src/gromacs/gmxpreprocess/convparm.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 /* This file is completely threadsafe - keep it that way! */
  38 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  39 #include <config.h>
  40 #endif
  41
  42 #include <math.h>
  43 #include <string.h>
  44
  45 #include "sysstuff.h"
  46 #include "physics.h"
  47 #include "vec.h"
  48 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  49 #include "typedefs.h"
  50 #include "gmx_fatal.h"
  51 #include "topio.h"
  52 #include "toputil.h"
  53 #include "convparm.h"
  54 #include "names.h"
  55 #include "gpp_atomtype.h"
  56 #include "gromacs/math/utilities.h"
  57
  58 static int round_check(real r, int limit, int ftype, const char *name)
  59 {
  60     int i;
  61
  62     if (r >= 0)
  63     {
  64         i = (int)(r + 0.5);
  65     }
  66     else
  67     {
  68         i = (int)(r - 0.5);
  69     }
  70
  71     if (r-i > 0.01 || r-i < -0.01)
  72     {
  73         gmx_fatal(FARGS, "A non-integer value (%f) was supplied for '%s' in %s",
  74                   r, name, interaction_function[ftype].longname);
  75     }
  76
  77     if (i < limit)
  78     {
  79         gmx_fatal(FARGS, "Value of '%s' in %s is %d, which is smaller than the minimum of %d",
  80                   name, interaction_function[ftype].longname, i, limit);
  81     }
  82
  83     return i;
  84 }
  85
  86 static void set_ljparams(int comb, double reppow, real v, real w,
  87                          real *c6, real *c12)
  88 {
  89     if (comb == eCOMB_ARITHMETIC || comb == eCOMB_GEOM_SIG_EPS)
  90     {
  91         if (v >= 0)
  92         {
  93             *c6  = 4*w*pow(v, 6.0);
  94             *c12 = 4*w*pow(v, reppow);
  95         }
  96         else
  97         {
  98             /* Interpret negative sigma as c6=0 and c12 with -sigma */
  99             *c6  = 0;
 100             *c12 = 4*w*pow(-v, reppow);
 101         }
 102     }
 103     else
 104     {
 105         *c6  = v;
 106         *c12 = w;
 107     }
 108 }
 109
 110 /* A return value of 0 means parameters were assigned successfully,
 111  * returning -1 means this is an all-zero interaction that should not be added.
 112  */
 113 static int
 114 assign_param(t_functype ftype, t_iparams *newparam,
 115              real old[MAXFORCEPARAM], int comb, double reppow)
 116 {
 117     int      i, j;
 118     real     tmp;
 119     gmx_bool all_param_zero = TRUE;
 120
 121     /* Set to zero */
 122     for (j = 0; (j < MAXFORCEPARAM); j++)
 123     {
 124         newparam->generic.buf[j] = 0.0;
 125         /* If all parameters are zero we might not add some interaction types (selected below).
 126          * We cannot apply this to ALL interactions, since many have valid reasons for having
 127          * zero parameters (e.g. an index to a Cmap interaction, or LJ parameters), but
 128          * we use it for angles and torsions that are typically generated automatically.
 129          */
 130         all_param_zero = (all_param_zero == TRUE) && fabs(old[j]) < GMX_REAL_MIN;
 131     }
 132
 133     if (all_param_zero == TRUE)
 134     {
 135         if (IS_ANGLE(ftype) || IS_RESTRAINT_TYPE(ftype) || ftype == F_IDIHS ||
 136             ftype == F_PDIHS || ftype == F_PIDIHS || ftype == F_RBDIHS || ftype == F_FOURDIHS)
 137         {
 138             return -1;
 139         }
 140     }
 141
 142     switch (ftype)
 143     {
 144         case F_G96ANGLES:
 145             /* Post processing of input data: store cosine iso angle itself */
 146             newparam->harmonic.rA  = cos(old[0]*DEG2RAD);
 147             newparam->harmonic.krA = old[1];
 148             newparam->harmonic.rB  = cos(old[2]*DEG2RAD);
 149             newparam->harmonic.krB = old[3];
 150             break;
 151         case F_G96BONDS:
 152             /* Post processing of input data: store square of length itself */
 153             newparam->harmonic.rA  = sqr(old[0]);
 154             newparam->harmonic.krA = old[1];
 155             newparam->harmonic.rB  = sqr(old[2]);
 156             newparam->harmonic.krB = old[3];
 157             break;
 158         case F_FENEBONDS:
 159             newparam->fene.bm = old[0];
 160             newparam->fene.kb = old[1];
 161             break;
 162         case F_RESTRBONDS:
 163             newparam->restraint.lowA = old[0];
 164             newparam->restraint.up1A = old[1];
 165             newparam->restraint.up2A = old[2];
 166             newparam->restraint.kA   = old[3];
 167             newparam->restraint.lowB = old[4];
 168             newparam->restraint.up1B = old[5];
 169             newparam->restraint.up2B = old[6];
 170             newparam->restraint.kB   = old[7];
 171             break;
 172         case F_TABBONDS:
 173         case F_TABBONDSNC:
 174         case F_TABANGLES:
 175         case F_TABDIHS:
 176             newparam->tab.table = round_check(old[0], 0, ftype, "table index");
 177             newparam->tab.kA    = old[1];
 178             newparam->tab.kB    = old[3];
 179             break;
 180         case F_CROSS_BOND_BONDS:
 181             newparam->cross_bb.r1e = old[0];
 182             newparam->cross_bb.r2e = old[1];
 183             newparam->cross_bb.krr = old[2];
 184             break;
 185         case F_CROSS_BOND_ANGLES:
 186             newparam->cross_ba.r1e = old[0];
 187             newparam->cross_ba.r2e = old[1];
 188             newparam->cross_ba.r3e = old[2];
 189             newparam->cross_ba.krt = old[3];
 190             break;
 191         case F_UREY_BRADLEY:
 192             newparam->u_b.thetaA  = old[0];
 193             newparam->u_b.kthetaA = old[1];
 194             newparam->u_b.r13A    = old[2];
 195             newparam->u_b.kUBA    = old[3];
 196             newparam->u_b.thetaB  = old[4];
 197             newparam->u_b.kthetaB = old[5];
 198             newparam->u_b.r13B    = old[6];
 199             newparam->u_b.kUBB    = old[7];
 200             break;
 201         case F_QUARTIC_ANGLES:
 202             newparam->qangle.theta = old[0];
 203             for (i = 0; i < 5; i++)
 204             {
 205                 newparam->qangle.c[i] = old[i+1];
 206             }
 207             break;
 208         case F_LINEAR_ANGLES:
 209             newparam->linangle.aA    = old[0];
 210             newparam->linangle.klinA = old[1];
 211             newparam->linangle.aB    = old[2];
 212             newparam->linangle.klinB = old[3];
 213             break;
 214         case F_BONDS:
 215         case F_ANGLES:
 216         case F_HARMONIC:
 217         case F_IDIHS:
 218             newparam->harmonic.rA  = old[0];
 219             newparam->harmonic.krA = old[1];
 220             newparam->harmonic.rB  = old[2];
 221             newparam->harmonic.krB = old[3];
 222             break;
 223         case F_RESTRANGLES:
 224             newparam->harmonic.rA  = old[0];
 225             newparam->harmonic.krA = old[1];
 226             break;
 227         case F_MORSE:
 228             newparam->morse.b0A    = old[0];
 229             newparam->morse.cbA    = old[1];
 230             newparam->morse.betaA  = old[2];
 231             newparam->morse.b0B    = old[3];
 232             newparam->morse.cbB    = old[4];
 233             newparam->morse.betaB  = old[5];
 234             break;
 235         case F_CUBICBONDS:
 236             newparam->cubic.b0    = old[0];
 237             newparam->cubic.kb    = old[1];
 238             newparam->cubic.kcub  = old[2];
 239             break;
 240         case F_CONNBONDS:
 241             break;
 242         case F_POLARIZATION:
 243             newparam->polarize.alpha = old[0];
 244             break;
 245         case F_ANHARM_POL:
 246             newparam->anharm_polarize.alpha = old[0];
 247             newparam->anharm_polarize.drcut = old[1];
 248             newparam->anharm_polarize.khyp  = old[2];
 249             break;
 250         case F_WATER_POL:
 251             newparam->wpol.al_x   = old[0];
 252             newparam->wpol.al_y   = old[1];
 253             newparam->wpol.al_z   = old[2];
 254             newparam->wpol.rOH    = old[3];
 255             newparam->wpol.rHH    = old[4];
 256             newparam->wpol.rOD    = old[5];
 257             break;
 258         case F_THOLE_POL:
 259             newparam->thole.a      = old[0];
 260             newparam->thole.alpha1 = old[1];
 261             newparam->thole.alpha2 = old[2];
 262             if ((old[1] > 0) && (old[2] > 0))
 263             {
 264                 newparam->thole.rfac = old[0]*pow(old[1]*old[2], -1.0/6.0);
 265             }
 266             else
 267             {
 268                 newparam->thole.rfac = 1;
 269             }
 270             break;
 271         case F_BHAM:
 272             newparam->bham.a = old[0];
 273             newparam->bham.b = old[1];
 274             newparam->bham.c = old[2];
 275             break;
 276         case F_LJ14:
 277             set_ljparams(comb, reppow, old[0], old[1], &newparam->lj14.c6A, &newparam->lj14.c12A);
 278             set_ljparams(comb, reppow, old[2], old[3], &newparam->lj14.c6B, &newparam->lj14.c12B);
 279             break;
 280         case F_LJC14_Q:
 281             newparam->ljc14.fqq = old[0];
 282             newparam->ljc14.qi  = old[1];
 283             newparam->ljc14.qj  = old[2];
 284             set_ljparams(comb, reppow, old[3], old[4], &newparam->ljc14.c6, &newparam->ljc14.c12);
 285             break;
 286         case F_LJC_PAIRS_NB:
 287             newparam->ljcnb.qi = old[0];
 288             newparam->ljcnb.qj = old[1];
 289             set_ljparams(comb, reppow, old[2], old[3], &newparam->ljcnb.c6, &newparam->ljcnb.c12);
 290             break;
 291         case F_LJ:
 292             set_ljparams(comb, reppow, old[0], old[1], &newparam->lj.c6, &newparam->lj.c12);
 293             break;
 294         case F_PDIHS:
 295         case F_PIDIHS:
 296         case F_ANGRES:
 297         case F_ANGRESZ:
 298             newparam->pdihs.phiA = old[0];
 299             newparam->pdihs.cpA  = old[1];
 300
 301             /* Change 20100720: Amber occasionally uses negative multiplicities (mathematically OK),
 302              * so I have changed the lower limit to -99 /EL
 303              */
 304             newparam->pdihs.phiB = old[3];
 305             newparam->pdihs.cpB  = old[4];
 306             /* If both force constants are zero there is no interaction. Return -1 to signal
 307              * this entry should NOT be added.
 308              */
 309             if (fabs(newparam->pdihs.cpA) < GMX_REAL_MIN && fabs(newparam->pdihs.cpB) < GMX_REAL_MIN)
 310             {
 311                 return -1;
 312             }
 313
 314             newparam->pdihs.mult = round_check(old[2], -99, ftype, "multiplicity");
 315
 316             break;
 317         case F_RESTRDIHS:
 318             newparam->pdihs.phiA = old[0];
 319             newparam->pdihs.cpA  = old[1];
 320             break;
 321         case F_POSRES:
 322             newparam->posres.fcA[XX]   = old[0];
 323             newparam->posres.fcA[YY]   = old[1];
 324             newparam->posres.fcA[ZZ]   = old[2];
 325             newparam->posres.fcB[XX]   = old[3];
 326             newparam->posres.fcB[YY]   = old[4];
 327             newparam->posres.fcB[ZZ]   = old[5];
 328             newparam->posres.pos0A[XX] = old[6];
 329             newparam->posres.pos0A[YY] = old[7];
 330             newparam->posres.pos0A[ZZ] = old[8];
 331             newparam->posres.pos0B[XX] = old[9];
 332             newparam->posres.pos0B[YY] = old[10];
 333             newparam->posres.pos0B[ZZ] = old[11];
 334             break;
 335         case F_FBPOSRES:
 336             newparam->fbposres.geom     = round_check(old[0], 0, ftype, "geometry");
 337             if (!(newparam->fbposres.geom > efbposresZERO && newparam->fbposres.geom < efbposresNR))
 338             {
 339                 gmx_fatal(FARGS, "Invalid geometry for flat-bottomed position restraint.\n"
 340                           "Expected number between 1 and %d. Found %d\n", efbposresNR-1,
 341                           newparam->fbposres.geom);
 342             }
 343             newparam->fbposres.r        = old[1];
 344             newparam->fbposres.k        = old[2];
 345             newparam->fbposres.pos0[XX] = old[3];
 346             newparam->fbposres.pos0[YY] = old[4];
 347             newparam->fbposres.pos0[ZZ] = old[5];
 348             break;
 349         case F_DISRES:
 350             newparam->disres.label = round_check(old[0], 0, ftype, "label");
 351             newparam->disres.type  = round_check(old[1], 1, ftype, "type'");
 352             newparam->disres.low   = old[2];
 353             newparam->disres.up1   = old[3];
 354             newparam->disres.up2   = old[4];
 355             newparam->disres.kfac  = old[5];
 356             break;
 357         case F_ORIRES:
 358             newparam->orires.ex    = round_check(old[0], 1, ftype, "experiment") - 1;
 359             newparam->orires.label = round_check(old[1], 1, ftype, "label");
 360             newparam->orires.power = round_check(old[2], 0, ftype, "power");
 361             newparam->orires.c     = old[3];
 362             newparam->orires.obs   = old[4];
 363             newparam->orires.kfac  = old[5];
 364             break;
 365         case F_DIHRES:
 366             newparam->dihres.phiA   = old[0];
 367             newparam->dihres.dphiA  = old[1];
 368             newparam->dihres.kfacA  = old[2];
 369             newparam->dihres.phiB   = old[3];
 370             newparam->dihres.dphiB  = old[4];
 371             newparam->dihres.kfacB  = old[5];
 372             break;
 373         case F_RBDIHS:
 374             for (i = 0; (i < NR_RBDIHS); i++)
 375             {
 376                 newparam->rbdihs.rbcA[i] = old[i];
 377                 newparam->rbdihs.rbcB[i] = old[NR_RBDIHS+i];
 378             }
 379             break;
 380         case F_CBTDIHS:
 381             for (i = 0; (i < NR_CBTDIHS); i++)
 382             {
 383                 newparam->cbtdihs.cbtcA[i] = old[i];
 384             }
 385             break;
 386         case F_FOURDIHS:
 387             /* Read the dihedral parameters to temporary arrays,
 388              * and convert them to the computationally faster
 389              * Ryckaert-Bellemans form.
 390              */
 391             /* Use conversion formula for OPLS to Ryckaert-Bellemans: */
 392             newparam->rbdihs.rbcA[0] = old[1]+0.5*(old[0]+old[2]);
 393             newparam->rbdihs.rbcA[1] = 0.5*(3.0*old[2]-old[0]);
 394             newparam->rbdihs.rbcA[2] = 4.0*old[3]-old[1];
 395             newparam->rbdihs.rbcA[3] = -2.0*old[2];
 396             newparam->rbdihs.rbcA[4] = -4.0*old[3];
 397             newparam->rbdihs.rbcA[5] = 0.0;
 398
 399             newparam->rbdihs.rbcB[0] = old[NR_FOURDIHS+1]+0.5*(old[NR_FOURDIHS+0]+old[NR_FOURDIHS+2]);
 400             newparam->rbdihs.rbcB[1] = 0.5*(3.0*old[NR_FOURDIHS+2]-old[NR_FOURDIHS+0]);
 401             newparam->rbdihs.rbcB[2] = 4.0*old[NR_FOURDIHS+3]-old[NR_FOURDIHS+1];
 402             newparam->rbdihs.rbcB[3] = -2.0*old[NR_FOURDIHS+2];
 403             newparam->rbdihs.rbcB[4] = -4.0*old[NR_FOURDIHS+3];
 404             newparam->rbdihs.rbcB[5] = 0.0;
 405             break;
 406         case F_CONSTR:
 407         case F_CONSTRNC:
 408             newparam->constr.dA = old[0];
 409             newparam->constr.dB = old[1];
 410             break;
 411         case F_SETTLE:
 412             newparam->settle.doh = old[0];
 413             newparam->settle.dhh = old[1];
 414             break;
 415         case F_VSITE2:
 416         case F_VSITE3:
 417         case F_VSITE3FD:
 418         case F_VSITE3OUT:
 419         case F_VSITE4FD:
 420         case F_VSITE4FDN:
 421             newparam->vsite.a = old[0];
 422             newparam->vsite.b = old[1];
 423             newparam->vsite.c = old[2];
 424             newparam->vsite.d = old[3];
 425             newparam->vsite.e = old[4];
 426             newparam->vsite.f = old[5];
 427             break;
 428         case F_VSITE3FAD:
 429             newparam->vsite.a = old[1] * cos(DEG2RAD * old[0]);
 430             newparam->vsite.b = old[1] * sin(DEG2RAD * old[0]);
 431             newparam->vsite.c = old[2];
 432             newparam->vsite.d = old[3];
 433             newparam->vsite.e = old[4];
 434             newparam->vsite.f = old[5];
 435             break;
 436         case F_VSITEN:
 437             newparam->vsiten.n = round_check(old[0], 1, ftype, "number of atoms");
 438             newparam->vsiten.a = old[1];
 439             break;
 440         case F_CMAP:
 441             newparam->cmap.cmapA = old[0];
 442             newparam->cmap.cmapB = old[1];
 443             break;
 444         case F_GB12:
 445         case F_GB13:
 446         case F_GB14:
 447             newparam->gb.sar  = old[0];
 448             newparam->gb.st   = old[1];
 449             newparam->gb.pi   = old[2];
 450             newparam->gb.gbr  = old[3];
 451             newparam->gb.bmlt = old[4];
 452             break;
 453         default:
 454             gmx_fatal(FARGS, "unknown function type %d in %s line %d",
 455                       ftype, __FILE__, __LINE__);
 456     }
 457     return 0;
 458 }
 459
 460 static int enter_params(gmx_ffparams_t *ffparams, t_functype ftype,
 461                         real forceparams[MAXFORCEPARAM], int comb, real reppow,
 462                         int start, gmx_bool bAppend)
 463 {
 464     t_iparams newparam;
 465     int       type;
 466     int       rc;
 467
 468     if ( (rc = assign_param(ftype, &newparam, forceparams, comb, reppow)) < 0)
 469     {
 470         /* -1 means this interaction is all-zero and should not be added */
 471         return rc;
 472     }
 473
 474     if (!bAppend)
 475     {
 476         for (type = start; (type < ffparams->ntypes); type++)
 477         {
 478             if (ffparams->functype[type] == ftype)
 479             {
 480                 if (F_GB13 == ftype)
 481                 {
 482                     /* Occasionally, the way the 1-3 reference distance is
 483                      * computed can lead to non-binary-identical results, but I
 484                      * don't know why. */
 485                     if ((gmx_within_tol(newparam.gb.sar,  ffparams->iparams[type].gb.sar,  1e-6)) &&
 486                         (gmx_within_tol(newparam.gb.st,   ffparams->iparams[type].gb.st,   1e-6)) &&
 487                         (gmx_within_tol(newparam.gb.pi,   ffparams->iparams[type].gb.pi,   1e-6)) &&
 488                         (gmx_within_tol(newparam.gb.gbr,  ffparams->iparams[type].gb.gbr,  1e-6)) &&
 489                         (gmx_within_tol(newparam.gb.bmlt, ffparams->iparams[type].gb.bmlt, 1e-6)))
 490                     {
 491                         return type;
 492                     }
 493                 }
 494                 else
 495                 {
 496                     if (memcmp(&newparam, &ffparams->iparams[type], (size_t)sizeof(newparam)) == 0)
 497                     {
 498                         return type;
 499                     }
 500                 }
 501             }
 502         }
 503     }
 504     else
 505     {
 506         type = ffparams->ntypes;
 507     }
 508     if (debug)
 509     {
 510         fprintf(debug, "copying newparam to ffparams->iparams[%d] (ntypes=%d)\n",
 511                 type, ffparams->ntypes);
 512     }
 513     memcpy(&ffparams->iparams[type], &newparam, (size_t)sizeof(newparam));
 514
 515     ffparams->ntypes++;
 516     ffparams->functype[type] = ftype;
 517
 518     return type;
 519 }
 520
 521 static void append_interaction(t_ilist *ilist,
 522                                int type, int nral, atom_id a[MAXATOMLIST])
 523 {
 524     int i, where1;
 525
 526     where1     = ilist->nr;
 527     ilist->nr += nral+1;
 528
 529     ilist->iatoms[where1++] = type;
 530     for (i = 0; (i < nral); i++)
 531     {
 532         ilist->iatoms[where1++] = a[i];
 533     }
 534 }
 535
 536 static void enter_function(t_params *p, t_functype ftype, int comb, real reppow,
 537                            gmx_ffparams_t *ffparams, t_ilist *il,
 538                            int *maxtypes,
 539                            gmx_bool bNB, gmx_bool bAppend)
 540 {
 541     int     k, type, nr, nral, delta, start;
 542
 543     start = ffparams->ntypes;
 544     nr    = p->nr;
 545
 546     for (k = 0; k < nr; k++)
 547     {
 548         if (*maxtypes <= ffparams->ntypes)
 549         {
 550             *maxtypes += 1000;
 551             srenew(ffparams->functype, *maxtypes);
 552             srenew(ffparams->iparams, *maxtypes);
 553             if (debug)
 554             {
 555                 fprintf(debug, "%s, line %d: srenewed idef->functype and idef->iparams to %d\n",
 556                         __FILE__, __LINE__, *maxtypes);
 557             }
 558         }
 559         type = enter_params(ffparams, ftype, p->param[k].c, comb, reppow, start, bAppend);
 560         /* Type==-1 is used as a signal that this interaction is all-zero and should not be added. */
 561         if (!bNB && type >= 0)
 562         {
 563             nral  = NRAL(ftype);
 564             delta = nr*(nral+1);
 565             srenew(il->iatoms, il->nr+delta);
 566             append_interaction(il, type, nral, p->param[k].a);
 567         }
 568     }
 569 }
 570
 571 void convert_params(int atnr, t_params nbtypes[],
 572                     t_molinfo *mi, int comb, double reppow, real fudgeQQ,
 573                     gmx_mtop_t *mtop)
 574 {
 575     int             i, j, maxtypes, mt;
 576     unsigned long   flags;
 577     gmx_ffparams_t *ffp;
 578     gmx_moltype_t  *molt;
 579     t_params       *plist;
 580
 581     maxtypes = 0;
 582
 583     ffp           = &mtop->ffparams;
 584     ffp->ntypes   = 0;
 585     ffp->atnr     = atnr;
 586     ffp->functype = NULL;
 587     ffp->iparams  = NULL;
 588     ffp->reppow   = reppow;
 589
 590     enter_function(&(nbtypes[F_LJ]),  (t_functype)F_LJ,    comb, reppow, ffp, NULL,
 591                    &maxtypes, TRUE, TRUE);
 592     enter_function(&(nbtypes[F_BHAM]), (t_functype)F_BHAM,  comb, reppow, ffp, NULL,
 593                    &maxtypes, TRUE, TRUE);
 594
 595     for (mt = 0; mt < mtop->nmoltype; mt++)
 596     {
 597         molt = &mtop->moltype[mt];
 598         for (i = 0; (i < F_NRE); i++)
 599         {
 600             molt->ilist[i].nr     = 0;
 601             molt->ilist[i].iatoms = NULL;
 602
 603             plist = mi[mt].plist;
 604
 605             flags = interaction_function[i].flags;
 606             if ((i != F_LJ) && (i != F_BHAM) && ((flags & IF_BOND) ||
 607                                                  (flags & IF_VSITE) ||
 608                                                  (flags & IF_CONSTRAINT)))
 609             {
 610                 enter_function(&(plist[i]), (t_functype)i, comb, reppow,
 611                                ffp, &molt->ilist[i],
 612                                &maxtypes, FALSE, (i == F_POSRES  || i == F_FBPOSRES));
 613             }
 614         }
 615     }
 616     if (debug)
 617     {
 618         fprintf(debug, "%s, line %d: There are %d functypes in idef\n",
 619                 __FILE__, __LINE__, ffp->ntypes);
 620     }
 621
 622     ffp->fudgeQQ = fudgeQQ;
 623 }