src/gromacs/gmxpreprocess/calc_verletbuf.h

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 2012,2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   5  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   6  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   7  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
   8  *
   9  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  10  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  11  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  12  * of the License, or (at your option) any later version.
  13  *
  14  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  15  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  17  * Lesser General Public License for more details.
  18  *
  19  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20  * License along with GROMACS; if not, see
  21  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  22  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  23  *
  24  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  25  * consider that scientific software is very special. Version
  26  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  27  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  28  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  29  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  30  * official version at http://www.gromacs.org.
  31  *
  32  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  33  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  34  */
  35
  36 #ifndef GMX_GMXPREPROCESS_CALC_VERLETBUF_H
  37 #define GMX_GMXPREPROCESS_CALC_VERLETBUF_H
  38
  39 #include "gromacs/legacyheaders/typedefs.h"
  40
  41 #ifdef __cplusplus
  42 extern "C" {
  43 #endif
  44
  45 typedef struct
  46 {
  47     int  cluster_size_i;  /* Cluster pair-list i-cluster size atom count */
  48     int  cluster_size_j;  /* Cluster pair-list j-cluster size atom count */
  49 } verletbuf_list_setup_t;
  50
  51
  52 /* Add a 5% and 10% rlist buffer for simulations without dynamics (EM, NM, ...)
  53  * and NVE simulations with zero initial temperature, respectively.
  54  * 10% should be enough for any NVE simulation with PME and nstlist=10,
  55  * for other settings it might not be enough, but then it's difficult
  56  * to come up with any reasonable (not crazily expensive) value
  57  * and grompp will notify the user when using the 10% buffer.
  58  */
  59 static const real verlet_buffer_ratio_nodynamics = 0.05;
  60 static const real verlet_buffer_ratio_NVE_T0     = 0.10;
  61
  62
  63 /* Sets the pair-list setup assumed for the current Gromacs configuration.
  64  * The setup with smallest cluster sizes is return, such that the Verlet
  65  * buffer size estimated with this setup will be conservative.
  66  */
  67 void verletbuf_get_list_setup(gmx_bool                bGPU,
  68                               verletbuf_list_setup_t *list_setup);
  69
  70
  71 /* Calculate the non-bonded pair-list buffer size for the Verlet list
  72  * based on the particle masses, temperature, LJ types, charges
  73  * and constraints as well as the non-bonded force behavior at the cut-off.
  74  * If reference_temperature < 0, the maximum coupling temperature will be used.
  75  * The target is a maximum energy drift of ir->verletbuf_tol.
  76  * Returns the number of non-linear virtual sites. For these it's difficult
  77  * to determine their contribution to the drift exaclty, so we approximate.
  78  * Returns the pair-list cut-off.
  79  */
  80 void calc_verlet_buffer_size(const gmx_mtop_t *mtop, real boxvol,
  81                              const t_inputrec *ir,
  82                              real reference_temperature,
  83                              const verletbuf_list_setup_t *list_setup,
  84                              int *n_nonlin_vsite,
  85                              real *rlist);
  86
  87 #ifdef __cplusplus
  88 }
  89 #endif
  90
  91 #endif