src/gromacs/gmxpreprocess/compute_io.c

   1 /*
   2  *
   3  *                This source code is part of
   4  *
   5  *                 G   R   O   M   A   C   S
   6  *
   7  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   8  *
   9  *                        VERSION 3.2.0
  10  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  11  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  12  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  13  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  14
  15  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  16  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  17  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  18  * of the License, or (at your option) any later version.
  19  *
  20  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  21  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  22  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  23  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  24  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  25  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  26  *
  27  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  28  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  29  *
  30  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  31  *
  32  * And Hey:
  33  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  34  */
  35 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  36 #include <config.h>
  37 #endif
  38
  39 #include <signal.h>
  40 #include <stdlib.h>
  41 #include "typedefs.h"
  42
  43 double compute_io(t_inputrec *ir,int natoms,gmx_groups_t *groups,
  44                   int nrener,int nrepl)
  45 {
  46   int nsteps = ir->nsteps;
  47   int i,nxtcatoms=0;
  48   int nstx=0,nstv=0,nstf=0,nste=0,nstlog=0,nstxtc=0,nfep=0;
  49   double cio;
  50
  51   if (ir->nstxout > 0)
  52     nstx = 1 + nsteps / ir->nstxout;
  53   if (ir->nstvout > 0)
  54     nstv = 1 + nsteps / ir->nstvout;
  55   if (ir->nstfout > 0)
  56     nstf = (1 + nsteps) / ir->nstfout;
  57   if (ir->nstxtcout > 0) {
  58     for(i=0; i<natoms; i++) {
  59       if (groups->grpnr[egcXTC] == NULL || groups->grpnr[egcXTC][i] == 0)
  60         nxtcatoms++;
  61     }
  62     nstxtc = (1 + nsteps) / ir->nstxtcout;
  63   }
  64   if (ir->nstlog > 0)
  65     nstlog = 1 + nsteps / ir->nstlog;
  66   if (ir->nstenergy > 0)
  67     nste = 3 + nsteps / ir->nstenergy;
  68   cio  = 80*natoms;
  69   cio += (nstx+nstf+nstv)*sizeof(real)*(3.0*natoms);
  70   cio += nstxtc*(14*4 + nxtcatoms*5.0); /* roughly 5 bytes per atom */
  71   cio += nstlog*(nrener*16*2.0); /* 16 bytes per energy term plus header */
  72   /* t_energy contains doubles, but real is written to edr */
  73   cio += (1.0*nste)*nrener*3*sizeof(real);
  74
  75   if (ir->efep != efepNO) {
  76       int ndh=ir->n_flambda;
  77       if (ir->dhdl_derivatives == dhdlderivativesYES)
  78       {
  79           ndh += 1;
  80       }
  81       if (ir->separate_dhdl_file==sepdhdlfileYES)
  82       {
  83           int nchars = 8 + ndh*10; /* time data ~8 chars/line,
  84                                         dH data ~10 chars/line */
  85           cio += ((1 + nsteps)/ir->nstdhdl)*nchars;
  86       }
  87       else
  88       {
  89           /* dH output to ener.edr: */
  90           if (ir->dh_hist_size <= 0)
  91           {
  92               /* as data blocks: 1 real per dH point */
  93               cio += ((1 + nsteps)/ir->nstdhdl)*ndh*sizeof(real);
  94           }
  95           else
  96           {
  97               /* as histograms: dh_hist_size ints per histogram */
  98               cio += ((1 + nsteps)/ir->nstenergy)*
  99                         sizeof(int)*ir->dh_hist_size*ndh;
 100           }
 101       }
 102   }
 103   if (ir->pull != NULL) {
 104     if (ir->pull->nstxout > 0) {
 105       cio += (1 + nsteps)/ir->pull->nstxout*20; /* roughly 20 chars per line */
 106     }
 107     if (ir->pull->nstfout > 0) {
 108       cio += (1 + nsteps)/ir->pull->nstfout*20; /* roughly 20 chars per line */
 109     }
 110   }
 111
 112   return cio*nrepl/(1024*1024);
 113 }