src/gromacs/gmxpreprocess/compute_io.c

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; indent-tabs-mode: nil; c-basic-offset: 4; c-file-style: "stroustrup"; -*-
   2  *
   3  *
   4  *                This source code is part of
   5  *
   6  *                 G   R   O   M   A   C   S
   7  *
   8  *          GROningen MAchine for Chemical Simulations
   9  *
  10  *                        VERSION 3.2.0
  11  * Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
  12  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
  13  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,
  14  * check out http://www.gromacs.org for more information.
  15
  16  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  17  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  18  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  19  * of the License, or (at your option) any later version.
  20  *
  21  * If you want to redistribute modifications, please consider that
  22  * scientific software is very special. Version control is crucial -
  23  * bugs must be traceable. We will be happy to consider code for
  24  * inclusion in the official distribution, but derived work must not
  25  * be called official GROMACS. Details are found in the README & COPYING
  26  * files - if they are missing, get the official version at www.gromacs.org.
  27  *
  28  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  29  * the papers on the package - you can find them in the top README file.
  30  *
  31  * For more info, check our website at http://www.gromacs.org
  32  *
  33  * And Hey:
  34  * Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon
  35  */
  36 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  37 #include <config.h>
  38 #endif
  39
  40 #include <signal.h>
  41 #include <stdlib.h>
  42 #include "typedefs.h"
  43
  44 static int div_nsteps(int nsteps,int nst)
  45 {
  46     if (nst > 0)
  47     {
  48         return (1 + nsteps + nst - 1)/nst;
  49     }
  50     else
  51     {
  52         return 0;
  53     }
  54 }
  55
  56 double compute_io(t_inputrec *ir,int natoms,gmx_groups_t *groups,
  57                   int nrener,int nrepl)
  58 {
  59   int nsteps = ir->nsteps;
  60   int i,nxtcatoms=0;
  61   int nstx,nstv,nstf,nste,nstlog,nstxtc,nfep=0;
  62   double cio;
  63
  64     nstx   = div_nsteps(nsteps,ir->nstxout);
  65     nstv   = div_nsteps(nsteps,ir->nstvout);
  66     nstf   = div_nsteps(nsteps,ir->nstfout);
  67     nstxtc = div_nsteps(nsteps,ir->nstxtcout);
  68     if (ir->nstxtcout > 0)
  69     {
  70         for(i=0; i<natoms; i++)
  71         {
  72             if (groups->grpnr[egcXTC] == NULL || groups->grpnr[egcXTC][i] == 0)
  73             {
  74                 nxtcatoms++;
  75             }
  76         }
  77     }
  78     nstlog = div_nsteps(nsteps,ir->nstlog);
  79     /* We add 2 for the header */
  80     nste   = div_nsteps(2+nsteps,ir->nstenergy);
  81
  82   cio  = 80*natoms;
  83   cio += (nstx+nstf+nstv)*sizeof(real)*(3.0*natoms);
  84   cio += nstxtc*(14*4 + nxtcatoms*5.0); /* roughly 5 bytes per atom */
  85   cio += nstlog*(nrener*16*2.0); /* 16 bytes per energy term plus header */
  86   /* t_energy contains doubles, but real is written to edr */
  87   cio += (1.0*nste)*nrener*3*sizeof(real);
  88
  89   if (ir->efep != efepNO) {
  90       int ndh=ir->n_flambda;
  91       if (ir->dhdl_derivatives == dhdlderivativesYES)
  92       {
  93           ndh += 1;
  94       }
  95       if (ir->separate_dhdl_file==sepdhdlfileYES)
  96       {
  97           int nchars = 8 + ndh*10; /* time data ~8 chars/line,
  98                                         dH data ~10 chars/line */
  99           cio += div_nsteps(nsteps,ir->nstdhdl)*nchars;
 100       }
 101       else
 102       {
 103           /* dH output to ener.edr: */
 104           if (ir->dh_hist_size <= 0)
 105           {
 106               /* as data blocks: 1 real per dH point */
 107               cio += div_nsteps(nsteps,ir->nstenergy)*ndh*sizeof(real);
 108           }
 109           else
 110           {
 111               /* as histograms: dh_hist_size ints per histogram */
 112               cio += div_nsteps(nsteps,ir->nstenergy)*
 113                         sizeof(int)*ir->dh_hist_size*ndh;
 114           }
 115       }
 116   }
 117     if (ir->pull != NULL)
 118     {
 119         cio += div_nsteps(nsteps,ir->pull->nstxout)*20; /* roughly 20 chars per line */
 120         cio += div_nsteps(nsteps,ir->pull->nstfout)*20; /* roughly 20 chars per line */
 121     }
 122
 123   return cio*nrepl/(1024*1024);
 124 }