src/gromacs/gmxpreprocess/addconf.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "addconf.h"
  38
  39 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  40 #include <config.h>
  41 #endif
  42
  43 #include <stdlib.h>
  44 #include <string.h>
  45
  46 #include "gromacs/math/vec.h"
  47 #include "macros.h"
  48 #include "types/commrec.h"
  49 #include "force.h"
  50 #include "names.h"
  51 #include "nsgrid.h"
  52 #include "mdatoms.h"
  53 #include "nrnb.h"
  54 #include "ns.h"
  55 #include "mtop_util.h"
  56 #include "chargegroup.h"
  57
  58 #include "pbc.h"
  59 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  60
  61 static real box_margin;
  62
  63 static real max_dist(rvec *x, real *r, int start, int end)
  64 {
  65     real maxd;
  66     int  i, j;
  67
  68     maxd = 0;
  69     for (i = start; i < end; i++)
  70     {
  71         for (j = i+1; j < end; j++)
  72         {
  73             maxd = max(maxd, sqrt(distance2(x[i], x[j]))+0.5*(r[i]+r[j]));
  74         }
  75     }
  76
  77     return 0.5*maxd;
  78 }
  79
  80 static gmx_bool outside_box_minus_margin2(rvec x, matrix box)
  81 {
  82     return ( (x[XX] < 2*box_margin) || (x[XX] > box[XX][XX]-2*box_margin) ||
  83              (x[YY] < 2*box_margin) || (x[YY] > box[YY][YY]-2*box_margin) ||
  84              (x[ZZ] < 2*box_margin) || (x[ZZ] > box[ZZ][ZZ]-2*box_margin) );
  85 }
  86
  87 static gmx_bool outside_box_plus_margin(rvec x, matrix box)
  88 {
  89     return ( (x[XX] < -box_margin) || (x[XX] > box[XX][XX]+box_margin) ||
  90              (x[YY] < -box_margin) || (x[YY] > box[YY][YY]+box_margin) ||
  91              (x[ZZ] < -box_margin) || (x[ZZ] > box[ZZ][ZZ]+box_margin) );
  92 }
  93
  94 static int mark_res(int at, gmx_bool *mark, int natoms, t_atom *atom, int *nmark)
  95 {
  96     int resind;
  97
  98     resind = atom[at].resind;
  99     while ( (at > 0) && (resind == atom[at-1].resind) )
 100     {
 101         at--;
 102     }
 103     while ( (at < natoms) && (resind == atom[at].resind) )
 104     {
 105         if (!mark[at])
 106         {
 107             mark[at] = TRUE;
 108             (*nmark)++;
 109         }
 110         at++;
 111     }
 112
 113     return at;
 114 }
 115
 116 static real find_max_real(int n, real radius[])
 117 {
 118     int  i;
 119     real rmax;
 120
 121     rmax = 0;
 122     if (n > 0)
 123     {
 124         rmax = radius[0];
 125         for (i = 1; (i < n); i++)
 126         {
 127             rmax = max(rmax, radius[i]);
 128         }
 129     }
 130     return rmax;
 131 }
 132
 133 static void combine_atoms(t_atoms *ap, t_atoms *as,
 134                           rvec xp[], rvec *vp, rvec xs[], rvec *vs,
 135                           t_atoms **a_comb, rvec **x_comb, rvec **v_comb)
 136 {
 137     t_atoms *ac;
 138     rvec    *xc, *vc = NULL;
 139     int      i, j, natot, res0;
 140
 141     /* Total number of atoms */
 142     natot = ap->nr+as->nr;
 143
 144     snew(ac, 1);
 145     init_t_atoms(ac, natot, FALSE);
 146
 147     snew(xc, natot);
 148     if (vp && vs)
 149     {
 150         snew(vc, natot);
 151     }
 152
 153     /* Fill the new structures */
 154     for (i = j = 0; (i < ap->nr); i++, j++)
 155     {
 156         copy_rvec(xp[i], xc[j]);
 157         if (vc)
 158         {
 159             copy_rvec(vp[i], vc[j]);
 160         }
 161         memcpy(&(ac->atom[j]), &(ap->atom[i]), sizeof(ap->atom[i]));
 162         ac->atom[j].type = 0;
 163     }
 164     res0 = ap->nres;
 165     for (i = 0; (i < as->nr); i++, j++)
 166     {
 167         copy_rvec(xs[i], xc[j]);
 168         if (vc)
 169         {
 170             copy_rvec(vs[i], vc[j]);
 171         }
 172         memcpy(&(ac->atom[j]), &(as->atom[i]), sizeof(as->atom[i]));
 173         ac->atom[j].type    = 0;
 174         ac->atom[j].resind += res0;
 175     }
 176     ac->nr   = j;
 177     ac->nres = ac->atom[j-1].resind+1;
 178     /* Fill all elements to prevent uninitialized memory */
 179     for (i = 0; i < ac->nr; i++)
 180     {
 181         ac->atom[i].m     = 1;
 182         ac->atom[i].q     = 0;
 183         ac->atom[i].mB    = 1;
 184         ac->atom[i].qB    = 0;
 185         ac->atom[i].type  = 0;
 186         ac->atom[i].typeB = 0;
 187         ac->atom[i].ptype = eptAtom;
 188     }
 189
 190     /* Return values */
 191     *a_comb = ac;
 192     *x_comb = xc;
 193     *v_comb = vc;
 194 }
 195
 196 static t_forcerec *fr = NULL;
 197
 198 static void do_nsgrid(FILE *fp, gmx_bool bVerbose,
 199                       matrix box, rvec x[], t_atoms *atoms, real rlong,
 200                       const output_env_t oenv)
 201 {
 202     gmx_mtop_t     *mtop;
 203     gmx_localtop_t *top;
 204     t_mdatoms      *md;
 205     t_block        *cgs;
 206     t_inputrec     *ir;
 207     t_nrnb          nrnb;
 208     t_commrec      *cr;
 209     int            *cg_index;
 210     gmx_moltype_t  *molt;
 211     gmx_ffparams_t *ffp;
 212     ivec           *nFreeze;
 213     int             i, m, natoms;
 214     rvec            box_size;
 215     real           *lambda, *dvdl;
 216
 217     natoms = atoms->nr;
 218
 219     /* Charge group index */
 220     snew(cg_index, natoms);
 221     for (i = 0; (i < natoms); i++)
 222     {
 223         cg_index[i] = i;
 224     }
 225
 226     /* Topology needs charge groups and exclusions */
 227     snew(mtop, 1);
 228     init_mtop(mtop);
 229     mtop->natoms = natoms;
 230     /* Make one moltype that contains the whol system */
 231     mtop->nmoltype = 1;
 232     snew(mtop->moltype, mtop->nmoltype);
 233     molt        = &mtop->moltype[0];
 234     molt->name  = mtop->name;
 235     molt->atoms = *atoms;
 236     stupid_fill_block(&molt->cgs, mtop->natoms, FALSE);
 237     stupid_fill_blocka(&molt->excls, natoms);
 238     /* Make one molblock for the whole system */
 239     mtop->nmolblock = 1;
 240     snew(mtop->molblock, mtop->nmolblock);
 241     mtop->molblock[0].type       = 0;
 242     mtop->molblock[0].nmol       = 1;
 243     mtop->molblock[0].natoms_mol = natoms;
 244     /* Initialize a single energy group */
 245     mtop->groups.grps[egcENER].nr = 1;
 246     mtop->groups.ngrpnr[egcENER]  = 0;
 247     mtop->groups.grpnr[egcENER]   = NULL;
 248
 249     ffp = &mtop->ffparams;
 250
 251     ffp->ntypes = 1;
 252     ffp->atnr   = 1;
 253     ffp->reppow = 12;
 254     snew(ffp->functype, 1);
 255     snew(ffp->iparams, 1);
 256     ffp->iparams[0].lj.c6  = 1;
 257     ffp->iparams[0].lj.c12 = 1;
 258
 259     /* inputrec structure */
 260     snew(ir, 1);
 261     ir->cutoff_scheme    = ecutsGROUP;
 262     ir->coulomb_modifier = eintmodNONE;
 263     ir->vdw_modifier     = eintmodNONE;
 264     ir->coulombtype      = eelCUT;
 265     ir->vdwtype          = evdwCUT;
 266     ir->ndelta           = 2;
 267     ir->ns_type          = ensGRID;
 268     snew(ir->opts.egp_flags, 1);
 269
 270     top = gmx_mtop_generate_local_top(mtop, ir);
 271
 272     /* Some nasty shortcuts */
 273     cgs  = &(top->cgs);
 274
 275     /* mdatoms structure */
 276     snew(nFreeze, 2);
 277     snew(md, 1);
 278     md = init_mdatoms(fp, mtop, FALSE);
 279     atoms2md(mtop, ir, 0, NULL, mtop->natoms, md);
 280     sfree(nFreeze);
 281
 282     /* forcerec structure */
 283     if (fr == NULL)
 284     {
 285         fr = mk_forcerec();
 286     }
 287     snew(cr, 1);
 288     cr->nnodes   = 1;
 289     /* cr->nthreads = 1; */
 290
 291     /*    ir->rlist       = ir->rcoulomb = ir->rvdw = rlong;
 292        printf("Neighborsearching with a cut-off of %g\n",rlong);
 293        init_forcerec(stdout,fr,ir,top,cr,md,box,FALSE,NULL,NULL,NULL,TRUE);*/
 294     fr->cg0     = 0;
 295     fr->hcg     = top->cgs.nr;
 296     fr->nWatMol = 0;
 297
 298     /* Prepare for neighboursearching */
 299     init_nrnb(&nrnb);
 300
 301     /* Init things dependent on parameters */
 302     ir->rlistlong = ir->rlist = ir->rcoulomb = ir->rvdw = rlong;
 303     /* create free energy data to avoid NULLs */
 304     snew(ir->fepvals, 1);
 305     printf("Neighborsearching with a cut-off of %g\n", rlong);
 306     init_forcerec(stdout, oenv, fr, NULL, ir, mtop, cr, box,
 307                   NULL, NULL, NULL, NULL, NULL, TRUE, -1);
 308     if (debug)
 309     {
 310         pr_forcerec(debug, fr);
 311     }
 312
 313     /* Calculate new stuff dependent on coords and box */
 314     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 315     {
 316         box_size[m] = box[m][m];
 317     }
 318     calc_shifts(box, fr->shift_vec);
 319     put_charge_groups_in_box(fp, 0, cgs->nr, fr->ePBC, box, cgs, x, fr->cg_cm);
 320
 321     /* Do the actual neighboursearching */
 322     snew(lambda, efptNR);
 323     snew(dvdl, efptNR);
 324     init_neighbor_list(fp, fr, md->homenr);
 325     search_neighbours(fp, fr, box, top,
 326                       &mtop->groups, cr, &nrnb, md, TRUE, FALSE);
 327
 328     if (debug)
 329     {
 330         dump_nblist(debug, cr, fr, 0);
 331     }
 332
 333     if (bVerbose)
 334     {
 335         fprintf(stderr, "Successfully made neighbourlist\n");
 336     }
 337 }
 338
 339 static gmx_bool bXor(gmx_bool b1, gmx_bool b2)
 340 {
 341     return (b1 && !b2) || (b2 && !b1);
 342 }
 343
 344 void add_conf(t_atoms *atoms, rvec **x, rvec **v, real **r, gmx_bool bSrenew,
 345               int ePBC, matrix box, gmx_bool bInsert,
 346               t_atoms *atoms_solvt, rvec *x_solvt, rvec *v_solvt, real *r_solvt,
 347               gmx_bool bVerbose, real rshell, int max_sol, const output_env_t oenv)
 348 {
 349     t_nblist       *nlist;
 350     t_atoms        *atoms_all;
 351     real            max_vdw, *r_prot, *r_all, n2, r2, ib1, ib2;
 352     int             natoms_prot, natoms_solvt;
 353     int             i, j, jj, m, j0, j1, jjj, jnres, jnr, inr, iprot, is1, is2;
 354     int             prev, resnr, nresadd, d, k, ncells, maxincell;
 355     int             dx0, dx1, dy0, dy1, dz0, dz1;
 356     int             ntest, nremove, nkeep;
 357     rvec            dx, xi, xj, xpp, *x_all, *v_all;
 358     gmx_bool       *remove, *keep;
 359     int             bSolSol;
 360
 361     natoms_prot  = atoms->nr;
 362     natoms_solvt = atoms_solvt->nr;
 363     if (natoms_solvt <= 0)
 364     {
 365         fprintf(stderr, "WARNING: Nothing to add\n");
 366         return;
 367     }
 368
 369     if (ePBC == epbcSCREW)
 370     {
 371         gmx_fatal(FARGS, "Sorry, %s pbc is not yet supported", epbc_names[ePBC]);
 372     }
 373
 374     if (bVerbose)
 375     {
 376         fprintf(stderr, "Calculating Overlap...\n");
 377     }
 378
 379     /* Set margin around box edges to largest solvent dimension.
 380      * The maximum distance between atoms in a solvent molecule should
 381      * be calculated. At the moment a fudge factor of 3 is used.
 382      */
 383     r_prot     = *r;
 384     box_margin = 3*find_max_real(natoms_solvt, r_solvt);
 385     max_vdw    = max(3*find_max_real(natoms_prot, r_prot), box_margin);
 386     fprintf(stderr, "box_margin = %g\n", box_margin);
 387
 388     snew(remove, natoms_solvt);
 389
 390     nremove = 0;
 391     if (!bInsert)
 392     {
 393         for (i = 0; i < atoms_solvt->nr; i++)
 394         {
 395             if (outside_box_plus_margin(x_solvt[i], box) )
 396             {
 397                 i = mark_res(i, remove, atoms_solvt->nr, atoms_solvt->atom, &nremove);
 398             }
 399         }
 400         fprintf(stderr, "Removed %d atoms that were outside the box\n", nremove);
 401     }
 402
 403     /* Define grid stuff */
 404     /* Largest VDW radius */
 405     snew(r_all, natoms_prot+natoms_solvt);
 406     for (i = j = 0; i < natoms_prot; i++, j++)
 407     {
 408         r_all[j] = r_prot[i];
 409     }
 410     for (i = 0; i < natoms_solvt; i++, j++)
 411     {
 412         r_all[j] = r_solvt[i];
 413     }
 414
 415     /* Combine arrays */
 416     combine_atoms(atoms, atoms_solvt, *x, v ? *v : NULL, x_solvt, v_solvt,
 417                   &atoms_all, &x_all, &v_all);
 418
 419     /* Do neighboursearching step */
 420     do_nsgrid(stdout, bVerbose, box, x_all, atoms_all, max_vdw, oenv);
 421
 422     /* check solvent with solute */
 423     nlist = &(fr->nblists[0].nlist_sr[eNL_VDW]);
 424     fprintf(stderr, "nri = %d, nrj = %d\n", nlist->nri, nlist->nrj);
 425     for (bSolSol = 0; (bSolSol <= (bInsert ? 0 : 1)); bSolSol++)
 426     {
 427         ntest = nremove = 0;
 428         fprintf(stderr, "Checking %s-Solvent overlap:",
 429                 bSolSol ? "Solvent" : "Protein");
 430         for (i = 0; (i < nlist->nri && nremove < natoms_solvt); i++)
 431         {
 432             inr = nlist->iinr[i];
 433             j0  = nlist->jindex[i];
 434             j1  = nlist->jindex[i+1];
 435             rvec_add(x_all[inr], fr->shift_vec[nlist->shift[i]], xi);
 436
 437             for (j = j0; (j < j1 && nremove < natoms_solvt); j++)
 438             {
 439                 jnr = nlist->jjnr[j];
 440                 copy_rvec(x_all[jnr], xj);
 441
 442                 /* Check solvent-protein and solvent-solvent */
 443                 is1 = inr-natoms_prot;
 444                 is2 = jnr-natoms_prot;
 445
 446                 /* Check if at least one of the atoms is a solvent that is not yet
 447                  * listed for removal, and if both are solvent, that they are not in the
 448                  * same residue.
 449                  */
 450                 if ((!bSolSol &&
 451                      bXor((is1 >= 0), (is2 >= 0)) && /* One atom is protein */
 452                      ((is1 < 0) || ((is1 >= 0) && !remove[is1])) &&
 453                      ((is2 < 0) || ((is2 >= 0) && !remove[is2]))) ||
 454
 455                     (bSolSol  &&
 456                      (is1 >= 0) && (!remove[is1]) &&                   /* is1 is solvent */
 457                      (is2 >= 0) && (!remove[is2]) &&                   /* is2 is solvent */
 458                      (bInsert ||                                       /* when inserting also check inside the box */
 459                       (outside_box_minus_margin2(x_solvt[is1], box) && /* is1 on edge */
 460                        outside_box_minus_margin2(x_solvt[is2], box))   /* is2 on edge */
 461                      ) &&
 462                      (atoms_solvt->atom[is1].resind !=                 /* Not the same residue */
 463                       atoms_solvt->atom[is2].resind)))
 464                 {
 465
 466                     ntest++;
 467                     rvec_sub(xi, xj, dx);
 468                     n2 = norm2(dx);
 469                     r2 = sqr(r_all[inr]+r_all[jnr]);
 470                     if (n2 < r2)
 471                     {
 472                         if (bInsert)
 473                         {
 474                             nremove = natoms_solvt;
 475                             for (k = 0; k < nremove; k++)
 476                             {
 477                                 remove[k] = TRUE;
 478                             }
 479                         }
 480                         /* Need only remove one of the solvents... */
 481                         if (is2 >= 0)
 482                         {
 483                             (void) mark_res(is2, remove, natoms_solvt, atoms_solvt->atom,
 484                                             &nremove);
 485                         }
 486                         else if (is1 >= 0)
 487                         {
 488                             (void) mark_res(is1, remove, natoms_solvt, atoms_solvt->atom,
 489                                             &nremove);
 490                         }
 491                         else
 492                         {
 493                             fprintf(stderr, "Neither atom is solvent%d %d\n", is1, is2);
 494                         }
 495                     }
 496                 }
 497             }
 498         }
 499         if (!bInsert)
 500         {
 501             fprintf(stderr, " tested %d pairs, removed %d atoms.\n", ntest, nremove);
 502         }
 503     }
 504     if (debug)
 505     {
 506         for (i = 0; i < natoms_solvt; i++)
 507         {
 508             fprintf(debug, "remove[%5d] = %s\n", i, bool_names[remove[i]]);
 509         }
 510     }
 511
 512     /* Search again, now with another cut-off */
 513     if (rshell > 0)
 514     {
 515         do_nsgrid(stdout, bVerbose, box, x_all, atoms_all, rshell, oenv);
 516         nlist = &(fr->nblists[0].nlist_sr[eNL_VDW]);
 517         fprintf(stderr, "nri = %d, nrj = %d\n", nlist->nri, nlist->nrj);
 518         nkeep = 0;
 519         snew(keep, natoms_solvt);
 520         for (i = 0; i < nlist->nri; i++)
 521         {
 522             inr = nlist->iinr[i];
 523             j0  = nlist->jindex[i];
 524             j1  = nlist->jindex[i+1];
 525
 526             for (j = j0; j < j1; j++)
 527             {
 528                 jnr = nlist->jjnr[j];
 529
 530                 /* Check solvent-protein and solvent-solvent */
 531                 is1 = inr-natoms_prot;
 532                 is2 = jnr-natoms_prot;
 533
 534                 /* Check if at least one of the atoms is a solvent that is not yet
 535                  * listed for removal, and if both are solvent, that they are not in the
 536                  * same residue.
 537                  */
 538                 if (is1 >= 0 && is2 < 0)
 539                 {
 540                     mark_res(is1, keep, natoms_solvt, atoms_solvt->atom, &nkeep);
 541                 }
 542                 else if (is1 < 0 && is2 >= 0)
 543                 {
 544                     mark_res(is2, keep, natoms_solvt, atoms_solvt->atom, &nkeep);
 545                 }
 546             }
 547         }
 548         fprintf(stderr, "Keeping %d solvent atoms after proximity check\n",
 549                 nkeep);
 550         for (i = 0; i < natoms_solvt; i++)
 551         {
 552             remove[i] = remove[i] || !keep[i];
 553         }
 554         sfree(keep);
 555     }
 556     /* count how many atoms and residues will be added and make space */
 557     if (bInsert)
 558     {
 559         j     = atoms_solvt->nr;
 560         jnres = atoms_solvt->nres;
 561     }
 562     else
 563     {
 564         j     = 0;
 565         jnres = 0;
 566         for (i = 0; ((i < atoms_solvt->nr) &&
 567                      ((max_sol == 0) || (jnres < max_sol))); i++)
 568         {
 569             if (!remove[i])
 570             {
 571                 j++;
 572                 if ((i == 0) ||
 573                     (atoms_solvt->atom[i].resind != atoms_solvt->atom[i-1].resind))
 574                 {
 575                     jnres++;
 576                 }
 577             }
 578         }
 579     }
 580     if (debug)
 581     {
 582         fprintf(debug, "Will add %d atoms in %d residues\n", j, jnres);
 583     }
 584     if (!bInsert)
 585     {
 586         /* Flag the remaing solvent atoms to be removed */
 587         jjj = atoms_solvt->atom[i-1].resind;
 588         for (; (i < atoms_solvt->nr); i++)
 589         {
 590             if (atoms_solvt->atom[i].resind > jjj)
 591             {
 592                 remove[i] = TRUE;
 593             }
 594             else
 595             {
 596                 j++;
 597             }
 598         }
 599     }
 600
 601     if (bSrenew)
 602     {
 603         srenew(atoms->resinfo,  atoms->nres+jnres);
 604         srenew(atoms->atomname, atoms->nr+j);
 605         srenew(atoms->atom,     atoms->nr+j);
 606         srenew(*x,              atoms->nr+j);
 607         if (v)
 608         {
 609             srenew(*v,       atoms->nr+j);
 610         }
 611         srenew(*r,              atoms->nr+j);
 612     }
 613
 614     /* add the selected atoms_solvt to atoms */
 615     if (atoms->nr > 0)
 616     {
 617         resnr = atoms->resinfo[atoms->atom[atoms->nr-1].resind].nr;
 618     }
 619     else
 620     {
 621         resnr = 0;
 622     }
 623     prev    = -1;
 624     nresadd = 0;
 625     for (i = 0; i < atoms_solvt->nr; i++)
 626     {
 627         if (!remove[i])
 628         {
 629             if (prev == -1 ||
 630                 atoms_solvt->atom[i].resind != atoms_solvt->atom[prev].resind)
 631             {
 632                 nresadd++;
 633                 atoms->nres++;
 634                 resnr++;
 635                 atoms->resinfo[atoms->nres-1] =
 636                     atoms_solvt->resinfo[atoms_solvt->atom[i].resind];
 637                 atoms->resinfo[atoms->nres-1].nr = resnr;
 638                 /* calculate shift of the solvent molecule using the first atom */
 639                 copy_rvec(x_solvt[i], dx);
 640                 put_atoms_in_box(ePBC, box, 1, &dx);
 641                 rvec_dec(dx, x_solvt[i]);
 642             }
 643             atoms->atom[atoms->nr]     = atoms_solvt->atom[i];
 644             atoms->atomname[atoms->nr] = atoms_solvt->atomname[i];
 645             rvec_add(x_solvt[i], dx, (*x)[atoms->nr]);
 646             if (v)
 647             {
 648                 copy_rvec(v_solvt[i], (*v)[atoms->nr]);
 649             }
 650             (*r)[atoms->nr]               = r_solvt[i];
 651             atoms->atom[atoms->nr].resind = atoms->nres-1;
 652             atoms->nr++;
 653             prev = i;
 654         }
 655     }
 656     if (bSrenew)
 657     {
 658         srenew(atoms->resinfo,  atoms->nres+nresadd);
 659     }
 660
 661     if (bVerbose)
 662     {
 663         fprintf(stderr, "Added %d molecules\n", nresadd);
 664     }
 665
 666     sfree(remove);
 667     done_atom(atoms_all);
 668     sfree(x_all);
 669     sfree(v_all);
 670 }