src/gromacs/gmxpreprocess/addconf.c

   1 /*
   2  * This file is part of the GROMACS molecular simulation package.
   3  *
   4  * Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
   5  * Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team.
   6  * Copyright (c) 2013,2014, by the GROMACS development team, led by
   7  * Mark Abraham, David van der Spoel, Berk Hess, and Erik Lindahl,
   8  * and including many others, as listed in the AUTHORS file in the
   9  * top-level source directory and at http://www.gromacs.org.
  10  *
  11  * GROMACS is free software; you can redistribute it and/or
  12  * modify it under the terms of the GNU Lesser General Public License
  13  * as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
  14  * of the License, or (at your option) any later version.
  15  *
  16  * GROMACS is distributed in the hope that it will be useful,
  17  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  19  * Lesser General Public License for more details.
  20  *
  21  * You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22  * License along with GROMACS; if not, see
  23  * http://www.gnu.org/licenses, or write to the Free Software Foundation,
  24  * Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA.
  25  *
  26  * If you want to redistribute modifications to GROMACS, please
  27  * consider that scientific software is very special. Version
  28  * control is crucial - bugs must be traceable. We will be happy to
  29  * consider code for inclusion in the official distribution, but
  30  * derived work must not be called official GROMACS. Details are found
  31  * in the README & COPYING files - if they are missing, get the
  32  * official version at http://www.gromacs.org.
  33  *
  34  * To help us fund GROMACS development, we humbly ask that you cite
  35  * the research papers on the package. Check out http://www.gromacs.org.
  36  */
  37 #include "addconf.h"
  38
  39 #ifdef HAVE_CONFIG_H
  40 #include <config.h>
  41 #endif
  42
  43 #include <stdlib.h>
  44 #include <string.h>
  45
  46 #include "gromacs/math/vec.h"
  47 #include "macros.h"
  48 #include "types/commrec.h"
  49 #include "force.h"
  50 #include "names.h"
  51 #include "nsgrid.h"
  52 #include "mdatoms.h"
  53 #include "nrnb.h"
  54 #include "ns.h"
  55 #include "mtop_util.h"
  56 #include "chargegroup.h"
  57
  58 #include "gromacs/pbcutil/pbc.h"
  59 #include "gromacs/topology/block.h"
  60 #include "gromacs/utility/smalloc.h"
  61
  62 static real box_margin;
  63
  64 static real max_dist(rvec *x, real *r, int start, int end)
  65 {
  66     real maxd;
  67     int  i, j;
  68
  69     maxd = 0;
  70     for (i = start; i < end; i++)
  71     {
  72         for (j = i+1; j < end; j++)
  73         {
  74             maxd = max(maxd, sqrt(distance2(x[i], x[j]))+0.5*(r[i]+r[j]));
  75         }
  76     }
  77
  78     return 0.5*maxd;
  79 }
  80
  81 static gmx_bool outside_box_minus_margin2(rvec x, matrix box)
  82 {
  83     return ( (x[XX] < 2*box_margin) || (x[XX] > box[XX][XX]-2*box_margin) ||
  84              (x[YY] < 2*box_margin) || (x[YY] > box[YY][YY]-2*box_margin) ||
  85              (x[ZZ] < 2*box_margin) || (x[ZZ] > box[ZZ][ZZ]-2*box_margin) );
  86 }
  87
  88 static gmx_bool outside_box_plus_margin(rvec x, matrix box)
  89 {
  90     return ( (x[XX] < -box_margin) || (x[XX] > box[XX][XX]+box_margin) ||
  91              (x[YY] < -box_margin) || (x[YY] > box[YY][YY]+box_margin) ||
  92              (x[ZZ] < -box_margin) || (x[ZZ] > box[ZZ][ZZ]+box_margin) );
  93 }
  94
  95 static int mark_res(int at, gmx_bool *mark, int natoms, t_atom *atom, int *nmark)
  96 {
  97     int resind;
  98
  99     resind = atom[at].resind;
 100     while ( (at > 0) && (resind == atom[at-1].resind) )
 101     {
 102         at--;
 103     }
 104     while ( (at < natoms) && (resind == atom[at].resind) )
 105     {
 106         if (!mark[at])
 107         {
 108             mark[at] = TRUE;
 109             (*nmark)++;
 110         }
 111         at++;
 112     }
 113
 114     return at;
 115 }
 116
 117 static real find_max_real(int n, real radius[])
 118 {
 119     int  i;
 120     real rmax;
 121
 122     rmax = 0;
 123     if (n > 0)
 124     {
 125         rmax = radius[0];
 126         for (i = 1; (i < n); i++)
 127         {
 128             rmax = max(rmax, radius[i]);
 129         }
 130     }
 131     return rmax;
 132 }
 133
 134 static void combine_atoms(t_atoms *ap, t_atoms *as,
 135                           rvec xp[], rvec *vp, rvec xs[], rvec *vs,
 136                           t_atoms **a_comb, rvec **x_comb, rvec **v_comb)
 137 {
 138     t_atoms *ac;
 139     rvec    *xc, *vc = NULL;
 140     int      i, j, natot, res0;
 141
 142     /* Total number of atoms */
 143     natot = ap->nr+as->nr;
 144
 145     snew(ac, 1);
 146     init_t_atoms(ac, natot, FALSE);
 147
 148     snew(xc, natot);
 149     if (vp && vs)
 150     {
 151         snew(vc, natot);
 152     }
 153
 154     /* Fill the new structures */
 155     for (i = j = 0; (i < ap->nr); i++, j++)
 156     {
 157         copy_rvec(xp[i], xc[j]);
 158         if (vc)
 159         {
 160             copy_rvec(vp[i], vc[j]);
 161         }
 162         memcpy(&(ac->atom[j]), &(ap->atom[i]), sizeof(ap->atom[i]));
 163         ac->atom[j].type = 0;
 164     }
 165     res0 = ap->nres;
 166     for (i = 0; (i < as->nr); i++, j++)
 167     {
 168         copy_rvec(xs[i], xc[j]);
 169         if (vc)
 170         {
 171             copy_rvec(vs[i], vc[j]);
 172         }
 173         memcpy(&(ac->atom[j]), &(as->atom[i]), sizeof(as->atom[i]));
 174         ac->atom[j].type    = 0;
 175         ac->atom[j].resind += res0;
 176     }
 177     ac->nr   = j;
 178     ac->nres = ac->atom[j-1].resind+1;
 179     /* Fill all elements to prevent uninitialized memory */
 180     for (i = 0; i < ac->nr; i++)
 181     {
 182         ac->atom[i].m     = 1;
 183         ac->atom[i].q     = 0;
 184         ac->atom[i].mB    = 1;
 185         ac->atom[i].qB    = 0;
 186         ac->atom[i].type  = 0;
 187         ac->atom[i].typeB = 0;
 188         ac->atom[i].ptype = eptAtom;
 189     }
 190
 191     /* Return values */
 192     *a_comb = ac;
 193     *x_comb = xc;
 194     *v_comb = vc;
 195 }
 196
 197 static t_forcerec *fr = NULL;
 198
 199 static void do_nsgrid(FILE *fp, gmx_bool bVerbose,
 200                       matrix box, rvec x[], t_atoms *atoms, real rlong,
 201                       const output_env_t oenv)
 202 {
 203     gmx_mtop_t     *mtop;
 204     gmx_localtop_t *top;
 205     t_mdatoms      *md;
 206     t_block        *cgs;
 207     t_inputrec     *ir;
 208     t_nrnb          nrnb;
 209     t_commrec      *cr;
 210     int            *cg_index;
 211     gmx_moltype_t  *molt;
 212     gmx_ffparams_t *ffp;
 213     ivec           *nFreeze;
 214     int             i, m, natoms;
 215     rvec            box_size;
 216     real           *lambda, *dvdl;
 217
 218     natoms = atoms->nr;
 219
 220     /* Charge group index */
 221     snew(cg_index, natoms);
 222     for (i = 0; (i < natoms); i++)
 223     {
 224         cg_index[i] = i;
 225     }
 226
 227     /* Topology needs charge groups and exclusions */
 228     snew(mtop, 1);
 229     init_mtop(mtop);
 230     mtop->natoms = natoms;
 231     /* Make one moltype that contains the whol system */
 232     mtop->nmoltype = 1;
 233     snew(mtop->moltype, mtop->nmoltype);
 234     molt        = &mtop->moltype[0];
 235     molt->name  = mtop->name;
 236     molt->atoms = *atoms;
 237     stupid_fill_block(&molt->cgs, mtop->natoms, FALSE);
 238     stupid_fill_blocka(&molt->excls, natoms);
 239     /* Make one molblock for the whole system */
 240     mtop->nmolblock = 1;
 241     snew(mtop->molblock, mtop->nmolblock);
 242     mtop->molblock[0].type       = 0;
 243     mtop->molblock[0].nmol       = 1;
 244     mtop->molblock[0].natoms_mol = natoms;
 245     /* Initialize a single energy group */
 246     mtop->groups.grps[egcENER].nr = 1;
 247     mtop->groups.ngrpnr[egcENER]  = 0;
 248     mtop->groups.grpnr[egcENER]   = NULL;
 249
 250     ffp = &mtop->ffparams;
 251
 252     ffp->ntypes = 1;
 253     ffp->atnr   = 1;
 254     ffp->reppow = 12;
 255     snew(ffp->functype, 1);
 256     snew(ffp->iparams, 1);
 257     ffp->iparams[0].lj.c6  = 1;
 258     ffp->iparams[0].lj.c12 = 1;
 259
 260     /* inputrec structure */
 261     snew(ir, 1);
 262     ir->cutoff_scheme    = ecutsGROUP;
 263     ir->coulomb_modifier = eintmodNONE;
 264     ir->vdw_modifier     = eintmodNONE;
 265     ir->coulombtype      = eelCUT;
 266     ir->vdwtype          = evdwCUT;
 267     ir->ndelta           = 2;
 268     ir->ns_type          = ensGRID;
 269     snew(ir->opts.egp_flags, 1);
 270
 271     top = gmx_mtop_generate_local_top(mtop, ir);
 272
 273     /* Some nasty shortcuts */
 274     cgs  = &(top->cgs);
 275
 276     /* mdatoms structure */
 277     snew(nFreeze, 2);
 278     snew(md, 1);
 279     md = init_mdatoms(fp, mtop, FALSE);
 280     atoms2md(mtop, ir, 0, NULL, mtop->natoms, md);
 281     sfree(nFreeze);
 282
 283     /* forcerec structure */
 284     if (fr == NULL)
 285     {
 286         fr = mk_forcerec();
 287     }
 288     snew(cr, 1);
 289     cr->nnodes   = 1;
 290     /* cr->nthreads = 1; */
 291
 292     /*    ir->rlist       = ir->rcoulomb = ir->rvdw = rlong;
 293        printf("Neighborsearching with a cut-off of %g\n",rlong);
 294        init_forcerec(stdout,fr,ir,top,cr,md,box,FALSE,NULL,NULL,NULL,TRUE);*/
 295     fr->cg0     = 0;
 296     fr->hcg     = top->cgs.nr;
 297     fr->nWatMol = 0;
 298
 299     /* Prepare for neighboursearching */
 300     init_nrnb(&nrnb);
 301
 302     /* Init things dependent on parameters */
 303     ir->rlistlong = ir->rlist = ir->rcoulomb = ir->rvdw = rlong;
 304     /* create free energy data to avoid NULLs */
 305     snew(ir->fepvals, 1);
 306     printf("Neighborsearching with a cut-off of %g\n", rlong);
 307     init_forcerec(stdout, oenv, fr, NULL, ir, mtop, cr, box,
 308                   NULL, NULL, NULL, NULL, NULL, TRUE, -1);
 309     if (debug)
 310     {
 311         pr_forcerec(debug, fr);
 312     }
 313
 314     /* Calculate new stuff dependent on coords and box */
 315     for (m = 0; (m < DIM); m++)
 316     {
 317         box_size[m] = box[m][m];
 318     }
 319     calc_shifts(box, fr->shift_vec);
 320     put_charge_groups_in_box(fp, 0, cgs->nr, fr->ePBC, box, cgs, x, fr->cg_cm);
 321
 322     /* Do the actual neighboursearching */
 323     snew(lambda, efptNR);
 324     snew(dvdl, efptNR);
 325     init_neighbor_list(fp, fr, md->homenr);
 326     search_neighbours(fp, fr, box, top,
 327                       &mtop->groups, cr, &nrnb, md, TRUE, FALSE);
 328
 329     if (debug)
 330     {
 331         dump_nblist(debug, cr, fr, 0);
 332     }
 333
 334     if (bVerbose)
 335     {
 336         fprintf(stderr, "Successfully made neighbourlist\n");
 337     }
 338 }
 339
 340 static gmx_bool bXor(gmx_bool b1, gmx_bool b2)
 341 {
 342     return (b1 && !b2) || (b2 && !b1);
 343 }
 344
 345 void add_conf(t_atoms *atoms, rvec **x, rvec **v, real **r, gmx_bool bSrenew,
 346               int ePBC, matrix box, gmx_bool bInsert,
 347               t_atoms *atoms_solvt, rvec *x_solvt, rvec *v_solvt, real *r_solvt,
 348               gmx_bool bVerbose, real rshell, int max_sol, const output_env_t oenv)
 349 {
 350     t_nblist       *nlist;
 351     t_atoms        *atoms_all;
 352     real            max_vdw, *r_prot, *r_all, n2, r2, ib1, ib2;
 353     int             natoms_prot, natoms_solvt;
 354     int             i, j, jj, m, j0, j1, jjj, jnres, jnr, inr, iprot, is1, is2;
 355     int             prev, resnr, nresadd, d, k, ncells, maxincell;
 356     int             dx0, dx1, dy0, dy1, dz0, dz1;
 357     int             ntest, nremove, nkeep;
 358     rvec            dx, xi, xj, xpp, *x_all, *v_all;
 359     gmx_bool       *remove, *keep;
 360     int             bSolSol;
 361
 362     natoms_prot  = atoms->nr;
 363     natoms_solvt = atoms_solvt->nr;
 364     if (natoms_solvt <= 0)
 365     {
 366         fprintf(stderr, "WARNING: Nothing to add\n");
 367         return;
 368     }
 369
 370     if (ePBC == epbcSCREW)
 371     {
 372         gmx_fatal(FARGS, "Sorry, %s pbc is not yet supported", epbc_names[ePBC]);
 373     }
 374
 375     if (bVerbose)
 376     {
 377         fprintf(stderr, "Calculating Overlap...\n");
 378     }
 379
 380     /* Set margin around box edges to largest solvent dimension.
 381      * The maximum distance between atoms in a solvent molecule should
 382      * be calculated. At the moment a fudge factor of 3 is used.
 383      */
 384     r_prot     = *r;
 385     box_margin = 3*find_max_real(natoms_solvt, r_solvt);
 386     max_vdw    = max(3*find_max_real(natoms_prot, r_prot), box_margin);
 387     fprintf(stderr, "box_margin = %g\n", box_margin);
 388
 389     snew(remove, natoms_solvt);
 390
 391     nremove = 0;
 392     if (!bInsert)
 393     {
 394         for (i = 0; i < atoms_solvt->nr; i++)
 395         {
 396             if (outside_box_plus_margin(x_solvt[i], box) )
 397             {
 398                 i = mark_res(i, remove, atoms_solvt->nr, atoms_solvt->atom, &nremove);
 399             }
 400         }
 401         fprintf(stderr, "Removed %d atoms that were outside the box\n", nremove);
 402     }
 403
 404     /* Define grid stuff */
 405     /* Largest VDW radius */
 406     snew(r_all, natoms_prot+natoms_solvt);
 407     for (i = j = 0; i < natoms_prot; i++, j++)
 408     {
 409         r_all[j] = r_prot[i];
 410     }
 411     for (i = 0; i < natoms_solvt; i++, j++)
 412     {
 413         r_all[j] = r_solvt[i];
 414     }
 415
 416     /* Combine arrays */
 417     combine_atoms(atoms, atoms_solvt, *x, v ? *v : NULL, x_solvt, v_solvt,
 418                   &atoms_all, &x_all, &v_all);
 419
 420     /* Do neighboursearching step */
 421     do_nsgrid(stdout, bVerbose, box, x_all, atoms_all, max_vdw, oenv);
 422
 423     /* check solvent with solute */
 424     nlist = &(fr->nblists[0].nlist_sr[eNL_VDW]);
 425     fprintf(stderr, "nri = %d, nrj = %d\n", nlist->nri, nlist->nrj);
 426     for (bSolSol = 0; (bSolSol <= (bInsert ? 0 : 1)); bSolSol++)
 427     {
 428         ntest = nremove = 0;
 429         fprintf(stderr, "Checking %s-Solvent overlap:",
 430                 bSolSol ? "Solvent" : "Protein");
 431         for (i = 0; (i < nlist->nri && nremove < natoms_solvt); i++)
 432         {
 433             inr = nlist->iinr[i];
 434             j0  = nlist->jindex[i];
 435             j1  = nlist->jindex[i+1];
 436             rvec_add(x_all[inr], fr->shift_vec[nlist->shift[i]], xi);
 437
 438             for (j = j0; (j < j1 && nremove < natoms_solvt); j++)
 439             {
 440                 jnr = nlist->jjnr[j];
 441                 copy_rvec(x_all[jnr], xj);
 442
 443                 /* Check solvent-protein and solvent-solvent */
 444                 is1 = inr-natoms_prot;
 445                 is2 = jnr-natoms_prot;
 446
 447                 /* Check if at least one of the atoms is a solvent that is not yet
 448                  * listed for removal, and if both are solvent, that they are not in the
 449                  * same residue.
 450                  */
 451                 if ((!bSolSol &&
 452                      bXor((is1 >= 0), (is2 >= 0)) && /* One atom is protein */
 453                      ((is1 < 0) || ((is1 >= 0) && !remove[is1])) &&
 454                      ((is2 < 0) || ((is2 >= 0) && !remove[is2]))) ||
 455
 456                     (bSolSol  &&
 457                      (is1 >= 0) && (!remove[is1]) &&                   /* is1 is solvent */
 458                      (is2 >= 0) && (!remove[is2]) &&                   /* is2 is solvent */
 459                      (bInsert ||                                       /* when inserting also check inside the box */
 460                       (outside_box_minus_margin2(x_solvt[is1], box) && /* is1 on edge */
 461                        outside_box_minus_margin2(x_solvt[is2], box))   /* is2 on edge */
 462                      ) &&
 463                      (atoms_solvt->atom[is1].resind !=                 /* Not the same residue */
 464                       atoms_solvt->atom[is2].resind)))
 465                 {
 466
 467                     ntest++;
 468                     rvec_sub(xi, xj, dx);
 469                     n2 = norm2(dx);
 470                     r2 = sqr(r_all[inr]+r_all[jnr]);
 471                     if (n2 < r2)
 472                     {
 473                         if (bInsert)
 474                         {
 475                             nremove = natoms_solvt;
 476                             for (k = 0; k < nremove; k++)
 477                             {
 478                                 remove[k] = TRUE;
 479                             }
 480                         }
 481                         /* Need only remove one of the solvents... */
 482                         if (is2 >= 0)
 483                         {
 484                             (void) mark_res(is2, remove, natoms_solvt, atoms_solvt->atom,
 485                                             &nremove);
 486                         }
 487                         else if (is1 >= 0)
 488                         {
 489                             (void) mark_res(is1, remove, natoms_solvt, atoms_solvt->atom,
 490                                             &nremove);
 491                         }
 492                         else
 493                         {
 494                             fprintf(stderr, "Neither atom is solvent%d %d\n", is1, is2);
 495                         }
 496                     }
 497                 }
 498             }
 499         }
 500         if (!bInsert)
 501         {
 502             fprintf(stderr, " tested %d pairs, removed %d atoms.\n", ntest, nremove);
 503         }
 504     }
 505     if (debug)
 506     {
 507         for (i = 0; i < natoms_solvt; i++)
 508         {
 509             fprintf(debug, "remove[%5d] = %s\n", i, bool_names[remove[i]]);
 510         }
 511     }
 512
 513     /* Search again, now with another cut-off */
 514     if (rshell > 0)
 515     {
 516         do_nsgrid(stdout, bVerbose, box, x_all, atoms_all, rshell, oenv);
 517         nlist = &(fr->nblists[0].nlist_sr[eNL_VDW]);
 518         fprintf(stderr, "nri = %d, nrj = %d\n", nlist->nri, nlist->nrj);
 519         nkeep = 0;
 520         snew(keep, natoms_solvt);
 521         for (i = 0; i < nlist->nri; i++)
 522         {
 523             inr = nlist->iinr[i];
 524             j0  = nlist->jindex[i];
 525             j1  = nlist->jindex[i+1];
 526
 527             for (j = j0; j < j1; j++)
 528             {
 529                 jnr = nlist->jjnr[j];
 530
 531                 /* Check solvent-protein and solvent-solvent */
 532                 is1 = inr-natoms_prot;
 533                 is2 = jnr-natoms_prot;
 534
 535                 /* Check if at least one of the atoms is a solvent that is not yet
 536                  * listed for removal, and if both are solvent, that they are not in the
 537                  * same residue.
 538                  */
 539                 if (is1 >= 0 && is2 < 0)
 540                 {
 541                     mark_res(is1, keep, natoms_solvt, atoms_solvt->atom, &nkeep);
 542                 }
 543                 else if (is1 < 0 && is2 >= 0)
 544                 {
 545                     mark_res(is2, keep, natoms_solvt, atoms_solvt->atom, &nkeep);
 546                 }
 547             }
 548         }
 549         fprintf(stderr, "Keeping %d solvent atoms after proximity check\n",
 550                 nkeep);
 551         for (i = 0; i < natoms_solvt; i++)
 552         {
 553             remove[i] = remove[i] || !keep[i];
 554         }
 555         sfree(keep);
 556     }
 557     /* count how many atoms and residues will be added and make space */
 558     if (bInsert)
 559     {
 560         j     = atoms_solvt->nr;
 561         jnres = atoms_solvt->nres;
 562     }
 563     else
 564     {
 565         j     = 0;
 566         jnres = 0;
 567         for (i = 0; ((i < atoms_solvt->nr) &&
 568                      ((max_sol == 0) || (jnres < max_sol))); i++)
 569         {
 570             if (!remove[i])
 571             {
 572                 j++;
 573                 if ((i == 0) ||
 574                     (atoms_solvt->atom[i].resind != atoms_solvt->atom[i-1].resind))
 575                 {
 576                     jnres++;
 577                 }
 578             }
 579         }
 580     }
 581     if (debug)
 582     {
 583         fprintf(debug, "Will add %d atoms in %d residues\n", j, jnres);
 584     }
 585     if (!bInsert)
 586     {
 587         /* Flag the remaing solvent atoms to be removed */
 588         jjj = atoms_solvt->atom[i-1].resind;
 589         for (; (i < atoms_solvt->nr); i++)
 590         {
 591             if (atoms_solvt->atom[i].resind > jjj)
 592             {
 593                 remove[i] = TRUE;
 594             }
 595             else
 596             {
 597                 j++;
 598             }
 599         }
 600     }
 601
 602     if (bSrenew)
 603     {
 604         srenew(atoms->resinfo,  atoms->nres+jnres);
 605         srenew(atoms->atomname, atoms->nr+j);
 606         srenew(atoms->atom,     atoms->nr+j);
 607         srenew(*x,              atoms->nr+j);
 608         if (v)
 609         {
 610             srenew(*v,       atoms->nr+j);
 611         }
 612         srenew(*r,              atoms->nr+j);
 613     }
 614
 615     /* add the selected atoms_solvt to atoms */
 616     if (atoms->nr > 0)
 617     {
 618         resnr = atoms->resinfo[atoms->atom[atoms->nr-1].resind].nr;
 619     }
 620     else
 621     {
 622         resnr = 0;
 623     }
 624     prev    = -1;
 625     nresadd = 0;
 626     for (i = 0; i < atoms_solvt->nr; i++)
 627     {
 628         if (!remove[i])
 629         {
 630             if (prev == -1 ||
 631                 atoms_solvt->atom[i].resind != atoms_solvt->atom[prev].resind)
 632             {
 633                 nresadd++;
 634                 atoms->nres++;
 635                 resnr++;
 636                 atoms->resinfo[atoms->nres-1] =
 637                     atoms_solvt->resinfo[atoms_solvt->atom[i].resind];
 638                 atoms->resinfo[atoms->nres-1].nr = resnr;
 639                 /* calculate shift of the solvent molecule using the first atom */
 640                 copy_rvec(x_solvt[i], dx);
 641                 put_atoms_in_box(ePBC, box, 1, &dx);
 642                 rvec_dec(dx, x_solvt[i]);
 643             }
 644             atoms->atom[atoms->nr]     = atoms_solvt->atom[i];
 645             atoms->atomname[atoms->nr] = atoms_solvt->atomname[i];
 646             rvec_add(x_solvt[i], dx, (*x)[atoms->nr]);
 647             if (v)
 648             {
 649                 copy_rvec(v_solvt[i], (*v)[atoms->nr]);
 650             }
 651             (*r)[atoms->nr]               = r_solvt[i];
 652             atoms->atom[atoms->nr].resind = atoms->nres-1;
 653             atoms->nr++;
 654             prev = i;
 655         }
 656     }
 657     if (bSrenew)
 658     {
 659         srenew(atoms->resinfo,  atoms->nres+nresadd);
 660     }
 661
 662     if (bVerbose)
 663     {
 664         fprintf(stderr, "Added %d molecules\n", nresadd);
 665     }
 666
 667     sfree(remove);
 668     done_atom(atoms_all);
 669     sfree(x_all);
 670     sfree(v_all);
 671 }