old[0];
 238             break;
 239         case F_ANHARM_POL:
 240             newparam->anharm_polarize.alpha = old[0];
 241             newparam->anharm_polarize.drcut = old[1];
 242             newparam->anharm_polarize.khyp  = old[2];
 243             break;
 244         case F_WATER_POL:
 245             newparam->wpol.al_x   = old[0];
 246             newparam->wpol.al_y   = old[1];
 247             newparam->wpol.al_z   = old[2];
 248             newparam->wpol.rOH    = old[3];
 249             newparam->wpol.rHH    = old[4];
 250             newparam->wpol.rOD    = old[5];
 251             break;
 252         case F_THOLE_POL:
 253             newparam->thole.a      = old[0];
 254             newparam->thole.alpha1 = old[1];
 255             newparam->thole.alpha2 = old[2];
 256             if ((old[1] > 0) && (old[2] > 0))
 257             {
 258                 newparam->thole.rfac = old[0]*gmx::invsixthroot(old[1]*old[2]);
 259             }
 260             else
 261             {
 262                 newparam->thole.rfac = 1;
 263             }
 264             break;
 265         case F_BHAM:
 266             newparam->bham.a = old[0];
 267             newparam->bham.b = old[1];
 268             newparam->bham.c = old[2];
 269             break;
 270         case F_LJ14:
 271             set_ljparams(comb, reppow, old[0], old[1], &newparam->lj14.c6A, &newparam->lj14.c12A);
 272             set_ljparams(comb, reppow, old[2], old[3], &newparam->lj14.c6B, &newparam->lj14.c12B);
 273             break;
 274         case F_LJC14_Q:
 275             newparam->ljc14.fqq = old[0];
 276             newparam->ljc14.qi  = old[1];
 277             newparam->ljc14.qj  = old[2];
 278             set_ljparams(comb, reppow, old[3], old[4], &newparam->ljc14.c6, &newparam->ljc14.c12);
 279             break;
 280         case F_LJC_PAIRS_NB:
 281             newparam->ljcnb.qi = old[0];
 282             newparam->ljcnb.qj = old[1];
 283             set_ljparams(comb, reppow, old[2], old[3], &newparam->ljcnb.c6, &newparam->ljcnb.c12);
 284             break;
 285         case F_LJ:
 286             set_ljparams(comb, reppow, old[0], old[1], &newparam->lj.c6, &newparam->lj.c12);
 287             break;
 288         case F_PDIHS:
 289         case F_PIDIHS:
 290         case F_ANGRES:
 291         case F_ANGRESZ:
 292             newparam->pdihs.phiA = old[0];
 293             newparam->pdihs.cpA  = old[1];
 294
 295             /* Change 20100720: Amber occasionally uses negative multiplicities (mathematically OK),
 296              * so I have changed the lower limit to -99 /EL
 297              */
 298             newparam->pdihs.phiB = old[3];
 299             newparam->pdihs.cpB  = old[4];
 300             /* If both force constants are zero there is no interaction. Return -1 to signal
 301              * this entry should NOT be added.
 302              */
 303             if (fabs(newparam->pdihs.cpA) < GMX_REAL_MIN && fabs(newparam->pdihs.cpB) < GMX_REAL_MIN)
 304             {
 305                 return -1;
 306             }
 307
 308             newparam->pdihs.mult = round_check(old[2], -99, ftype, "multiplicity");
 309
 310             break;
 311         case F_RESTRDIHS:
 312             newparam->pdihs.phiA = old[0];
 313             newparam->pdihs.cpA  = old[1];
 314             break;
 315         case F_POSRES:
 316             newparam->posres.fcA[XX]   = old[0];
 317             newparam->posres.fcA[YY]   = old[1];
 318             newparam->posres.fcA[ZZ]   = old[2];
 319             newparam->posres.fcB[XX]   = old[3];
 320             newparam->posres.fcB[YY]   = old[4];
 321             newparam->posres.fcB[ZZ]   = old[5];
 322             newparam->posres.pos0A[XX] = old[6];
 323             newparam->posres.pos0A[YY] = old[7];
 324             newparam->posres.pos0A[ZZ] = old[8];
 325             newparam->posres.pos0B[XX] = old[9];
 326             newparam->posres.pos0B[YY] = old[10];
 327             newparam->posres.pos0B[ZZ] = old[11];
 328             break;
 329         case F_FBPOSRES:
 330             newparam->fbposres.geom     = round_check(old[0], 0, ftype, "geometry");
 331             if (!(newparam->fbposres.geom > efbposresZERO && newparam->fbposres.geom < efbposresNR))
 332             {
 333                 gmx_fatal(FARGS, "Invalid geometry for flat-bottomed position restraint.\n"
 334                           "Expected number between 1 and %d. Found %d\n", efbposresNR-1,
 335                           newparam->fbposres.geom);
 336             }
 337             newparam->fbposres.r        = old[1];
 338             newparam->fbposres.k        = old[2];
 339             newparam->fbposres.pos0[XX] = old[3];
 340             newparam->fbposres.pos0[YY] = old[4];
 341             newparam->fbposres.pos0[ZZ] = old[5];
 342             break;
 343         case F_DISRES:
 344             newparam->disres.label = round_check(old[0], 0, ftype, "label");
 345             newparam->disres.type  = round_check(old[1], 1, ftype, "type'");
 346             newparam->disres.low   = old[2];
 347             newparam->disres.up1   = old[3];
 348             newparam->disres.up2   = old[4];
 349             newparam->disres.kfac  = old[5];
 350             break;
 351         case F_ORIRES:
 352             newparam->orires.ex    = round_check(old[0], 1, ftype, "experiment") - 1;
 353             newparam->orires.label = round_check(old[1], 1, ftype, "label");
 354             newparam->orires.power = round_check(old[2], 0, ftype, "power");
 355             newparam->orires.c     = old[3];
 356             newparam->orires.obs   = old[4];
 357             newparam->orires.kfac  = old[5];
 358             break;
 359         case F_DIHRES:
 360             newparam->dihres.phiA   = old[0];
 361             newparam->dihres.dphiA  = old[1];
 362             newparam->dihres.kfacA  = old[2];
 363             newparam->dihres.phiB   = old[3];
 364             newparam->dihres.dphiB  = old[4];
 365             newparam->dihres.kfacB  = old[5];
 366             break;
 367         case F_RBDIHS:
 368             for (i = 0; (i < NR_RBDIHS); i++)
 369             {
 370                 newparam->rbdihs.rbcA[i] = old[i];
 371                 newparam->rbdihs.rbcB[i] = old[NR_RBDIHS+i];
 372             }
 373             break;
 374         case F_CBTDIHS:
 375             for (i = 0; (i < NR_CBTDIHS); i++)
 376             {
 377                 newparam->cbtdihs.cbtcA[i] = old[i];
 378             }
 379             break;
 380         case F_FOURDIHS:
 381             /* Read the dihedral parameters to temporary arrays,
 382              * and convert them to the computationally faster
 383              * Ryckaert-Bellemans form.
 384              */
 385             /* Use conversion formula for OPLS to Ryckaert-Bellemans: */
 386             newparam->rbdihs.rbcA[0] = old[1]+0.5*(old[0]+old[2]);
 387             newparam->rbdihs.rbcA[1] = 0.5*(3.0*old[2]-old[0]);
 388             newparam->rbdihs.rbcA[2] = 4.0*old[3]-old[1];
 389             newparam->rbdihs.rbcA[3] = -2.0*old[2];
 390             newparam->rbdihs.rbcA[4] = -4.0*old[3];
 391             newparam->rbdihs.rbcA[5] = 0.0;
 392
 393             newparam->rbdihs.rbcB[0] = old[NR_FOURDIHS+1]+0.5*(old[NR_FOURDIHS+0]+old[NR_FOURDIHS+2]);
 394             newparam->rbdihs.rbcB[1] = 0.5*(3.0*old[NR_FOURDIHS+2]-old[NR_FOURDIHS+0]);
 395             newparam->rbdihs.rbcB[2] = 4.0*old[NR_FOURDIHS+3]-old[NR_FOURDIHS+1];
 396             newparam->rbdihs.rbcB[3] = -2.0*old[NR_FOURDIHS+2];
 397             newparam->rbdihs.rbcB[4] = -4.0*old[NR_FOURDIHS+3];
 398             newparam->rbdihs.rbcB[5] = 0.0;
 399             break;
 400         case F_CONSTR:
 401         case F_CONSTRNC:
 402             newparam->constr.dA = old[0];
 403             newparam->constr.dB = old[1];
 404             break;
 405         case F_SETTLE:
 406             newparam->settle.doh = old[0];
 407             newparam->settle.dhh = old[1];
 408             break;
 409         case F_VSITE2:
 410         case F_VSITE3:
 411         case F_VSITE3FD:
 412         case F_VSITE3OUT:
 413         case F_VSITE4FD:
 414         case F_VSITE4FDN:
 415             newparam->vsite.a = old[0];
 416             newparam->vsite.b = old[1];
 417             newparam->vsite.c = old[2];
 418             newparam->vsite.d = old[3];
 419             newparam->vsite.e = old[4];
 420             newparam->vsite.f = old[5];
 421             break;
 422         case F_VSITE3FAD:
 423             newparam->vsite.a = old[1] * cos(DEG2RAD * old[0]);
 424             newparam->vsite.b = old[1] * sin(DEG2RAD * old[0]);
 425             newparam->vsite.c = old[2];
 426             newparam->vsite.d = old[3];
 427             newparam->vsite.e = old[4];
 428             newparam->vsite.f = old[5];
 429             break;
 430         case F_VSITEN:
 431             newparam->vsiten.n = round_check(old[0], 1, ftype, "number of atoms");
 432             newparam->vsiten.a = old[1];
 433             break;
 434         case F_CMAP:
 435             newparam->cmap.cmapA = static_cast<int>(old[0]);
 436             newparam->cmap.cmapB = static_cast<int>(old[1]);
 437             break;
 438         case F_GB12_NOLONGERUSED:
 439         case F_GB13_NOLONGERUSED:
 440         case F_GB14_NOLONGERUSED:
 441             break;
 442         default:
 443             gmx_fatal(FARGS, "unknown function type %d in %s line %d",
 444                       ftype, __FILE__, __LINE__);
 445     }
 446     return 0;
 447 }
 448
 449 static int enter_params(gmx_ffparams_t *ffparams, t_functype ftype,
 450                         real forceparams[MAXFORCEPARAM], int comb, real reppow,
 451                         int start, bool bAppend)
 452 {
 453     t_iparams newparam;
 454     int       type;
 455     int       rc;
 456
 457     if ( (rc = assign_param(ftype, &newparam, forceparams, comb, reppow)) < 0)
 458     {
 459         /* -1 means this interaction is all-zero and should not be added */
 460         return rc;
 461     }
 462
 463     if (!bAppend)
 464     {
 465         for (type = start; (type < ffparams->numTypes()); type++)
 466         {
 467             if (ffparams->functype[type] == ftype)
 468             {
 469                 if (memcmp(&newparam, &ffparams->iparams[type], static_cast<size_t>(sizeof(newparam))) == 0)
 470                 {
 471                     return type;
 472                 }
 473             }
 474         }
 475     }
 476     else
 477     {
 478         type = ffparams->numTypes();
 479     }
 480
 481     ffparams->iparams.push_back(newparam);
 482     ffparams->functype.push_back(ftype);
 483
 484     GMX_ASSERT(ffparams->iparams.size() == ffparams->functype.size(),
 485                "sizes should match");
 486
 487     return type;
 488 }
 489
 490 static void append_interaction(InteractionList *ilist,
 491                                int type, int nral, const int a[MAXATOMLIST])
 492 {
 493     ilist->iatoms.push_back(type);
 494     for (int i = 0; (i < nral); i++)
 495     {
 496         ilist->iatoms.push_back(a[i]);
 497     }
 498 }
 499
 500 static void enter_function(t_params *p, t_functype ftype, int comb, real reppow,
 501                            gmx_ffparams_t *ffparams, InteractionList *il,
 502                            bool bNB, bool bAppend)
 503 {
 504     int     k, type, nr, nral, start;
 505
 506     start = ffparams->numTypes();
 507     nr    = p->nr;
 508
 509     for (k = 0; k < nr; k++)
 510     {
 511         type = enter_params(ffparams, ftype, p->param[k].c, comb, reppow, start, bAppend);
 512         /* Type==-1 is used as a signal that this interaction is all-zero and should not be added. */
 513         if (!bNB && type >= 0)
 514         {
 515             assert(il);
 516             nral  = NRAL(ftype);
 517             append_interaction(il, type, nral, p->param[k].a);
 518         }
 519     }
 520 }
 521
 522 void convert_params(int atnr, t_params nbtypes[],
 523                     t_molinfo *mi, t_molinfo *intermolecular_interactions,
 524                     int comb, double reppow, real fudgeQQ,
 525                     gmx_mtop_t *mtop)
 526 {
 527     int             i;
 528     unsigned long   flags;
 529     gmx_ffparams_t *ffp;
 530     gmx_moltype_t  *molt;
 531     t_params       *plist;
 532
 533     ffp           = &mtop->ffparams;
 534     ffp->atnr     = atnr;
 535     ffp->functype.clear();
 536     ffp->iparams.clear();
 537     ffp->reppow   = reppow;
 538
 539     enter_function(&(nbtypes[F_LJ]),  static_cast<t_functype>(F_LJ),    comb, reppow, ffp, nullptr,
 540                    TRUE, TRUE);
 541     enter_function(&(nbtypes[F_BHAM]), static_cast<t_functype>(F_BHAM),  comb, reppow, ffp, nullptr,
 542                    TRUE, TRUE);
 543
 544     for (size_t mt = 0; mt < mtop->moltype.size(); mt++)
 545     {
 546         molt = &mtop->moltype[mt];
 547         for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 548         {
 549             molt->ilist[i].iatoms.clear();
 550
 551             plist = mi[mt].plist;
 552
 553             flags = interaction_function[i].flags;
 554             if ((i != F_LJ) && (i != F_BHAM) && ((flags & IF_BOND) ||
 555                                                  (flags & IF_VSITE) ||
 556                                                  (flags & IF_CONSTRAINT)))
 557             {
 558                 enter_function(&(plist[i]), static_cast<t_functype>(i), comb, reppow,
 559                                ffp, &molt->ilist[i],
 560                                FALSE, (i == F_POSRES  || i == F_FBPOSRES));
 561             }
 562         }
 563     }
 564
 565     mtop->bIntermolecularInteractions = FALSE;
 566     if (intermolecular_interactions != nullptr)
 567     {
 568         /* Process the intermolecular interaction list */
 569         mtop->intermolecular_ilist = std::make_unique<InteractionLists>();
 570
 571         for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 572         {
 573             (*mtop->intermolecular_ilist)[i].iatoms.clear();
 574
 575             plist = intermolecular_interactions->plist;
 576
 577             if (plist[i].nr > 0)
 578             {
 579                 flags = interaction_function[i].flags;
 580                 /* For intermolecular interactions we (currently)
 581                  * only support potentials.
 582                  * Constraints and virtual sites would be possible,
 583                  * but require a lot of extra (bug-prone) code.
 584                  */
 585                 if (!(flags & IF_BOND))
 586                 {
 587                     gmx_fatal(FARGS, "The intermolecular_interaction section may only contain bonded potentials");
 588                 }
 589                 else if (NRAL(i) == 1) /* e.g. position restraints */
 590                 {
 591                     gmx_fatal(FARGS, "Single atom interactions don't make sense in the intermolecular_interaction section, you can put them in the moleculetype section");
 592                 }
 593                 else if (flags & IF_CHEMBOND)
 594                 {
 595                     gmx_fatal(FARGS, "The intermolecular_interaction can not contain chemically bonding interactions");
 596                 }
 597                 else
 598                 {
 599                     enter_function(&(plist[i]), static_cast<t_functype>(i), comb, reppow,
 600                                    ffp, &(*mtop->intermolecular_ilist)[i],
 601                                    FALSE, FALSE);
 602
 603                     mtop->bIntermolecularInteractions = TRUE;
 604                 }
 605             }
 606         }
 607
 608         if (!mtop->bIntermolecularInteractions)
 609         {
 610             mtop->intermolecular_ilist.reset(nullptr);
 611         }
 612     }
 613
 614     ffp->fudgeQQ = fudgeQQ;
 615 }