src/gromacs/gmxpreprocess/convparm.cpp

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014,2015,2016,2017,2018, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #include "gmxpre.h"
  39
  40 #include "convparm.h"
  41
  42 #include <cassert>
  43 #include <cmath>
  44 #include <cstring>
  45
  46 #include "gromacs/gmxpreprocess/gpp_atomtype.h"
  47 #include "gromacs/gmxpreprocess/topio.h"
  48 #include "gromacs/gmxpreprocess/toputil.h"
  49 #include "gromacs/math/functions.h"
  50 #include "gromacs/math/units.h"
  51 #include "gromacs/math/utilities.h"
  52 #include "gromacs/math/vec.h"
  53 #include "gromacs/mdtypes/md_enums.h"
  54 #include "gromacs/topology/ifunc.h"
  55 #include "gromacs/topology/topology.h"
  56 #include "gromacs/utility/fatalerror.h"
  57 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  58
  59 static int round_check(real r, int limit, int ftype, const char *name)
  60 {
  61     const int i = gmx::roundToInt(r);
  62
  63     if (r-i > 0.01 || r-i < -0.01)
  64     {
  65         gmx_fatal(FARGS, "A non-integer value (%f) was supplied for '%s' in %s",
  66                   r, name, interaction_function[ftype].longname);
  67     }
  68
  69     if (i < limit)
  70     {
  71         gmx_fatal(FARGS, "Value of '%s' in %s is %d, which is smaller than the minimum of %d",
  72                   name, interaction_function[ftype].longname, i, limit);
  73     }
  74
  75     return i;
  76 }
  77
  78 static void set_ljparams(int comb, double reppow, double v, double w,
  79                          real *c6, real *c12)
  80 {
  81     if (comb == eCOMB_ARITHMETIC || comb == eCOMB_GEOM_SIG_EPS)
  82     {
  83         if (v >= 0)
  84         {
  85             *c6  = 4*w*gmx::power6(v);
  86             *c12 = 4*w*std::pow(v, reppow);
  87         }
  88         else
  89         {
  90             /* Interpret negative sigma as c6=0 and c12 with -sigma */
  91             *c6  = 0;
  92             *c12 = 4*w*std::pow(-v, reppow);
  93         }
  94     }
  95     else
  96     {
  97         *c6  = v;
  98         *c12 = w;
  99     }
 100 }
 101
 102 /* A return value of 0 means parameters were assigned successfully,
 103  * returning -1 means this is an all-zero interaction that should not be added.
 104  */
 105 static int
 106 assign_param(t_functype ftype, t_iparams *newparam,
 107              real old[MAXFORCEPARAM], int comb, double reppow)
 108 {
 109     int      i, j;
 110     bool     all_param_zero = TRUE;
 111
 112     /* Set to zero */
 113     for (j = 0; (j < MAXFORCEPARAM); j++)
 114     {
 115         newparam->generic.buf[j] = 0.0;
 116         /* If all parameters are zero we might not add some interaction types (selected below).
 117          * We cannot apply this to ALL interactions, since many have valid reasons for having
 118          * zero parameters (e.g. an index to a Cmap interaction, or LJ parameters), but
 119          * we use it for angles and torsions that are typically generated automatically.
 120          */
 121         all_param_zero = all_param_zero && fabs(old[j]) < GMX_REAL_MIN;
 122     }
 123
 124     if (all_param_zero)
 125     {
 126         if (IS_ANGLE(ftype) || IS_RESTRAINT_TYPE(ftype) || ftype == F_IDIHS ||
 127             ftype == F_PDIHS || ftype == F_PIDIHS || ftype == F_RBDIHS || ftype == F_FOURDIHS)
 128         {
 129             return -1;
 130         }
 131     }
 132
 133     switch (ftype)
 134     {
 135         case F_G96ANGLES:
 136             /* Post processing of input data: store cosine iso angle itself */
 137             newparam->harmonic.rA  = cos(old[0]*DEG2RAD);
 138             newparam->harmonic.krA = old[1];
 139             newparam->harmonic.rB  = cos(old[2]*DEG2RAD);
 140             newparam->harmonic.krB = old[3];
 141             break;
 142         case F_G96BONDS:
 143             /* Post processing of input data: store square of length itself */
 144             newparam->harmonic.rA  = gmx::square(old[0]);
 145             newparam->harmonic.krA = old[1];
 146             newparam->harmonic.rB  = gmx::square(old[2]);
 147             newparam->harmonic.krB = old[3];
 148             break;
 149         case F_FENEBONDS:
 150             newparam->fene.bm = old[0];
 151             newparam->fene.kb = old[1];
 152             break;
 153         case F_RESTRBONDS:
 154             newparam->restraint.lowA = old[0];
 155             newparam->restraint.up1A = old[1];
 156             newparam->restraint.up2A = old[2];
 157             newparam->restraint.kA   = old[3];
 158             newparam->restraint.lowB = old[4];
 159             newparam->restraint.up1B = old[5];
 160             newparam->restraint.up2B = old[6];
 161             newparam->restraint.kB   = old[7];
 162             break;
 163         case F_TABBONDS:
 164         case F_TABBONDSNC:
 165         case F_TABANGLES:
 166         case F_TABDIHS:
 167             newparam->tab.table = round_check(old[0], 0, ftype, "table index");
 168             newparam->tab.kA    = old[1];
 169             newparam->tab.kB    = old[3];
 170             break;
 171         case F_CROSS_BOND_BONDS:
 172             newparam->cross_bb.r1e = old[0];
 173             newparam->cross_bb.r2e = old[1];
 174             newparam->cross_bb.krr = old[2];
 175             break;
 176         case F_CROSS_BOND_ANGLES:
 177             newparam->cross_ba.r1e = old[0];
 178             newparam->cross_ba.r2e = old[1];
 179             newparam->cross_ba.r3e = old[2];
 180             newparam->cross_ba.krt = old[3];
 181             break;
 182         case F_UREY_BRADLEY:
 183             newparam->u_b.thetaA  = old[0];
 184             newparam->u_b.kthetaA = old[1];
 185             newparam->u_b.r13A    = old[2];
 186             newparam->u_b.kUBA    = old[3];
 187             newparam->u_b.thetaB  = old[4];
 188             newparam->u_b.kthetaB = old[5];
 189             newparam->u_b.r13B    = old[6];
 190             newparam->u_b.kUBB    = old[7];
 191             break;
 192         case F_QUARTIC_ANGLES:
 193             newparam->qangle.theta = old[0];
 194             for (i = 0; i < 5; i++)
 195             {
 196                 newparam->qangle.c[i] = old[i+1];
 197             }
 198             break;
 199         case F_LINEAR_ANGLES:
 200             newparam->linangle.aA    = old[0];
 201             newparam->linangle.klinA = old[1];
 202             newparam->linangle.aB    = old[2];
 203             newparam->linangle.klinB = old[3];
 204             break;
 205         case F_BONDS:
 206         case F_ANGLES:
 207         case F_HARMONIC:
 208         case F_IDIHS:
 209             newparam->harmonic.rA  = old[0];
 210             newparam->harmonic.krA = old[1];
 211             newparam->harmonic.rB  = old[2];
 212             newparam->harmonic.krB = old[3];
 213             break;
 214         case F_RESTRANGLES:
 215             newparam->harmonic.rA  = old[0];
 216             newparam->harmonic.krA = old[1];
 217             break;
 218         case F_MORSE:
 219             newparam->morse.b0A    = old[0];
 220             newparam->morse.cbA    = old[1];
 221             newparam->morse.betaA  = old[2];
 222             newparam->morse.b0B    = old[3];
 223             newparam->morse.cbB    = old[4];
 224             newparam->morse.betaB  = old[5];
 225             break;
 226         case F_CUBICBONDS:
 227             newparam->cubic.b0    = old[0];
 228             newparam->cubic.kb    = old[1];
 229             newparam->cubic.kcub  = old[2];
 230             break;
 231         case F_CONNBONDS:
 232             break;
 233         case F_POLARIZATION:
 234             newparam->polarize.alpha = old[0];
 235             break;
 236         case F_ANHARM_POL:
 237             newparam->anharm_polarize.alpha = old[0];
 238             newparam->anharm_polarize.drcut = old[1];
 239             newparam->anharm_polarize.khyp  = old[2];
 240             break;
 241         case F_WATER_POL:
 242             newparam->wpol.al_x   = old[0];
 243             newparam->wpol.al_y   = old[1];
 244             newparam->wpol.al_z   = old[2];
 245             newparam->wpol.rOH    = old[3];
 246             newparam->wpol.rHH    = old[4];
 247             newparam->wpol.rOD    = old[5];
 248             break;
 249         case F_THOLE_POL:
 250             newparam->thole.a      = old[0];
 251             newparam->thole.alpha1 = old[1];
 252             newparam->thole.alpha2 = old[2];
 253             if ((old[1] > 0) && (old[2] > 0))
 254             {
 255                 newparam->thole.rfac = old[0]*gmx::invsixthroot(old[1]*old[2]);
 256             }
 257             else
 258             {
 259                 newparam->thole.rfac = 1;
 260             }
 261             break;
 262         case F_BHAM:
 263             newparam->bham.a = old[0];
 264             newparam->bham.b = old[1];
 265             newparam->bham.c = old[2];
 266             break;
 267         case F_LJ14:
 268             set_ljparams(comb, reppow, old[0], old[1], &newparam->lj14.c6A, &newparam->lj14.c12A);
 269             set_ljparams(comb, reppow, old[2], old[3], &newparam->lj14.c6B, &newparam->lj14.c12B);
 270             break;
 271         case F_LJC14_Q:
 272             newparam->ljc14.fqq = old[0];
 273             newparam->ljc14.qi  = old[1];
 274             newparam->ljc14.qj  = old[2];
 275             set_ljparams(comb, reppow, old[3], old[4], &newparam->ljc14.c6, &newparam->ljc14.c12);
 276             break;
 277         case F_LJC_PAIRS_NB:
 278             newparam->ljcnb.qi = old[0];
 279             newparam->ljcnb.qj = old[1];
 280             set_ljparams(comb, reppow, old[2], old[3], &newparam->ljcnb.c6, &newparam->ljcnb.c12);
 281             break;
 282         case F_LJ:
 283             set_ljparams(comb, reppow, old[0], old[1], &newparam->lj.c6, &newparam->lj.c12);
 284             break;
 285         case F_PDIHS:
 286         case F_PIDIHS:
 287         case F_ANGRES:
 288         case F_ANGRESZ:
 289             newparam->pdihs.phiA = old[0];
 290             newparam->pdihs.cpA  = old[1];
 291
 292             /* Change 20100720: Amber occasionally uses negative multiplicities (mathematically OK),
 293              * so I have changed the lower limit to -99 /EL
 294              */
 295             newparam->pdihs.phiB = old[3];
 296             newparam->pdihs.cpB  = old[4];
 297             /* If both force constants are zero there is no interaction. Return -1 to signal
 298              * this entry should NOT be added.
 299              */
 300             if (fabs(newparam->pdihs.cpA) < GMX_REAL_MIN && fabs(newparam->pdihs.cpB) < GMX_REAL_MIN)
 301             {
 302                 return -1;
 303             }
 304
 305             newparam->pdihs.mult = round_check(old[2], -99, ftype, "multiplicity");
 306
 307             break;
 308         case F_RESTRDIHS:
 309             newparam->pdihs.phiA = old[0];
 310             newparam->pdihs.cpA  = old[1];
 311             break;
 312         case F_POSRES:
 313             newparam->posres.fcA[XX]   = old[0];
 314             newparam->posres.fcA[YY]   = old[1];
 315             newparam->posres.fcA[ZZ]   = old[2];
 316             newparam->posres.fcB[XX]   = old[3];
 317             newparam->posres.fcB[YY]   = old[4];
 318             newparam->posres.fcB[ZZ]   = old[5];
 319             newparam->posres.pos0A[XX] = old[6];
 320             newparam->posres.pos0A[YY] = old[7];
 321             newparam->posres.pos0A[ZZ] = old[8];
 322             newparam->posres.pos0B[XX] = old[9];
 323             newparam->posres.pos0B[YY] = old[10];
 324             newparam->posres.pos0B[ZZ] = old[11];
 325             break;
 326         case F_FBPOSRES:
 327             newparam->fbposres.geom     = round_check(old[0], 0, ftype, "geometry");
 328             if (!(newparam->fbposres.geom > efbposresZERO && newparam->fbposres.geom < efbposresNR))
 329             {
 330                 gmx_fatal(FARGS, "Invalid geometry for flat-bottomed position restraint.\n"
 331                           "Expected number between 1 and %d. Found %d\n", efbposresNR-1,
 332                           newparam->fbposres.geom);
 333             }
 334             newparam->fbposres.r        = old[1];
 335             newparam->fbposres.k        = old[2];
 336             newparam->fbposres.pos0[XX] = old[3];
 337             newparam->fbposres.pos0[YY] = old[4];
 338             newparam->fbposres.pos0[ZZ] = old[5];
 339             break;
 340         case F_DISRES:
 341             newparam->disres.label = round_check(old[0], 0, ftype, "label");
 342             newparam->disres.type  = round_check(old[1], 1, ftype, "type'");
 343             newparam->disres.low   = old[2];
 344             newparam->disres.up1   = old[3];
 345             newparam->disres.up2   = old[4];
 346             newparam->disres.kfac  = old[5];
 347             break;
 348         case F_ORIRES:
 349             newparam->orires.ex    = round_check(old[0], 1, ftype, "experiment") - 1;
 350             newparam->orires.label = round_check(old[1], 1, ftype, "label");
 351             newparam->orires.power = round_check(old[2], 0, ftype, "power");
 352             newparam->orires.c     = old[3];
 353             newparam->orires.obs   = old[4];
 354             newparam->orires.kfac  = old[5];
 355             break;
 356         case F_DIHRES:
 357             newparam->dihres.phiA   = old[0];
 358             newparam->dihres.dphiA  = old[1];
 359             newparam->dihres.kfacA  = old[2];
 360             newparam->dihres.phiB   = old[3];
 361             newparam->dihres.dphiB  = old[4];
 362             newparam->dihres.kfacB  = old[5];
 363             break;
 364         case F_RBDIHS:
 365             for (i = 0; (i < NR_RBDIHS); i++)
 366             {
 367                 newparam->rbdihs.rbcA[i] = old[i];
 368                 newparam->rbdihs.rbcB[i] = old[NR_RBDIHS+i];
 369             }
 370             break;
 371         case F_CBTDIHS:
 372             for (i = 0; (i < NR_CBTDIHS); i++)
 373             {
 374                 newparam->cbtdihs.cbtcA[i] = old[i];
 375             }
 376             break;
 377         case F_FOURDIHS:
 378             /* Read the dihedral parameters to temporary arrays,
 379              * and convert them to the computationally faster
 380              * Ryckaert-Bellemans form.
 381              */
 382             /* Use conversion formula for OPLS to Ryckaert-Bellemans: */
 383             newparam->rbdihs.rbcA[0] = old[1]+0.5*(old[0]+old[2]);
 384             newparam->rbdihs.rbcA[1] = 0.5*(3.0*old[2]-old[0]);
 385             newparam->rbdihs.rbcA[2] = 4.0*old[3]-old[1];
 386             newparam->rbdihs.rbcA[3] = -2.0*old[2];
 387             newparam->rbdihs.rbcA[4] = -4.0*old[3];
 388             newparam->rbdihs.rbcA[5] = 0.0;
 389
 390             newparam->rbdihs.rbcB[0] = old[NR_FOURDIHS+1]+0.5*(old[NR_FOURDIHS+0]+old[NR_FOURDIHS+2]);
 391             newparam->rbdihs.rbcB[1] = 0.5*(3.0*old[NR_FOURDIHS+2]-old[NR_FOURDIHS+0]);
 392             newparam->rbdihs.rbcB[2] = 4.0*old[NR_FOURDIHS+3]-old[NR_FOURDIHS+1];
 393             newparam->rbdihs.rbcB[3] = -2.0*old[NR_FOURDIHS+2];
 394             newparam->rbdihs.rbcB[4] = -4.0*old[NR_FOURDIHS+3];
 395             newparam->rbdihs.rbcB[5] = 0.0;
 396             break;
 397         case F_CONSTR:
 398         case F_CONSTRNC:
 399             newparam->constr.dA = old[0];
 400             newparam->constr.dB = old[1];
 401             break;
 402         case F_SETTLE:
 403             newparam->settle.doh = old[0];
 404             newparam->settle.dhh = old[1];
 405             break;
 406         case F_VSITE2:
 407         case F_VSITE3:
 408         case F_VSITE3FD:
 409         case F_VSITE3OUT:
 410         case F_VSITE4FD:
 411         case F_VSITE4FDN:
 412             newparam->vsite.a = old[0];
 413             newparam->vsite.b = old[1];
 414             newparam->vsite.c = old[2];
 415             newparam->vsite.d = old[3];
 416             newparam->vsite.e = old[4];
 417             newparam->vsite.f = old[5];
 418             break;
 419         case F_VSITE3FAD:
 420             newparam->vsite.a = old[1] * cos(DEG2RAD * old[0]);
 421             newparam->vsite.b = old[1] * sin(DEG2RAD * old[0]);
 422             newparam->vsite.c = old[2];
 423             newparam->vsite.d = old[3];
 424             newparam->vsite.e = old[4];
 425             newparam->vsite.f = old[5];
 426             break;
 427         case F_VSITEN:
 428             newparam->vsiten.n = round_check(old[0], 1, ftype, "number of atoms");
 429             newparam->vsiten.a = old[1];
 430             break;
 431         case F_CMAP:
 432             newparam->cmap.cmapA = static_cast<int>(old[0]);
 433             newparam->cmap.cmapB = static_cast<int>(old[1]);
 434             break;
 435         case F_GB12_NOLONGERUSED:
 436         case F_GB13_NOLONGERUSED:
 437         case F_GB14_NOLONGERUSED:
 438             break;
 439         default:
 440             gmx_fatal(FARGS, "unknown function type %d in %s line %d",
 441                       ftype, __FILE__, __LINE__);
 442     }
 443     return 0;
 444 }
 445
 446 static int enter_params(gmx_ffparams_t *ffparams, t_functype ftype,
 447                         real forceparams[MAXFORCEPARAM], int comb, real reppow,
 448                         int start, bool bAppend)
 449 {
 450     t_iparams newparam;
 451     int       type;
 452     int       rc;
 453
 454     if ( (rc = assign_param(ftype, &newparam, forceparams, comb, reppow)) < 0)
 455     {
 456         /* -1 means this interaction is all-zero and should not be added */
 457         return rc;
 458     }
 459
 460     if (!bAppend)
 461     {
 462         for (type = start; (type < ffparams->ntypes); type++)
 463         {
 464             if (ffparams->functype[type] == ftype)
 465             {
 466                 if (memcmp(&newparam, &ffparams->iparams[type], static_cast<size_t>(sizeof(newparam))) == 0)
 467                 {
 468                     return type;
 469                 }
 470             }
 471         }
 472     }
 473     else
 474     {
 475         type = ffparams->ntypes;
 476     }
 477     memcpy(&ffparams->iparams[type], &newparam, static_cast<size_t>(sizeof(newparam)));
 478
 479     ffparams->ntypes++;
 480     ffparams->functype[type] = ftype;
 481
 482     return type;
 483 }
 484
 485 static void append_interaction(t_ilist *ilist,
 486                                int type, int nral, const int a[MAXATOMLIST])
 487 {
 488     int i, where1;
 489
 490     where1     = ilist->nr;
 491     ilist->nr += nral+1;
 492
 493     ilist->iatoms[where1++] = type;
 494     for (i = 0; (i < nral); i++)
 495     {
 496         ilist->iatoms[where1++] = a[i];
 497     }
 498 }
 499
 500 static void enter_function(t_params *p, t_functype ftype, int comb, real reppow,
 501                            gmx_ffparams_t *ffparams, t_ilist *il,
 502                            int *maxtypes,
 503                            bool bNB, bool bAppend)
 504 {
 505     int     k, type, nr, nral, delta, start;
 506
 507     start = ffparams->ntypes;
 508     nr    = p->nr;
 509
 510     for (k = 0; k < nr; k++)
 511     {
 512         if (*maxtypes <= ffparams->ntypes)
 513         {
 514             *maxtypes += 1000;
 515             srenew(ffparams->functype, *maxtypes);
 516             srenew(ffparams->iparams, *maxtypes);
 517         }
 518         type = enter_params(ffparams, ftype, p->param[k].c, comb, reppow, start, bAppend);
 519         /* Type==-1 is used as a signal that this interaction is all-zero and should not be added. */
 520         if (!bNB && type >= 0)
 521         {
 522             assert(il);
 523             nral  = NRAL(ftype);
 524             delta = nr*(nral+1);
 525             srenew(il->iatoms, il->nr+delta);
 526             append_interaction(il, type, nral, p->param[k].a);
 527         }
 528     }
 529 }
 530
 531 void convert_params(int atnr, t_params nbtypes[],
 532                     t_molinfo *mi, t_molinfo *intermolecular_interactions,
 533                     int comb, double reppow, real fudgeQQ,
 534                     gmx_mtop_t *mtop)
 535 {
 536     int             i, maxtypes;
 537     unsigned long   flags;
 538     gmx_ffparams_t *ffp;
 539     gmx_moltype_t  *molt;
 540     t_params       *plist;
 541
 542     maxtypes = 0;
 543
 544     ffp           = &mtop->ffparams;
 545     ffp->ntypes   = 0;
 546     ffp->atnr     = atnr;
 547     ffp->functype = nullptr;
 548     ffp->iparams  = nullptr;
 549     ffp->reppow   = reppow;
 550
 551     enter_function(&(nbtypes[F_LJ]),  static_cast<t_functype>(F_LJ),    comb, reppow, ffp, nullptr,
 552                    &maxtypes, TRUE, TRUE);
 553     enter_function(&(nbtypes[F_BHAM]), static_cast<t_functype>(F_BHAM),  comb, reppow, ffp, nullptr,
 554                    &maxtypes, TRUE, TRUE);
 555
 556     for (size_t mt = 0; mt < mtop->moltype.size(); mt++)
 557     {
 558         molt = &mtop->moltype[mt];
 559         for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 560         {
 561             molt->ilist[i].nr     = 0;
 562             molt->ilist[i].iatoms = nullptr;
 563
 564             plist = mi[mt].plist;
 565
 566             flags = interaction_function[i].flags;
 567             if ((i != F_LJ) && (i != F_BHAM) && ((flags & IF_BOND) ||
 568                                                  (flags & IF_VSITE) ||
 569                                                  (flags & IF_CONSTRAINT)))
 570             {
 571                 enter_function(&(plist[i]), static_cast<t_functype>(i), comb, reppow,
 572                                ffp, &molt->ilist[i],
 573                                &maxtypes, FALSE, (i == F_POSRES  || i == F_FBPOSRES));
 574             }
 575         }
 576     }
 577
 578     mtop->bIntermolecularInteractions = FALSE;
 579     if (intermolecular_interactions != nullptr)
 580     {
 581         /* Process the intermolecular interaction list */
 582         snew(mtop->intermolecular_ilist, F_NRE);
 583
 584         for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 585         {
 586             mtop->intermolecular_ilist[i].nr     = 0;
 587             mtop->intermolecular_ilist[i].iatoms = nullptr;
 588
 589             plist = intermolecular_interactions->plist;
 590
 591             if (plist[i].nr > 0)
 592             {
 593                 flags = interaction_function[i].flags;
 594                 /* For intermolecular interactions we (currently)
 595                  * only support potentials.
 596                  * Constraints and virtual sites would be possible,
 597                  * but require a lot of extra (bug-prone) code.
 598                  */
 599                 if (!(flags & IF_BOND))
 600                 {
 601                     gmx_fatal(FARGS, "The intermolecular_interaction section may only contain bonded potentials");
 602                 }
 603                 else if (NRAL(i) == 1) /* e.g. position restraints */
 604                 {
 605                     gmx_fatal(FARGS, "Single atom interactions don't make sense in the intermolecular_interaction section, you can put them in the moleculetype section");
 606                 }
 607                 else if (flags & IF_CHEMBOND)
 608                 {
 609                     gmx_fatal(FARGS, "The intermolecular_interaction can not contain chemically bonding interactions");
 610                 }
 611                 else
 612                 {
 613                     enter_function(&(plist[i]), static_cast<t_functype>(i), comb, reppow,
 614                                    ffp, &mtop->intermolecular_ilist[i],
 615                                    &maxtypes, FALSE, FALSE);
 616
 617                     mtop->bIntermolecularInteractions = TRUE;
 618                 }
 619             }
 620         }
 621
 622         if (!mtop->bIntermolecularInteractions)
 623         {
 624             sfree(mtop->intermolecular_ilist);
 625         }
 626     }
 627
 628     ffp->fudgeQQ = fudgeQQ;
 629 }