src/gromacs/gmxpreprocess/addconf.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "addconf.h"
  38
  39 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  40 #include <config.h>
  41 #endif
  42
  43 #include <stdlib.h>
  44 #include <string.h>
  45
  46 #include "gromacs/math/vec.h"
  47 #include "macros.h"
  48 #include "types/commrec.h"
  49 #include "force.h"
  50 #include "names.h"
  51 #include "nsgrid.h"
  52 #include "mdatoms.h"
  53 #include "nrnb.h"
  54 #include "ns.h"
  55 #include "gromacs/topology/mtop_util.h"
  56 #include "chargegroup.h"
  57
  58 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  59 #include "gromacs/topology/block.h"
  60 #include "gromacs/topology/topology.h"
  61 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  62
  63 static real box_margin;
  64
  65 static real max_dist(rvec *x, real *r, int start, int end)
  66 {
  67     real maxd;
  68     int  i, j;
  69
  70     maxd = 0;
  71     for (i = start; i < end; i++)
  72     {
  73         for (j = i+1; j < end; j++)
  74         {
  75             maxd = max(maxd, sqrt(distance2(x[i], x[j]))+0.5*(r[i]+r[j]));
  76         }
  77     }
  78
  79     return 0.5*maxd;
  80 }
  81
  82 static gmx_bool outside_box_minus_margin2(rvec x, matrix box)
  83 {
  84     return ( (x[XX] < 2*box_margin) || (x[XX] > box[XX][XX]-2*box_margin) ||
  85              (x[YY] < 2*box_margin) || (x[YY] > box[YY][YY]-2*box_margin) ||
  86              (x[ZZ] < 2*box_margin) || (x[ZZ] > box[ZZ][ZZ]-2*box_margin) );
  87 }
  88
  89 static gmx_bool outside_box_plus_margin(rvec x, matrix box)
  90 {
  91     return ( (x[XX] < -box_margin) || (x[XX] > box[XX][XX]+box_margin) ||
  92              (x[YY] < -box_margin) || (x[YY] > box[YY][YY]+box_margin) ||
  93              (x[ZZ] < -box_margin) || (x[ZZ] > box[ZZ][ZZ]+box_margin) );
  94 }
  95
  96 static int mark_res(int at, gmx_bool *mark, int natoms, t_atom *atom, int *nmark)
  97 {
  98     int resind;
  99
 100     resind = atom[at].resind;
 101     while ( (at > 0) && (resind == atom[at-1].resind) )
 102     {
 103         at--;
 104     }
 105     while ( (at < natoms) && (resind == atom[at].resind) )
 106     {
 107         if (!mark[at])
 108         {
 109             mark[at] = TRUE;
 110             (*nmark)++;
 111         }
 112         at++;
 113     }
 114
 115     return at;
 116 }
 117
 118 static real find_max_real(int n, real radius[])
 119 {
 120     int  i;
 121     real rmax;
 122
 123     rmax = 0;
 124     if (n > 0)
 125     {
 126         rmax = radius[0];
 127         for (i = 1; (i < n); i++)
 128         {
 129             rmax = max(rmax, radius[i]);
 130         }
 131     }
 132     return rmax;
 133 }
 134
 135 static void combine_atoms(t_atoms *ap, t_atoms *as,
 136                           rvec xp[], rvec *vp, rvec xs[], rvec *vs,
 137                           t_atoms **a_comb, rvec **x_comb, rvec **v_comb)
 138 {
 139     t_atoms *ac;
 140     rvec    *xc, *vc = NULL;
 141     int      i, j, natot, res0;
 142
 143     /* Total number of atoms */
 144     natot = ap->nr+as->nr;
 145
 146     snew(ac, 1);
 147     init_t_atoms(ac, natot, FALSE);
 148
 149     snew(xc, natot);
 150     if (vp && vs)
 151     {
 152         snew(vc, natot);
 153     }
 154
 155     /* Fill the new structures */
 156     for (i = j = 0; (i < ap->nr); i++, j++)
 157     {
 158         copy_rvec(xp[i], xc[j]);
 159         if (vc)
 160         {
 161             copy_rvec(vp[i], vc[j]);
 162         }
 163         memcpy(&(ac->atom[j]), &(ap->atom[i]), sizeof(ap->atom[i]));
 164         ac->atom[j].type = 0;
 165     }
 166     res0 = ap->nres;
 167     for (i = 0; (i < as->nr); i++, j++)
 168     {
 169         copy_rvec(xs[i], xc[j]);
 170         if (vc)
 171         {
 172             copy_rvec(vs[i], vc[j]);
 173         }
 174         memcpy(&(ac->atom[j]), &(as->atom[i]), sizeof(as->atom[i]));
 175         ac->atom[j].type    = 0;
 176         ac->atom[j].resind += res0;
 177     }
 178     ac->nr   = j;
 179     ac->nres = ac->atom[j-1].resind+1;
 180     /* Fill all elements to prevent uninitialized memory */
 181     for (i = 0; i < ac->nr; i++)
 182     {
 183         ac->atom[i].m     = 1;
 184         ac->atom[i].q     = 0;
 185         ac->atom[i].mB    = 1;
 186         ac->atom[i].qB    = 0;
 187         ac->atom[i].type  = 0;
 188         ac->atom[i].typeB = 0;
 189         ac->atom[i].ptype = eptAtom;
 190     }
 191
 192     /* Return values */
 193     *a_comb = ac;
 194     *x_comb = xc;
 195     *v_comb = vc;
 196 }
 197
 198 static t_forcerec *fr = NULL;
 199
 200 static void do_nsgrid(FILE *fp, gmx_bool bVerbose,
 201                       matrix box, rvec x[], t_atoms *atoms, real rlong,
 202                       const output_env_t oenv)
 203 {
 204     gmx_mtop_t     *mtop;
 205     gmx_localtop_t *top;
 206     t_mdatoms      *md;
 207     t_block        *cgs;
 208     t_inputrec     *ir;
 209     t_nrnb          nrnb;
 210     t_commrec      *cr;
 211     int            *cg_index;
 212     gmx_moltype_t  *molt;
 213     gmx_ffparams_t *ffp;
 214     ivec           *nFreeze;
 215     int             i, m, natoms;
 216     rvec            box_size;
 217     real           *lambda, *dvdl;
 218
 219     natoms = atoms->nr;
 220
 221     /* Charge group index */
 222     snew(cg_index, natoms);
 223     for (i = 0; (i < natoms); i++)
 224     {
 225         cg_index[i] = i;
 226     }
 227
 228     /* Topology needs charge groups and exclusions */
 229     snew(mtop, 1);
 230     init_mtop(mtop);
 231     mtop->natoms = natoms;
 232     /* Make one moltype that contains the whol system */
 233     mtop->nmoltype = 1;
 234     snew(mtop->moltype, mtop->nmoltype);
 235     molt        = &mtop->moltype[0];
 236     molt->name  = mtop->name;
 237     molt->atoms = *atoms;
 238     stupid_fill_block(&molt->cgs, mtop->natoms, FALSE);
 239     stupid_fill_blocka(&molt->excls, natoms);
 240     /* Make one molblock for the whole system */
 241     mtop->nmolblock = 1;
 242     snew(mtop->molblock, mtop->nmolblock);
 243     mtop->molblock[0].type       = 0;
 244     mtop->molblock[0].nmol       = 1;
 245     mtop->molblock[0].natoms_mol = natoms;
 246     /* Initialize a single energy group */
 247     mtop->groups.grps[egcENER].nr = 1;
 248     mtop->groups.ngrpnr[egcENER]  = 0;
 249     mtop->groups.grpnr[egcENER]   = NULL;
 250
 251     ffp = &mtop->ffparams;
 252
 253     ffp->ntypes = 1;
 254     ffp->atnr   = 1;
 255     ffp->reppow = 12;
 256     snew(ffp->functype, 1);
 257     snew(ffp->iparams, 1);
 258     ffp->iparams[0].lj.c6  = 1;
 259     ffp->iparams[0].lj.c12 = 1;
 260
 261     /* inputrec structure */
 262     snew(ir, 1);
 263     ir->cutoff_scheme    = ecutsGROUP;
 264     ir->coulomb_modifier = eintmodNONE;
 265     ir->vdw_modifier     = eintmodNONE;
 266     ir->coulombtype      = eelCUT;
 267     ir->vdwtype          = evdwCUT;
 268     ir->ndelta           = 2;
 269     ir->ns_type          = ensGRID;
 270     snew(ir->opts.egp_flags, 1);
 271
 272     top = gmx_mtop_generate_local_top(mtop, ir);
 273
 274     /* Some nasty shortcuts */
 275     cgs  = &(top->cgs);
 276
 277     /* mdatoms structure */
 278     snew(nFreeze, 2);
 279     snew(md, 1);
 280     md = init_mdatoms(fp, mtop, FALSE);
 281     atoms2md(mtop, ir, 0, NULL, mtop->natoms, md);
 282     sfree(nFreeze);
 283
 284     /* forcerec structure */
 285     if (fr == NULL)
 286     {
 287         fr = mk_forcerec();
 288     }
 289     snew(cr, 1);
 290     cr->nnodes   = 1;
 291     /* cr->nthreads = 1; */
 292
 293     /*    ir->rlist       = ir->rcoulomb = ir->rvdw = rlong;
 294        printf("Neighborsearching with a cut-off of %g\n",rlong);
 295        init_forcerec(stdout,fr,ir,top,cr,md,box,FALSE,NULL,NULL,NULL,TRUE);*/
 296     fr->cg0     = 0;
 297     fr->hcg     = top->cgs.nr;
 298     fr->nWatMol = 0;
 299
 300     /* Prepare for neighboursearching */
 301     init_nrnb(&nrnb);
 302
 303     /* Init things dependent on parameters */
 304     ir->rlistlong = ir->rlist = ir->rcoulomb = ir->rvdw = rlong;
 305     /* create free energy data to avoid NULLs */
 306     snew(ir->fepvals, 1);
 307     printf("Neighborsearching with a cut-off of %g\n", rlong);
 308     init_forcerec(stdout, oenv, fr, NULL, ir, mtop, cr, box,
 309                   NULL, NULL, NULL, NULL, NULL, TRUE, -1);
 310     if (debug)
 311     {
 312         pr_forcerec(debug, fr);
 313     }
 314
 315     /* Calculate new stuff dependent on coords and box */
 316     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 317     {
 318         box_size[m] = box[m][m];
 319     }
 320     calc_shifts(box, fr->shift_vec);
 321     put_charge_groups_in_box(fp, 0, cgs->nr, fr->ePBC, box, cgs, x, fr->cg_cm);
 322
 323     /* Do the actual neighboursearching */
 324     snew(lambda, efptNR);
 325     snew(dvdl, efptNR);
 326     init_neighbor_list(fp, fr, md->homenr);
 327     search_neighbours(fp, fr, box, top,
 328                       &mtop->groups, cr, &nrnb, md, TRUE, FALSE);
 329
 330     if (debug)
 331     {
 332         dump_nblist(debug, cr, fr, 0);
 333     }
 334
 335     if (bVerbose)
 336     {
 337         fprintf(stderr, "Successfully made neighbourlist\n");
 338     }
 339 }
 340
 341 static gmx_bool bXor(gmx_bool b1, gmx_bool b2)
 342 {
 343     return (b1 && !b2) || (b2 && !b1);
 344 }
 345
 346 void add_conf(t_atoms *atoms, rvec **x, rvec **v, real **r, gmx_bool bSrenew,
 347               int ePBC, matrix box, gmx_bool bInsert,
 348               t_atoms *atoms_solvt, rvec *x_solvt, rvec *v_solvt, real *r_solvt,
 349               gmx_bool bVerbose, real rshell, int max_sol, const output_env_t oenv)
 350 {
 351     t_nblist       *nlist;
 352     t_atoms        *atoms_all;
 353     real            max_vdw, *r_prot, *r_all, n2, r2, ib1, ib2;
 354     int             natoms_prot, natoms_solvt;
 355     int             i, j, jj, m, j0, j1, jjj, jnres, jnr, inr, iprot, is1, is2;
 356     int             prev, resnr, nresadd, d, k, ncells, maxincell;
 357     int             dx0, dx1, dy0, dy1, dz0, dz1;
 358     int             ntest, nremove, nkeep;
 359     rvec            dx, xi, xj, xpp, *x_all, *v_all;
 360     gmx_bool       *remove, *keep;
 361     int             bSolSol;
 362
 363     natoms_prot  = atoms->nr;
 364     natoms_solvt = atoms_solvt->nr;
 365     if (natoms_solvt <= 0)
 366     {
 367         fprintf(stderr, "WARNING: Nothing to add\n");
 368         return;
 369     }
 370
 371     if (ePBC == epbcSCREW)
 372     {
 373         gmx_fatal(FARGS, "Sorry, %s pbc is not yet supported", epbc_names[ePBC]);
 374     }
 375
 376     if (bVerbose)
 377     {
 378         fprintf(stderr, "Calculating Overlap...\n");
 379     }
 380
 381     /* Set margin around box edges to largest solvent dimension.
 382      * The maximum distance between atoms in a solvent molecule should
 383      * be calculated. At the moment a fudge factor of 3 is used.
 384      */
 385     r_prot     = *r;
 386     box_margin = 3*find_max_real(natoms_solvt, r_solvt);
 387     max_vdw    = max(3*find_max_real(natoms_prot, r_prot), box_margin);
 388     fprintf(stderr, "box_margin = %g\n", box_margin);
 389
 390     snew(remove, natoms_solvt);
 391
 392     nremove = 0;
 393     if (!bInsert)
 394     {
 395         for (i = 0; i < atoms_solvt->nr; i++)
 396         {
 397             if (outside_box_plus_margin(x_solvt[i], box) )
 398             {
 399                 i = mark_res(i, remove, atoms_solvt->nr, atoms_solvt->atom, &nremove);
 400             }
 401         }
 402         fprintf(stderr, "Removed %d atoms that were outside the box\n", nremove);
 403     }
 404
 405     /* Define grid stuff */
 406     /* Largest VDW radius */
 407     snew(r_all, natoms_prot+natoms_solvt);
 408     for (i = j = 0; i < natoms_prot; i++, j++)
 409     {
 410         r_all[j] = r_prot[i];
 411     }
 412     for (i = 0; i < natoms_solvt; i++, j++)
 413     {
 414         r_all[j] = r_solvt[i];
 415     }
 416
 417     /* Combine arrays */
 418     combine_atoms(atoms, atoms_solvt, *x, v ? *v : NULL, x_solvt, v_solvt,
 419                   &atoms_all, &x_all, &v_all);
 420
 421     /* Do neighboursearching step */
 422     do_nsgrid(stdout, bVerbose, box, x_all, atoms_all, max_vdw, oenv);
 423
 424     /* check solvent with solute */
 425     nlist = &(fr->nblists[0].nlist_sr[eNL_VDW]);
 426     fprintf(stderr, "nri = %d, nrj = %d\n", nlist->nri, nlist->nrj);
 427     for (bSolSol = 0; (bSolSol <= (bInsert ? 0 : 1)); bSolSol++)
 428     {
 429         ntest = nremove = 0;
 430         fprintf(stderr, "Checking %s-Solvent overlap:",
 431                 bSolSol ? "Solvent" : "Protein");
 432         for (i = 0; (i < nlist->nri && nremove < natoms_solvt); i++)
 433         {
 434             inr = nlist->iinr[i];
 435             j0  = nlist->jindex[i];
 436             j1  = nlist->jindex[i+1];
 437             rvec_add(x_all[inr], fr->shift_vec[nlist->shift[i]], xi);
 438
 439             for (j = j0; (j < j1 && nremove < natoms_solvt); j++)
 440             {
 441                 jnr = nlist->jjnr[j];
 442                 if (jnr < 0)
 443                 {
 444                     /* skip padding */
 445                     continue;
 446                 }
 447                 copy_rvec(x_all[jnr], xj);
 448
 449                 /* Check solvent-protein and solvent-solvent */
 450                 is1 = inr-natoms_prot;
 451                 is2 = jnr-natoms_prot;
 452
 453                 /* Check if at least one of the atoms is a solvent that is not yet
 454                  * listed for removal, and if both are solvent, that they are not in the
 455                  * same residue.
 456                  */
 457                 if ((!bSolSol &&
 458                      bXor((is1 >= 0), (is2 >= 0)) && /* One atom is protein */
 459                      ((is1 < 0) || ((is1 >= 0) && !remove[is1])) &&
 460                      ((is2 < 0) || ((is2 >= 0) && !remove[is2]))) ||
 461
 462                     (bSolSol  &&
 463                      (is1 >= 0) && (!remove[is1]) &&                   /* is1 is solvent */
 464                      (is2 >= 0) && (!remove[is2]) &&                   /* is2 is solvent */
 465                      (bInsert ||                                       /* when inserting also check inside the box */
 466                       (outside_box_minus_margin2(x_solvt[is1], box) && /* is1 on edge */
 467                        outside_box_minus_margin2(x_solvt[is2], box))   /* is2 on edge */
 468                      ) &&
 469                      (atoms_solvt->atom[is1].resind !=                 /* Not the same residue */
 470                       atoms_solvt->atom[is2].resind)))
 471                 {
 472
 473                     ntest++;
 474                     rvec_sub(xi, xj, dx);
 475                     n2 = norm2(dx);
 476                     r2 = sqr(r_all[inr]+r_all[jnr]);
 477                     if (n2 < r2)
 478                     {
 479                         if (bInsert)
 480                         {
 481                             nremove = natoms_solvt;
 482                             for (k = 0; k < nremove; k++)
 483                             {
 484                                 remove[k] = TRUE;
 485                             }
 486                         }
 487                         /* Need only remove one of the solvents... */
 488                         if (is2 >= 0)
 489                         {
 490                             (void) mark_res(is2, remove, natoms_solvt, atoms_solvt->atom,
 491                                             &nremove);
 492                         }
 493                         else if (is1 >= 0)
 494                         {
 495                             (void) mark_res(is1, remove, natoms_solvt, atoms_solvt->atom,
 496                                             &nremove);
 497                         }
 498                         else
 499                         {
 500                             fprintf(stderr, "Neither atom is solvent%d %d\n", is1, is2);
 501                         }
 502                     }
 503                 }
 504             }
 505         }
 506         if (!bInsert)
 507         {
 508             fprintf(stderr, " tested %d pairs, removed %d atoms.\n", ntest, nremove);
 509         }
 510     }
 511     if (debug)
 512     {
 513         for (i = 0; i < natoms_solvt; i++)
 514         {
 515             fprintf(debug, "remove[%5d] = %s\n", i, bool_names[remove[i]]);
 516         }
 517     }
 518
 519     /* Search again, now with another cut-off */
 520     if (rshell > 0)
 521     {
 522         do_nsgrid(stdout, bVerbose, box, x_all, atoms_all, rshell, oenv);
 523         nlist = &(fr->nblists[0].nlist_sr[eNL_VDW]);
 524         fprintf(stderr, "nri = %d, nrj = %d\n", nlist->nri, nlist->nrj);
 525         nkeep = 0;
 526         snew(keep, natoms_solvt);
 527         for (i = 0; i < nlist->nri; i++)
 528         {
 529             inr = nlist->iinr[i];
 530             j0  = nlist->jindex[i];
 531             j1  = nlist->jindex[i+1];
 532
 533             for (j = j0; j < j1; j++)
 534             {
 535                 jnr = nlist->jjnr[j];
 536
 537                 /* Check solvent-protein and solvent-solvent */
 538                 is1 = inr-natoms_prot;
 539                 is2 = jnr-natoms_prot;
 540
 541                 /* Check if at least one of the atoms is a solvent that is not yet
 542                  * listed for removal, and if both are solvent, that they are not in the
 543                  * same residue.
 544                  */
 545                 if (is1 >= 0 && is2 < 0)
 546                 {
 547                     mark_res(is1, keep, natoms_solvt, atoms_solvt->atom, &nkeep);
 548                 }
 549                 else if (is1 < 0 && is2 >= 0)
 550                 {
 551                     mark_res(is2, keep, natoms_solvt, atoms_solvt->atom, &nkeep);
 552                 }
 553             }
 554         }
 555         fprintf(stderr, "Keeping %d solvent atoms after proximity check\n",
 556                 nkeep);
 557         for (i = 0; i < natoms_solvt; i++)
 558         {
 559             remove[i] = remove[i] || !keep[i];
 560         }
 561         sfree(keep);
 562     }
 563     /* count how many atoms and residues will be added and make space */
 564     if (bInsert)
 565     {
 566         j     = atoms_solvt->nr;
 567         jnres = atoms_solvt->nres;
 568     }
 569     else
 570     {
 571         j     = 0;
 572         jnres = 0;
 573         for (i = 0; ((i < atoms_solvt->nr) &&
 574                      ((max_sol == 0) || (jnres < max_sol))); i++)
 575         {
 576             if (!remove[i])
 577             {
 578                 j++;
 579                 if ((i == 0) ||
 580                     (atoms_solvt->atom[i].resind != atoms_solvt->atom[i-1].resind))
 581                 {
 582                     jnres++;
 583                 }
 584             }
 585         }
 586     }
 587     if (debug)
 588     {
 589         fprintf(debug, "Will add %d atoms in %d residues\n", j, jnres);
 590     }
 591     if (!bInsert)
 592     {
 593         /* Flag the remaing solvent atoms to be removed */
 594         jjj = atoms_solvt->atom[i-1].resind;
 595         for (; (i < atoms_solvt->nr); i++)
 596         {
 597             if (atoms_solvt->atom[i].resind > jjj)
 598             {
 599                 remove[i] = TRUE;
 600             }
 601             else
 602             {
 603                 j++;
 604             }
 605         }
 606     }
 607
 608     if (bSrenew)
 609     {
 610         srenew(atoms->resinfo,  atoms->nres+jnres);
 611         srenew(atoms->atomname, atoms->nr+j);
 612         srenew(atoms->atom,     atoms->nr+j);
 613         srenew(*x,              atoms->nr+j);
 614         if (v)
 615         {
 616             srenew(*v,       atoms->nr+j);
 617         }
 618         srenew(*r,              atoms->nr+j);
 619     }
 620
 621     /* add the selected atoms_solvt to atoms */
 622     if (atoms->nr > 0)
 623     {
 624         resnr = atoms->resinfo[atoms->atom[atoms->nr-1].resind].nr;
 625     }
 626     else
 627     {
 628         resnr = 0;
 629     }
 630     prev    = -1;
 631     nresadd = 0;
 632     for (i = 0; i < atoms_solvt->nr; i++)
 633     {
 634         if (!remove[i])
 635         {
 636             if (prev == -1 ||
 637                 atoms_solvt->atom[i].resind != atoms_solvt->atom[prev].resind)
 638             {
 639                 nresadd++;
 640                 atoms->nres++;
 641                 resnr++;
 642                 atoms->resinfo[atoms->nres-1] =
 643                     atoms_solvt->resinfo[atoms_solvt->atom[i].resind];
 644                 atoms->resinfo[atoms->nres-1].nr = resnr;
 645                 /* calculate shift of the solvent molecule using the first atom */
 646                 copy_rvec(x_solvt[i], dx);
 647                 put_atoms_in_box(ePBC, box, 1, &dx);
 648                 rvec_dec(dx, x_solvt[i]);
 649             }
 650             atoms->atom[atoms->nr]     = atoms_solvt->atom[i];
 651             atoms->atomname[atoms->nr] = atoms_solvt->atomname[i];
 652             rvec_add(x_solvt[i], dx, (*x)[atoms->nr]);
 653             if (v)
 654             {
 655                 copy_rvec(v_solvt[i], (*v)[atoms->nr]);
 656             }
 657             (*r)[atoms->nr]               = r_solvt[i];
 658             atoms->atom[atoms->nr].resind = atoms->nres-1;
 659             atoms->nr++;
 660             prev = i;
 661         }
 662     }
 663     if (bSrenew)
 664     {
 665         srenew(atoms->resinfo,  atoms->nres+nresadd);
 666     }
 667
 668     if (bVerbose)
 669     {
 670         fprintf(stderr, "Added %d molecules\n", nresadd);
 671     }
 672
 673     sfree(remove);
 674     done_atom(atoms_all);
 675     sfree(x_all);
 676     sfree(v_all);
 677 }