src/gromacs/gmxpreprocess/convparm.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "convparm.h"
  41
  42 #include <string.h>
  43
  44 #include <cassert>
  45 #include <cmath>
  46
  47 #include "gromacs/gmxpreprocess/gpp_atomtype.h"
  48 #include "gromacs/gmxpreprocess/topio.h"
  49 #include "gromacs/gmxpreprocess/toputil.h"
  50 #include "gromacs/math/functions.h"
  51 #include "gromacs/math/units.h"
  52 #include "gromacs/math/utilities.h"
  53 #include "gromacs/math/vec.h"
  54 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  55 #include "gromacs/topology/ifunc.h"
  56 #include "gromacs/topology/topology.h"
  57 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  58 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  59
  60 static int round_check(real r, int limit, int ftype, const char *name)
  61 {
  62     int i;
  63
  64     if (r >= 0)
  65     {
  66         i = (int)(r + 0.5);
  67     }
  68     else
  69     {
  70         i = (int)(r - 0.5);
  71     }
  72
  73     if (r-i > 0.01 || r-i < -0.01)
  74     {
  75         gmx_fatal(FARGS, "A non-integer value (%f) was supplied for '%s' in %s",
  76                   r, name, interaction_function[ftype].longname);
  77     }
  78
  79     if (i < limit)
  80     {
  81         gmx_fatal(FARGS, "Value of '%s' in %s is %d, which is smaller than the minimum of %d",
  82                   name, interaction_function[ftype].longname, i, limit);
  83     }
  84
  85     return i;
  86 }
  87
  88 static void set_ljparams(int comb, double reppow, double v, double w,
  89                          real *c6, real *c12)
  90 {
  91     if (comb == eCOMB_ARITHMETIC || comb == eCOMB_GEOM_SIG_EPS)
  92     {
  93         if (v >= 0)
  94         {
  95             *c6  = 4*w*gmx::power6(v);
  96             *c12 = 4*w*std::pow(v, reppow);
  97         }
  98         else
  99         {
 100             /* Interpret negative sigma as c6=0 and c12 with -sigma */
 101             *c6  = 0;
 102             *c12 = 4*w*std::pow(-v, reppow);
 103         }
 104     }
 105     else
 106     {
 107         *c6  = v;
 108         *c12 = w;
 109     }
 110 }
 111
 112 /* A return value of 0 means parameters were assigned successfully,
 113  * returning -1 means this is an all-zero interaction that should not be added.
 114  */
 115 static int
 116 assign_param(t_functype ftype, t_iparams *newparam,
 117              real old[MAXFORCEPARAM], int comb, double reppow)
 118 {
 119     int      i, j;
 120     gmx_bool all_param_zero = TRUE;
 121
 122     /* Set to zero */
 123     for (j = 0; (j < MAXFORCEPARAM); j++)
 124     {
 125         newparam->generic.buf[j] = 0.0;
 126         /* If all parameters are zero we might not add some interaction types (selected below).
 127          * We cannot apply this to ALL interactions, since many have valid reasons for having
 128          * zero parameters (e.g. an index to a Cmap interaction, or LJ parameters), but
 129          * we use it for angles and torsions that are typically generated automatically.
 130          */
 131         all_param_zero = (all_param_zero == TRUE) && fabs(old[j]) < GMX_REAL_MIN;
 132     }
 133
 134     if (all_param_zero == TRUE)
 135     {
 136         if (IS_ANGLE(ftype) || IS_RESTRAINT_TYPE(ftype) || ftype == F_IDIHS ||
 137             ftype == F_PDIHS || ftype == F_PIDIHS || ftype == F_RBDIHS || ftype == F_FOURDIHS)
 138         {
 139             return -1;
 140         }
 141     }
 142
 143     switch (ftype)
 144     {
 145         case F_G96ANGLES:
 146             /* Post processing of input data: store cosine iso angle itself */
 147             newparam->harmonic.rA  = cos(old[0]*DEG2RAD);
 148             newparam->harmonic.krA = old[1];
 149             newparam->harmonic.rB  = cos(old[2]*DEG2RAD);
 150             newparam->harmonic.krB = old[3];
 151             break;
 152         case F_G96BONDS:
 153             /* Post processing of input data: store square of length itself */
 154             newparam->harmonic.rA  = gmx::square(old[0]);
 155             newparam->harmonic.krA = old[1];
 156             newparam->harmonic.rB  = gmx::square(old[2]);
 157             newparam->harmonic.krB = old[3];
 158             break;
 159         case F_FENEBONDS:
 160             newparam->fene.bm = old[0];
 161             newparam->fene.kb = old[1];
 162             break;
 163         case F_RESTRBONDS:
 164             newparam->restraint.lowA = old[0];
 165             newparam->restraint.up1A = old[1];
 166             newparam->restraint.up2A = old[2];
 167             newparam->restraint.kA   = old[3];
 168             newparam->restraint.lowB = old[4];
 169             newparam->restraint.up1B = old[5];
 170             newparam->restraint.up2B = old[6];
 171             newparam->restraint.kB   = old[7];
 172             break;
 173         case F_TABBONDS:
 174         case F_TABBONDSNC:
 175         case F_TABANGLES:
 176         case F_TABDIHS:
 177             newparam->tab.table = round_check(old[0], 0, ftype, "table index");
 178             newparam->tab.kA    = old[1];
 179             newparam->tab.kB    = old[3];
 180             break;
 181         case F_CROSS_BOND_BONDS:
 182             newparam->cross_bb.r1e = old[0];
 183             newparam->cross_bb.r2e = old[1];
 184             newparam->cross_bb.krr = old[2];
 185             break;
 186         case F_CROSS_BOND_ANGLES:
 187             newparam->cross_ba.r1e = old[0];
 188             newparam->cross_ba.r2e = old[1];
 189             newparam->cross_ba.r3e = old[2];
 190             newparam->cross_ba.krt = old[3];
 191             break;
 192         case F_UREY_BRADLEY:
 193             newparam->u_b.thetaA  = old[0];
 194             newparam->u_b.kthetaA = old[1];
 195             newparam->u_b.r13A    = old[2];
 196             newparam->u_b.kUBA    = old[3];
 197             newparam->u_b.thetaB  = old[4];
 198             newparam->u_b.kthetaB = old[5];
 199             newparam->u_b.r13B    = old[6];
 200             newparam->u_b.kUBB    = old[7];
 201             break;
 202         case F_QUARTIC_ANGLES:
 203             newparam->qangle.theta = old[0];
 204             for (i = 0; i < 5; i++)
 205             {
 206                 newparam->qangle.c[i] = old[i+1];
 207             }
 208             break;
 209         case F_LINEAR_ANGLES:
 210             newparam->linangle.aA    = old[0];
 211             newparam->linangle.klinA = old[1];
 212             newparam->linangle.aB    = old[2];
 213             newparam->linangle.klinB = old[3];
 214             break;
 215         case F_BONDS:
 216         case F_ANGLES:
 217         case F_HARMONIC:
 218         case F_IDIHS:
 219             newparam->harmonic.rA  = old[0];
 220             newparam->harmonic.krA = old[1];
 221             newparam->harmonic.rB  = old[2];
 222             newparam->harmonic.krB = old[3];
 223             break;
 224         case F_RESTRANGLES:
 225             newparam->harmonic.rA  = old[0];
 226             newparam->harmonic.krA = old[1];
 227             break;
 228         case F_MORSE:
 229             newparam->morse.b0A    = old[0];
 230             newparam->morse.cbA    = old[1];
 231             newparam->morse.betaA  = old[2];
 232             newparam->morse.b0B    = old[3];
 233             newparam->morse.cbB    = old[4];
 234             newparam->morse.betaB  = old[5];
 235             break;
 236         case F_CUBICBONDS:
 237             newparam->cubic.b0    = old[0];
 238             newparam->cubic.kb    = old[1];
 239             newparam->cubic.kcub  = old[2];
 240             break;
 241         case F_CONNBONDS:
 242             break;
 243         case F_POLARIZATION:
 244             newparam->polarize.alpha = old[0];
 245             break;
 246         case F_ANHARM_POL:
 247             newparam->anharm_polarize.alpha = old[0];
 248             newparam->anharm_polarize.drcut = old[1];
 249             newparam->anharm_polarize.khyp  = old[2];
 250             break;
 251         case F_WATER_POL:
 252             newparam->wpol.al_x   = old[0];
 253             newparam->wpol.al_y   = old[1];
 254             newparam->wpol.al_z   = old[2];
 255             newparam->wpol.rOH    = old[3];
 256             newparam->wpol.rHH    = old[4];
 257             newparam->wpol.rOD    = old[5];
 258             break;
 259         case F_THOLE_POL:
 260             newparam->thole.a      = old[0];
 261             newparam->thole.alpha1 = old[1];
 262             newparam->thole.alpha2 = old[2];
 263             if ((old[1] > 0) && (old[2] > 0))
 264             {
 265                 newparam->thole.rfac = old[0]*gmx::invsixthroot(old[1]*old[2]);
 266             }
 267             else
 268             {
 269                 newparam->thole.rfac = 1;
 270             }
 271             break;
 272         case F_BHAM:
 273             newparam->bham.a = old[0];
 274             newparam->bham.b = old[1];
 275             newparam->bham.c = old[2];
 276             break;
 277         case F_LJ14:
 278             set_ljparams(comb, reppow, old[0], old[1], &newparam->lj14.c6A, &newparam->lj14.c12A);
 279             set_ljparams(comb, reppow, old[2], old[3], &newparam->lj14.c6B, &newparam->lj14.c12B);
 280             break;
 281         case F_LJC14_Q:
 282             newparam->ljc14.fqq = old[0];
 283             newparam->ljc14.qi  = old[1];
 284             newparam->ljc14.qj  = old[2];
 285             set_ljparams(comb, reppow, old[3], old[4], &newparam->ljc14.c6, &newparam->ljc14.c12);
 286             break;
 287         case F_LJC_PAIRS_NB:
 288             newparam->ljcnb.qi = old[0];
 289             newparam->ljcnb.qj = old[1];
 290             set_ljparams(comb, reppow, old[2], old[3], &newparam->ljcnb.c6, &newparam->ljcnb.c12);
 291             break;
 292         case F_LJ:
 293             set_ljparams(comb, reppow, old[0], old[1], &newparam->lj.c6, &newparam->lj.c12);
 294             break;
 295         case F_PDIHS:
 296         case F_PIDIHS:
 297         case F_ANGRES:
 298         case F_ANGRESZ:
 299             newparam->pdihs.phiA = old[0];
 300             newparam->pdihs.cpA  = old[1];
 301
 302             /* Change 20100720: Amber occasionally uses negative multiplicities (mathematically OK),
 303              * so I have changed the lower limit to -99 /EL
 304              */
 305             newparam->pdihs.phiB = old[3];
 306             newparam->pdihs.cpB  = old[4];
 307             /* If both force constants are zero there is no interaction. Return -1 to signal
 308              * this entry should NOT be added.
 309              */
 310             if (fabs(newparam->pdihs.cpA) < GMX_REAL_MIN && fabs(newparam->pdihs.cpB) < GMX_REAL_MIN)
 311             {
 312                 return -1;
 313             }
 314
 315             newparam->pdihs.mult = round_check(old[2], -99, ftype, "multiplicity");
 316
 317             break;
 318         case F_RESTRDIHS:
 319             newparam->pdihs.phiA = old[0];
 320             newparam->pdihs.cpA  = old[1];
 321             break;
 322         case F_POSRES:
 323             newparam->posres.fcA[XX]   = old[0];
 324             newparam->posres.fcA[YY]   = old[1];
 325             newparam->posres.fcA[ZZ]   = old[2];
 326             newparam->posres.fcB[XX]   = old[3];
 327             newparam->posres.fcB[YY]   = old[4];
 328             newparam->posres.fcB[ZZ]   = old[5];
 329             newparam->posres.pos0A[XX] = old[6];
 330             newparam->posres.pos0A[YY] = old[7];
 331             newparam->posres.pos0A[ZZ] = old[8];
 332             newparam->posres.pos0B[XX] = old[9];
 333             newparam->posres.pos0B[YY] = old[10];
 334             newparam->posres.pos0B[ZZ] = old[11];
 335             break;
 336         case F_FBPOSRES:
 337             newparam->fbposres.geom     = round_check(old[0], 0, ftype, "geometry");
 338             if (!(newparam->fbposres.geom > efbposresZERO && newparam->fbposres.geom < efbposresNR))
 339             {
 340                 gmx_fatal(FARGS, "Invalid geometry for flat-bottomed position restraint.\n"
 341                           "Expected number between 1 and %d. Found %d\n", efbposresNR-1,
 342                           newparam->fbposres.geom);
 343             }
 344             newparam->fbposres.r        = old[1];
 345             newparam->fbposres.k        = old[2];
 346             newparam->fbposres.pos0[XX] = old[3];
 347             newparam->fbposres.pos0[YY] = old[4];
 348             newparam->fbposres.pos0[ZZ] = old[5];
 349             break;
 350         case F_DISRES:
 351             newparam->disres.label = round_check(old[0], 0, ftype, "label");
 352             newparam->disres.type  = round_check(old[1], 1, ftype, "type'");
 353             newparam->disres.low   = old[2];
 354             newparam->disres.up1   = old[3];
 355             newparam->disres.up2   = old[4];
 356             newparam->disres.kfac  = old[5];
 357             break;
 358         case F_ORIRES:
 359             newparam->orires.ex    = round_check(old[0], 1, ftype, "experiment") - 1;
 360             newparam->orires.label = round_check(old[1], 1, ftype, "label");
 361             newparam->orires.power = round_check(old[2], 0, ftype, "power");
 362             newparam->orires.c     = old[3];
 363             newparam->orires.obs   = old[4];
 364             newparam->orires.kfac  = old[5];
 365             break;
 366         case F_DIHRES:
 367             newparam->dihres.phiA   = old[0];
 368             newparam->dihres.dphiA  = old[1];
 369             newparam->dihres.kfacA  = old[2];
 370             newparam->dihres.phiB   = old[3];
 371             newparam->dihres.dphiB  = old[4];
 372             newparam->dihres.kfacB  = old[5];
 373             break;
 374         case F_RBDIHS:
 375             for (i = 0; (i < NR_RBDIHS); i++)
 376             {
 377                 newparam->rbdihs.rbcA[i] = old[i];
 378                 newparam->rbdihs.rbcB[i] = old[NR_RBDIHS+i];
 379             }
 380             break;
 381         case F_CBTDIHS:
 382             for (i = 0; (i < NR_CBTDIHS); i++)
 383             {
 384                 newparam->cbtdihs.cbtcA[i] = old[i];
 385             }
 386             break;
 387         case F_FOURDIHS:
 388             /* Read the dihedral parameters to temporary arrays,
 389              * and convert them to the computationally faster
 390              * Ryckaert-Bellemans form.
 391              */
 392             /* Use conversion formula for OPLS to Ryckaert-Bellemans: */
 393             newparam->rbdihs.rbcA[0] = old[1]+0.5*(old[0]+old[2]);
 394             newparam->rbdihs.rbcA[1] = 0.5*(3.0*old[2]-old[0]);
 395             newparam->rbdihs.rbcA[2] = 4.0*old[3]-old[1];
 396             newparam->rbdihs.rbcA[3] = -2.0*old[2];
 397             newparam->rbdihs.rbcA[4] = -4.0*old[3];
 398             newparam->rbdihs.rbcA[5] = 0.0;
 399
 400             newparam->rbdihs.rbcB[0] = old[NR_FOURDIHS+1]+0.5*(old[NR_FOURDIHS+0]+old[NR_FOURDIHS+2]);
 401             newparam->rbdihs.rbcB[1] = 0.5*(3.0*old[NR_FOURDIHS+2]-old[NR_FOURDIHS+0]);
 402             newparam->rbdihs.rbcB[2] = 4.0*old[NR_FOURDIHS+3]-old[NR_FOURDIHS+1];
 403             newparam->rbdihs.rbcB[3] = -2.0*old[NR_FOURDIHS+2];
 404             newparam->rbdihs.rbcB[4] = -4.0*old[NR_FOURDIHS+3];
 405             newparam->rbdihs.rbcB[5] = 0.0;
 406             break;
 407         case F_CONSTR:
 408         case F_CONSTRNC:
 409             newparam->constr.dA = old[0];
 410             newparam->constr.dB = old[1];
 411             break;
 412         case F_SETTLE:
 413             newparam->settle.doh = old[0];
 414             newparam->settle.dhh = old[1];
 415             break;
 416         case F_VSITE2:
 417         case F_VSITE3:
 418         case F_VSITE3FD:
 419         case F_VSITE3OUT:
 420         case F_VSITE4FD:
 421         case F_VSITE4FDN:
 422             newparam->vsite.a = old[0];
 423             newparam->vsite.b = old[1];
 424             newparam->vsite.c = old[2];
 425             newparam->vsite.d = old[3];
 426             newparam->vsite.e = old[4];
 427             newparam->vsite.f = old[5];
 428             break;
 429         case F_VSITE3FAD:
 430             newparam->vsite.a = old[1] * cos(DEG2RAD * old[0]);
 431             newparam->vsite.b = old[1] * sin(DEG2RAD * old[0]);
 432             newparam->vsite.c = old[2];
 433             newparam->vsite.d = old[3];
 434             newparam->vsite.e = old[4];
 435             newparam->vsite.f = old[5];
 436             break;
 437         case F_VSITEN:
 438             newparam->vsiten.n = round_check(old[0], 1, ftype, "number of atoms");
 439             newparam->vsiten.a = old[1];
 440             break;
 441         case F_CMAP:
 442             newparam->cmap.cmapA = static_cast<int>(old[0]);
 443             newparam->cmap.cmapB = static_cast<int>(old[1]);
 444             break;
 445         case F_GB12:
 446         case F_GB13:
 447         case F_GB14:
 448             newparam->gb.sar  = old[0];
 449             newparam->gb.st   = old[1];
 450             newparam->gb.pi   = old[2];
 451             newparam->gb.gbr  = old[3];
 452             newparam->gb.bmlt = old[4];
 453             break;
 454         default:
 455             gmx_fatal(FARGS, "unknown function type %d in %s line %d",
 456                       ftype, __FILE__, __LINE__);
 457     }
 458     return 0;
 459 }
 460
 461 static int enter_params(gmx_ffparams_t *ffparams, t_functype ftype,
 462                         real forceparams[MAXFORCEPARAM], int comb, real reppow,
 463                         int start, gmx_bool bAppend)
 464 {
 465     t_iparams newparam;
 466     int       type;
 467     int       rc;
 468
 469     if ( (rc = assign_param(ftype, &newparam, forceparams, comb, reppow)) < 0)
 470     {
 471         /* -1 means this interaction is all-zero and should not be added */
 472         return rc;
 473     }
 474
 475     if (!bAppend)
 476     {
 477         for (type = start; (type < ffparams->ntypes); type++)
 478         {
 479             if (ffparams->functype[type] == ftype)
 480             {
 481                 if (F_GB13 == ftype)
 482                 {
 483                     /* Occasionally, the way the 1-3 reference distance is
 484                      * computed can lead to non-binary-identical results, but I
 485                      * don't know why. */
 486                     if ((gmx_within_tol(newparam.gb.sar,  ffparams->iparams[type].gb.sar,  1e-6)) &&
 487                         (gmx_within_tol(newparam.gb.st,   ffparams->iparams[type].gb.st,   1e-6)) &&
 488                         (gmx_within_tol(newparam.gb.pi,   ffparams->iparams[type].gb.pi,   1e-6)) &&
 489                         (gmx_within_tol(newparam.gb.gbr,  ffparams->iparams[type].gb.gbr,  1e-6)) &&
 490                         (gmx_within_tol(newparam.gb.bmlt, ffparams->iparams[type].gb.bmlt, 1e-6)))
 491                     {
 492                         return type;
 493                     }
 494                 }
 495                 else
 496                 {
 497                     if (memcmp(&newparam, &ffparams->iparams[type], (size_t)sizeof(newparam)) == 0)
 498                     {
 499                         return type;
 500                     }
 501                 }
 502             }
 503         }
 504     }
 505     else
 506     {
 507         type = ffparams->ntypes;
 508     }
 509     if (debug)
 510     {
 511         fprintf(debug, "copying newparam to ffparams->iparams[%d] (ntypes=%d)\n",
 512                 type, ffparams->ntypes);
 513     }
 514     memcpy(&ffparams->iparams[type], &newparam, (size_t)sizeof(newparam));
 515
 516     ffparams->ntypes++;
 517     ffparams->functype[type] = ftype;
 518
 519     return type;
 520 }
 521
 522 static void append_interaction(t_ilist *ilist,
 523                                int type, int nral, int a[MAXATOMLIST])
 524 {
 525     int i, where1;
 526
 527     where1     = ilist->nr;
 528     ilist->nr += nral+1;
 529
 530     ilist->iatoms[where1++] = type;
 531     for (i = 0; (i < nral); i++)
 532     {
 533         ilist->iatoms[where1++] = a[i];
 534     }
 535 }
 536
 537 static void enter_function(t_params *p, t_functype ftype, int comb, real reppow,
 538                            gmx_ffparams_t *ffparams, t_ilist *il,
 539                            int *maxtypes,
 540                            gmx_bool bNB, gmx_bool bAppend)
 541 {
 542     int     k, type, nr, nral, delta, start;
 543
 544     start = ffparams->ntypes;
 545     nr    = p->nr;
 546
 547     for (k = 0; k < nr; k++)
 548     {
 549         if (*maxtypes <= ffparams->ntypes)
 550         {
 551             *maxtypes += 1000;
 552             srenew(ffparams->functype, *maxtypes);
 553             srenew(ffparams->iparams, *maxtypes);
 554             if (debug)
 555             {
 556                 fprintf(debug, "%s, line %d: srenewed idef->functype and idef->iparams to %d\n",
 557                         __FILE__, __LINE__, *maxtypes);
 558             }
 559         }
 560         type = enter_params(ffparams, ftype, p->param[k].c, comb, reppow, start, bAppend);
 561         /* Type==-1 is used as a signal that this interaction is all-zero and should not be added. */
 562         if (!bNB && type >= 0)
 563         {
 564             assert(il);
 565             nral  = NRAL(ftype);
 566             delta = nr*(nral+1);
 567             srenew(il->iatoms, il->nr+delta);
 568             append_interaction(il, type, nral, p->param[k].a);
 569         }
 570     }
 571 }
 572
 573 void convert_params(int atnr, t_params nbtypes[],
 574                     t_molinfo *mi, t_molinfo *intermolecular_interactions,
 575                     int comb, double reppow, real fudgeQQ,
 576                     gmx_mtop_t *mtop)
 577 {
 578     int             i, maxtypes, mt;
 579     unsigned long   flags;
 580     gmx_ffparams_t *ffp;
 581     gmx_moltype_t  *molt;
 582     t_params       *plist;
 583
 584     maxtypes = 0;
 585
 586     ffp           = &mtop->ffparams;
 587     ffp->ntypes   = 0;
 588     ffp->atnr     = atnr;
 589     ffp->functype = NULL;
 590     ffp->iparams  = NULL;
 591     ffp->reppow   = reppow;
 592
 593     enter_function(&(nbtypes[F_LJ]),  (t_functype)F_LJ,    comb, reppow, ffp, NULL,
 594                    &maxtypes, TRUE, TRUE);
 595     enter_function(&(nbtypes[F_BHAM]), (t_functype)F_BHAM,  comb, reppow, ffp, NULL,
 596                    &maxtypes, TRUE, TRUE);
 597
 598     for (mt = 0; mt < mtop->nmoltype; mt++)
 599     {
 600         molt = &mtop->moltype[mt];
 601         for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 602         {
 603             molt->ilist[i].nr     = 0;
 604             molt->ilist[i].iatoms = NULL;
 605
 606             plist = mi[mt].plist;
 607
 608             flags = interaction_function[i].flags;
 609             if ((i != F_LJ) && (i != F_BHAM) && ((flags & IF_BOND) ||
 610                                                  (flags & IF_VSITE) ||
 611                                                  (flags & IF_CONSTRAINT)))
 612             {
 613                 enter_function(&(plist[i]), (t_functype)i, comb, reppow,
 614                                ffp, &molt->ilist[i],
 615                                &maxtypes, FALSE, (i == F_POSRES  || i == F_FBPOSRES));
 616             }
 617         }
 618     }
 619
 620     mtop->bIntermolecularInteractions = FALSE;
 621     if (intermolecular_interactions != NULL)
 622     {
 623         /* Process the intermolecular interaction list */
 624         snew(mtop->intermolecular_ilist, F_NRE);
 625
 626         for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 627         {
 628             mtop->intermolecular_ilist[i].nr     = 0;
 629             mtop->intermolecular_ilist[i].iatoms = NULL;
 630
 631             plist = intermolecular_interactions->plist;
 632
 633             if (plist[i].nr > 0)
 634             {
 635                 flags = interaction_function[i].flags;
 636                 /* For intermolecular interactions we (currently)
 637                  * only support potentials.
 638                  * Constraints and virtual sites would be possible,
 639                  * but require a lot of extra (bug-prone) code.
 640                  */
 641                 if (!(flags & IF_BOND))
 642                 {
 643                     gmx_fatal(FARGS, "The intermolecular_interaction section may only contain bonded potentials");
 644                 }
 645                 else if (NRAL(i) == 1) /* e.g. position restraints */
 646                 {
 647                     gmx_fatal(FARGS, "Single atom interactions don't make sense in the intermolecular_interaction section, you can put them in the moleculetype section");
 648                 }
 649                 else if (flags & IF_CHEMBOND)
 650                 {
 651                     gmx_fatal(FARGS, "The intermolecular_interaction can not contain chemically bonding interactions");
 652                 }
 653                 else
 654                 {
 655                     enter_function(&(plist[i]), (t_functype)i, comb, reppow,
 656                                    ffp, &mtop->intermolecular_ilist[i],
 657                                    &maxtypes, FALSE, FALSE);
 658
 659                     mtop->bIntermolecularInteractions = TRUE;
 660                 }
 661             }
 662         }
 663
 664         if (!mtop->bIntermolecularInteractions)
 665         {
 666             sfree(mtop->intermolecular_ilist);
 667         }
 668     }
 669
 670     if (debug)
 671     {
 672         fprintf(debug, "%s, line %d: There are %d functypes in idef\n",
 673                 __FILE__, __LINE__, ffp->ntypes);
 674     }
 675
 676     ffp->fudgeQQ = fudgeQQ;
 677 }